Institut für Medizinische Mikrobiologie (IMM)

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1 Institut für Medizinische Mikrobiologie (IMM) Leitung in der Berichtsperiode: Prof. Dr. Erik C. Böttger Akademischer Bericht 2013 Gloriastrasse 30/32, CH-8006 Zürich T F

2 Inhaltsverzeichnis Zusammenfassung (Management Summary) 3 1. Allgemeine Einschätzung 4 2. Forschung 5 3. Lehre Weiterbildung/Fortbildung Nachwuchsförderung Gleichstellung der Geschlechter Dienstleistungen Aussenbeziehungen Akademische Selbstverwaltung Wissens- und Technologietransfer Publikationen Besondere Aufgaben und Probleme 24 2

3 Zusammenfassung (Management Summary) Nach herausfordernden Jahren struktureller Reorganisation hat sich das IMM als ein international bestens ausgewiesenes Zentrum der mikrobiologischen Forschung, eingebettet in ein hocheffizientes Dienstleistungsunternehmen, etabliert. Der wissenschaftliche Leistungsausweis des IMM und die eingeworbenen Drittmittel bewegen sich auf insgesamt hohem Niveau. Mit SNF Professor Dr. Markus Seeger konnte ein international ausgewiesener Spitzenkandidat für das IMM gewonnen werden. Ein Ausdruck der wissenschaftlichen Leistungsfähigkeit des IMM ist die Einordnung des Institutsleiters, Prof. Dr. Erik C. Böttger, in die Reihung der meistzitierten Wissenschaftler und weltweit einflussreichsten Mikrobiologen der letzten 20 Jahre (www.isihighlycited.com). Das IMM dankt dem Dekan der Medizinischen Fakultät, Prof. Dr. K. Graetz, für seine wohlwollende Unterstützung. Die insgesamt ausgesprochen positive Bilanz des IMM darf nicht darüber hinwegtäuschen, dass die Voraussetzungen für Fortbestand und Weiterentwicklung des Instituts ausgesprochen problematisch sind. Trotz schriftlicher Berufungszusagen der Universität, verbindlicher Regierungsratsbeschlüsse und persönlicher Zusagen seitens der zuständigen Regierungsdirektoren, wurde die bauliche Renovierung des Institutsgebäudes seit nunmehr 13 Jahren immer noch nicht umgesetzt. Die im Oktober 2006 von auswärtigen Experten durchgeführte Evaluation des Instituts weist auf diesen Sachverhalt nachdrücklich hin und kommt zu folgendem Schluss: "Erhalt und Weiterentwicklung der erfolgsorientierten Forschung, Lehre und Diagnostik am IMM setzen eine adäquate, räumlich und labortechnisch zeitgemässe Ausstattung voraus. Diese Bedingung ist jedoch mit Ausnahme der Laboratorien der Sicherheitsstufe 3 schon seit Jahren nicht mehr gegeben. Es ist vor dem Hintergrund der mehr als mangelhaften baulichen Gegebenheiten bemerkenswert, dass die hohe Qualität der Institutsleistungen in den vergangenen sechs Jahren überhaupt erbracht werden konnte. Mehrere Anläufe haben nicht zur erhofften Renovierung des IMM geführt, eine realistische Planungssicherheit für die Zukunftsentwicklung des IMM ist derzeit nicht gegeben." Obwohl die Universitätsleitung im Rahmen der Zielvereinbarung der Evaluation erneut zusagte einen verbindlichen Fahrplan für die bauliche Renovierung des Institutsgebäudes an der Gloriastrasse zu erarbeiten, hat sich in den 7 Jahren seit der Evaluation nichts getan ein verbindlicher Renovierungsfahrplan wurde nicht erstellt, ganz zu schweigen von einer diesbezüglichen Umsetzung. Im Akkreditierungsbericht 2013 wird gleichfalls Stellung genommen. Die Akkreditierungsstelle nimmt mit Besorgnis zur Kenntnis, dass die in der Vergangenheit lang geplante bauliche Sanierung nicht nur weiterhin verzögert wurde, sondern auch wegen der baulichen Gebäudesicherheit jegliche Planungssicherheit fehlt. Diese Ausgangslage gefährdet die Zukunft der Diagnostik, insbesondere die Sicherstellung von geeigneten Arbeitsbedingungen gemäss existierenden Normen und Vorschriften. Die Gebäudeversicherung (GVZ) hat betreffend des Verbleibes an der Gloriastrasse 30/32 klare Auflagen gemacht. Bis Mitte 2013 hätte ihr ein verbindliches Sanierungskonzept der Gloriastr. 32 vorgelegt werden müssen dies ist nicht erfolgt. Die GVZ hat unmissverständlich gegenüber den Vertretern der Universitätsleitung klargemacht, dass das Gebäude Gloriastr. 32 auf Ende 2015 zu räumen ist - notfalls mittels einer Schliessungsverfügung. Für Herbst 2014 steht die erneute Evaluation des IMM durch externe Experten an. Das IMM hat nachweisbar sämtliche in der Zielvereinbarung mit der Universitätsleitung 2008 festgelegten Massnahmen und Verpflichtungen erfüllt, während die Umsetzung der vereinbarten und schriftlich festgelegten Massnahme Die Universitätsleitung treibt die baulichen Renovierung des Gebäudes an der Gloriastrasse 32 voran durch die zuständigen Stellen kaum Fortschritte zeigt. Für die Institutsleitung und die Mitarbeiter des IMM erschliesst sich der Sinn des äusserst aufwendigen Evaluationsverfahrens nicht, wenn denn die in der Zielvereinbarung festgelegten Massnahmen und Verpflichtungen keinerlei bindenden Charakter. Unter diesen Umständen sollte auf das aufwendige Evaluationsverfahren verzichtet werden. Es ist in der Geschichte der Universität einmalig, dass vorgesetzte Stellen eine Zusage brechen, deren Notwendigkeit von allen Beteiligten unisono anerkannt wird und welche durch einen Berufungsvertrag zugesichert, durch den Regierungsrat beschlossen und durch die persönliche Zusage zweier Regierungsdirektoren bestätigt wurde. Das IMM weist darauf hin, dass sich hier verursacht durch die jahrelange Untätigkeit der verantwortlichen Stellen die Situation dramatisch zugespitzt hat, so dass jetzt eine Existenzbedrohung höchsten Ausmasses vorliegt. Damit geht einher, dass die lebensnotwendige Patientenversorgung auf dem Gebiet der Mikrobiologie für die Patienten des Universitätsspitals Zürich höchst gefährdet ist. Die Institutsleitung weist die Universitätsleitung mit Nachdruck auf die Brisanz dieses Problems hin. Die schwerwiegenden Versäumnisse und fortwährenden Fehlleistungen der vorgesetzten Stellen haben zu einer völligen Planungsunsicherheit geführt auf dieser Basis lässt sich ein modernes, der Exzellenz verpflichtetes Institut nicht führen. Die Universitätsleitung ist dringend gefordert einen Ausweg aus dieser Krise aufzuzeigen. 3

