Das Portal für Medizinische Datenmodelle: mehr als medizinische Formulare mit semantischen Annotationen. Sarah Riepenhausen

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1 Das : mehr als medizinische Formulare mit semantischen Annotationen Sarah Riepenhausen

2 Seit 2011 Europas größte Sammlung medizinischer Datenmodelle DFG gefördert, anerkannte Forschungsinfrastruktur Ziele: Freier Zugang zu medizinischen Formularen Transparenz Harmonisierung/Standardisierung medizinischer Datenerhebung Interoperabilität: Dokumentationssysteme und Sprachen

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5 Hintergründe Electronic Health Records (EHR): Dokumentation: > 25% ärztlicher Arbeitszeit (Clynch et al. 2015) Formularredundanz innerhalb eines Krankenhauses Keine Interoperabilität zwischen Systemen, dadaoft oft proprietär proprietär Forschungsdokumentation (Electronic Data Capture): Vergleichbarkeit zwischen Studien/Registern wichtig Case Report Form: median 180 Seiten/klinischer Studie (Getz et al. 2012) Redundanz mit EHR Sekundärnutzung sinnvoll

6 Hintergründe nichtöffentlich öffentlich Großteil von Studiendokumentationen nicht Medizinische Sprache sehr vielfältig UMLS: > 5 Mio. Konzeptnamen Unabhängiges Erstellen kompatibler Formulare? => Vergleichbarkeit von Studien eingeschränkt

7 Hintergrund Stellungnahme AG Klinische Studien der DFG, Studienprotokolle, der Analyseplan sowie CRFs [sollen] vor Studienbeginn in einem öffentlich zugänglichen Register oder im Rahmen einer Publikation veröffentlicht werden DLR-Förderrichtlinien bei BMBF-geförderten Studien: verpflichtet zur Veröffentlichung vom Studienprotokoll inkl. aller Dokumentationsformulare (CRF) in einschlägiger Fachzeitschrift oder an anderer geeigneter Stelle

8 Hintergrund Voraussetzung für Interoperabilität und Sekundärnutzung Eindeutige und einheitliche Bezeichnung/Kennzeichnung von Datenelementen Bsp.: Größe Semantische Annotation Informationsgehalt sprachunabhängig, maschinenlesbar Datenelement Größe + Code C (UMLS, Body Height)

9 Methoden ODMEdit (Dugas et al. 2016) Interoperabilität ODM-Format (CDISC) ( weitere Download-Formate Annotation: UMLS-Codes (Unified Medical Language System, uts.nlm.nih.gov/home.html) Mehrsprachigkeit Standardisierung: Wiederverwendung: Datenelemente/-gruppen aus MetaData Registry Wiederverwendung: schon verwendete UMLS-Codes Kodierrichtlinien

10 Methoden Transparenz Unterstützung der Suche nach Formularen Formularerstellung: Originale aus Routinedokumentation, Registern, klinischen Studien, Patientenfragebögen, Vergabe von MeSH-Terms (erweitert) ( Datenbankabfragen für Analysen

11 Ergebnisse Nutzer Ca registriert am Fokus: Mitteleuropa, USA

12 Ergebnisse Datenmodelle am : > Um die DVMD-Tagung 2017: > Zunahme auch der neuen Versionen

13 Ergebnisse Häufigste Schlagwörter Klinische Studie ca Ein-/Ausschlusskriterien > Brustneoplasien ca Neurologie ca Routinedokumentation ca

14 Verteilung von krankheitsbezogenen Schlagwörtern, Stand Onkologische Erkrankungen ca Neurologische Erkrankungen ca Gastroenterologische Erkrankungen ca Geringe Abdeckung (< 100) Parasitäre Erkrankungen Berufskrankheiten Erkrankungen aus dem Bereich der Umweltmedizin

15 Ergebnisse Datenelemente gesamt: ca UMLS-Annotiert: Englisch: Deutsch: ca. 88% ca. 87% ca. 21% Datenelementgruppen: ca Codelistelemente: Stand: ca

16 Ergebnisse An das Portal angegliederte Tools ODMSummary (odmtoolbox.uni-muenster.de/odmsummary/, Storck et al. 2016) tabellarische Zusammenfassung des ODM-Dokuments Datenelementvergleich auf Annotationsbasis, Äquivalenzklasseneinteilung CDEGenerator (cdegenerator.uni-muenster.de, Varghese et al. 2018) Datenelementvergleich auf Annotationsbasis zur Erstellung von Gemeinsamen Datenelementen (Common Data Elements, CDE) Direkter Export ausgewählter Datenelemente u.a. im ODM-Format

17 Ergebnisse Neue/erweiterte/verbesserte Funktionen Exporte: 18 Downloadformate Zip-Archiv-Download mehrerer ODM-Dateien Neuer PDF-Converter Zitierbarkeit: DOI Kooperation mit ZB MED, Köln MetaData Registry: neue Funktion related Items

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20 Diskussion Bedarf an Interoperabilität und Harmonisierung hoch Zunehmende Zahlen an Benutzern und Besuchern Zunehmende Anzahl an Datenmodellen Breite Abdeckung v.a. Onkologie einer der Schwerpunkte der klinischen Forschung v.a. Eligibility Criteria Aber: Weiterhin zu füllende Lücken

21 Diskussion Transparenz muss weiter steigen Ressourcen sparen Vergleichbarkeit erhöhen Portal: Möglichkeit der (zitierbaren) Veröffentlichung von ecrfs Mögliche Infrastruktur für Umsetzung der Forderungen von DFG und BMBF Akademische Anerkennung der Formularersteller

22 Diskussion Gemeinsame Weiterentwicklung von Formularen Diskussion über Formulare zu deren Optimierung Portal: Grundlagen für Interoperabilität und Sekundärnutzung Ziel einer flächendeckenden Interoperabilität und Sekundärnutzung von Daten noch nicht erreicht

23 Ausblick Erweiterung der Kodierungsmöglichkeiten z.b. mit SDTM, SNOMED (falls deutsche Lizenz),... Erweiterung der Qualitätssicherung z.b. Code-Cleaning weitere Standardisierung der Kodierung

24 Vielen Dank für die Aufmerksamkeit Sarah Riepenhausen Bitte nehmen Sie an unserer Umfrage zum MDMPortal teil: