Klausur zur Vorlesung Biochemie III im WS 2000/01

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1 Klausur zur Vorlesung Biochemie III im WS 2000/01 am von Uhr (insgesamt 100 Punkte, mindestens 40 erforderlich) Bitte Name, Matrikelnummer und Studienfach unbedingt angeben (3 1. Welche Reaktionen katalysiert die DNA-Polymerase I aus Escherichia coli, welche Substrate etc. werden dafür benötigt (12 Punkte) und was ist das Klenow-Fragment (3 Punkte)? 2. Skizzieren Sie Aufbau und Funktion des lac-operon (10 Punkte). Was ist der in-vivo Induktor und welche chemische Verbindung wird oft im Labor zur Induktion verwendet (4 Punkte)? Von wem stammt dieses Modell (1 Punkt). 3. Was versteht man unter Splicing und welche unterschiedlichen Prinzipien/Systeme gibt es dafür (12 Punkte)? Skizzieren Sie einen der Mechanismen (8 Punkte). 4. Wie verläuft die DNA-Sequenzierung nach Sanger? Beschreiben Sie kurz die Vorgänge und die benötigten Substrate und Enzyme, die das Verfahren ermöglichen (12 Punkte). 5. Was versteht man unter einem Signalpeptid, wo tritt es auf (6 Punkte) und welche Rolle kann es bei der Expression rekombinanter Proteine spielen (2 Punkte)? 6. Skizzieren Sie ein Experiment zur gezielten Mutagenese mit Hilfe der PCR-Technik (Polymerase- Kettenreaktion, 10 Punkte) und erklären Sie dabei stichpunktartig die Vorgehensweise bei einer PCR (10 Punkte). 7. Zeichnen und benennen Sie ein Watson-Crick-Basenpaar (Strukturformel, 4 Punkte) sowie das Basenpaar aus Inosin mit? (6 Punkte).

2 Wiederholungsklausur zur Vorlesung Biochemie III im WS 2000/01 am von Uhr (insgesamt 100 Punkte, mindestens 40 erforderlich) Bitte Name, Matrikelnummer und Studienfach unbedingt angeben (3 1. Formulieren Sie die Biosynthese von dttp aus UMP in allen Teilschritten. Skizzieren Sie den Reaktionsmechanismus in mindestens einem Organismus bei der Bildung der Desoxyribose und welche Cofaktoren werden bei der Methylierung benötigt (15 Punkte)? 2. Skizzieren Sie die Vorgänge an der Replikationsgabel bei E. coli von der Entwindung der DNA bis zur fertigen Kopie. Welche Enzyme werden dabei benötigt und beschreiben Sie auch, wie die DNA für die Bildung des Folgestranges angeordnet sein muß (20 Punkte). 3. Skizzieren Sie die Vorgänge bei der Elongationsphase der Translation bei Prokaryonten. Auisgangspunkt ist der 70 S Initiationskomplex. Beschreiben Sie dabei auch die Funktion der verschiedenen Elongationsfaktoren (15 Punkte). 4. Wie verläuft die DNA-Sequenzierung nach Sanger? Beschreiben Sie kurz die Vorgänge und die benötigten Substrate und Enzyme, die das Verfahren ermöglichen (12 Punkte). 5. Was versteht man unter einem Signalpeptid, wo tritt es auf (6 Punkte) und welche Rolle kann es bei der Expression rekombinanter Proteine spielen (2 Punkte)? 6. Beschreiben Sie den Lebenszyklus des Bakteriophagen l (10 Punkte) und beschreiben Sie an zwei Beispielen, welche Strategien RNA-Viren zur Expression ihrer genetischen Information in Eukaryonten benutzen (10 Punkte). 7. Welchen Vorteil hat die Verwendung von Thymin an Stelle von Uracil in der DNA. Beschreiben Sie Mechanismen, die zur Mutation führen sowie das Reparatursystem (10 Punkte).

3 Insgesamt 100 Punkte, mindestens 40 erforderlich. Klausur zur Vorlesung Biochemie III am von Uhr Gebäude 52, Hörsaal Zeichnen und benennen Sie die beiden klassischen Watson-Crick-Basenpaare einschließlich der H-Brücken (Strukturformeln, 6 Punkte) sowie das Basenpaar aus Inosin (bevorzugte tautomere Form) mit? in der DNA (6 Punkte). Mit welchen Basen der m-rna (Namen/Abkürzungen) kann Inosin als erste Base des Anticodons einer t-rna paaren (3 Punkte, insgesamt 15)? 2. Wie werden Aminosäuren für die Bindung an ihre spezielle t-rna aktiviert (Reaktionsgleichung, Strukturformel und Name der funktionellen Gruppe des chemisch relevanten Teils, 8 Punkte) und wo and wie sind sie an die t-rna gebunden (welche Base, ihre Position, Strukturformel und Name der funktionellen Gruppe (7 Punkte, insgesamt 15)? 3. Was versteht man unter Splicing und welche unterschiedlichen Prinzipien/Systeme gibt es dafür (12 Punkte)? Skizzieren Sie einen der Mechanismen (8 Punkte, insgesamt 20). 4. Skizzieren Sie Aufbau und Funktion des lac-operon (10 Punkte). Was ist der in-vivo Induktor und welche chemische Verbindung wird oft im Labor zur Induktion verwendet (4 Punkte)? Wer hat dieses Modell erstmals formuliert (1 Punkt, insgesamt 15)? 5. Was versteht man unter einem Chaperon (3 Punkte)? Beschreiben Sie eine der möglichen Funktionen am Beispiel des GroEL/ES-Systems (7 Punkte, insgesamt 10). 6. Welche biologische Funktion hat die reverse Transkriptase und wo und warum wird sie im Labor eingesetzt (5 Punkte)? 7. Skizzieren Sie ein Experiment zur gezielten Mutagenese mit Hilfe der PCR-Technik (Polymerase- Kettenreaktion, 10 Punkte) und erklären Sie dabei stichpunktartig die Vorgehensweise bei einer PCR (10 Punkte, insgesamt 20).

