IV. Kurse der ZMF-Akademie

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1 IV. Kurse der ZMF-Akademie Bei den unter dem Schlagwort ZMF Akademie am ZMF laufenden Kursen handelt es sich um Spezialkurse der Fachabteilungen (Core- Facilities). Diese Spezialkurse werden auf KundInnenanfrage angeboten und ermöglichen es, sich umfassendes wissenschaftliches Fachwissen anzueignen, sowie in bestausgestatteter Umgebung Praxiserfahrungen zu sammeln. Das Angebot der ZMF Akademie wird laufend erweitert und auf die Bedürfnisse der KundInnen abgestimmt. Kurs / Topic Inhalt / Contents KursleiterIn / Lecturer Basis qrt-pcr Workshop Dauer: 16 Stunden Voraussetzungen: Umgang mit Pipetten (erwünscht) Basis DNA Cloning Workshop Dauer: 16 h Voraussetzungen: Umgang mit Pipetten (erwünscht), grundlegende Kenntnisse über DNA und PCR von Vorteil Grundlagen der PCR und Sanger DNA Sequenzierung Dauer: 12 h Voraussetzungen: Umgang mit Pipetten (erwünscht), grundlegende Kenntnisse übe DNA und PCR von Vorteil Grundlegende Theorie zu qrt-pcr, Master Mix Berechnung, Herstellung und pipettieren einer qrt-pcr, Cycler Programmieren, Visualisierung von PCR Produkten am Gel, Theorie zu PCR Optimierung und Primer Design mit Primer3, Datenauswertung Plasmidkarten, Plasmide mittels RFLP kontrollieren, Umklonierung von Fragmenten in einen anderen Vektor, TA Klonierung von PCR Produkten und blue/white selection, Mini Prep von Übernachtkulturen, Anlegen von Glycerolstocks, gängige Programme zur Plasmidkartenverwaltung und Klonierungsplanung Primer Design für Primer Walking, PCR Reaktion ansetzen, Cycler Programmierung, PCR Visualisierung am Agarosegel und Aufreinigung der PCR Reaktion, Sequenzier PCR (f und r), Aufreinigung der Sequenzier PCR, Starten des Sequenzierlaufs, Analyse einfacher Elektropherogramme. Dr. Ingeborg Klymiuk Leiterin der Core Facility Molekularbiologie Dr. Ingeborg Klymiuk Leiterin der Core Facility Molekularbiologie Dr. Ingeborg Klymiuk Leiterin der Core Facility Molekularbiologie

2 Basics of chromatography Duration: 4 h Prerequisites: Basics in chemistry Basics of mass spectrometry Prerequisites: Basics in chemistry and physics Basics of lipid analysis Prerequisites: Basics in chemistry; Lab experience at college level HPLC practical Prerequisites: Basics in chromatography; Lab experience at college level GC-MS practical Prerequisites: Basics in chromatography & mass spectrometry; Lab experience at college level LC-MS practical Prerequisites: Basics in chromatography & mass spectrometry; Lab experience at college level Theoretical principles of chromatography; stationary phases; HPLC; GC; applications Theoretical principles of mass spectrometry; ionization techniques; mass analyzers and detectors; coupling with separation devices; applications Basics of lipids; lipid extractions, particularities of lipids; hands on lipid extraction; pitfalls in lipid analysis Sample extraction and preparation; basic handling of an HPLC-UV instrument; data acquisition; data integration and processing Sample extraction; derivatization techniques; basic GC-MS handling; data acquisition; data processing Sample preparation; basic LC-MS handling; data acquisition by LC-MS; data processing; data analysis

3 Cytotoxicity testing Prerequisites: cell culture Organelle staining by vital stains and immunocytochemistry Prerequisites: none Zellkultur Basiskurs Dauer: 16 h Introduction to cytotoxicity screening with explanation of the most common screening assays (formazan bioreduction, neutral red, ATP-content, etc.) and of specific assays for membrane integrity, mitochondrial damage, and oxidative stress. Troubleshooting. Practical part: exposure, morphological evaluation, performance of MTS, LDH, and JC-1 assay of cells to a toxic compound. Principles of organelle staining (stains for life/fixed cells dyes/antibodies), dye staining principles (enzymatic activity/physical interactions), immunocytochemical detection (controls, choice of detection technique), multicolor staining. Practical part: life organelle staining, immunocytochemical detection of lysosomes, co-localization of different markers. Das im Theorieteil gewonnene Wissen mit folgendem Inhalt: Sterile Arbeitstechnik, Kulturmedien und Zusätze, Subkultivierung von adhärenten Zellen und Suspensionskulturen, Kryokonservierung und Auftauen, Morphologische Beurteilung und Zählen von Zellen, Kontaminationen, Mycoplasmendetektion und Eliminierung wird anschließend im Praxisteil umgesetzt. Grundlegende Voraussetzungen und Techniken für die tägliche Arbeit mit Zellen und somit die Voraussetzung für eine qualitativ hochwertige Zellkultur soll in diesem Workshop vermittelt werden. Priv.-Doz. Dr. Eleonore Fröhlich Leiterin der Core Facility Mikroskopie Priv.-Doz. Dr. Eleonore Fröhlich Leiterin der Core Facility Mikroskopie Dr. Heimo Strohmaier und Priv.-Dor. Dr. Beate Rinner Leiter und Stv. Leiterin der Core Facility FACS