4 1 Allgemeine Einschätzung 1.1 Wo stehen wir heute: Standortbestimmung Das IMM beschäftigt rund 140 Mitarbeiter, davon werden 109 von der Universität besoldet (gemäss Stellenplan); die übrigen Mitarbeiter werden über Forschungskredite finanziert. Der Stellenplan des IMM entspricht 70.4 Vollzeitäquivalenten (VZE); er setzt sich zusammen aus akademischen Mitarbeitern, LaborantInnen, Verwaltung, Sekretariat und Logistik (Probenannahme, Hausdienst, Nährboden- und Spülküche). Das universitäre Budget wird eingesetzt für Forschungsaufgaben, Lehre, Diagnostik, Verwaltung und Infrastruktur. Der in den letzten Jahren erfolgte Ausbau der wissenschaftlichen Aktivitäten des IMM war und ist nur durch die erhebliche Einwerbung von Drittmitteln möglich. Die Diagnostik wurde auf akademischer Seite verstärkt, um die für die nächsten Jahre absehbaren Veränderungen und Entwicklungen aufzugreifen und diese an vorderster Front mitzugestalten, z.b. Implementation automatisierter Verfahrenstechniken, Integration molekulargenetischer Verfahren in diagnostische Algorithmen, Ausbau von Expertensystemen. 1.2 Wo wollen wir hin: Ziele in den nächsten Jahren In den letzten Jahren konnte die Vision eines Zentrums für mikrobiologische Forschung und Ausbildung, eingebettet in ein hocheffizientes Dienstleistungsunternehmen, und mit dem klaren Ziel der akademischen Weiterentwicklung des Fachgebiets der Medizinischen Mikrobiologie weitestgehend umgesetzt werden. Die akademische Weiterentwicklung des Fachgebiets hat seitens des IMM weiterhin höchste Priorität. Um dem wachsenden Kostendruck durch die Einführung der DRGs (Diagnostic Related Groups) zu begegnen, hat das IMM den strategischen Entscheid getroffen, die Laborprozesse weitestgehend zu automatisieren - die Umsetzung wird auf Mitte 2014 beginnen und sich voraussichtlich bis Mitte 2017 hinziehen. Die Implementation einer funktionsfähigen Laborautomatisierung in der Mikrobiologie ist Pionierarbeit und erfordert begleitend erhebliche Entwicklungsarbeit seitens des IMM, für welche entsprechende Ressourcen und Mittel zur Verfügung gestellt werden müssen. In der Finanzplanung der Automatisierung sind seitens des IMM die dazu notwendigen Rücklagen vorgesehen und bereitgestellt. Für die unmittelbare Zukunft sollen die Forschungsaktivitäten des IMM konsolidiert und auf eine breite Basis gestellt werden. Mit SNF Professor Dr. Markus Seeger konnte ein international ausgewiesener Spitzenkandidat gewonnen werden, der mit seiner Arbeitsgruppe und Forschungsausrichtung die Forschungsaktivitäten des IMM auf hervorragende Weise unterstützt und ergänzt. Als Nachfolger der Forschungsgruppe Prof. Berger-Bächi konnte mit Prof. Dr. Hubert Hilbi eine weitere international ausgewiesene Spitzenkraft rekrutiert werden. Prof. Hubert Hilbi tritt seine Stelle auf den an und wird das Gebiet der zellulären Mikrobiologie am Institut aufbauen und die bestehende Pathogenitäts- und Virulenzforschung verstärken. Mit Beginn 2014 sind somit fünf unabhängige Forschungsgruppen am IMM vertreten. 1.3 Wie kommen wir dahin: Strategien, Massnahmen Die dringend notwendige und vom Regierungsrat beschlossene Sanierung des Institutsgebäudes wurde bis dato nicht vollzogen. Die Versäumnisse der Vergangenheit schränkten und schränken das IMM in seinen Entwicklungsmöglichkeiten nachhaltig ein. Durch die Nichteinhaltung von Zusagen nahm das Institut gesamthaft, wie auch die Forschungsausrichtung und die persönliche wissenschaftliche Entwicklung des Institutsleiters nachhaltigen und erheblichen Schaden. 4

5 2 Forschung 2.1 Überblick Ein Grossteil des finanziellen Aufwands für die Forschung wird durch kompetitiv eingeworbene Drittmittel bestritten. Die Details zu den Forschungsprojekten sind in den Einträgen der Forschungsdatenbank ersichtlich (siehe Kapitel 2.3). Im Rahmen der Forschungsschwerpunkte Bakterielle Physiologie und Funktionelle Genetik, Pathogenitäts- und Virulenzfaktoren, Mechanismen der Antibiotikaresistenz, Molekulare Diagnostik und Klinische Mikrobiologie, wurden die Forschungsaktivitäten am IMM in Organisationseinheiten gegliedert (siehe Organigramm): Bacterial Physiology and Functional Genetics Unit Molecular Pathogenesis Unit Molecular Diagnostics Group Clinical Microbiology Group Antibiotic Drug Resistance Group In dieser Matrixstruktur sind die einzelnen Arbeitsgruppen mit folgenden Forschungsprojekten vertreten: Prof. E.C. Böttger - Protein Synthesis and Ribosome Function - Mechanisms of Drug Action and Resistance - Antibiotic Drug Development Prof. P. Sander - Mycobacterium tuberculosis - Lipoproteinsynthese und Proteinsekretion - Antibiotikaentwicklung - Vakzineentwicklung (zusammen mit E.C. Böttger) Prof. M. Seeger - Mycobacterial drug efflux transporters - Structural and biochemical studies of heterodimeric ABC exporters - In vitro affinity selection Dr. F. Imkamp - Mycobacterium tuberculosis - Posttranslationale Proteinmodifikation - Mechanismen der proteasomalen Proteindegradation Dr. G. Bloemberg - Molekulare Diagnostik (zusammen mit E.C. Böttger) Dr. M. Hombach - Antibiotikaresistenz (zusammen mit E.C. Böttger, G. Bloemberg, R. Zbinden) - Automatisierung (zusammen mit E.C. Böttger) Prof. R. Zbinden - Entwicklung und Evaluation diagnostischer Nachweisverfahren (zusammen mit E.C. Böttger, G. Bloemberg, M. Hombach) 2.2 Wissenschaftliche Vorträge und Kongresse Eingeladene Vorträge und Kongressvorträge P. Sander Tuberculosis research in Switzerland Tradition and prospects 22. Tuberkulose Symposium, Münchenwiler, Schweiz, E.C. Böttger Resistenz in Tuberkulosebakterien und diagnostische Empfindlichkeitsprüfung: Fakten und Irrtümer 22. Tuberkulose Symposium, Münchenwiler, Schweiz,

6 G.V. Bloemberg Wenn der MALDI nicht mehr weiter weiss Viertes Regensburger Meeting für angewandte Molekulare Diagnostik, Regensburg, Deutschland, Sequenzierbasierte Pilzdiagnostik Viertes Regensburger Meeting für angewandte Molekulare Diagnostik, Regensburg, Deutschland, Molecular detection of antibiotic resistance genes in the clinical laboratory: a road map Viertes Regensburger Meeting für angewandte Molekulare Diagnostik, Regensburg, Deutschland, P. Sander Interference with mycobacterial Zmp1-mediated subversion of the host s immune response provides a rationale for improvement of BCG Third Global Forum TB Vaccines, Cape Town, South Africa, E.C. Böttger Genetic resistance mutations and MIC distributions associated possible treatment options for MDR/XDR tuberculosis Congresso Nacional de Medicina Tropical, Lisbon, Portugal, G.V. Bloemberg Molecular mechanisms of drug resistance in non-tuberculous mycobacteria 23 nd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Berlin, Germany, E.C. Böttger Molecular diagnosis of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis 23 rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Berlin, Germany, E.C. Böttger Mycobacterium tuberculosis: antibiotics targeting protein synthesis action and mechanisms of resistance ESGMYC Workshop, Paris, France, Antibiotic susceptibility testing of tuberculous bacilli ESGMYC Workshop, Paris, France, M. A. Seeger Structure-function relationships in heterodimeric ABC exporters Gordon Research Conference: Mechanisms of Membrane Transport, South Hadley, USA, M. Hombach Standardization of disk diffusion as key issue in EUCAST times 71 st Annual Congress of the Swiss Society for Microbiology, Interlaken, Switzerland, Critical steps in full lab automation 71 st Annual Congress of the Swiss Society for Microbiology, Interlaken, Switzerland, G.V. Bloemberg Neoehrlichiosis, an emerging tick-borne disease; or not? 71 st Annual Congress of the Swiss Society for Microbiology, Interlaken, Switzerland, M. A. Seeger In vitro selection of binders against membrane transporters: challenges and opportunities Next Generation Protein Therapeutics Summit, San Diego, USA, E.C. Böttger Molecular and quantitative approaches to DST tools towards better guided TB therapy in the days of MDR and XDR 34 th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology, Florence, Italy, E.C. Böttger Structural determinants of ribosomal drug resistance and selectivity two sides of a coin Ribosome Conference 2013, Napa Valley, USA,