4 Wiederholungsklausur zur Vorlesung Biochemie III Insgesamt 100 Punkte, mindestens 40 erforderlich. am von Uhr Gebäude 52, Hörsaal Mit welchen Basen der m-rna (Namen/Abkürzungen) kann Inosin als erste Base des Anticodons einer t-rna paaren (Strukturformeln der Basenpaare, 12 Punkte)? 2. Skizzieren Sie die Vorgänge an der Replikationsgabel bei E. coli von der Entwindung der DNA bis zur fertigen Kopie. Welche Enzyme werden dabei benötigt und beschreiben Sie auch, wie die DNA für die Bildung des Folgestranges angeordnet sein muß (20 Punkte). 3. Beschreiben Sie die Unterschiede zwischen Prokaryonten und Eukaryonten bei der Kontrolle der Genexpression. Skizzieren Sie dabei auch die Wechselwirkung der benötigten Proteine mit der DNA (15 Punkte). 4. Skizzieren Sie die Vorgänge bei der Elongationsphase der Translation bei Prokaryonten. Ausgangspunkt ist der 70 S Initiationskomplex. Bitte auch Namen und Struktur der ersten Amininosäure sowie den Mechanismus der Bildung der Peptidbindungen formulieren. Beschreiben Sie dabei auch die Funktion und Wirkungsweise der verschiedenen Elongationsfaktoren (15 Punkte). 5. Was versteht man unter einem Signalpeptid, wo tritt es auf (Skizze, 6 Punkte) und welche Rolle kann es bei der Expression rekombinanter Proteine spielen (2 Punkte, insgesamt 8)? 6. Welchen Vorteil hat die Verwendung von Thymin an Stelle von Uracil in der DNA. Beschreiben Sie Mechanismen, die zur Mutation führen sowie das Reparatursystem (10 Punkte). 7. Beschreiben Sie den Lebenszyklus des Bakteriophagen l (10 Punkte) und beschreiben Sie an zwei Beispielen, welche Strategien RNA-Viren zur Expression ihrer genetischen Information in Eukaryonten benutzen (10 Punkte, insgesamt 20).

5 Sonderklausur zur Vorlesung Biochemie III Insgesamt 70 Punkte, mindestens 28 erforderlich. für Wirtschaftsingenieure mit Fach Chemie am von Uhr Gebäude 52, Hörsaal Skizzieren Sie die Vorgänge bei der Elongationsphase der Translation bei Prokaryonten. Ausgangspunkt ist der 70 S Initiationskomplex. Bitte auch Namen und Struktur der ersten Aminnosäure sowie den Mechanismus der Bildung der Peptidbindungen formulieren. Beschreiben Sie dabei auch die Funktion und Wirkungsweise der verschiedenen Elongationsfaktoren (15 Punkte). 2. Skizzieren Sie Aufbau und Funktion des lac-operon (10 Punkte). Was ist der in-vivo Induktor und welche chemische Verbindung wird oft im Labor zur Induktion verwendet (4 Punkte)? Wer hat dieses Modell erstmals formuliert (1 Punkt, insgesamt 15)? 3. Welche Reaktionen katalysiert die DNA-Polymerase I aus Escherichia coli, welche Substrate etc. werden dafür benötigt (14 Punkte) und was ist das Klenow-Fragment (4 Punkte, insgesamt 18)? 4. Skizzieren Sie ein Experiment zur gezielten Mutagenese mit Hilfe der PCR-Technik (Polymerase- Kettenreaktion, 10 Punkte) und erklären Sie dabei stichpunktartig die Vorgehensweise bei einer PCR (12 Punkte, insgesamt 22).

6 Sonderklausur zur Vorlesung Biochemie III Insgesamt 80 Punkte, mindestens 32 erforderlich. für Diplom- und Wirtschaftschemiker am von Uhr Gebäude 52, Hörsaal Skizzieren Sie die Vorgänge bei der Elongationsphase der Translation bei Prokaryonten. Ausgangspunkt ist der 70 S Initiationskomplex. Bitte auch Namen und Struktur der ersten Aminnosäure sowie den Mechanismus der Bildung der Peptidbindungen formulieren. Beschreiben Sie dabei auch die Funktion und Wirkungsweise der verschiedenen Elongationsfaktoren (15 Punkte). 2. Skizzieren Sie Aufbau und Funktion des lac-operon (10 Punkte). Was ist der in-vivo Induktor und welche chemische Verbindung wird oft im Labor zur Induktion verwendet (4 Punkte)? Wer hat dieses Modell erstmals formuliert (1 Punkt, insgesamt 15)? 3. Welche Reaktionen katalysiert die DNA-Polymerase I aus Escherichia coli, welche Substrate etc. werden dafür benötigt (14 Punkte) und was ist das Klenow-Fragment (4 Punkte, insgesamt 18)? 4. Skizzieren Sie ein Experiment zur gezielten Mutagenese mit Hilfe der PCR-Technik (Polymerase- Kettenreaktion, 10 Punkte) und erklären Sie dabei stichpunktartig die Vorgehensweise bei einer PCR (12 Punkte, insgesamt 22). 5. Formulieren Sie die chemischen Reaktionen bei der partiellen Spaltung von DNA zur Sequenzierung nach Maxam-Gilbert. Jeweils 4 Punkte für die Spaltung an A und G, bzw. C und T, sowie 2 Punkte für den Mechanismus der Strangbrüche, insgesamt 10 Punkte.

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