Terminologien in der Medizin im Spannungsfeld von Logik und Ontologie

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1 Terminologien in der Medizin im Spannungsfeld von Logik und Ontologie GMDS-Jahrestagung 2006, Leipzig Mittwoch, 13. September 2006 Dr. Josef Ingenerf Institut für Medizinische Informatik Universität zu Lübeck

2 Vortragsinhalte Ingenerf, Lübeck (2) Typisierung von kontrollierten Vokabularien (GMDS 2005, Freiburg) Kontrollierte Vokabularien: Fortsetzung "Logische Entscheidbarkeit und ontologische Adäquatheit" Notwendigkeit einer Meta-Terminologie

3 Erinnerung an Typisierung (GMDS 2005, Freiburg) Bildungsprinzipien Präkoordination, Identifikation Hierarchisierung Einfache Postkoordination Formale Postkoordination System von Begriffen (Termini) Menge von Begriffen/Termini, z.b. LOINC, Alpha-ID Monoaxiales Begriffssystem (Taxonomie) Multiaxiales Begriffssystem, z.b. SNOMED II/III Formales Begriffssystem, z.b. SNOMED CT Begriffssemantik System von Klassen/Themen - Einfache Themenliste - Klassierter Wertebereich Einfache Themenhierarchie, z.b. Gelbe Seiten Statistische Klassifikation, z.b. ICD-10, NLM-Klass. Thesaurus oder multiaxiale Themenklassifikation, z.b. MeSH, Colon-Klass. Anwendungspragmatik Ingenerf, Lübeck (3)

4 Ingenerf, Lübeck (4) Standardisierte Terminologien in der Medizin Knaup, P. et al. (Heidelberg): itms - internetbasiertes Terminologie-Management-System für die Kooperative Forschung Braun, P. et al. (Heidelberg): Aufbau eines Terminologiemanagementsystems für das Nationale Zentrum für Tumorerkrankungen (#232) Kontrolliertes Vokabular

5 Ingenerf, Lübeck (5) Standardisierte Terminologien in der Medizin Linnarsson, R, Wigertz, OB (1989). The Data Dictionary - A Controlled Vocabulary for Integrating Clinical Databases and Medical Knowledge Bases. Methods of Information in Medicine 28 (2): Bürkle, T (2000). Klassifikation, Konzeption und Anwendung medizinischer Data Dictionaries. Habilitationsschrift. Aachen: Shaker. Kontrolliertes Vokabular Wissensbasiertes System

6 Ingenerf, Lübeck (6) Standardisierte Terminologien in der Medizin (Statistische) Klassifikationen Data Dictionaries Spezial- Terminologien Kontrolliertes Vokabular Wissensbasiertes System Ausdrucksmächtigkeit? Rechner-Verarbeitbarkeit?

7 Ingenerf, Lübeck (7) Standardisierte Terminologien in der Medizin (Statistische) Klassifikationen Data Dictionaries Spezial- Terminologien Referenz- Terminologie Wissensbasiertes System basierend auf Beschreibungslogiken siehe Boeker, M. (Freiburg)

8 Standardisierte Terminologien in der Medizin (Statistische) Klassifikationen Data Dictionaries Spezial- Terminologien (Datenmodell)? Referenz-? Terminologie (Term. Modell) Wissensbasiertes System (Inferenzmodell) TermInfo Theoretische Herausforderungen TermKnowledge Rector, AL (2001). The interface between information, terminology, and inference models. In: Patel, V, et al. (eds.). Proc. of the MEDINFO Amsterdam: IOS Press, Ingenerf, Lübeck (8)

9 Anforderungen an rechnerverarbeitbare Terminologien Cimino desiderata (ISO17117), z.b. - Concept orientation - Concept permanence - Non-semantic identifiers - Formal definitions - Reject NEC - Polyhierarchy Ontologische Prinzipien - Ontoclean-Methode (Guarino, ) - BFO, IFOMIS (Smith, ) - GFO, OntoMed (Herre, ) - Bodenreider, O, Smith, B, Burgun, A (2004). The Ontology-Epistemology Divide: A Case Study in Medical Terminology. In: Varzi, A, Vieu, L. (ed.). Proc. FOIS 2004, Turin, 4-6. November Amsterdam: IOS-Press, Spackman, KA, Reynoso, G (2004). Examining SNOMED from the Perspective of Formal Ontological Principles: Some Preliminary Analysis and Observations. In: Hahn, U (ed.). Proc. of KR-MED 2004, Whistler (BC), Canada, see siehe F. Loebe (Leipzig), u.a. GFO (Ontology = formalized propositions) Ingenerf, Lübeck (9)

10 Ingenerf, Lübeck (10) Standardisierte Terminologien in der Medizin (Statistische) Klassifikationen Thesauri Data Dictionaries Spezial- Terminologien (Datenmodell)? Referenz-? Terminologie (Term. Modell) Wissensbasiertes System (Inferenzmodell) Ingenerf, J, Linder, R (2006). Theoretische Ontological Herausforderungen Principles Applied to Biomedical Vocabularies. In: Reichert, A, Mihalas, G, (logische Stoicu-Tivadar, Entscheidbarkeit, L, Schulz, S, Engelbrecht, R (eds.). Proceedings of the EFMI Special ontologische Topic Adäquatheit) Conference "Integrating Biomedical Information: From ecell to epatient", April 6-8, 2006, Timisoara, Romania. Berlin: AKA-Verlag,

11 Referenzterminologie: Mehrfachanforderungen (vereinbar?) Ingenerf, Lübeck (11) Eingabe- Terminologien (Statistische) Klassifikationen Thesauri Data Dictionaries (Datenmodell) assertionales Wissen, epistemologische Phänomene, implizite Annahmen (Kontext),? Referenz-? Terminologie (Term. Modell) Theoretische Herausforderungen (logische Entscheidbarkeit, ontologische Adäquatheit) Spezial- Terminologien Wissensbasiertes System (Inferenzmodell)

12 Notwendigkeit einer Meta-Terminologie Ingenerf, Lübeck (12)