Von Excel zu SQL-Servern: Servern: das Internet bietet neue Möglichkeiten der Zusammenarbeit
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- Stephan Berg
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1 Von Excel zu SQL-Servern: Servern: das Internet bietet neue Möglichkeiten der Zusammenarbeit - Pesticides-online - mios - Genomdatenbanken Ellen Scherbaum, Gabriele Steiner, Matthias Contzen Chemisches und Veterinäruntersuchungsamt Stuttgart 24. Juni 2010
2 Gliederung Rückstandsanalytik von Pflanzenschutzmitteln Pesticides Online, CRL Datapool Bedarfsgegenstände mios Molekularbiologie GenBank Folie 2, 24. Juni 2010
3 Pflanzenschutz - Anzahl verschiedener Wirkstoffe mehr als 1500 mehr als 400 mehr als 200 Folie 3, 24. Juni 2010
4 Zentrallabor Pestizide in pflanzlichen LM Ziel: is vorhandene a challenging Pestizidrückst task ckstände möglichst umfassend ermitteln Hunderte Pestizide mit verschiedensten Eigenschaften Polarität, Stabilität Hunderte of Waren unterschiedlichster Zusammensetzung Sehr niedrige Bestimmungsgrenzen (Babynahrung, Bio ) Vertiefte Kenntnisse und Erfahrung mit der Messtechnik erforderlich Viele Befunde (z.b. >30 in einer Rosinenprobe) Folie 4, 24. Juni 2010
5 Wunsch: Alle Pestizide in allen Matrices bestimmen Ist nicht zu schaffen!! * weltweit mehr als 1500 Folie 5, 24. Juni 2010
6 Zentrallabore, Messgeräte effektive Probenaufarbeitung sind Voraussetzung, aber Wichtig ist nicht nur wie man analysiert sondern auch was man analysiert! Prioritäten auf der Grundlage von Informationen setzen... aber wie?
7 Frühling Winter Sommer Herbst ES SIND ZAHLREICHE KRITERIEN ZU BERÜCKICHTIGEN... Multi-Methoden MRL O Cl Cl C NH N F O C F O NH C O Cl NH OCF 2 CHF 2 Cl H CCl 3 Cl Einzelbestimmungs Methoden ARfD ADI PESTIZID- ANWENDUNGEN Folie 7, 24. Juni 2010
8 Viele Informationen gibt s s schon Über: Pestizide Rechtsvorschriften Pestizid-Anwendung Warengruppen Pestizid-Befunde Extraktionsmethode INFO Quellen weit verstreut strategisch planen ist schwer Gefunden in/bei bei: Bücher Veröffentlichungen Internet Labore EFSA BVL BfR Codex Folie 8, 24. Juni 2010
9 unsystematisch WWW Folie 9, 24. Juni 2010
10 was tun? Ab 1996: Excel-Datei Access-Datenbank (deutsch) Pesticides Online 2002 Überführung in englische DB Überführung in SQL-DB CRL Datapool seit 2007 SQL (Structured Query Language) Abfragesprache für relationale Datenbanken Folie 10, 24. Juni 2010
11 Datenbank WWW Common Data-Pool Folie 11, 24. Juni 2010
12 Pesticides-Online Wikipedia-Prinzip Eine Sammlung von Rückstandsdaten von 79 Labors Insgesamt enthalten sind Daten über: ~ 11,4 Mio Ergebnisse Ergebnisse von Pestiziduntersuchungen, wobei ~ 286,000 davon positive Pestizid-Befunde betreffen. Folie 12, 24. Juni 2010
13 Pesticides-Online www online.com - Residue Data Rückstandsbefunde für 818 Pestizide/Metabolite 352 Probenarten 150 Herkunftsländern ndern - Online-Diskussionsforum - Anwendung von Pestiziden Folie 13, 24. Juni 2010 ASEAN, Sept 2007, Page 13
