Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 1. Members of the second funding period (2010 to 2013):
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1 Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 1 Members of the second funding period (2010 to 2013): 1) Rolf Backofen Computational Detection of Bacterial ncrnas and their Targets Institut für Informatik Georges-Köhler-Allee Freiburg Tel: backofen@informatik.uni-freiburg.de Peter F. Stadler Universität Leipzig Interdisziplinäres Zentrum für Bioinformatik Härtelstr Leipzig Tel: studla@bioin.uni-leipzig.de 2) Anke Becker Target identification and functional analysis of regulatory small RNAs in Sinorhizobium meliloti and related alpha-proteobacteria Institut für Biologie III Schänzlestr Freiburg Tel.: anke.becker@biologie.uni-freiburg.de Robert Giegerich Universität Bielefeld Technische Fakultät Universitätsstrasse Bielefeld Tel: robert@techfak.uni-bielefeld.de 3) Ulla Bonas Characterization of small regulatory RNAs with a putative function in the virulence of Xanthomonas campestris pv. vesicatoria Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg Institut für Genetik Weinbergweg Halle/Saale Tel: ulla.bonas@genetik.uni-halle.de 4) Sabine Brantl Elucidation of novel regulatory mechanisms employed by small noncoding RNAs from B. subtilis and identification of RNA chaperones involved in these mechanisms Friedrich Schiller Universität Jena Biologisch Pharmazeutische Fakultät AG Bakteriengenetik Winzerlaer Str Jena Tel: , Fax: Sabine.Brantl@rz.uni-jena.de
2 Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 2 5) Petra Dersch Influence of sensory and regulatory RNAs on the biological fitness and pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Molekulare Infektionsbiologie Inhoffenstraße Braunschweig Tel: petra.dersch@helmholtz-hzi.de Ann Kathrin Heroven Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Tel: Ann-Kathrin.Heroven@helmholtz-hzi.de 6) Elena Evguenieva-Hackenberg (associated project EV 42/4-1) Kleine nicht-kodierende RNAs mit regulatorischer Funktion in alpha-proteobakterien Justus-Liebig-Universität Gießen Institut für Mikrobiologie und Molekularbiologie Raum L234, 2.Etage Gießen Tel: hackenberg@mikro.bio.uni-giessen.de 7) Boris Görke GlmY and GlmZ: A regulatory cascade of two small RNAs Georg-August-Universität Göttingen Biologische Fakultät Institut für Mikrobiologie und Genetik Grisebachstr Göttingen Tel: , Fax: bgoerke@gwdg.de 8) Roland K. Hartmann (associated member) Structure and function of the small riboregulator 6S RNA Phillips-Universität Marburg Fachbereich Pharmazie Marbacher Weg Marburg Tel: , Fax: hartmanr@mailer.uni-marburg.de 9) Wolfgang Hess Identification and function of regulatory RNA in the phototrophic model organism Synechocystis sp. PCC 6803 Institut für Biologie III Schänzlestr Freiburg im Breisgau Tel: wolfgang.hess@biologie.uni-freiburg.de Annegret Wilde Justus-Liebig-Universität Giessen Institut für Mikro- und Molekularbiologie Heinrich-Buff-Ring Giessen Tel: 0641 /
3 Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 3 Annegret.Wilde@mikro.bio.uni-giessen.de 10) Gabriele Klug Role of an srna repeat in general stress response of alpha-proteobacteria and mechanisms of regulation Justus-Liebig-Universität Gießen Institut für Mikrobiologie und Molekularbiologie Heinrich-Buff-Ring Gießen Tel: Gabriele.Klug@mikro.bio.uni-giessen.de 11) Manja Marz (associated member) Automated genomewide annotation of non-coding RNAs Phillips-Universität Marburg Fachbereich Pharmazie RNA Bioinformatics Group Marbacher Weg Marburg Tel: manja@staff.uni-marburg.de 12) Anita Marchfelder Small regulatory RNAs from the halophilic archaeon Haloferax volcanii Universität Ulm Fakultät für Naturwissenschaften Abteilung für Molekulare Botanik (Biologie II) Ulm Tel: , Fax: anita.marchfelder@biologie.uni-ulm.de Jörg Soppa Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Biologie und Genetik von Prokaryonten Max-von-Laue-Str Frankfurt Tel: Soppa@bio.uni-frankfurt.de 13) Sabine Müller Folding of the FMN-dependent riboswitch Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald Institut für Biochemie Felix-Hausdorff-Straße Greifswald Tel: sabine.mueller@uni-greifswald.de 14) Franz Narberhaus Structure and function of RNA thermometers Ruhr-Universität Bochum Lehrstuhl für Biologie der Mikroorganismen Universitätsstrasse Bochum Tel: , Fax: franz.narberhaus@rub.de 15) Franz Narberhaus The role of small RNAs in physiology and virulence of Agrobacterium tumefaciens