7 E.C. Böttger Mycobacterium tuberculosis: fitness cost and implications of drug resistance Forschungszentrum Borstel, Borstel, Deutschland, F. Imkamp Pupylation: an ubiquitin-like modification pathway in Mycobacterium tuberculosis UZH, Zurich, Schweiz, G.V. Bloemberg Neoehrlichiosis, an unusual tick-borne disease? Universität Basel, Schweiz, E.C. Böttger The fitness cost of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis 14 th IUBMB Conference Host-microbe interactions, Marrakech, Morocco, P. Sander Tuberkulose Bedrohung durch eine vergessene Zoonose? Herbsttagung der Tierärztlichen Vereinigung für Lebensmittelsicherheit und Tiergesundheit, Luzern, Schweiz, E.C. Böttger Drug resistance in Mycobacterium tuberculosis mechanisms and implications Swiss TPH Autumn Symposium, Basel, Switzerland, P. Sander Secreted virulence factors of Mycobacterium tuberculosis: Structure, function and implications for vaccine development Universität Freiburg, Deutschland, Poster und Kongressbeteiligungen 61. Jahresversammlung der Schweizerischen Gesellschaft für Pneumologie, Bern, Schweiz, Intrathecal antibody responses in Mycoplasma pneumoniae encephalitis P.M. Meyer Sauteur, B.M. Huber, C. Relly, A. Hackenberg, N. Stahr, C. Berger, G. V. Bloemberg, E. Jacobs, P. Goetschel, D. Nadal 81. Jahresversammlung der Schweizerischen Gesellschaft für Allgemeine Innere Medizin SGIM, Basel, Schweiz, Sepsis due to Candidatus Neoehrlichia mikurensis: (still) rare in humans, but not in ticks! D. Bircher, F.P. Maurer, G.V. Bloemberg, U. Karrer, J. Gubler Increasing incidence and atypical presentation of tularaemia in Switzerland U. Karrer, J. Amort, S. Polsfuss, P. Pilo, J. Gubler, G.V. Bloemberg 31 st Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), Milan, Italy, Intrathecal antibody responses in Mycoplasma pneumoniae encephalitis P.M. Meyer Sauteur, B.M. Huber, C. Relly, A. Hackenberg, N. Stahr, C. Berger, G.V. Bloemberg, E. Jacobs, P. Goetschel, D. Nadal 71 st Annual Congress of the Swiss Society for Microbiology, Interlaken, Switzerland, Clinical breakpoint changes from CLSI 2009 to EUCAST 2011 AST guidelines increase multi drug resistance rates of Gram-negative rods M. Hombach, A. Wolfensberger, S.P. Kuster, E.C. Böttger Changed beta-lactam susceptibility reports due to revised CLSI and EUCAST 2013 guidelines for Extended Spectrum Beta-Lactamases M. Hombach, B. Mouttet, G.V. Bloemberg Integrating the Xpert MTB/RIF assay in a diagnostic work flow for rapid detection of Mycobacterium tuberculosis in a low prevalence area V. Deggim, A. Somoskovi, A. Voit, E.C. Böttger, G.V. Bloemberg 7

8 Evaluation of COBAS TaqMan MTB for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in comparison with the COBAS Amplicor MTB G. Bloemberg, A. Voit, C. Ritter, V. Deggim, E. Böttger Evaluation of the AID ESBL line probe assay for rapid detection of extended spectrum ß-lactamases (ESBL) genes in Enterobacteriaceae G. Bloemberg, S. Polsfuss, V. Meyer, E. Böttger, M. Hombach Evaluation of the AID TB Resistance line probe assay for rapid detection of genetic alterations associated with Mycobacterium tuberculosis antibiotic resistance C. Ritter, K. Lucke, F. Sirgel, R. Warren, E. Böttger, G. Bloemberg Identification of molds by morphological characteristics and MALDI-TOF MS: a comparison B. Schulthess, A. Zbinden, R. Ledermann, G. V. Bloemberg, E. C. Böttger, M. Hombach Ways to improve the identification of Gram-positive rods with the Bruker MALDI Typer B. Schulthess, G. V. Bloemberg, R. Zbinden, E. C. Böttger, M. Hombach 34 th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology, Florence, Italy, Integrating the Xpert MTB/RIF assay in a diagnostic work flow for rapid detection of Mycobacterium tuberculosis in a low prevalence area V. Deggim, A. Somoskovi, A. Voit, E.C. Böttger, G.V. Bloemberg Evaluation of the AID TB Resistance line probe assay for rapid detection of genetic alterations associated with Mycobacterium tuberculosis drug resistance C. Ritter, K. Lucke, F.A. Sirgel, R. Warren, E.C. Böttger, G.V. Bloemberg Evaluation of COBAS TaqMan MTB for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in comparison with the COBAS Amplicor MTB C. Ritter, G.V. Bloemberg, A. Voit, V. Deggimand E. C. Böttger Ribosome Conference 2013, Napa Valley, USA, Synthesis of 4 -O-substituted aminoglycosides and selectivity of antiribosomal activity at the drug target level H. Boukari, D. Scherbakov, P. Freihofer, D. Perez-Fernandez, N. C. Leong, I. Kudyba, R. Patak, K. Lang, M. Meyer, S. Duscha, V. Ramakrishnan, A. Vasella, E. C. Böttger Separation of antibacterial activity and ototoxicity in the 4-monosubstituted 2-deoxystreptamine aminoglycoside apramycin S. Duscha, N. C. Leong, S.-H. Sha, M. Meyer, R. Akbergenov, D. Shcherbakov, V. Ramakrishnan, J. Schacht, and E. C. Böttger Structure based design and development of ribosomal inhibitor spectinomycin analogs J. Liu, R. Akbergenov, J.G. Hurdle, T. Matt, S. Das, A. Rakesh, M. Sherman, L. Woolhiser, P. Vaddady, B. Meibohm, A.J. Lenaerts, E.C. Böttger, R.E. Lee Structural determinants of ribosomal drug resistance and selectivity two sides of a coin D. Shcherbakov, R. Akbergenov, N.C. Leong, D. Perez-Fernandez, J. Liu,J.G. Hurdle, S. Duscha, H. Boukari, P. Freihofer, R. Lee, V. Ramakrishnan, A. Vasella, E.C. Böttger 53 rd ICAAC Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Denver, USA, Aminoglycoside selectivity at the drug target level is a major contributor to drug ototoxicity R. Akbergenov, D. Shcherbakov, S.H. Sha, N.C. Leong, M.S. Scherman, A.J. Lenaerts, A. Vasella, V. Ramakrishnan, J. Schacht, E.C. Böttger Medical Biodefense Conference 2013, Munich, Germany, Automated annotation of bacterial 16S rrna gene sequences to the species level using the SmartGene Centroid Approach S. Emler and G. Bloemberg 8

9 Anderweitige Vorträge EU Consortium TBVAC Project Presentation Les Diablerets, Switzerland, E.C. Böttger, P. Sander EIN-Unitectra Kick-off meeting Project presentation Basel,, Switzerland, P. Sander, M. Dal Molin EU Consortium PAR Final Project Meeting St. Andrews, UK, E.C. Böttger TECAN Project Presentation Männedorf, Switzerland, M. Dal Molin, P. Sander NIH Consortium Spectinamide Project Presentation Denver, USA, E.C. Böttger 2.3 Forschungsdatenbank Professur/Forschungsbereich: Böttger, Erik Christian Projektleiter/in: Böttger, Erik C. Projekttitel: Mechanisms of ribosome function Finanzquelle: SNF (Personen- und Projektförderung); EU; Foundation; Bonizzi-Theler-Stiftung Professur/Forschungsbereich: Böttger, Erik Christian Projektleiter/in: Böttger, Erik C.; Sander, Peter Projekttitel: Tuberculosis drug development Finanzquelle: EU Professur/Forschungsbereich: Böttger, Erik Christian Projektleiter/in: Böttger, Erik C Projekttitel: Drug resistance and fitness Finanzquelle: EU; Optimus Foundation Professur/Forschungsbereich: Böttger, Erik Christian Projektleiter/in: Böttger, Erik C. Projekttitel: The ribosome as drug target Finanzquelle: SNF (Personen- und Projektförderung); EU; National Institutes of Health (USA)

