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1 Arbeitsalltag erleichtern mit der und Shell-Skripten Institut für Numerische Simulation, Universität Bonn Seminarreihe Technische Numerik I

2 und ihre Variablen Kommandozeilentools Einfache Skripte Höhere Skriptkunst BASH I

3 Wozu Skripte schreiben? Mist, die Resultate in meiner Text-Datei sind falsch formatiert! Ich möchte den eigenen Code mit einer Liste von Parameter nacheinander aufrufen Wieviele Sauerstoffatome waren nochmal in meinem Molekül? Wenn ich bloß auch solche coolen PBS-Skripte für den Rechencluster Himalaya schreiben könnte... I

4 Die UNIX-Philosophie Programme erfüllen einen ganz speziellen Zweck. Programme sind klein. Durch Zusammenschalten kleiner Programme lassen sich mächtige Aufgaben lösen. Pendant Die kleinen Programme entsprechen mächtigeren Befehlen in einer Programmiersprache, bspw. solche die aus externen Bibliotheken geladen werden. I

5 Definition text="hallo" text2="hallo Dies ist ein Test" nr=2 array=( ) textarray=("hallo" "Du" "da") textarray2=(hallo Du da) null= Ausgabe mit echo $text ${text} ${text}2 $array ${array[*]} ${#array[*]} ${array[2]} ${textarray[$nr]} ${textarray2[1]} Hallo Hallo Hallo da Du BASH I

6 Aufruf \$ \\ \" $_ $? $$ $BASH $HOME $HOSTNAME $IFS $PWD $OLDPWD $PS1 Sonderzeichen Letztes Argument Exit status Process ID -Executable Home-Verzeichnis Hostname Feld-Separator aktuelles Verzeichnis altes Verzeichnis Kommandprompt $ \ "../dir/foo.bar /bin/bash /home/heber bespin \n /home/heber/ /media/work > I

7 Kleiner Rechenspass i=0 i=0 let i=$i+1 i=1 expr $i $(($i+1)) 2 $((i+1)) 2 (( i += 1)) i=2 double=2.5 double="2.5" $((double+4.5)) invalid arithmetic operator I

8 Variablenmanipulation text="hallo" ${#text} ${Hallo:2} ${Hallo:2:1} text="hallo Du da" ${text#hallo} ${text%da} ${text/hallo/hello} text="hallo Hallo" ${text/#hallo/hello} ${text/%hallo/hello} Hallo 5 llo l Hallo Du da Du da Hallo Du Hello Du da Hallo Hallo Hello Hallo Hallo Hello I

9 und was sie machen dienen dazu, die Ausgabe eines Programms als Eingabe (nicht als Parameter!) für ein anderes zu verwenden. Vorstellen kann man sich das als ein File (/dev/stdout oder /dev/stderr), welches das erhaltende Programm als (/dev/stdin) einliest. /Kürzel verbindet stdout des linken Befehls mit stdin des rechten Befehls. <bar.txt liest aus bar.txt als wäre es stdin. >foo.txt speichert stdout in foo.txt. >>foo.txt hängt stdout an foo.txt an. 2>foo.txt speichert stderr in foo.txt. 2>& 1 stderr werden über stdout ausgegeben. $>foo.txt speichert stdout und stderr in foo.txt. BASH I

10 Viele nützliche kleine... tee T-Stück der, mit dem der Fluß in ein File abgezweigt werden kann. cat liest aus einem File und/oder schreibt in ein File. wc zählt Buchstaben, Wörter und Zeilen. grep durchsucht stdin oder ein File nach Stichwörtern oder regulären Ausdrücken. tr führ Buchstabenersetzungen aus, bspw.. gegen,. xargs führt den Befehl in den Parametern mit jeder Zeile aus stdout als letzten Parameter aus. I

11 $ cat <text.txt Die Hinterreifen schleuderten. Rutschend in der Gischt zog der Wagen herum. Die Leitplanke, welche die erste Spur plötzlich abtrennte, kam drohend auf sie zu, bereit sie aufspießen. Da schrammten sie knapp daran vorbei. Er starrte sie erschrocken an, doch sie ließ sich nicht ablenken. Ohne vom Gas zu gehen, forderte sie den Wagen die kurvige Ausfahrt hinauf und herum. Ohne zu halten und unter lautem Quietschen und Hupen in der auftauchenden Kreuzung nach links. Und setzte eine enge, lange Straße hinab. Variablenmanipulation $ cat <text.txt tee text2.txt Die Hinterreifen schleuderten. Rutschend in $ grep Rutschend text.txt Die Hinterreifen schleuderten. Rutschend in... $ wc text.txt text.txt $ cat <text.txt tr e a Dia Hintarraifan schlaudartan. Rutschand in... Dia Laitplanka, walcha dia arsta Spur $ cat <list xargs ls -l -rw-r--r-- 1 heber ag_griebel :31 text.txt BASH I

