Genexpressionsregulation

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Dominik Buchholz
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1 Genexpressionsregulation

2 Genexpressionsregulation Different tissue types Taken from Caron et al., 2001

3 Verschiedene Ebenen der Genexpressionsregulation Epigenetic mechanisms

4 Transkriptionskontrolle 1. RNA Polymerasen (I, II, III) 2. Allgemeine Transkriptionsfaktoren 3. Spezielle regulatorische Proteine 4. Sequenzelemente

5 Transkriptionskontrolle Allgemeine Transkriptionsfaktoren Unterstützen korrekte Positionierung der RNA Polymerase Trennung der zwei DNA-Stränge Überführung RNA-Polymerase in Elongationsmodus An allen Promotoren, an die RNA-Polymerase II bindet

Trennung der zwei DNA-Stränge Überführung RNA-Polymerase in

6 Transkriptionskontrolle - Sequenzelemente TATA-Box: etwa bei -25 bp, Bindung von TBP-Untereinheit von TFIID BRE-Sequenz: TFIIB recognition element, Bindung von TFIIB INR initiator sequence Transkriptionsstart, Bindung von TFIID DPE downstream promoter element, Bindung von TFIID

element, Bindung von TFIIB INR initiator sequence

7 E.coli - einfache Transkriptionskontrollmechanismen

8 Transkriptionsregulation in Eukaryonten ist komplex! 3 wesentliche Unterschiede zu Bakterien: 1. Genregulatorische Proteine, die bis zu tausenden von Nukleotiden vom Promotor entfernt binden 2. RNA-Polymerase II benötigt allgemeine Transkriptionsfaktoren 3. Verpackung der DNA in Chromatin: weitere Möglichkeiten der Regulation

Genregulatorische Proteine, die bis zu tausenden von Nukleotiden vom Promotor

9 Transkriptionsregulation in Eukaryonten ist komplex!

10 Spezielle regulatorische Proteine - Aktivatoren und Repressoren Mechanismen von Transkriptions-Aktivatoren: 1. Interaktion mit RNA-Polymerase-Holoenzym, fördern Bindung und Positionierung an Promotor 2. Fördern Abschluss der Zusammenführung des RNA-Polymerase-Holoenzyms 3. Verändern Chromatin-Struktur: Histon-Modifikation, Chromatin-Remodeling 4. Arbeiten synergistisch

Interaktion mit RNA-Polymerase-Holoenzym, fördern Bindung und Positionierung an Promotor 2.

11 Epigenetics - Mendel s gene: more than just DNA? Vererbungsmuster, die nicht auf einer Veränderung der DNA-Sequenz beruhen Epigenetic mechanisms: Chromatin remodeling Histone modification DNA methylation

der DNA-Sequenz beruhen Epigenetic mechanisms:

12 Chromatin structure Range of structural transitions that occur during gene regulation => ability of transcription, replication, repair factories to gain access to their target regions in the genome Histone methylation acetylation phosphorylation poly ADP ribosylation ubiquitination ATP-dependent-remodeling (helicases)

access to their target regions in the genome Histone methylation acetylation

13 Chromatin structure

14 Spezielle regulatorische Proteine - Aktivatoren und Repressoren Mechanismen von Transkriptions-Repressoren in Eukaryonten: 1. Im Gegensatz zu Bakterien meist KEINE Kompetition mit RNA-Polymerase um DNA-Bindung 2. Kompetition mit Aktivatoren um DNA-Bindung 3. Bindung an Aktivator-Domäne von Aktivatoren 4. Hemmen Zusammenfügen von allgemeinen Transkriptionsfaktoren 5. Rekrutieren Chromatin-Remodeling-Komplex 6. Recrutieren Histon-Deacetylasen 7. Heterodimerisierung mit Transkriptionsaktivatoren

Kompetition mit Aktivatoren um DNA-Bindung 3. Bindung an Aktivator-Domäne von Aktivatoren 4.

15 Komplexe von genregulatorischen Proteinen Koaktivatoren und Korepressoren: Keine direkte DNA-Bindung Binden an DNA-gebundene regulatorische Proteine Interagieren mit: Chromatin-Remodeling-Komplexen Histon-modifizierenden Enzymen RNA-Polymerase-Holoenzym Allgemeinen Transkriptionsfaktoren

regulatorische Proteine Interagieren mit:

16 Kombinatorische Genexpressionskontrolle: Beispiel Regulation des ß-Globin-Gens

17 Genexpressionskontrolle eines Genclusters: ß-Globin-ähnliche Gene

18 Regulatorische Transkriptionsnetzwerke

19 Transkriptionsfaktoren - Proteinstruktur

20 Transkriptionsfaktoren - Bindung an DNA

21 Hochdurchsatz-Messung der Genexpression DNA Microarrays: Transkriptlevel 2D-Gele: Proteinlevel

22 What are Microarrays = chips? Micro = klein Array = Anordnung, Aufstellung Array of biomolecules on a small platform, e.g. glass slides c aggttacgtaatgc cag cgtaatg cagg gtaatg ca acgtaa tgcttggct cttggct ttggct gtta cttggct ttac ggtt

23 Microarray principle: small hybridization format Identification of molecules (targets) from a certain tissue, cell pool which bind to probes on the chip DNA: complementary sequence gtccactaaa cccatttaggg g aa tccacta t caggtgatt c ggg ggg taaatc ccattta cc

24 Microarray Principle Sample Control RNA RNA Cy 3 Cy 5 cdna cdna

25 2D-Gele: Messung der Proteinlevel

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