Sascha Johannes. 16. Juli 2014

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1 Entwicklung einer Datenbank für eine kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli 2014 Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

2 Inhaltsverzeichnis 1 Fragestellung 2 Zielstellung 3 Grundlagen 4 Materialien und Methoden 5 Ergebnisse 6 Ausblick 7 Zusammenfassung Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

3 Fragestellung Fragestellung Übereinstimmung des Transkriptionsverhaltens mit dem Methylierungsmuster Verlässlichkeit der Hochdurchsatzmethoden der Methylierungsuntersuchung Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

4 Zielstellung Zielstellung Webapplikation mit Datenbankanbindung klare und intuitive Darstellung Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

5 Grundlagen Methylierung Grundlagen Methylierung NH2 5 N P N N NH P N N NH2 3 Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

6 Grundlagen Methylierung Grundlagen Methylierung NH2 5 H3C N P N N NH P N N NH2 3 Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

7 Materialien und Methoden Zellpopulationen Materialien und Methoden Zellpopulationen Stammzelle des Knochenmarks Lymphatische Vorläuferzelle Myeolide Vorläuferzelle B-Lymphozyt T-Lymphozyt Natürliche Killerzelle Granulozyt Monozyt Plasmazelle T-Helferzellen Neutrophil Makrophage Zytotoxische T-Zellen Eosinophil Dendritische Zelle T-Gedächtniszellen Basophil Mastzelle Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

8 Materialien und Methoden Chiptypen Materialien und Methoden Chiptypen Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

9 Materialien und Methoden Normalisierungen Materialien und Methoden Normalisierungen MAS5 + + DASEN + BMIQ RMA Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

10 Webapplikation Upload Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

11 Webapplikation Upload Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

12 Webapplikation Upload Normalisierung Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

13 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

14 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

15 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

16 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Vergleich Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

17 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Vergleich Java Tool Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

18 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Vergleich Java Tool Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

19 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Vergleich Java Tool Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

20 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Vergleich Java Tool Mapping Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

21 Webapplikation Upload Normalisierung Div. R-Skripte Vergleich Java Tool Mapping Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

22 Mapping Ergebnisse Mapping Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

23 Mapping Ergebnisse Mapping Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

24 Gen: Cluster of Differentiation 19 Ergebnisse Gen: Cluster of Differentiation 19 Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

25 Gen: Cluster of Differentiation 19 Ergebnisse Gen: Cluster of Differentiation 19 1,0 0,8 -Wert 0,2 CD14 CD15 CD19memory CD19naive CD4memory CD4naive CD56 CD8memory CD8naive Population Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

26 Gen: Cluster of Differentiation 19 Ergebnisse Gen: Cluster of Differentiation 19 1,0 0,8 -Wert 0,2 CD14 CD15 CD19memory CD19naive CD4memory CD4naive CD56 CD8memory CD8naive Population Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

27 Gen: Cluster of Differentiation 19 Ergebnisse Gen: Cluster of Differentiation 19 -Wert Signalintensität 1,0 0,8 0,2 CD14 CD15 CD19memory CD19naive CD4memory CD4naive CD56 CD8memory CD8naive Population Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

28 Gen: SFT2 Domain Containing 3 Ergebnisse Gen: SFT2 Domain Containing 3 Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

29 Gen: SFT2 Domain Containing 3 Ergebnisse Gen: SFT2 Domain Containing 3 1,0 0,8 -Wert 0,2 CD14 CD15 CD19memory CD19naive CD4memory CD4naive CD56 CD8memory CD8naive Population Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

30 Gen: SFT2 Domain Containing 3 Ergebnisse Gen: SFT2 Domain Containing 3 1,0 0,8 -Wert 0,2 CD14 CD15 CD19memory CD19naive CD4memory CD4naive CD56 CD8memory CD8naive Population Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

31 Gen: SFT2 Domain Containing 3 Ergebnisse Gen: SFT2 Domain Containing 3 -Wert Signalintensität 1,0 0,8 0,2 CD14 CD15 CD19memory CD19naive CD4memory CD4naive CD56 CD8memory CD8naive Population Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

32 Ausblick Ausblick SNPs, TSP, Promoterregionen neue Chiptypen erweiterte Benutzerverwaltung Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

33 Zusammenfassung Zusammenfassung kombinierte Analyse im Hochdurchsatz einfach benutzbar einfach erweiterbar Sascha Johannes Verteidigung Bachelorarbeit 16. Juli / 16

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