12 $ find /home/heber/tmp/mpqc/1t8o -name *.dat /home/heber/tmp/mpqc/1t8o/fragmentno.dat /home/heber/tmp/mpqc/1t8o/bondfragmentkeysets.dat $ find. -name *.dat exec ls -l {} \; -rw-r--r-- 1 heber ag_griebel :20 /home/heber/tmp/mpqc/1t8o/fragmentno.dat -rw-r--r-- 1 heber ag_griebel :40 /home/heber/tmp/mpqc/1t8o/bondfragmentkeysets.dat $ find /home/heber -path *Conferences* -name \ $ Reisekosten_erklarung_MMC2008.tex /home/heber/conferences/reisekosten_erklarung_mmc2008.tex $ find /Webpages -maxdepth 2 -mindepth 1 -type d./technischenumerik./technischenumerik/pdfs./technischenumerik/.settings./technischenumerik/code./getraenkeverwaltung./getraenkeverwaltung/.git./getraenkeverwaltung/.settings $ find /Literature/Papers -name *.pdf wc -l 650 BASH I

13 $ sed -e "s#links. Und#links, und#" text.txt...der auftauchenden Kreuzung nach links, und setzte eine... $ text="eintauch"; sed -e "s#auftauch#$text#" text.txt...der eintauchenden Kreuzung nach links. Und setzte eine... $ sed -i -e "s#in#un#g" -e "s# un# in#" text.txt Die Hunterreifen schleuderten. Rutschend in der... Hinweis sed ist ein sehr mächtiges Kommando, dessen Umfang eigene Bücher gewidmet sind. Am besten pickt man sich heraus, was man desöfteren braucht. I

14 $ echo "Dies ist ein Test." awk -F" " { print $2 } ist $... awk -F"s" { print $2 } awk -F"i" { print "."$1"." }.. $ awk { total = total + NF }; END {print total} text.txt 81 $ echo "4.5" awk { print $1+4.5 } 9 Hinweis awk ist ein sehr mächtiges Kommando, dessen Umfang eigene Bücher gewidmet sind. Am besten pickt man sich heraus, was man desöfteren braucht. I

15 Was sind Skripte? Skripte sind Ansammlungen von Befehlen, wie man sie auf der Kommandozeile eintippen würde, die nacheinander abgearbeitet werden. Beispiel #!/bin/sh # # Converts all bondfragments to another code s style and calculates CODE="nice /media/disk/install/bin/mpqc" CALL="-f \$otherconfig -o \$output" if [ -z $1 ]; then echo "Usage: $0 <molecule>" exit 1 else name=$1 fi # find fragment count digit=1 while [! -e ${name}/bondfragment printf "%0${digit}d" 0.conf ]; do let digit=$digit+1 if [ $digit -gt 10 ]; then exit 1 fi done BASH I # Bond Fragments PWD= pwd cd $name

16 #! $0 $1 $# $* $? Aufruf Shebang Skriptname erstes Argument Anzahl der Argumente Alle Argumente Alle Argumente gequoted Exitcode #!/bin/bash /home/heber/testing.sh Hallo 3 Hallo Du da "Hallo" "Du" "da" 0 I

17 Der Befehl test test kann viele verschiedene logische Ausdrücke auswerten und gibt 0 oder 1 für wahr oder falsch zurück. Beispielaufrufe test -e /home/heber/literature; echo $? 0 test -d /home/heber/literature; echo $? 0 test -f /home/heber/literature; echo $? 1 test 1 -eq 2; echo $? 1 test 1 -lt 2; echo $? 0 test "eins" \> "zwei"; echo $? 1 test "eins"!= "zwei"; echo $? 0 text="testing stuff" test -z $text; echo $? 0 test! -z $text; echo $? I

18 Was sind Skripte? Skripte sind Ansammlungen von Befehlen, wie man sie auf der Kommandozeile eintippen würde, die nacheinander abgearbeitet werden. Eingebaute Befehle Art Befehl Bedingungen if [ ]; then... else Vielfachbedingung case $i in; 1 )... ;; 2 )... ;; esac Schleife 1 for i in ; do... done Schleife 2 while [ ]; do... done I

19 in Skripten function check { # $1 success message # $2 failure message if [ $? -eq 0 ]; then if [ -z "$1" ]; then echo "done." else echo "$1" fi else if [ -z "$2" ]; then echo "failed." else echo "$2" fi fi } BASH I

20 Skriptbibliotheken Wenn man häufiger Skripte schreibt und dabei auch nutzt, dann wiederholen sich bestimmte immer wieder. Es bietet sich an, diese in ein oder mehrere Files auszulagern und zu inlinen. #$/bin/bash. check.sh echo -n "Teste code... "./code check exit 0 I

21 Skript im Skript $ text= echo hallo text="hallo" $ text=$(echo hallo) text="hallo" $ text=$(echo $(hallo="hallo";echo $hallo)) text="hallo" hallo= I

22 Dinge, die man sich merken sollte $ Letztes Argument des letzten Befehls. find. -name wowarnochmal* Files wieder finden. sed -e s#foo#bar#g config.dat >config2.dat Schnelle Textersetzungen. echo Hallo Hello awk -F print $2 Parameter herausschneiden. #!/bin/bash Skripte startbar machen. I

23 Advanced -Scripting Guide awk One-liner sed One-liner BASH I

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