NMFZ Interdisziplinäre Forschungsplattform für Naturwissenschaften und Medizin. Antrag

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2 NMFZ Interdisziplinäre Forschungsplattform für Naturwissenschaften und Medizin Antrag auf Förderung eines Vorhabens durch das Naturwissenschaftlich-Medizinische Forschungszentrum (NMFZ) Hauptantragssteller: Name: Univ.-Prof. Dr. Uwe Wolfrum Einrichtung: Institut für Zoologie, Zell- und Matrixbiologie, Abt.1 Anschrift: Muellerweg 6, Mainz Telefon: +49-(0) Fax: +49-(0) Beteiligte Fachbereiche: Uni-Med; Biologie; Pharmazie Das Vorhaben betrifft die Kategorie Anschubfinanzierung Core Facilities Workshops und internationale Symposien Beantragter Förderzeitraum: Beantragte Fördersumme: (2 Jahre) ,40 Zusätzliche Angabe bei Beantragung in den Kategorien Anschubfinanzierung und Workshops/Symposien: Weitere Antragssteller: Prof. Albrecht Stroh (und weitere: siehe Beiblätter) Ich versichere, dass anderweitige Fördermittel der Universität oder Universitätsmedizin für das Vorhaben nicht zur Verfügung stehen. Bei einer gewünschten Parallelförderung von Projekten Dritter (z.b. DFG, BMBF usw.) ist die Notwendigkeit dieser Zusatzfinanzierung darzustellen. Mainz, den Unterschrift des Antragsstellers:

3 Antrag auf Finanzierung der Huygens-Software für die gesamte JGU und UM Mainz im Rahmen der NMFZ-Ausschreibung Wir beantragen die Finanzierung der Huygens Deconvolution Software, welche universitätsweit genutzt werden soll. Die Dekonvolutionssoftware ist in der Lage fehlerhafte Bilder von Mikroskopen zu korrigieren und dadurch die Auflösung zu verbessern. Da alle Mikroskopiebilder fehlerhaft sind (Streulicht aus anderen Fokusebenen, durch die Optik bestimmte Unschärfe), profitieren die verschiedensten Mikroskopiearten (Weitfeld- und Konfokal-Mikroskopie) von der Nachbearbeitung durch ein Dekonvolutionsprogramm. Die Software wird von einem zentralen Server der ZDV aus angeboten, wodurch alle Arbeitsgruppen (nicht nur die hier mitunterzeichnenden), die mikroskopisch arbeiten, die Software nutzen und von dieser profitieren. Angefügt, ein Bild vor und nach einer Dekonvolution mit der hier beantragten Software. Die hier beantragte Software hat den großen Vorteil, dass sie zentral auf einem Server läuft und jeder Forscher der JGU und UM von seinem Rechner aus über den Huygens Remote Manager (HRM) eine Dekonvolution abschicken kann und dann benachrichtigt wird, sobald die Dekonvolution abgeschlossen ist. Im Vergleich zu Einzelplatzlösungen ist die Serverversion zum einen sehr wirtschaftlich und zum zweiten äußerst einfach in der Administration. Gleichzeitig wäre die optimale Soft- und Hardwarebetreuung durch kompetentes Personal (ZDV) sichergestellt. Die Geschwindigkeit der Rechenprozesse hängt von der Anzahl der Nutzer und der Anzahl an Rechenkernen ab. Die Huygenssoftware wird für verschiedene Servergrößen angeboten. Rücksprachen mit den Core Facilities der ETH Zürich und des EMBL Heidelberg ergaben, dass ein Medium-Server (16 Kerne) für den Standort Mainz ausreichend sein sollte. Im Fall von Kapazitätsengpässen, kann das System im jährlichen Rhythmus angepasst werden. Die Software kostet in der gewünschten, sehr flexiblen Variante mit den notwendigen Optionen: Die Hardware, ein virtueller Server mit Virtualisierungslizenzen für 16 Kerne könnte für /Jahr von der ZDV angeschafft und betreut werden. Für die Aufrechterhaltung der Lizenz fallen jährlich 9% des Kaufpreises an, 2.687,40 pro Jahr. Daraus ergeben sich Gesamtkosten von ,40 für ersten zwei Jahre. Wir beantragen ,40 für die Einrichtung des Huygens-Servers, welcher universitätsweit von allen interessierten Arbeitsgruppen genutzt werden kann. Die Einrichtung wird von der ZDV (A. Brinkmann) und die Schulung für alle Anwender wird von der Core Facility Microscopy (A. Vonderheit) des IMB in Kursen übernommen. Angefügt die Unterschriften von 18 Gruppenleitern, welche die Anschaffung der Huygens-Dekonvolutions- Software unterstützen. Im Anhang die genaue Auflistung der Kosten, das Angebot der Firma SVI für die Huygens-Dekonvolutions- Software und ein Beispielbild.

