Enzymkinetik. β-faltblatt 3.4 Å Kettenknick:: 3.2 Å häufig Prolin! α-helix. Prolin höchstens an den vier letzten Stellen (Helixbrecher)

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1 COO-R-N: Wenn von H geschaut im Uhrzeigersinn, dann L α-helix Bei L-AS: Alles gleich nur Winkel anderes Vorzeichen, da jetzt antiparalell: β-faltblatt 3.4 Å Kettenknick:: 3.2 Å häufig Prolin! paralell: Prolin höchstens an den vier letzten Stellen (Helixbrecher) Weitere sekundäre Motive Polypeptid: >40 AS Peptid: <40 AS Primer Länge: ca. 20 Nucleotide DNA Angegeben und synthetisiert: 5 3 Enzymkinetik Vmax, Km und [S] sind die

2 Major Groove: Diagonal gegenüber C1 Zucker D: Rechts, L: Links Β: OH oben Α: OH unten R: Gegenuhrzeigersinn vom Höchsten zum Zweithöchsetn Gylcerophospholipide Gangliosied Cerebrosiede: Die einfachsten Sphingoglycolipide sind Cermadie, die als Molekülkopf einfache Zucker tragen. (Ganglioside tragen mehrfach Zucker) Wachs: Fettsäure mit langkettigen Alkoholen. Fötales Hämoglobin: Höhere O 2 Affinität Niederigere CO 2 Affinität. Standartbedingungen [H 2 O] = 55.6 M [H + ]=10-7 Der Standartzustand ionisierbarer Spezies wird als die 1 M Mischung, welche sich bei PH / einstellt, definiert (und nicht die individuellen Spezies mit Konzentrationen 1 M) G o = G o wenn: Kein H 2 O, kein H + und keine ionisierbaren Spezies vorhanden sind. Desaminierung: Aus Cytosin wird Uracil (spontan oder durch HNO 2, Nitrosoverbindungen). Methylierung: Aus Cytosin wird Thymin. Stabilität der DNA: höher mit: hohe Salzkonzentration (Abschirmung der negativ geladenen Phosphate); tiefer mit: hohe Harnstoffkonzentration;(zerstört Hydrophobe Wechselwirkungen, indem hydrophobe Oberflächen benezt werden, konkurriert erfolgreich um H-Brücken); mehr Ethanol;

3 In grossen Proteinen: N- Terminus PKA = 8, C-terminus PKA = 3.4 Protein-Sequenzierung Zuerst Disulfidbrüchen mit 2- Mercaptoethnol aufbrechen, danach mit Endopeptidase in Fragmente (20 bis 40 Aminosäuren), danach Edman Degredation. Edman-Abbau: Durch Phenylthiocyanat(Phen-N=C=S) wird die letzte Amninosäure vom N-Terminus abgespalten, ändern der Bedingungen und bestimmen den Aminosäure. Glu Prolin gly N C β-mercaptoethanol: HS OH Trans cis Isoelektrischer Punkt =pi Generell werden Proteine mit Kleinem pi ein Übergewicht an Asp und Glu, relativ zu Arg, Lys, (His) haben, während Proteine mit hohem pi mehr Lys und Arg aufweisen. Iminosäure = kein H-Brücken Donor Protein Denaturierung Denaturiert durch: hoher bezw. niederer PH, niederiger Salzkonzentration, erhöte Temperatur oder durch Harnstoff, Guanidiumion oder SDS( Natriumdodecylsulfat, amphipatisches Molekül, bewirkt Random Coil) Serinproteasen Methode Auflösung Zugabe Isoelektrische Fokusierung 0.1 ph Harnstoff (IEF) SDS-Page 3 kdalton SDS, (β-mercaptoethanol) Massenspektrometrie 1 Dalton Valinomycin = K + -Carrier a Inhibition: entweder durch besetzen der Spezifizitätstasche (zb. Durch Benzamidin = Arginin- Analogon) oder druch Übergangsanalogon (zb. Starke Lewis-Säuren (zb. Borsäurendeivate)) G = G ' RT ln ph = pka + log Sichelzellanemie: In der β 2 Kette des Hämoglobin das Glu 6 Val 6, kann dann linear Polymerisieren. o [ Edukte ] [ produkte ] [ A ] [ HA] DNASchmelz punkt : T m ATP = ( G + C ) ( A + T ) E log [ Na ] Extinction k1 k S ES E + P : 0 k2 V o o max[ S] Gcat G V uncat 0 = k K cat m + [ S] RT = e k2 + k 3 K k m = uncat k PCR : kurze = alle lange Eltern + HPO4 + n+ 1 kurze = 2 2n 2 + H O ADP H 2 Ein Organismus, welcher eine bestimmte Verbindung (X) selbst synthetisieren kann, wird in Bezug auf diese Verbindung als prototroph bezeichet. Ein Organimus, der auf Grund einer Mutation die Verbindung X nicht mehr selbst synthetisieren kann, wird als in Bezug auf X auxotroph bezeichnet. I = I 10 εcd Lithotrophie: Umwandlung der bei der Oxidation von anorganischen Verbindungen frei werdenden Energie in chemisch gebundene Energie (elektroosmotische Koppelung). Organothroph: genau gleich, aber aus organischen verbindungen. ATP 3- H + + ATP 4- pk = 7.06 ADP 2- H + + ADP 3- pk = 6.83 AMP 1- H + + AMP 2- pk = 6.45 H 2 PO 1-4 H HPO 4 pk = 7.2

4 E.coli Hilfsproteine" Helikase: Entwindung der Doppelhelix Primase: Synthese der RNA-primer Single strand binding protein: Stabilisert DNA-Einzelstränge an der Replikationsgabel DNA-Gyrase (Topoisomerase): negative supercoils DNA Polymerase III: DNA-Synthese DNA Polymerase I: Entfernt primer und füllt die entstehenden Lücken DNA Ligase: Verbindet die Enden der DNA-Stücke = n trp n tyr 1300 M cm 1 2 mg Ionenstärk e : I = C Z Absoption = c = i i i ; mol ε Kompetitiv: Unkompetitiv: Folgende Agenzien interferieren mit dem hydrophoben Effekt: GdmHCI, Harnstoff (chaotropes Reagenzien), EtOH. Niedere Temperaturen stören den hydrophoben Effekt, da der hydrophobe Effekt ein Entropieeffekt ist und daher mit sinkenden Temperaturen kleiner wird. SDS bildet Mizellen und bindet an hydrophobe Oberflächen (Detergenz), d.h. SDS interferiert ebenfalls mit dem hydrophoben Effekt. Die folgenden Bedingungen interferieren nicht in ungünstiger Weise mit dem hydrophoben Effekt: NaCI, erhöht Polarität und stört Salzbrücken (elektrostatische Wechselwirkungen) durch Anbieten von Gegenionen. ph-senkung protoniert His, Asp, Glu und stört ebenfalls elektrostatische WW, hat auch ansonsten sehr disruptive Eigenschaften, da das Protein als ganzes i.a. bei ph< 3 denaturiert. ß-Mercaptoethanol (typische Konzentrationen 1-10 mm) reduziert Disufidbrücken und kann so die Dissoziation zweier Polypeptidketten bewirken, wenn diese über Cysteine (= S-S-Brücken) kovalent verknüpft sind. Mixed:

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