14 Data Pool for Residues of Pesticides Website: Pesticides Method Validation Data Folie 14, 24. Juni 2010
15 CRL-Data Pool: Pesticides Pesticides Folie 15, 24. Juni 2010 Informationen zu >1000 Pestiziden und Metaboliten
16 CRL-Data Pool: Method Validation DB ca Wiederfindungsdaten: QuEChERS-Methode (CEN): ChemElut-Methode (CEN): Ethylacetat-Methode (CEN): Gezielte Online Suche möglich von CODEX & CEN empfohlen Folie 16, 24. Juni 2010 Insgesamt Wiederfindungsdaten über 640 Pestizide & Metabolite
17 Nordamerika/Karibik 8 Länder US 70, CR 8, CA 3... EUROPA 40 Länder DE 458, IT 206, ES 179, FR 85, CH 58, UK 44, NL ASIEN 25 Länder IN 66, CN 63, JP 51, SK 21, SA 19, SG User 57 Mai 2010: 2263 Nutzer aus 103 Ländern S. AMERICA 6 Länder BR 60, ARG 56, CL Folie 17, 24. Juni 2010 AFRICA 17 Länder EG 15, MA 7, ZA 10, TN 6... OZEANIEN 1 Land AUS 44
18 Besucher von Pesticides-Online & CRL-Datapool Besuche Besuche Besuche Besuche Besuche I 2005 II 2005 III 2005 IV 2006 II 2006 II 2006 III 2006 IV 2007 I 2007 II 2007 III 2007 IV 2008 I 2008 II 2008 III 2008 IV 2009 I 2009 II 2009 III 2009 IV Folie 18, 24. Juni 2010
19 Bedarfsgegenstände nde...sind Verbraucherprodukte... Körperkontakt Mundschleimhautkontakt Spielwaren Haushaltschemikalien Reinigungs- und Pflegemittel Lebensmittelkontakt Folie 19, 24. Juni 2010
20 Bedarfsgegenstände nde oberstes Ziel der Überwachung berwachung: berwachung Schutz des Verbrauchers vor Gesundheitsgefahren Ermittlung der gesundheitlich relevanten Stoffe glicher Übergang bergang von Stoffen möglicher Expositionsbetrachtung Beurteilung Folie 20, 24. Juni 2010
21 Bedarfsgegenstände nde Werden Stoffe abgegeben? Untersuchungen zum Übergang von Stoffen Migration = Wanderung Lebensmittel Kontaktmaterial Folie 21, 24. Juni 2010
22 MioS: Migration of Substances CVUA Stuttgart im Auftrag des Bundesgesundheitsministeriums erstellt Enthält Migrationsdaten, die analytisch bestimmt wurden 3 Bände Folie 22, 24. Juni 2010
23 Die Story von Mios... Access-Datenbank CVUA Stuttgart 2001 Folie 23, 24. Juni 2010
24 Die Story von Mios... Ab 2006 Folie 24, 24. Juni 2010
25 Willkommen bei mios-online online Ein Klick genügt z. B. Nitrosamine in Luftballons und Speicheltestlösung sung Folie 25, 24. Juni 2010
26 Wie funktioniert mios? Folie 26, 24. Juni 2010
27 Was steckt hinter mios-online? online? Migrationsdaten 538 migrierende Substanzen 271 Testsimulanzien/Testlebensmittel...eine ganze 349 Prüfgegenst fgegenstände nde Menge Arbeit...und... Folie 27, 24. Juni 2010
28 Was ist das Ziel von mios? Sammeln und Bereitstellen von Migrationsdaten als Grundlage für die Durchführung eigener Untersuchungen den Abgleich mit Analysenbefunden zur Festlegung von Migrationsgrenzen (wichtig für Produzent/Hersteller und Gesetzgeber) Folie 28, 24. Juni 2010
29 Ende 2008 ging mios online! inzwischen sind es 120 Nutzer aus 24 Ländern Folie 29, 24. Juni 2010