4 Basics of Flow Cytometry Dauer: 16 h Zellkultur Troubleshooting Dauer: 8 h Voraussetzungen: Vorkenntnisse in Zellkultur Primärkultur Dauer: 16 h Voraussetzungen: Vorkenntnisse in Zellkultur Training in "Good Clinical Practice" Duration: 2 h Prerequisites: none Electron Microscopy (EM) I Prerequisites: none Basiswissen und Kenntnisse über praktische Anwendungen der Durchflusszytometrie sollen vermittelt werden. Praktische Anwendungen mit Hands-On-Möglichkeiten dienen der Erarbeitung eigenständiger Problemlösungsstrategien, wie sie im Flow-Alltag tatsächlich benötigt werden. Schlechtes Zellwachstum und Kontaminationen führen zu Ausfällen bei der Arbeit im Zellkulturlabor. Die richtige Auftau- Einfriermethode und Aussaat führt zu reproduzierbaren und qualitativ hochwertigen Ergebnissen. Mit Hilfe anschaulicher Beispiele sollen Fehler vermieden und somit die Routinearbeiten in der Zellkultur verbessert werden. Die Vermeidung, das Er- kennen und die Suche von Fehlern in der Zellkultur und die da- zu passenden Lösungen stehen im Vordergrund dieses Kurses. Optimale Kultivierungsmethoden, mechanische sowie enzymatische Methoden werden für die Isolierung von Primär- zellen in diesem Kurs behandelt. Charakterisierungsmöglich- keiten werden theoretisch vorgestellt. Good clinical practice guidlines refer an international quality standard that is provided by the International Conference on Harmonisation (ICH). GCP guidelines include standards on how clinical trials involving human subjects should be conducted. Basics of electron microscopy; sample preparation and interpretation. Scanning and transmission electron microscopy Dr. Heimo Strohmaier und Priv.-Dor. Dr. Beate Rinner Leiter und Stv. Leiterin der Core Facility FACS Dr. Heimo Strohmaier und Priv.-Dor. Dr. Beate Rinner Leiter und Stv. Leiterin der Core Facility FACS Dr. Heimo Strohmaier und Priv.-Dor. Dr. Beate Rinner Leiter und Stv. Leiterin der Core Facility FACS Martina Brunner, MSc Leiterin der Core Facility Clinical Research Center Dr. Dagmar Kolb Lenz und Priv.-Doz. Dr. Gerd Leitinger Leiterin und Scientific Director der Core Facility Ultrastrukturanalyse

5 Electron Microscopy (EM) II Prerequisites: Basic EM course I is required for course II Electron Microscopy (EM) III Prerequisites: Basic EM course I is required for course III From 2D to 3D EM Data - Electron Tomography Cryo EM techniques for biomedical application Dr. Dagmar Kolb Lenz und Priv.-Doz. Dr. Gerd Leitinger Leiterin und Scientific Director der Core Facility Ultrastrukturanalyse Dr. Dagmar Kolb Lenz und Priv.-Doz. Dr. Gerd Leitinger Leiterin und Scientific Director der Core Facility Ultrastrukturanalyse Datenerfassung und Datenmanagement Dauer: 2 h SPSS Basiskurs Teil 1 Dauer: 6 h Voraussetzungen: Datenerfassung und Datenmanagement; Statistik Grundlagen (erwünscht) Datenerfassung, Datenimport, Anlegen einer Daten-, Outputund Syntaxdatei, Aufrufen und Speichern einer Datendatei, Datenaufbereitung im SPSS, Kodierung von Variablen, Skalentypen, Sortieren von Daten, Zusammenfügen von Dateien: Fälle hinzufügen, Zusammenfügen von Dateien: Variablen hinzufügen, Fälle auswählen (Filtersetzen), Generierung und Transformierung von Variablen, Umkodieren von Variablen, Plausibilitätskontrolle und Ausreißeranalyse Deskriptive Statistiken: Häufigkeitsverteilung und Statistische Kennwerte, Normalverteilungsüberprüfung, 2-Stichprobenvergleich für unabhängige Messungen (T-Test/Welch-Test bzw. U-Test), 2-Stichprobenvergleich für abhängige Messungen (T-Test bzw. Wilcoxon-Test), Grafische Darstellung der Ergebnisse (Histogramme, Boxplot)