10 Professur/Forschungsbereich: Böttger, Erik Christian Projektleiter/in: Böttger, Erik C. Projekttitel: Structure-function relationships of ribosomal nucleic acids Finanzquelle: SNF (Personen- und Projektförderung); EU Professur/Forschungsbereich: Böttger, Erik Christian Projektleiter/in: Böttger, Erik C. Projekttitel: Molecular diagnostics in clinical microbiology Finanzquelle: Others; IMM; Optimus Foundation Professur/Forschungsbereich: Sander, Peter Projektleiter/in: Sander, Peter; Böttger, Erik C Projekttitel: Tuberculosis Vaccine Development Finanzquelle: EU Professur/Forschungsbereich: Sander, Peter Projektleiter/in: Sander, Peter Projekttitel: Lipoproteins: synthesis, localization and function in mycobacteria Finanzquelle: Universität Zürich (position pursuing an academic career); SNF (Personen- und Projektförderung) Professur/Forschungsbereich: Sander, Peter Projektleiter/in: Sander, Peter Projekttitel: Mycobacterium tuberculosis - mechanisms of virulence Finanzquelle: SNF (Personen- und Projektförderung); Foundation; Others; Swiss Lung, Opo Pharma, Wolfermann-Nägeli-Stiftung, Frieda Locher-Stiftung; EU Professur/Forschungsbereich: Sander, Peter Projektleiter/in: Sander, Peter Projekttitel: EIN-TB: Development of Novel Antimycobacterial Drugs Finanzquelle: Private Sector (e.g. Industry); ROCHE Professur/Forschungsbereich: Zbinden, Reinhard Projektleiter/in: Zbinden, Reinhard Projekttitel: Clinical microbiology and diagnostic procedures Finanzquelle: Others; IMM Professur/Forschungsbereich: Seeger, Markus A. Projektleiter/in: Seeger, Markus A. Projekttitel: Understanding multidrug efflux at a molecular level Finanzquelle: SNF Personenförderung, SNF Professorship

11 Professur/Forschungsbereich: Seeger, Markus A. Projektleiter/in: Seeger, Markus A. Projekttitel: Structure-Function relationships in transport proteins of Mycobacterium tuberculosis studied by nanobodies Finanzquelle: Foundation, Olga-Mayenfisch-Stiftung Professur/Forschungsbereich: Imkamp, Frank Projektleiter/in: Imkamp, Frank Projekttitel: Characterization of the proteasomal degradation activity in mycobacteria Finanzquelle: Novartis Stiftung für medizinisch-biologische Forschung; IMM Professur/Forschungsbereich: Imkamp, Frank Projektleiter/in: Imkamp, Frank Projekttitel: Posttranslational protein modification in mycobacteria: investigating the involvement of pupylation in stress adaptation Finanzquelle: IMM Lehre 3.1 Lehrveranstaltungen Im Kernstudium übernimmt das IMM eine tragende Rolle in der Organisation der praktischen Kurse im 3. Studienjahr. Das Institut beteiligt sich mit seinen Oberassistenten und wissenschaftlichen Abteilungsleitern an der Leitung von Masterarbeiten für Mediziner. Zusammen mit der ETH Zürich und der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich wurde der gemeinsame Studiengang "Mikrobiologie" und das Master/PhD Curriculum "Mikrobiologie/Immunologie" aufgebaut. Konzeptionell werden in den Lehrveranstaltungen bewährte Elemente (Vorlesung, Seminar, Kurs, Praktika, Skript), innovative Lehrmethoden (z.b. POL Unterricht) und elektronische Kommunikationsmedien (z.b. Intranet, Internet) eingesetzt. Neben dem Institutsleiter beteiligen sich die Mitarbeiter des Instituts an der studentischen Ausbildung. Zusätzlich zu den Lehrveranstaltungen der Medizinischen Fakultät beteiligt sich das Institut für Medizinische Mikrobiologie an der Ausbildung von Studenten der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich, der ETH Zürich sowie des Biozentrums Basel. Für eine detaillierte Übersicht der Lehrveranstaltungen wird auf die entsprechenden Vorlesungsverzeichnisse (Medizinische Fakultät, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, ETHZ) verwiesen; eine synoptische Zusammenstellung findet sich unter 3.3. Der Institutsleiter ist als mannigfacher Lehrbuchautor tätig und nimmt auch so seine Verantwortung als akademischer Lehrer wahr; er ist u.a. Mitherausgeber des Standardwerks Medizinische Mikrobiologie. 3.2 Qualitätssicherung in der Lehre Zur Sicherung der Lehrqualität werden regelmässig Evaluationen und Studentenbefragungen durchgeführt. 3.3 Teilnahme von Mitarbeitern des IMM an Lehrveranstaltungen der Universität und ETH Zürich Medizinische Fakultät Prof. E.C. Böttger Hauptvorlesung "Medizinische Mikrobiologie", MeF 622 Kurs "Medizinische Mikrobiologie", MeF 636 Arbeiten im Laboratorium: Experimentelle Mikrobiologie, MeF 844, MeF 817 Pathogenität, Resistenz, Diagnostik: Individuelle Praktika, MeF 822, MeF 847 Medizinische Mikrobiologie: Themen aus Diagnostik und Forschung, MeF 1220, MeF 1237 Pathophysiologie und Klinik: Infekt, Abwehr, Systemerkrankungen, MeF 661 Pathophysiologie und Klinik des Atmungsapparates, MeF

12 Prof. P. Sander Mantelstudium Infektion und Immunabwehr, MeF 1023 Diskussion aktueller Forschungsprojekte, Diplomanden und Doktoranden-Kolloquium, MeF 846, MeF 819 Arbeiten im Laboratorium: Experimentelle Mikrobiologie, MeF 844, MeF 817 Pathogenität, Resistenz, Diagnostik: Individuelle Praktika, MeF 847, MeF 822 Prof. M.A. Seeger Diskussion aktueller Forschungsprojekte, Diplomanden und Doktoranden-Kolloquium, MeF 846, MeF 819 Arbeiten im Laboratorium: Experimentelle Mikrobiologie, MeF 844, MeF 817 Pathogenität, Resistenz, Diagnostik: Individuelle Praktika, MeF 847, MeF 822 Dr. F. Imkamp Diskussion aktueller Forschungsprojekte, Diplomanden und Doktoranden-Kolloquium, MeF 846, MeF 819 Arbeiten im Laboratorium: Experimentelle Mikrobiologie, MeF 844, MeF 817 Pathogenität, Resistenz, Diagnostik: Individuelle Praktika, MeF 847, MeF 822 Prof. R. Zbinden Hauptvorlesung Medizinische Mikrobiologie, MeF 622 Kurs Medizinische Mikrobiologie, MeF 636 Pathophysiologie und Klinik: Infekt, Abwehr, Systemerkrankungen, MeF 661 Pathophysiologie und Klinik des Bewegungsapparates, MeF 663 Pathophysiologie und Klinik der Niere, MeF 691 Pathophysiologie und Klinik des Gastrointestinaltraktes, MeF 660 Pathophysiologie und Klinik des Nervensystems, MeF 642 Pathophysiologie und Klinik des Atmungsapparats, MeF 623 Medizinische Mikrobiologie: Themen aus Diagnostik und Forschung, MeF 1220, MeF 1237 Allgemeine Mikrobiologie und Immunologie für Zahnärzte, MeF 896 Kurs Medizinische und orale Mikrobiologie für Studierende der Zahnheilkunde, MeF 940 Dr. G. Bloemberg Hauptvorlesung Medizinische Mikrobiologie, MeF 622 Kurs Medizinische Mikrobiologie, Parasitologie und Virologie, MeF 636 Medizinische Mikrobiologie: Themen aus Diagnostik und Forschung, MeF 1220, MeF 1237 Pathogenität, Resistenz, Diagnostik: Individuelle Praktika, MeF 847, MeF 822 Arbeiten im Laboratorium: Experimentelle Mikrobiologie, MeF 844, MeF 817 Dr. M. Hombach Hauptvorlesung Medizinische Mikrobiologie, MeF 622 Kurs Medizinische Mikrobiologie, Parasitologie und Virologie, MeF 636 Medizinische Mikrobiologie: Themen aus Diagnostik und Forschung, MeF 1220, MeF 1237 Mantelstudium: Infektion und Immunabwehr, MeF 1023 Arbeiten im Laboratorium, experimentelle Mikrobiologie, MeF 844, MeF 817 Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät und ETH Zürich Prof. P. Sander Medizinische und veterinärmedizinische Bakteriologie, MNF 3460 Infectious Agents: from Molecular Biology to Disease (Seminar), ETH Molekularbiologie, Mikrobiologie (Praktikum), MNF 3524 Molekularbiologie, Mikrobiologie (Praktikum), MNF 3525 Prof. M. Seeger Biochemie II (Vorlesung), MNF 3347 Biochemie II (Übungen), MNF 3348 Dr. F. Imkamp Medizinische und veterinärmedizinische Bakteriologie, MNF3460 Molekularbiologie, Mikrobiologie (Praktikum), MNF 3524 Molekularbiologie, Mikrobiologie (Praktikum), MNF3525 Dr. G. Bloemberg Medizinische und veterinärmedizinische Bakteriologie, MNF

