DiversiLab TM Schnelle und reproduzierbare Stammtypisierung

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2 DiversiLab TM Schnelle und reproduzierbare Stammtypisierung 2/24

3 Weshalb Stammtypisierung? Eine Stammtypisierung dient nicht zur Identifizierung eines Erregers sondern um abzuklären, ob zwei Isolate identisch sind. Anwendungsbereiche: z.b. Klinik Aufdeckung von Infektketten Aufdeckung von Infektionswegen Eingrenzung von Ausbruchsherden z.b. Industrie Überwachung von Produktionsprozessen 3/24

4 Phänotypisierung vs. Genotypisierung BacT/ALERT 3D VITEK 2 Kulturmedien API DiversiLab 4/24

5 DiversiLab all inclusive Hardware: Computer & Agilent 2100 Bioanalyzer Chip Vortex & Chip Priming Station Software: Agilent 2100 Bioanalyzer Steuerungssoftware DiversiLab Analysesoftware Reagenzien: MoBio Kits für die Extraktion Fingerprinting Kits für die Amplifikation LabChips für die Detektion Service: Zugriff auf biomérieux Libraries Datensicherung 5/24

6 Hardware: Agilent 2100 Bioanalyzer Agilent 2100 Computer Chip Priming Station 6/24

7 Reagenzien: DNA Extraktion UltraClean Microbial DNA Kit von biomérieux empfohlen standardisiert 50 oder 250 Ansätze pro Kit 7/24

8 Reagenzien: Fingerprinting Kits (rep-pcr) Fingerprinting Kits enthalten: rep-pcr Master Mix Genus-spezifischen Primer Mix Positiv-Kontroll-DNA Taq-Polymerase (separat zu beziehen) 8/24

9 DiversiLab LabChip Kit Im Anschluss an die Amplifikation: Detektion der Amplicons in DNA LabChips (Agilent 2100): Auftrennung mittels Gel-Elektrophorese Pro Chip bis zu 13 Proben in weniger als 1 Stunde 1 LabChip Kit enthält Chips und Reagenzien für 325 Tests 9/24

10 DiversiLab Arbeitsschritte DNA Extraktion: rep-pcr Amplifikation: Detektion: Datenanalyse: ausgehend von einer Reinkultur Amplifikation mit genus-spezifischen Fingerprinting Kits elektrophoretische Auftrennung der Amplicons im DNA LabChip und Nachweis durch Fluoreszenzmessung web-basierte real time Analyse 10/24

11 Ausgangsprobe Für ein korrektes Fingerprinting ist eine Reinkultur des bereits identifizierten Genus zwingend erforderlich! 11/24

12 MoBio DNA Extraktion Zugabe von Zellen zur MicroBead Lösung Lyse mittels Guanidin-Isothiocyanat gram-neg. Organismen: 2 x 1 µl Öse gram-pos. Organismen: 1 x 10 µl Öse Eluat (extrahierte DNA) Lagerung bei 20 C anschließend Bestimmung der DNA Konzentration mittels Gel oder Spektralphotometer 12/24

13 DiversiLab Software PCR worksheets Datenimport aus Excel Assay Information inkl. Chargennummer autom. Berechnung der Reagenzvolumina Thermocycler Programmierung PCR Layout 13/24

14 Amplifikation mittels handelsüblichem Thermocycler 14/24

15 Prinzip der rep-pcr Typisierung 1. rep-pcr Primer binden an vielen spezifischen repetitiven Sequenzen 2. Multiple Fragmente variabler Länge werden amplifiziert ( Amplicons) rep-pcr Primer genome 3. Auftrennung der Fragmente (nach Größe und Ladung) mittels Elektrophorese (+) (-) 4. rep-pcr DNA Fingerprint Profil mit multiplen Banden variierender Intensität Größe der amplifizierten Fragmente (Zeit) 15/24

16 Chip-Elektrophorese 16/24

17 DiversiLab Software - Analyse Intuitive Qualitätskontrolle Assay Information Roh- und normalisiertes Signal Elektropherogramm und virtuelles Gel Software QC - geringes Amplifikationssignal - kein Marker, etc. 17/24

18 DiversiLab Software - Analyse Anwender bmx Web Server Daten Analyse Ergebnisbericht Datenarchivierung Zentrale Stammbibliotheken des bmx-servers Insellösung des Kunden, auch in Kombination mit bereits vorhandenen Datenbanken Möglichkeit zur Bildung von Anwender-Netzwerken 18/24

19 DiversiLab Software interaktive Berichte für konsistente & schnelle Interpretation sofortige Überlagerung jedes Probenpaars 19/24

20 DiversiLab Software Top Five Match Report zur ID Isolat Proben der Bibliothek 20/24

21 Stärken von DiversiLab Stammtypisierung von Bakterien, Pilzen und Hefen mit sehr guter Diskriminierung Standardisierung Extraktion Fingerprinting-Kits (inkl. Kontrollen) rep-pcr Elektrophorese einfache Handhabung schnellste Genotypisierung mit geringster Personalbindung automatisierte Analyse mit multipler Datenansicht Datenbankabgleich und Datenverwaltung Reproduzierbarkeit unabhängig von Anwender, Standort und Thermocycler 21/24

22 Verfügbare Kits 22/24

23 23/24

24 RECHTLICHER HINWEIS biomérieux, das blaue Logo und die Produktnamen sind verwendete, angemeldete und/oder eingetragene Marken von biomérieux SA oder einer ihrer Niederlassungen. Alle anderen Marken und Produktnamen sind Eigentum ihrer jeweiligen Besitzer. Die Dokumente und die dargestellten Abbildungen dienen ausschließlich der Information unserer Kunden, Mitarbeiter und Partner. biomérieux schließt jegliche Gewährleistung aus, die sich auf Richtigkeit, Vollständigkeit, Aktualität, Konformität, Rechtstitel und Eignung unserer Dokumente für bestimmte Zwecke bezieht. Diese Dokumente sind rechtlich nicht bindend. biomérieux behält sich vor, ohne Mitteilung Änderungen vorzunehmen. Kein Teil dieser Dokumente darf ohne vorherige ausdrückliche schriftliche Genehmigung von biomérieux in irgendeiner Form oder auf irgendeine Weise vervielfältigt, übertragen, umgeschrieben, in einer Datenbank gespeichert oder in eine Fremdsprache oder Computersprache übersetzt werden. 24/24

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