6 SPSS Basiskurs Teil 2 Dauer: 8 h Voraussetzungen: Datenerfassung und Datenmanagement, Statistik Basiskurs Teil 1; Statistik Grundlagen (erwünscht) Studienplanung Dauer: 4 h Voraussetzungen: Statistik Grundlagen (erwünscht) Fehler und Fallen in der Statistik Dauer: 4 h Voraussetzungen: Statistik Grundlagen (erwünscht) k-stichprobenvergleich für unabhängige Messungen (einfaktorielle Varianzanalyse/ Kruskal-Wallis-Test) k-stichprobenvergleich für abhängige Messungen (einfaktorielle Varianzanalyse mit Messwiederholung vs. Friedman Test) 1-dimesionaler Chi-Quadrat Test 2*2 Chi-Quadrat Test Mc-Nemar Test Literaturrecherche, Formulierung von Nullhypothese und Alternativhypothese, Entwicklung eines Studiendesigns, Fallzahlplanung, Poweranalyse, Ethikkommissionsantrag Dieser Kurs ist eine Einführung in die häufigsten Fehler und Fallen der Statistik. Fehler und Fallen in Bezug auf Studien- planung, Datenanalyse, Dateninterpretation, Dokumentation und Präsentation. Die häufigsten Fehlerarten werden anhand mehrerer Beispiele, entnommen von wissenschaftlichen Journalen, diskutiert. Nach erfolgreicher Absolvierung des Kurses sind die Kursteilnehmer in der Lage, wissenschaftliche Arbeiten kritisch zu lesen und die verwendeten statistischen Methoden in Frage zu stellen. Der Kursteilnehmer erlangt in diesem Kurs das Wissen, offensichtliche Fehler einfacher statistischer Modelle zu erkennen und statistische Ergebnisse zu verstehen.

7 Statistische Datenanalyse mit Graph-Pad PRISM Dauer: 2 Tage Dieser Kurs ist eine Einführung in statistische Methoden mittels der Statistiksoftware GraphPad PRISM. Die Kursteilnehmer lernen hier die Software GraphPad PRISM zu bedienen. Um das Wissen zu verstärken, werden zahlreiche Beispiele am Computer gerechnet und anschließend gemeinsam mit der Kursleiterin interpretiert und diskutiert. Kursinhalte sind Plausibilitäts- Checks der Daten, Voraussetzungsüberprüfungen, Fallzahlberechnungen, Datenmanagement (Kodierung von Variablen, Generierung und Transformierung von Variablen, Ausreißerdiagnostik), deskriptive Statistik (Häufigkeitsverteilungen & statistische Kennwerte), Gruppenvergleiche (unabhängiger und abhängiger T-Test, diverse non-parametrische Testverfahren), Korrelationen, Chi2-Test und Fischer s exakt Test. Nach erfolgreicher Absolvierung des Kurses sind die Kursteilnehmer mit den grundlegenden statistischen Methoden vertraut und können statistische Resultate interpretieren und visualisieren (Histogramme, Boxplots, Streudiagramme, Balkendiagramme). Der Kursteilnehmer erlangt die Fähigkeit, geeignete statistische Tests für die unterschiedlichsten Daten auszuwählen und diese mit der Software GraphPad PRISM auszuwerten. Der Kurs wird interaktiv gestaltet.

8 Spezialkurse Auf Anfrage Voraussetzungen: Statistik Grundlagen SPSS-Basiskenntnisse Basis Kurs R Dauer: 2 Tage Komplexe statistische Analysemethoden (wissenschaftliche Papers kritisch lesen, Regressionsanalyse, Clusteranalyse, Survival Analyse, non-parametrische Analysen für kleine Stichproben, etc.). Dieser Kurs ist eine Einführung in der Statistiksoftware R. Die Kursteilnehmer lernen hier die Software mit RStudio Grafische Oberfläche zu bedienen. R ist ein Werkzeug zur statistischen Datenanalyse und zur grafischen Darstellung der Daten bzw. der Ergebnisse. Inhalte: Grundlagen von R, Installation des Basispakets und von Erweiterungspaketen, Graphische Benutzerschnittstellen (GUIs) für R, Allgemeiner Umgang mit RStudio, Arbeiten mit Paketen, Allgemeine Hilfemöglichkeiten, Datentypen in R, Daten einlesen & schreiben, Datenmanipulation, Anwendung von Funktionen. Ein erster Einblick in die Arbeit mit Funktionen. Einfache statistische Berechnungen (Mittelwert, Varianz, Median, etc.). Grafikerstellung und einfache Grafiken (Histogramme, Boxplots, Balkendiagramme, etc.). Der Kurs wird interaktiv gestaltet. Dr. Slave Trajanoski Büro für Bioinformatik

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