13 4 Weiterbildung/Fortbildung Prof. E.C. Böttger, Prof. R. Zbinden - Infektiologische Fallbesprechungen, MeF 1132, MeF Kolloquium Klinik und Mikrobiologie von Infektionskrankheiten, MeF 1202, MeF 1221 Prof. R. Zbinden - Network of expert laboratories and information tools Joint Meeting of the Club de pathologie infectieuse and the Réunion informelle of the Swiss Society for Microbiology, Bern, Switzerland, Mikrobiologie der Vaginalflora Diagnostik der bakteriellen Vaginose Weiterbildung für Ärzte der Klinik Geburtshilfe und Gynäkologie im Limmattalspital, Schlieren, Switzerland, Epidemiologie und Resistenzlage der Gonokokken Informelle Versammlung der SGM über Geschlechtskrankheiten, Bern, Switzerland, Mikrobiologische Untersuchungen Weiterbildung GZO AG Spital Wetzikon, Wetzikon, Switzerland, Dr. G. Bloemberg - Neoehrlichiosis - eine Zecken-assoziierte Infektion im Raum Zürich UNILABS Zürich, Dr. M. Hombach - Impact of changes in antibiotic susceptibility testing guidelines from CLSI 2009 to EUCAST 2011 on cumulative antibiograms in a tertiary care hospital Joint meeting of the Club de Pathologie Infectieuse and the Réunion Informelle of the Swiss Society for Microbiology, Bern, Switzerland, Das Antibiogramm Wirkweise von Antibiotika, antibiotische Resistenzbildung und Labordiagnostik BioMérieux Seminaires Suisse, Zürich, Switzerland, Antibiotikaresistenzen Bedeutung und Nachweis Careum, Zürich, Switzerland, Beta-Laktamasen Diagnostik ein aktueller Überblick Institut für Medizinische Mikrobiologie, Universität Basel, Switzerland, Weiterbildung für Masterstudenten, Doktoranden und Postdoktoranden (MeF 846, MeF 819) - General information and biosafety (P. Sander), The secretome of M. smegmatis ESX mutants (M. Dal Molin), Studying the effect of antibiotic administration on the human microbiota (M. Senn), Characterization of the M. tuberculosis proteasome (G. Cherbuin), The regulation of pupylation in mycobacteria characterization of PafB and PafC (B. Fudrini), Intrinsic antibiotic resistance and its regulation in mycobacteria (D. Sherbakov), Lipoprotein synthesis in slow growing mycobacteria (J. Brülle), Mutation in the c-di-amp cyclase daca affects fitness and resistance of methicillin resistant S. aureus. (V. Dengler), Investigating the impact of stress conditions on the expression of genes related to the mycobacterial Pup-proteasome system (M. Marchesi), Effect of aminoglycosides on translation in mammalian cells (R. Akbergenow), Expression profiling of aminoglycoside-treated eukaryotic cells using transcriptomiccs (H. Boukari), Mycobacterium abscessus (F. Maurer), Adaption of Mycobacterium smegmatis to tuberactinomycin by loss of ribosomal RNA methylation (P. Freihofer), Transcriptome analysis of aminoglycoside-treated HEK cells (R. Rimaviciute), Detection of aminoglycoside-induced UPR by using quantitative proteomics (St. Duscha), Adapting to stress- investigating the dynamics of the mycobacterial pupylome (G. Fascellaro), The secretome of Mycobacterium smegmatis (M. dal Molin), Immunological and protection studies of the tuberculosis vaccine candidate M. bovis BCG zmp (P. Selchow), Structure and Function of ABC transporters involved in drug efflux (M. Hohl),

14 Weiterbildung FAMH AssistentInnen (MeF 945, MeF 923) - Streptococcus tigurinus klinische und mikrobiologische Aspekte (A. Zbinden), Ansteigende Tularämiefälle in der Schweiz (G.V. Bloemberg), Die Entdeckung der Neoehrlichia (F. Maurer), AST testing in the routine diagnostic laboratory (P. Courvalin, Institut Pasteur, Paris, France), ) - MALDI-TOF: Tipps und Tricks (B. Schultess), Projekte zur Antibiotika-Resistenz in der diagnostischen Forschung (M. Hombach), Wenn s um Anthrax hektisch wird (R. Zbinden), Quantiferon (R. Zbinden), EUCAST prinzipielle Informationen (R. Zbinden), Comparison of IMM and EUCAST ECOFFs and EUCASTclinical breakpoints (P. Courvalin, Institut Pasteur, Paris, France), Wirkungsweise von Antibiotika (M.Hombach), Grundlagen der Antibiotikaresistenz, (M. Hombach), EUCAST: Praktische Aspekte (M. Hombach), Antibiotic resistance of Gram negative bacteria (P. Courvalin, Institut Pasteur, Paris, France), Identifikation von Hefen und Schimmeln mit dem MALDI Biotyper (B. Schultess), Genetische Resistenzprüfung bei Mykobakterien (G. Bloemberg), TB or not TB das ist hier die Frage! (F. Maurer), Antibiotic resistance interpretation rules (P. Courvalin, Institut Pasteur, Paris, France), Kolloquium Klinik und Mikrobiologie von Infektionskrankheiten (MeF 1202, MeF 1221) - Slow clearance of measles virus RNA in measles infections R. Kouyous, Zürich, Novel insights into Pseudomonas aeruginosa persistence U. Jenal, Basel, Coronavirus: large RNA viruses with growing impact V. Thiel, St. Gallen, Neutrophil extracellular traps: a new paradigm in innate immunity friend or foe I. Chapple, Birmingham, UK, Control strategies of tuberculosis in Portugal and in the community of Portuguese speaking countries M. Viveiros, Lissabon, P, Recent advances in tuberculosis vaccines N. Ritz, Basel, Update on epidemiological and pathogenic aspects of Staphylococcus aureus K. Seidl, A. Zinkernagel, Zürich, Malaria Impfung C. Daubenberger, Basel, Neue Influenzaviren L. Hangartner, Zürich, Pathogenesis of the emerging MERS-Coronavirus B.L. Haagmans, Rotterdam, NL, Pneumokokkenimpfung für Risikopersonen in der Schweiz Ch. Berger, Zürich, Stellenwert von Biomarkern in der Tuberkulose-Prävention Ch. Lange, Borstel, D, Periodontitis and citrullination in the aetiology of rheumatoid arthritis P. Venables, Oxford, UK, Novel insights into malaria transmission stage formation and tissue sequestration M. Marti, Boston, USA, Neben diesen Veranstaltungen beteiligen sich die Kadermitglieder des Instituts an der Organisation und Durchführung von Fortbildungs- und Weiterbildungsmassnahmen für Angehörige medizinisch-technischer Berufe in der Schweiz, z.b. FAMH-Ausbildung, FMH-Ausbildung, Laborantenausbildung. 14

