Einführung in den Rechencluster des AK Straßner

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1 Einführung in den Rechencluster des AK Straßner Ausbaustufe 3 Hardware und Software

2 Rechner im Überblick (1. Stufe, Mai 2004, Verbesserungen Januar +Mai 2005, Verlegung S32 im August 2005) Cocp129 Cocp130 Cocp131 Cocp132 Cocp133 Name IP-Adresse S S Raumnr. 64-Bit Athlon 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 Typ 1,5 GB 2 GB 2 GB 2 GB 2 GB Memory Rechenknecht NFS-Server /usr/local Bürorechner Drees Rechenknecht Arbeitsplatz-PC Funktionen NFS-Server Staroffice NFS-Server /home NIS-Server (User- Verwaltung) Lokales Backup -> externe Festplatte URZ-Backup DVD-Brenner Alle Rechner können auf dem HP 4L Netzwerkdrucker im Raum 112 drucken (im Druckdialog lp einstellen!)

3 Rechner im Überblick (Ergänzungsstufe, November 2004) Cocp134 Cocp135 Cocp136 cocp137 Cocp138 Name IP-Adresse 110 S32 S32 S32 S32 Raumnr. 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 Typ 2 GB 2 GB 2 GB 2 GB 2 GB Memory Bürorechner Taige Rechenknecht Rechenknecht Rechenknecht Rechenknecht Funktionen Alle Rechner können auf dem HP 4L Netzwerkdrucker im Raum 112 drucken (im Druckdialog lp einstellen!)

4 Rechner im Überblick (Ergänzungsstufe, November 2004) cocp150 cocp151 cocp152 cocp153 cocp154 Name IP-Adresse S32 S32 S32 S32 S32 Raumnr. 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 32-Bit Pentium 4 Typ 2 GB 2 GB 2 GB 2 GB 2 GB Memory Rechenknecht Rechenknecht Rechenknecht Rechenknecht Rechenknecht Funktionen Alle Rechner können auf dem HP 4L Netzwerkdrucker im Raum 112 drucken (im Druckdialog lp einstellen!)

5 Betriebssystem-Ausstattung Bit + 64 Bit - NFS (Network File System) - NIS (Network Infomation System) (Netzlaufwerke unter Linux) (Userverwaltung, Anmeldung auf den PCs) - Staroffice 7 (wie MS-Office) - Mozilla (Browser) - konqueror (Browser) - Codine: Queingsystem - Auf Cocp130 und Cocp133 (Raum 112): delta-nmr-software (JEOL) zum Auswerten der NMR-Daten

6 Theoriesoftware - Rechenprogramme Gaussian, verfügbar als G98 A.7 (32-Bit-Version, auf 64 Bit etwas langsamer) Neu!!!: Gaussian03.C.02 für beide Maschinentypen Beide Gaussian-Versionen sollte nur mit Queing-System verwendet werden! (Webpage + Manual) GAMESS 2002 (US): für Wissenschaft freies Programm aus Ames(Iowa), kann HF, Post- HF, DFT, CC, Mpx, etc. sollte nur mit Queing-System verwendet werden (Webpage + Manual) MOPAC2000: von Fujitsu vertriebenes Programm vor allem für Semiempirik und HF AM1-Parameter für einige wenige Übergangsmetalle (Fe, Pt, Pd, V, Mo, Ag, Cu) in Zusatzdatei enthalten sollte nur mit Queing-System verwendet werden (Manual) TINKER 4: von Ponder Group in St. Louis geschriebenes Molecular Mechanics Programmpacket seperate Programmteile, laufen unter der Kommandozeile ohne Queing- System Aufruf der Executables: /usr/local/tinker4/xxx (xxx=name des Programmteils) (Webpage+Manual)

7 Theoriesoftware - Visualisierungsprogramme Gaussview 2.0 Aufzurufen mit gv - Visualisierungstool von Gaussian Neu! Gaussview 3.0 Aufzurufen mit gv03 - Verbessertes Visualisierungstoo von Gaussian (zeigt mittlerweile bei Optimierungen auch Zwischengeometrien an, verbesserte Tools zur Anpassung von Längen und Winkeln in Molekülen uvm.) - MOLDEN 4.0 Aufzurufen mit molden - Tool der Arbeitsgruppe Schaftenaar aus Nijmwegen (NL) Molekel Aufzurufen mit molekel - Tool aus dem schweizer Supercomputing-Center der ETH Zürich in Lugano Neu! gopenmol Aufzurufen mit gopenmol - Tool aus Finnland (Leif Laaksonen aus Alo) Link:

8 Theoriesoftware Visualisierungsprogramme, Kristallstrukturen, NMR-Bearbeitung Platon99 Tool zum Erstellen von Kristallstrukturen Programm geschrieben von Kristallographen der Universität Utrecht (NL) Aufruf platon99 Mercury Tool zur Visualisierung von Kristallstrukturen University of Cambridge von den Machern der CSD-Strukturdatenbank Aufruf mercury Delta JEOL Software (nur auf cocp130 und cocp133) liest sämtliche gängige NMR-Formate ein, auch Bruker! - Aufruf delta

9 Umgang mit dem Queing System Codine Befehle: qsub Submittiert ein Shell-Skript zur Ausführung auf einen freien PC, sollten alle Nodes besetzt sein, wartet der Job in der Queue qstat Liste aller Jobs, mit qstat -f sieht man weitere Informationen zum Cluster qdel Löscht den mit ID-Nummer angebenen Job (nue eigene Jobs können gelöscht werden!) qmon Graphisches Tool (für den normalen Users eigentlich nicht notwendig) Problem shell-skript: Für den Benutzer etwas lästig, zu jedem zu startenden Job das entsprechende Skript zu erstellen. Lösung hier: Mini-Skripte, die passend zu jedem Theorieprogramm selbständig das jeweilige Skript erstellen, submittieren und wieder löschen.

10 Übersicht Programmaufrufe mit CODINE (Queuing-System) 32-g98 name Startet die Gaussian98-Berechnung des Jobs name.com (nur 32-Bit!, kein nproc!) NEU!!! 32-g03 name => Startet die IA32-Version des Gaussian03-Pakets auf den 32-Bit- Rechnern(ohne nproc=2!) - halbe Auslastung des Rechners 2-32-g03 name => Startet die IA32-Version des G03-Pakets mit 2 Threads (Hyperthreading!) und lastet den ganzen Rechner aus (nproc=2 im com-file nicht vergessen!) - %mem im com-file kann bis zu 1800 MB adressieren 64-g03 name => Startet die AMD Opteron Variante von Gaussian03 auf cocp129 (ohne nproc=2!) - %mem im com-file kann bis zu 1300 MB adressieren 32-gms02 name & 64-gms02 name 32-mop name & 64-mop name Startet den Gamess-Job name.inp Startet eine Mopac2000-Berechnung des Jobs name.dat Hinweis: Der Name 64- bedeutet im Moment nur bei Gaussian03, dass das Programm auf 64-Bit abgestimmt ist. Ansonsten handelt es sich nur um eine Jobweiche zwischen 32-Bit- und 64-Bit-Rechner.

11 Verschiedenes Zugriff außerhalb des Netzes x via SSH auf möglich. Unser Cluster liegt wegen der URZ-Backups in der DMZ (demillitarisierte Zone der OC- Firewall). Der einizige Tunnel ist Backups: Es gibt derzeit drei Backupmöglichkeiten. 1) Sicherung mittels Cron jeden Abend um 23:30 Uhr auf eine externe 250 GB-Platte. Die 10 letzten Backups können jeweils zurückgespult werden. Zufinden sind die Backups auf cocp130 unter /media/fullbackup 2) Bandsicherung durch das URZ. Das Zurückspielen von Daten ist jedem User erlaubt. Dazu auf dem Rechner cocp130(!) in das Verzeichnis gehen, in dem man die Rücksicherung machen möchte und das graphische Tool nwrevcover starten. Weitere Infos beim URZ: 3) DVD-Brenner

12 Future Plans Gaussian03-Parallelisierung mit Linda Parallelisierung des Clusters (Einführen von Jobklassen) weitere (freie?) Theoriesoftware, evtl. 64-Bit und Parallel (z.z. noch beim GAMESS möglich), TURBOMOLE nutzbar machen

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