4 Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 4 16) Ümit Pul (associated project PU 435/1-1) Analysis of the acquired microbial defence mechanism against foreign DNA by the CRISPR system Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Institut für Physikalische Biologie Universitätsstrasse 1 Gebäude U Düsseldorf Tel: , Fax: pul@uni-duesseldorf.de 17) Lennart Randau (associated project) Analysis of the small RNA profile of extremophilic archaea MPI for Terrestrial Microbiology Karl-von-Frisch-Str Marburg Tel: lennart.randau@mpi-marburg.mpg.de 18) Ruth Schmitz-Streit Functional analysis of selected srnas potentially involved in nitrogen and/or general stress response in the archaeon Methanosarcina mazei Gö1 Christian-Albrechts-Universität Kiel Institut für Allgemeine Mikrobiologie Am Botanischen Garten Kiel Tel: rschmit@gwdg.de 19) Renée Schroeder Role of Hfq-binding aptamers in antisense transcripts opposite to start and stop sites of protein coding genes in E. coli Universität Wien Department of Biochemistry Dr. Bohrgasse 9/ Wien, Austria Tel: +43 (1) renee.schroeder@univie.ac.at 20) Harald Schwalbe NMR investigation of the regulation of gene expression by RNA thermometers Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie Max-von-Laue-Str Frankfurt Tel: schwalbe@nmr.uni-frankfurt.de 21) Claus Seidel Single-molecular fluorescence analysis of the temperature dependent structure and dynamics of an RNA thermometer: consequences for its molecular function Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Institut für Physikalische Chemie II Universitätsstrasse Düsseldorf Tel: c.seidel@gwdg.de
5 Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 5 Sabine Müller Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald Institut für Biochemie Felix-Hausdorff-Straße Greifswald Tel: sabine.mueller@uni-greifswald.de Janusz M. Bujnicki Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering International Institute of Molecular and Cell Biology Trojdena Warsaw, Poland Tel: iamb@genesilico.pl 22) Claudia Steglich Regulatory RNAs in the hfq-deficient oxyphototroph Prochlorococcus sp. Institut für Biologie III (Experimentelle Bioinformatik und Genetik) Schaenzlestr Freiburg i.br. Tel: claudia.steglich@biologie.uni-freiburg.de 23) Beatrix Süß Small non-coding RNAs in Streptomyces coelicolor Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg Institut für Biologie Lehrstuhl für Mikrobiologie Staudtstr Erlangen Tel: bsuess@biologie.uni-erlangen.de 24) Jörg Vogel Multiple target regulation by GcvB srna Institut für Molekulare Infektionsbiologie Josef Schneider-Str. 2 / D Würzburg Tel: joerg.vogel@uni-würzburg.de 25) Jörg Vogel A conserved small RNA in the RpoS regulon 26) Rolf Wagner Studies of the structure and function of bacterial 6S RNA, a putative transcriptional regulator Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Institut für Physikalische Biologie Universitätsstrasse 1 Gebäude U Düsseldorf Tel: , Fax: wagner@rz.uni-duesseldorf.de 27) Oliver Weichenrieder
6 Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 6 Structural analysis of regulatory RNAs: Hfq-mediated gene regulation by small transacting RNAs Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie Abteilung 2 Biochemie Spemannstr.35 / II Tübingen Tel: oliver.weichenrieder@tuebingen.mpg.de 28) Jens Wöhnert Ligand recognition and discrimination in the S-adenosylhomocysteine (SAH) sensing riboswitch Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Biozentrum N Max-von-Laue-Str Frankfurt Tel: woehnert@bio.uni-frankfurt.de
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