15 5 Nachwuchsförderung 5.1 Standortbestimmung Die Nachwuchsförderung eines klinisch-theoretischen Fachgebiets wie der Medizinischen Mikrobiologie hat prinzipiell zwei Gesichtspunkte zu berücksichtigen: die Ausbildung im eigenen Fachgebiet (FAMH Medizinische Mikrobiologie) zusammen mit der Förderung des wissenschaftlich-akademischen Nachwuchses. Die Doktoranden stellen das Fundament der Forschung am Institut dar. Der Förderung junger Mitarbeiter wird auch dadurch Rechnung getragen, dass diese wo immer möglich frühzeitig in die Einwerbung von eigenen Drittmitteln eingebunden werden. Eine ausgeglichene Zusammensetzung der Forschungsgruppen stellt das notwendige Fachwissen zur Förderung des Nachwuchses sicher. Seminare, Vorlesungen, Symposien, internationale Meetings und Workshops von Universität und ETH bieten gute Weiterbildungsmöglichkeiten. Die Ausbildung in Medizinischer Mikrobiologie (FAMH) hat mit strukturellen Problemen zu kämpfen unter anderem damit, dass das FAMH Ausbildungs-Curriculum kaum vereinbar ist mit einer universitären Laufbahn. Das Curriculum wird von der FAMH Organisation festgelegt, welche als standespolitische Vereinigung nur beschränkt Interesse an der Förderung des akademischen Nachwuchses oder am Fachgebiet der Medizinischen Mikrobiologie als universitärer Disziplin hat. Weiter erschwerend ist, dass der FAMH Abschluss "Medizinische Mikrobiologie" nur in der Schweiz Gültigkeit hat; es wäre wünschenswert, dass hier seitens der Schweizerischen Gesellschaft für Mikrobiologie (SGM) Massnahmen ergriffen werden, die sicherstellen, dass diese Weiterbildung an Ausbildungsgänge in anderen Ländern angepasst wird mit dem Ziel einer EU-weiten Anerkennung des Diploms. Mediziner können im allgemeinen nur schwer für eine Laufbahn in Medizinischer Mikrobiologie gewonnen werden, nicht zuletzt deswegen weil es in diesem Fachgebiet keinen eigenen Facharzttitel (FMH) gibt, sondern nur ein FAMH Äquivalent, welches auch Nichtmedizinern offensteht. Die Schaffung eines eigenen FMH Titels Medizinische Mikrobiologie (neben dem bestehenden FAMH Titel) würde diesem Mangel Rechnung tragen und Gewähr bieten, dass sich die Medizinische Mikrobiologie auch für Mediziner als ein attraktives Ausbildungsfach darstellt. Sämtliche an der Lehre beteiligten Nachwuchskräfte (Oberassistenten, Habilitanden) verfügen über eigene Lehraufträge und nehmen diese selbständig wahr. Frühestmögliche Gelegenheit zur eigenständigen Forschung ist ein wichtiges Merkmal der Nachwuchsförderung am Institut für Medizinische Mikrobiologie. Laufbahngespräche und Coaching mit dem Ziel der Förderung des akademischen Nachwuchses und der Unterstützung qualifizierter Kandidaten/Kandidatinnen für eine universitär-akademische Laufbahn sind ein weiteres Element der Ausbildung. 5.2 Durch Drittmittel geförderte Nachwuchskräfte am Institut Seeger, Markus A., SNF Förderprofessor, Medizinische Fakultät Universität Zürich. SNF, Senn, Maria, Postdoktorandin. Resistance strategies in Staphylococcus aureus. Bonizzi-Theler Stiftung, EU, SNF, Boukari, Heithem, Doktorand, MNF Universität Zürich. Ribosomal ambiguity mutations. EU, NIH, Becker, Katja, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Protein secretion and post-translational modification. EU, SNF, Brülle, Juliane, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Lipoprotein localization in mycobacteria. EU, Dal Molin, Michael, Doktorand, MNF Universität Zürich. Antimycobacterial drug development. SNF, UNITECTRA, Dengler, Vanina, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Impact of antibiotics on fitness in Staphylococcus aureus. EU, Novartis, Duscha, Stefan, Doktorand, MNF Universität Zürich. rrna mutagenesis and ribosome function. EU, NIH, Freihofer, Pietro, Doktorand, MNF Universität Zürich. Ribosomal drug resistance. NIH, Fudrini, Begonia, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Characterization of the mycobacterial proteasome. Novartis Stiftung, Juskeviciene, Reda, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Downstream effects of ribosomal mistranslation. EU, BAG, Karagianni, Anna, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Virulence and drug resistance mechanisms in mycobacteria. EU, SNF, Meyer, Martin, Doktorand, MNF Universität Zürich. Ribosomal mistranslation. EU, NIH,

16 Quiblier, Chantal, Doktorandin, MNF Universität Zürich. Functional characterization of RND proteins in Staphylococcus aureus. SNF, UZH Forschungskredit, Bangert Olga Mayenfisch Stiftung, Teo, Youjin. Doktorand, MNF Universität Zürich. Mistranslation and ribosome function. SNF, Gleichstellung der Geschlechter Der Institutsleitung ist es ein Anliegen, die Ziele der Gleichstellung an der Universität Zürich umzusetzen. Neben dem Angebot von Teilzeitstellen achten wir auf eine ausgewogene Verteilung der Geschlechter beim wissenschaftlichen Personal und in der Verwaltung. Im diagnostischen Bereich, wo wir mehrheitlich weibliches Personal beschäftigen, werden praktisch sämtliche nichtakademischen Leitungspositionen von Frauen wahrgenommen. 7 Dienstleistungen 7.1 Dienstleistungen innerhalb der Universität Prof. E.C. Böttger - Berufungskommission: Assistenzprofessur Orale Mikrobiologie, Universität Zürich - Member: Graduate Programme in Microbiology and Immunology (University of Zurich and ETH Zurich) - Member: Graduate Programme in Molecular Life Sciences (University of Zurich and ETH Zurich) - Member: Graduate Programme in Chemical and Molecular Sciences (University of Zurich) - Mitglied: PhD committee Heithem Boukari, Martin Meyer, Stefan Duscha, Pietro Freihofer, Juliane Brülle, Michael Dal Molin, Anna Karagianni, Katja Becker, Giuseppina Fascellaro, Gaetan Cherbuin, Begonia Fudrini Prof. P. Sander - Member Admission Committee: Master and Graduate Programme in Microbiology and Immunology - Member: Graduate Programme in Microbiology and Immunology (University of Zurich and ETH Zurich) - Member Steering Committee Hochschulmedizin Zürich Node in Infection and Immunity - Mitglied PhD Committee Juliane Brülle, Michael Dal Molin, Petra Selchow, Anna Karagianni, Stefan Duscha, Martin Meyer, Heithem Boukari, Pietro Freihofer, Gaetan Cherbuin, Begonia Fudrini Prof. M. Seeger - Member: Graduate Programme in Microbiology and Immunology, (University of Zurich and ETH Zurich) - Member: Graduate Programme in Molecular Life Sciences (University of Zurich and ETH Zurich) - Member: Graduate Programme in Biomolecular Structure and Mechanism (University of Zurich) - Mitglied PhD Committee Cedric Hutter, Lea Hürlimann, Fabian Arnold Dr. F. Imkamp - Mitglied PhD Committee Guiseppina Fascellaro, Gaetan Cherbuin, Begonia Fudrini Prof. R. Zbinden - Supervision hämatologisches Labor des USZ 7.2 Dienstleistungen zugunsten anderer Forschungs- und Bildungsinstitutionen Prof. E.C. Böttger - Reviewer-Tätigkeit für diverse internationale Zeitschriften und Forschungsinstitutionen Prof. P. Sander - Editorial Board: Microbial Drug Resistance - Reviewer-Tätigkeit für diverse internationale Zeitschriften und Forschungsinstitutionen - Mitglied PhD Committee Ming Zhang (EPFL Lausanne, S.T. Cole), Ye Lou (EPFL Lausanne, S.T. Cole), Jannis Warwick (ETH Zürich, E. Weber-Ban), Jeppe Mouritsen (ETH Zürich, R. Aebersold) 16

