Ulrich Hennecke (Autor) DNA Photoschäden: Untersuchungen zur Synthese, enzymatischen Erkennung und Reparatur

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1 Ulrich Hennecke (Autor) DNA Photoschäden: Untersuchungen zur Synthese, enzymatischen Erkennung und Reparatur Copyright: Cuvillier Verlag, Inhaberin Annette Jentzsch-Cuvillier, Nonnenstieg 8, Göttingen, Germany Telefon: +49 (0) , Website:

2 Inhaltsverzeichnis Danksagung... 5 Inhaltsverzeichnis... 9 Zusammenfassung Summary Einleitung DNA und DNA Schäden Oxidative Schäden und oxidativer Ladungstransport in DNA DNA Photoschäden Cyclobutanpyrimidindimere (CPD Schäden) (6-4)-Photoschäden und ihre Dewarvalenzisomere DNA Photophysik und Photochemie Die Auswirkungen von DNA Photoschäden in der Zelle DNA Photoschäden und DNA Polymerasen DNA Photoschäden und RNA Polymerasen Die Reparatur von DNA Photoschäden Photoschäden und BER Photoschäden und NER Transkriptions-gekoppelte DNA Reparatur DNA Photolyasen DNA Photoschäden und Mutagenität CPD Schäden und der reduktive Ladungstransport in DNA Aufgabenstellung Überschusselektronentransfer in DNA Einleitung Überschusselektronentransfer in DNA-Doppelsträngen mit Donor 26 und Akzeptor Herstellung und Charakterisierung der modifizierten DNA Stränge Elektronentransferexperimente Überschusselektronentransfer in DNA-Haarnadeln mit Donor 27 und Akzeptor

3 3.4 Experimente zum Überschusselektronentransfer in DNA Doppelsträngen der Gruppe Rokita Überschusselektronentransferexperimente mit einem Einelektronendonor 38 und dem CPD Schaden Überschusselektronentransferexperimente mit Oxetanen als Akzeptor Synthese des Bausteins Einbau von Oxetan 46 in DNA-Flavin-Haarnadeln und Charakterisierung der erhaltenen DNA-Stränge Elektronentransferexperimente mit Flavin-Oxetan-Haarnadeln Diskussion der Ergebnisse und Ausblick Die CPD Photolyase Substrat- und Kofaktorbindung Einleitung Die Substrat-Enzyme Kokristallstruktur Vorarbeiten Analyse der CPD Schaden enthaltenden DNA aus Photolyasekristallen Die CPD Photolyase Struktur mit gebundenem Substrat Weitere Kokristallisationsversuche Die CPD-Photolyase und modifizierte Kofaktoren Synthese von 8-substituierten Flavinderivaten Einbau von synthetischen Kofaktoren in T. thermophilus CPD Photolyase Die eukaryotische RNA Polymerase II und der CPD Schaden Einleitung Aufbau der verwendeten Nukleinsäurekonstrukte Biochemische Experimente Kokristallstrukturen der RNA Polymerase II mit CPD Dimer DNA Die RNA Polymerase II Struktur mit RPK1 (Struktur A) Die RNA Polymerase II Struktur mit RPK2 (Struktur B) Die RNA Polymerase II Struktur mit RPK3 (Struktur C) Die RNA Polymerase II Struktur mit RPK4 (Struktur D) Die Blockade der RNA Polymerase II durch die CPD Schaden-Uridin Fehlpaarung

4 5.6 Der Transkriptionsfaktor TFIIS und die durch den CPD Schaden blockierte RNA Polymerase Zusammenfassung und Ausblick Methoden zur Herstellung des (6-4)-Schadens Einleitung Studien zur Totalsynthese des (6-4)-Schadens ,4-Additionen von Cupraten an Uridinderivate Kreuzkupplungen mit 4-Arylsulfonaten von 2-Pyrimidinonnukleosiden Synthesestudien zum (6-4)-Schaden Die direkte Belichtung kurzer DNA Stränge Die Belichtung von 5 -AATTAA-3 (DS22) Die Belichtung von 5 -GGTTGG-3 (DS23) und 5 -GGTCGG-3 (DS24) Ein neuer, einfacher Assay für die (6-4)-Photolyase Die Synthese eines exocyclisch 15 N-markierten (6-4)-Schadens für NMR-Untersuchungen Zusammenfassung und Ausblick Experimenteller Teil Material und Methoden Spezielle Methoden Überschusselektronentransferexperimente Transkript-Verlängerungsexperimente mit der RNA Polymerase II Belichtungen zur Herstellung des (6-4)-Schadens (6-4)-Photolyaseassay Synthesevorschriften Synthese des Oxetan-Uridin-Konjugates Synthese von 8-Demethyl-8-iodriboflavin Synthesestudien zur Herstellung des (6-4)-Schadens: 1,4-Addition Synthesestudien zur Herstellung des (6-4)-Schadens: Kreuzkupplungen Synthesestudien zur Herstellung des (6-4)-Photoschadens: Untersuchungen zur Einführung von funktionellen Gruppen

5 7.3.6 Synthese eines 15 N-markierten Cytosinphosphoramidites-Bausteins für die DNA Synthese Literaturverzeichnis Anhang Kristallstrukturdaten für 8-Demethyl-8-aminoriboflavin (60) NMR-Spektren der Verbindungen 134 und Abkürzungsverzeichnis

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