4 Mitochondrien mit Mitotracker markiert in CHO Zellen (Chinese Hamster Ovary) mit einem Konfokalen Mikroskop aufgenommen. A: eine Ebene eines z Stapels, B: gleiche Ebene nach einer Dekonvolution. C: Ausschnitt aus A. D: Ausschnitt aus B. Scalebar: 4 µm. Nach der Dekonvolution kann man Details des mitochondrialen Netzwerks besser erkennen. (Bilder wurden von A. Vonderheit am IMB am Leica SP5 aufgenommen und anschließend mit einer Testlizenz von Huygens dekonvolviert.)

5 Anhänge: tabellarische Auflistung der Kosten, Angebot von SVI über die Huygens Module und weitere Unterstützer des Antrags. Tabellarische Auflistung der Kosten für die Huygens Module Die Kosten werden für die ersten zwei Jahre berechnet! Huygens Core ,00 Confocal optical option 1.620,00 Widefield & Brightfield optical option 1.620,00 Spinning Disc optical option 1.620,00 Multi photon optical option 1.620,00 Time option 1.620,00 Full File readers Option 980,00 Medium Server 3.780,00 Summe ,00 Die Kosten für die Software verstehen sich Brutto gleich Netto. Es fallen hier weder Mehrwertsteuer noch Zollgebühren an, da es sich um eine Software handelt, die als Download über das Internet installiert wird. Virtueller Server bei der ZDV kostet pro Jahr: Für die Aufrechterhaltung der Lizenz fallen jährlich (ab dem 2. Jahr) 9% des Kaufpreises an: 2.687,40 Kosten für die ersten zwei Jahre: Software ,00 Server pro Jahr ,00 Lizenz 2.687,40 Summe ,40 Folgekosten pro Jahr nach den ersten beiden Jahren: Server 1.500,00 Lizenz 2.687,40 Summe 4.187,40