17 Prof. M. Seeger - Reviewer-Tätigkeit für diverse internationale Zeitschriften - Mitglied PhD Committee Christian Peterhans (PSI Villingen, G. Schertler) Prof. R. Zbinden - Editorial Board "Infection" - Reviewer-Tätigkeit "Infection" Dr. G.V. Bloemberg - Reviewer-Tätigkeit für diverse internationale Zeitschriften Dr. M. Hombach - Reviewer-Tätigkeit für diverse internationale Zeitschriften Prof. A. von Graevenitz (emer.) - Associate Editor "Infection" 7.3 Dienstleistungen zugunsten der Öffentlichkeit Für das Bundesamt für Gesundheit (BAG) nimmt das IMM die Aufgabe als "Nationales Zentrum für Mykobakterien / NZM" wahr (Leiter: Prof. Dr. E.C. Böttger). Zusammen mit dem Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) sowie dem Stab für Sicherheit und Umwelt der Universität Zürich koordiniert das Institut die biologische Störfallvorsorge für den Kanton Zürich. Seit 2004 ist das IMM regionales Schwerpunktlabor für bioterroristische Gefahrenabwehr. Für drei Spitäler führte das IMM die Supervision der mikrobiologischen Laboratorien durch. Prof. R. Zbinden, Dr. G. Bloemberg - Betrieb eines BL3-Labors zur Verarbeitung von Proben mit Verdacht auf Mikroorganismen der Risikogruppe 3 im Zusammenhang mit bioterroristischer Gefahrenabwehr Prof. R. Zbinden - Supervision für das Gebiet Mikrobiologie für Spitallabor Typ B in Männedorf - Supervision für das Gebiet Mikrobiologie für Spitallabor Typ B im Limmattalspital - Mitglied Vorstand des Vereins für Medizinische Qualitätskontrolle - Mitglied Arbeitsgruppe der SGM für Weiter- und Fortbildungskurse - Mitglied Arbeitsgruppe Qualitätskontrolle und Antibiogramm Komitee der SGM - Mitglied Kommission Klinische Mikrobiologie der SGM (Delegierter bei der EUMS, Section of Medical Microbiology) - Vorstandsmitglied der SGM als Past-Präsident FAMH Fachexperte für Mikrobiologie Prof. P. Sander - Board Member Swiss TB Prof. A. von Graevenitz (emer.) - Mitglied Arbeitsgruppe Qualitätskontrolle der SGM Assistenten und Laborantinnen (Biomedizinische Analytikerinnen) - Frau K. Peters, Cheflaborantin: Tutorin Bildungszentrum Careum und Prüfungsexpertin bei der Abschlussprüfung für Biomedizinische Analytikerinnen - Frau J. Giger, Laborantin: Prüfungsexpertin bei der Abschlussprüfung für Biomedizinische Analytikerinnen 17

18 7.4 Klinische Dienstleistungen Dienstleistungen innerhalb der Universität In den letzen Jahren hat das IMM sein Dienstleistungsangebot erheblich ausgebaut z.b. Ausweitung der Dienstzeiten werktags und am Wochenende, Aufbau eines 24-Stunden Bereitschaftsdienstes, Aufbau eines interdisziplinären Notfall-Labors (IDNFL), elektronisches "e-vademecum" (http://www.imm.uzh.ch/vademecum/vade1.html). Das IMM ist Teil des Universitären Zentrums für Labormedizin (UZL), der Direktor des IMM fungiert als Co-Direktor und stellvertretender Vorsitzender. Das IMM ist im Universitätsspital auf unterschiedlichsten Ebenen integriert, z.b. regelmässige Treffen mit Mitarbeitern der Abteilung Infektionskrankheiten, gemeinsame Fortbildungen und Fallvorstellungen, Zusammenarbeit mit der Spitalhygiene. Das Institut und seine diagnostischen Dienstleistungen sind vom Bundesamt für Gesundheit registriert und bewilligt. Zur Qualitätssicherung nimmt das IMM regelmässig an internationalen Qualitätskontrollen teil und ist nach ISO/IEC Norm akkreditiert. Die Akkreditierung ist ein wichtiges Instrument der Qualitätssicherung, gleichzeitig aber verbunden mit einem erheblichen administrativen Aufwand. Das IMM weist darauf hin, dass sich durch die jahrelange Untätigkeit der vorgesetzten Stellen die bauliche Situation des IMM dramatisch zugespitzt hat. Diesbezüglich findet sich im Akkreditierungsbericht 2013 folgende Einschätzung der Akkreditierungsstelle. Die Akkreditierungsstelle nimmt mit Besorgnis zur Kenntnis, dass die in der Vergangenheit lang geplante bauliche Sanierung nicht nur weiterhin verzögert wurde, sondern auch wegen der baulichen Gebäudesicherheit jegliche Planungssicherheit fehlt. Diese Ausgangslage gefährdet die Zukunft der Diagnostik, insbesondere die Sicherstellung von geeigneten Arbeitsbedingungen gemäss existierenden Normen und Vorschriften Die Gebäudeversicherung (GVZ) hat betreffend des Verbleibes an der Gloriastrasse 30/32 klare Auflagen gemacht. Bis Mitte 2013 hätte ihr ein verbindliches Sanierungskonzept der Gloriastr. 32 vorgelegt werden müssen dies ist nicht erfolgt. Die GVZ hat unmissverständlich gegenüber den Vertretern der Universitätsleitung klargemacht, dass das Gebäude Gloriastr. 32 (Fierzbau) auf Ende 2015 zu räumen ist - notfalls mittels einer Schliessungsverfügung. Vor diesem Hintergrund ist die lebensnotwendige Patientenversorgung auf dem Gebiet der Mikrobiologie für die Patienten des Universitätsspitals Zürich unmittelbar gefährdet Dienstleistungen ausserhalb der Universität Das NZM führt im Auftrag des Bundesamtes für Gesundheit (BAG) seit 1993 die Qualitätskontrolle Mykobakteriologie in der Schweiz durch. Die Externe Schweizerische Qualitätskontrolle MQ-Bakteriologie (Leitung: emer. Prof. A. von Graevenitz, Prof. R. Zbinden) wird in Zusammenarbeit mit Dr. R. Fried (Verein für Med. Qualitätskontrolle) durchgeführt. 8 Aussenbeziehungen 8.1 Regelmässige Zusammenarbeit - Prof. D. Andersson, University of Uppsala, Uppsala, Schweden: Effects of antibiotic resistance on bacterial fitness, virulence and transmission. - Prof. E. Bordignon, Freie Universität Berlin, Berlin, Germany: EPR Spectroscopy on heterodimeric ABC exporters - Prof. D. Crich, Wayne State University, Detroit, USA: Synthesis of novel aminoglycoside compounds. - Prof. M. Daffé, Université Paul Sabatier, Toulouse, Frankreich: Cell wall synthesis of mycobacteria. - Prof. A. Eckert, Universität Basel, Basel, Schweiz: Analysis of ribosomal mutants. - Prof. M. Egger, Universität Bern, Bern, Schweiz: Tuberculosis epidemiology. - Prof. M. Fussenegger, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: Gene regulation in mycobacteria. - Dr. S. Gagneux, Tropeninstitut Basel, Basel, Schweiz: Tuberculosis epidemiology. - Dr. M. Gstaiger, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: Proteome analyses in mycobacteria. - Prof. P. van Helden, Stellenbosch University, Stellenbosch, Südafrika: Drug resistance in mycobacteria: mechanisms and detection. - Prof. S. Laage-Witt, Roche, Basel, Schweiz: Antimycobacterial drugs. - Prof. R. Lee, St. Jude Children s Research Hospital, Division of Cellular and Molecular Medicine, Memphis, USA: Novel protein synthesis inhibitors. - Dr. K. Long, Københavns Universitet, Kopenhagen, Dänemark: Ribosomal drug resistance. - Prof. P. Moreillon, Université de Lausanne, Lausanne, Schweiz : Cell wall composition of S. aureus - virulence studies of S. aureus mutants in the rat endocarditis model. - Prof. A. Oxenius, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: Intracellular pathogens. - Prof. V. Ramakrishnan, MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, Grossbritannien: Structural analysis of aminoglycoside ribosome interaction. - Prof. M. Rizzi, Università degli studi del Piemote Orientale Amedeo Avogrado, Novara, Italien: Structure of mycobacterial proteins. - Prof. J. Schacht, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan, USA: Aminoglycoside ototoxicity. - Prof. P. Tielemann, University of Calgary, Canada: Molecular Dynamics Simulations. 18