30 Wie geht es weiter? Pressemitteilung 30. November 2005 LEBENSMITTELSKANDAL AUF ITALIENISCH Tinte im Tetra-Pak? Während Deutschland sich wegen Gammelfleisch-Funden sorgt, hat Italien einen eigenen Lebensmittelskandal: Wiederholt wurde in verschiedenen Nahrungsmitteln Tinte gefunden - dieses Mal sollen Tetra-Paks mit Säften und Sahne betroffen sein. Die Datenbank wird erweitert und auf Werte in verpackten Lebensmittel Druckchemikalie ITX kontaminiert Apfel- und Gemüsesäfte bei Aldi und Lidl angepasst! Im Auftrag der Deutschen Umwelthilfe e.v. (DUH) untersuchte Säfte in Kartonverpackungen zeigen teilweise erhebliche Verunreinigungen mit Isopropylthioxanthon (ITX) DUH verlangt von Aldi und Lidl Entfernung aus dem Sortiment Folie 30, 24. Juni 2010
31 Analyse von Gen-Sequenzen Zelle (z.b. Bakterium, Pflanze, Tier) Spezifische Gen-Sequenz Erbgut (z.b. DNA) Adenin-Thymin Guanin-Cytosin Gene (aus Nukleotidbausteinen) Folie 31, 24. Juni 2010
32 Organismen lassen sich anhand spezifischer Gen-Sequenzen identifizieren und klassifizieren Was wird hierzu benötigt? Gen-Sequenz des zu untersuchenden Organismus muss ermittelt werden möglichst große e Zahl von Gen-Sequenzen zum Vergleich muss vorliegen Automatisiertes Verfahren zum Vergleich der Gen-Sequenzdaten Folie 32, 24. Juni 2010
33 Ermittlung von Gen-Sequenzdaten z.b. aus Bakterien: Isolierung des Erbguts (DNA) Vervielfältigung spez. Gen-Bereiche (PCR-Amplifikation) Lesen der Sequenzdaten (Gen-Sequenzierung) Folie 33, 24. Juni 2010
34 GenBank ncbi.nlm..nlm.nih nih.gov gov/genbank genbank seit 1982, am NCBI seit 1992 NCBI: The National Center for Biotechnology Information, USA Im Verbund mit der European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database (EMBL) und der DNA Databank of Japan (DDBJ) Gezielte Suche nach bestimmten Gen-Sequenzen Vergleich von Gen-Sequenzen untereinander Hinterlegung eigener Sequenzdaten (BankIt( BankIt) Folie 34, 24. Juni 2010
35 GenBank Über 100 Mio. Gen-Sequenz-Einträge für über Organismen (Mikroorganismen, Pflanzen, Tiere; 2008) Open access / offene Datenbank, d.h. JEDER kann Sequenzen übermitteln (das tun auch die CVUÄ) inhaltliche Prüfung findet durch GenBank- Personal statt, Prüfung der Qualität der übermittelten Daten ist aber nicht möglich! VORSICHT! Folie 35, 24. Juni 2010
36 GenBank Vergleich von Sequenzen zur Identifizierung von spezifischen Genen oder Organismen (BLAST) Folie 36, 24. Juni 2010
37 GenBank?!? Folie 37, 24. Juni 2010
38 GenBank Hinterlegung eigener Sequenzdaten (BankIt) Folie 38, 24. Juni 2010
39 Globale Warenströme Lebensmittelüberwachung ist Kontrolle der Eigenkontrolle Die Qualität der Labore überall auf der Welt ist entscheidend für die Verbrauchersicherheit hier im Land Folie 39, 24. Juni 2010
40 Unverzichtbar... Michelangelo Anastassiades Hubert Zipper Manfred Edelhäuser Petra Noll Wolfram Zeit Maria Roth Und...das Pestis-Team, das Bedarf- Team, das PCR-Team Folie 40, 24. Juni 2010
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