6 Scientific Volume Imaging b.v. Scientific Volume Imaging b.v. Laapersveld VB Hilversum The Netherlands Quote For : Dr. Andreas Vonderheit Organisation : Institute of Molecular Biology Mainz (IMB-Mainz) Date : November 7, 2012 Quote number : Q New software always contains one full year of free of charge Maintenance & Upgrades (M &U fee is 9% of list price). Note: Blue links can be used for detailed information. Product code/set-up L # Description Price (Euro) Huygens Software (available for Linux) SVI-HuCore SVI-CF SVI-WF/BF SVI-SP SVI-MP SVI- TIME SVI-FFB 10 Huygens Core Needs at least one optical option. WEBBASED for up to hundreds of 17,000 users Web-based deconvolution & visualization solution by adding a scheduler and interface like the open source HRM. Using Huygens Core as a back-end centralized computation service. Web-based solution for a Linux servers to enable easy, large scale deconvolution at fast pace for multiple users within the same university/company. The HRM Software is downloadable from sourceforge Web-based solution for Linux servers to enable easy, large scale deconvolution at fast pace for multiple users within the same university/company. The HRM Software is downloadable from sourceforge ideal set up with Linux and Apache, PHP and a database. Remote installation included if HRM is used. Fully automatic processes, includes automatic Signal to Noise Estimator so that whole deconvolution can be done without prior user knowledge. If HRM is used as scheduler connection to OMERO database will be possible. Includes many visualization tools like MIP, Volume Rendering, Slicers. Images can be loaded either from central server or uploaded as zipped files from anywhere so no preparations or single location is needed for data storage. Confocal optical option. Specially designed to take into account the optical properties of confocal microscopes. 1,620 Widefield & Brightfield optical option. Specially designed to take into account the optical properties of widefield & brightfield microscopes. Checks and corrects for bleaching, lamp instability etc. 1,620 Spinning Disc optical option. Specially designed to take into account the optical properties of spinning disk microscopes. 1,620 Multi photon optical option. Specially designed to take into account the optical properties of multi-photon images. 1,620 Time option. Viewing and cropping in 4D. Processing times series is not simply a matter of frame by frame deconvolution. This Option corrects for bleaching over time for all types of microscopes and in addition corrects for Z-drift over time for all datasets. Timedependent background is determined and corrected for. All frames are restored in one session for the whole time period. In addition only with this option all the following corrections are applied over time: 4D Gaussian, Laplacian, PlotFlux. 1,620 Full File-readers Option. Bundle additional file readers: FileFormats * Zeiss ZVI * Leica LIF * Olympus OIF * Zeiss LSM * Biovision IPL (Windows) * Biovision IPM (Mac) * Metamorph STK For standard Fileformats included in the Basics see: https://support.svi.nl/wiki/index.php 980 SVI-MedS Medium Server. Maximum 4 sockets and 16 cores (either single or hyper-threaded, bit) 3,780 Subtotal ex taxes Special discount when ordering before January 1, / Total ex taxes including one year of maintenance Ph: fax: Bank: ABN-AMRO, BIC code ABNANL2A IBAN code NL45ABNA Ch.C URL:

7 Scientific Volume Imaging b.v. Scientific Volume Imaging b.v. Laapersveld VB Hilversum The Netherlands Additional information: This quote is in EURO and valid 30 days from the date mentioned above. SVI's standard terms and conditions are applicable to this quotation. All newly bought Software prices include one year of free maintenance (Upgrades & Support). You can order more years at the same time. You need not select all items in this quote. When not selected the rights on updates and support for those items will be forfeited. If more than one basic is placed on the same computer the basics can share the options. New Options and Basics can always be bought at a later date and added while under maintenance. If you have a dual booth system you can have Huygens running on both OS-es without extra costs. If you want to trade in Basics and Options for other Huygens products you can do so for their initial purchasing value. Maintenance and Upgrade contract. We at SVI are continuously improving and adding new features to the Huygens software. Feedback of our customers has been and remains essential for offering the most advanced and reliable software tools. Since we highly value long-term collaborations with our customers, we offer an extensive maintenance and upgrade package that includes: Two major upgrades per year to latest version, and about twenty updates intermittent. See also Bug fixes (correction of code or algorithm aspects of the SW) officiated via the updates. Support via , telephone, desktop-sharing for problems users may encounter with installation, data acquisition & imaging. Specific remote lectures and training by SVI staff for you and your colleagues Course and Workshop Support: materials and temporary licenses when you organize a course in your facility or institute. Can also include specific remote lectures. Participation in Huygens User Group Meetings, during which latest developments will be presented (and customer feedback is evaluated) and our experts will work with you on your data. Access to the extensive customer-only SVI Wiki, with FAQ, Tutorials, up-to-date manuals, and articles on for example deconvolution, imaging pitfalls, and visualization and analysis Default every year free migration of your license to new hardware (same or different OS) Default every year right to swap or migrate basics or options by paying the delta (if any) between original purchase and current listprice. The right to migrate the Huygens license to another Department or to take it along to another university if the owner-scientist moves there for Huygens licenses with valid maintenance while not overstepping it's migration rights. The former license(s) must be deleted fully while the former owner must make a written statement of approval. Price of maintenance: Annually 9% of the current list price at the moment of renewal of maintenance. Unfortunately, because Mac OSes demand significant more support from our software development team, we are forced to apply an annual maintenance fee for Mac Oses of 11% of the current list prices. License Migrations and Incidental Upgrades. Your needs in deconvolution may change. Our product-range is broadened continuously. If you want to migrate from one to another (new) Basic or Option you can do so by paying the price difference (if any) between the two. Moving your license to a different Operations Systems (Windows, Mac or Linux) is seen as a new Huygens SysID and included in your valid maintenance contract. When out of maintenance, we offer an upgrade alone for 7% per year out of maintenance (of current total list price). If you decide to combine M&U for one or more years with an upgrade of your license, you need to pay an upgrade for 5% per year out of maintenance and the M&U fee from the month the new license is issued. When you need to move your Huygens license with an older version number to another computer (same OS) while your maintenance has expired you may do so for an administrative fee. The former license must be removed and this right is strictly limited to moving the Huygens license within the same group. Ph: fax: Bank: ABN-AMRO, BIC code ABNANL2A IBAN code NL45ABNA Ch.C URL:

8 Scientific Volume Imaging b.v. Scientific Volume Imaging b.v. Laapersveld VB Hilversum The Netherlands Order I herewith order in accordance with this quote (Q471.12) the above product for the above price. Line 10 # YES NO Date Place Name Signature Amount ordered Euro VAT # Vendor SVI VAT # Customer NL B (For EU Member-State customer) If you decide to order our software there are the following options for payment: (1) For customers who want to pay directly from their bank-account: IBAN code beneficiary : NL45ABNA BIC code beneficiary : ABNANL2A Currency : Euro Bank name : ABNAMRO Account number of beneficiary : Name of beneficiary : Scientific Volume Imaging bv (2) For customers who want to pay with a money-order/bank-check from your bank to ours. Please fill in our company name as beneficiary, the exact amount and currency, plus invoice-number. (3) For customers who want to pay with VISA or MASTER card: Please fax us the following: a. Card-number b. Security code (3 digits at the back of your card) c. Expiry date of the card (MM/DD/YYYY) d. Copy of the credit-card faxed to (if possible) e. Copy of the driver's license of the owner of the card faxed to (if possible) f. Your signature: Thank you for ordering our software! Ph: fax: Bank: ABN-AMRO, BIC code ABNANL2A IBAN code NL45ABNA Ch.C URL:

9 Der NMFZ Antrag auf eine Förderung der Huygens Dekonvolutions Software wird von folgenden Gruppenleitern unterstützt: Prof. Bernd Kaina, Institut für Toxikologie Prof. Heiko Luhmann, Institut für Physiologie und Pathophysiologie Prof. Beat Lutz, Institut für Physiologische Chemie Prof. Robert Nitsch, Institut für Mikroskopische Anatomie und Neurobiologie Prof. Albrecht Stroh, Institut für Mikroskopische Anatomie und Neurobiologie Dr. Eva Maria Krämer Albers, Abteilung Molekulare Zellbiologie Prof. Thomas Efferth, Institut für Pharmazie und Biochemie Prof. Gerd Technau, Institut für Genetik Prof. Jacqueline Trotter, Abteilung Molekulare Zellbiologie Prof. Uwe Wolfrum, Institut für Zoologie Prof. Gottfried Unden, Institut für Mikrobiologie und Weinforschung Prof. Hans Zischler, Dekan Biologie Prof. Christof Cremer, Institut für Molekulare Biologie Prof. Christoph Niehrs, Institut für Molekulare Biologie Prof. René Ketting, Institut für Molekulare Biologie Dr. George Reid, Institut für Molekulare Biologie Dr. Holger Richly, Institut für Molekulare Biologie Dr. Jean Yves Roignant, Institut für Molekulare Biologie Die Unterstützung durch die ZDV (Prof. A. Brinkmann) und die Mikroskopie Core Facility (Dr. A. Vonderheit) des IMB ist gesichert.

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