19 - Prof. D.H. Tokuda, Iwate University, Morioka, Japan: Lipoprotein transport. - Prof. J. Vorholt, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: Assessing C-DI-AMP levels in CA- and HA-MRSA by LC-MS/MS. - Prof. P. Vandamme, Universiteit Gent, Gent, Belgien: Collection and characterization of B. cepacia clinical isolates. - Prof. A. Vasella, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: Synthesis of novel aminoglycoside antibiotics. - Prof. E. Weber-Ban, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: Characterization of protein degradation systems in mycobacteria. - Prof. E. Westhof, Université de Strasbourg, Strasbourg, Frankreich: Structural analysis of ribosomal drug-target interaction. - Dr. D. Wilson, Gene Center, LMU München, München, Deutschland: Structural modelling of drug-ribosome interactions. - Prof. D. Wolfer, Universität Zürich, Zürich, Schweiz: Analysis of ribosomal mutants. - Prof. A. Yonath, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel: Structural analysis of ribosomal drug-target interaction. 8.2 Netzwerke Koordinator University of Uppsala, Uppsala, Schweden TuBerculosis Vaccine Initiative, Lelystad, Niederlande St. Jude Children s Research Hospital, Memphis, USA University College London, London, Grossbritannien Partnerinstitutionen Statens Serum Institut, Dänemark; Hospital Ramon y Cajal, Spanien; University College London, Grossbritannien; Centro Nacional de Biotecnologia, Spanien; Universität Zürich, Schweiz; Institut Pasteur, Frankreich; University of Leeds, Grossbritannien; INSERM, Frankreich; University of Cardiff, Grossbritannien; University of Sheffield, Grossbritannien Statens Serum Institut, Dänemark; Universität Tübingen, Deutschland; Universität Ulm, Deutschland; Academisch Ziekenhuis Leiden, Niederlande; Institut Scientifique de Sante Publique, Belgien; GlaxoSmithKline Biologicals, Belgien; Centre National de la Recherche Scientifique, Frankreich; Universitätsspital Basel, Schweiz; Instituto Superiore di Sanita, Italien; Universite de Geneve, Schweiz; University of Oxford, Grossbritannien; Universitätsklinikum Erlangen, Deutschland; Aston University, Grossbritannien; Institut Pasteur de Lille, Frankreich; Universite Libre de Bruxelles, Belgien; Netherlands Vaccine Institute, Niederlande; Institut Pasteur, Frankreich; Institut Pasteur Korea, Korea; Universidad de Zaragoza, Spanien; Max Planck Institut für Infektionsbiologie, Berlin, Deutschland; Universita degli Studi di Padova, Italien; Health Protection Agency, Grossbritannien; Biomedical Primate Research Center, Niederlande; Yonsei University, Korea; International Vaccine Institute, Korea; Landbouwkundig Onderzoek, Niederlande; Institut de Investigacio en Ciencias de la Salut, Pujol, Spanien; London School of Hygiene and Tropical Medicine, Grossbritannien; Universita degli Studi di Palermo, Italien; University College London, Grossbritannien; Instituto di Ricerca in Biomedicina, Schweiz; PX Thearapeutics, Frankreich University of Tennessee, Memphis, USA; Colorado State University, Denver, USA Karolinska Institutet, Stockholm, Schweden; Universita degli Studi di Siena, Italien; Universität Bern, Schweiz; Robert-Bosch Gesellschaft für Medizinische Forschung, Stuttgart, Deuschland; Veterinary Laboratories Agency, London, Grossbritannien; Academic Centre for Dentistry, Amsterdam, Niederlande; Helperby Therapeutics, Selby, Grossbritannien; Nederlandse Organisatie voor toegepast-natuur-wetenschappelijk onderzoek, Delft, Niederlande 8.3 Gastvorträge von Angehörigen anderer Forschungsinstitutionen am Institut Control strategies of tuberculosis in Portugal and in the community of Portuguese speaking countries. Dr. Miguel Viveiros, Institute of Hygiene and Tropical Medicine, Lisbon, Portugal Compositional dynamics of the large pre-ribosomal subunit after nuclear export. Prof. Dr. Vikram Panse, Institut für Biochemie, ETH Zürich Microbial CO 2 -Fixation - from mechanistic understanding to antibiotic design. Dr. Tobias Erb, Institute of Microbiology, ETH Zurich 19

20 Genome analysis of Mycobacterium tuberculosis. Prof. Dr. Faramarz Valafar, San Diego State University, San Diego, USA Stellenwert von Biomarkern in der Tuberkulose-Prävention. Prof. Dr. Christoph Lange, Research Center Borstel, Borstel, Germany 9 Akademische Selbstverwaltung Prof. E.C. Böttger - Kommissionen des Universitätsspitals Zürich - Hygiene-Kommission - Arbeitsgruppe Antibiotika-Richtlinien - Universitäres Zentrum für Labormedizin und Pathologie (UZL, stellvertretender Vorsitzender) - Mitglied Fachgruppe "Querschnittsfächer" (Universität Zürich) Prof. P. Sander - TP-Vertreter in der Fachgruppe Querschnittsfächer (Universität Zürich) - Biosicherheits-Beauftragter Dr. G. Bloemberg - Strahlenschutz-, Chemie-Beauftragter 10 Wissens- und Technologietransfer 10.1 Patentanmeldungen Titel: Aminoglycoside antibiotics targeting bacterial 16S ribosomal RNA Erfinder / Anmelder: Prof. Dr. E.C. Böttger, Prof. Dr. A. Vasella Datum: Japanisches Patent Nr , erteilt US Patent Nr B2, erteilt Titel: Mycobacterium tuberculosis vaccine Erfinder / Anmelder: Prof. Dr. E.C. Böttger, Prof. Dr. P. Sander Datum: Russisches Patent Nr , erteilt Publikationen 11.1 Originalarbeiten Fenner L, Egger M, Bodmer T, Furrer H, Ballif M, Battegay M, Helbling P, Fehr, Gsponer T, Rieder HL, Zwahlen M, Hoffmann M, Bernasconi E, Cavassini M, Calmy A, Dolina M, Frei R, Janssens JP, Borrell S, Stucki D, Schrenzel J, Böttger EC, Gagneux S. (2013) HIV infection disrupts the sympatric host-pathogen relationship in human tuberculosis. PLoS Genet 9(3):e Machado D, Perdigão J, Ramos J, Couto I, Portugal I, Ritter C, Böttger E, Viveiros M. (2013) High level resistance to isoniazid and ethionamide in multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis of the Lisboa family is associated with inha double mutations. J Antimicrob Chemother 68: Hombach M, Mouttet B, Bloemberg G. (2013) Consequences of revised CLSI and EUCAST guidelines for antibiotic susceptibility patterns of Extended Spectrum Beta-Lactamase and AmpC Beta-Lactamase producing clinical Enterobacteriaceae isolates. J Antimicrob Chemother 68: Chan YG, Frankel MB, Dengler V, Schneewind O, Missiakas D. (2013) Staphylococcus aureus mutants lacking the LytR-CpsA-Psr (LCP) family of enzymes release wall teichoic acids into the extracellular medium. J Bacteriol 195:

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