Continuous Integration im medizinischen Bereich

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1 Philipp Schröter Fachbereich für Informatik Continuous Integration im medizinischen Bereich Ein praktisches Beispiel

2 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 2

3 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 3

4 Einleitung große Projekte ohne Software Engineering Praktiken kaum möglich Beispiel: Continuous Integration Einführung im BZMM Einblick gewähren durch Vortrag 4

5 Bildquelle: bzmm.charite.de BZMM Berliner Zentrum für Mechatronische Medizintechnik Kooperation aus Frauenhofer und Charite Leitung: Prof. Dr.-Ing Erwin Keeve Arbeitsbereiche: Intraoperative Bildgebung Bildgesteuerte Navigation Chirurgische Instrumente 5

6 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 6

7 Relevanz im medizinischen Bereich Medizinproduktgesetz hohes Qualitätsmanagement notwendig eher große Projekte 7

8 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 8

9 Continuous Integration Praxis aus der Softwareentwicklung Idee: Häufige Integration des Codes in das Repository (daher der Name) 9

10 Continuous Integration Practices: Single repository Automatic build Self-testing build Everyday everyone commits to mainline Every commit has to be build on the integration machine Fast Build Test environment = clone of producton environment Easy accessible executable Public result Automatic Deployment 10

11 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 11

12 Continuous Integration System des BZMM Xen Hypervisor Ubuntu Server Redmine Ubuntu Testsystem Windows 7 Testsystem OS X Testsystem 12

13 Bildquelle: Wikemedia Continuous Integration System des BZMM Software wird geändert Ergebnisse zurückgeben Einchecken in Redmine Repository Bauen und Testen Jenkins wird getriggert Code aus Repository laden 13

14 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 14

15 Bildquelle: bzmm.charite.de openor plattformunabhängiges, modulares Framework für medizinische Anwendungen einfache Benutz- und Erweiterbarkeit 15

16 openor Build System in CMake entwickelt Abhängigkeiten ermitteln und auflösen 16

17 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 17

18 openor Testsystem Test konzipieren Ergebnisse auswerten Test schreiben Test durchführen Test einbinden 18

19 openor Testsystem Test Suiten - Besteht aus Test Targets 19

20 openor Testsystem Test Suiten - Besteht aus Test Targets Test Targets - Bestehen aus Test Cases 20

21 openor Testsystem Test Suiten - Besteht aus Test Targets Test Targets - Bestehen aus Test Cases Test Cases - Bestehen aus Tests - Bindet Tests ein 21

22 openor Testsystem Test Suiten - Besteht aus Test Targets Test Targets - Bestehen aus Test Cases Test Cases - Bestehen aus Tests - Bindet Tests ein Tests - Eigentlicher Testcode 22

23 openor Testsystem 23

24 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 24

25 Ergebnisse Anfangs oft rote Punkte Verbesserung über die Zeit weniger Kompatibilitätsprobleme Insbesondere bei Linux 25

26 Gliederung 1. Einleitung 2. Relevanz im medizinischen Bereich 3. Continuous Integration 4. Continuous Integration System des BZMM 5. openor Buildsystem 6. openor Testsystem 7. Ergebnisse 8. Snapshot: Build Tool Chain 26

27 Snapshot: Build Tool Chain Aktuelles Projekt in der Implementierung Koordiniert Buildprozess Momentan durch Buildskripte für jedes Betriebssystem separat Vereinheitlichung der Tools Java -> Jenkins und Maven C++? Änderungen momentan teuer und uneinheitlich Zugriff über Konfigurationsdateien und durch Übergabe von Parametern Konfigurationsdateien über SVN Repository abruf- und veränderbar 27

28 Snapshot: Build Tool Chain Fetch Tool Build Tool Chain (Tool) Config Environment Configuration Tool Build Tool Test Tool 28

29 Snapshot: Build Tool Chain Build Tool Chain Registriert eigene Optionen (Tools, andere Informationen) Sucht in Argumenten nach Konfigurationsdatei Fügt Tools hinzu (aus Konfigurationsdatei oder Argumenten; Argument > Konfigurationsdatei) Tool Registriert eigene Optionen Build Tool Chain Prüft Argumente und Inhalt der Konfigurationsdatei (durch Config) Ruft Tools auf Tool Führt Operationen durch Output Manager Sammelt Output der Tools Erstellt Übersicht 29

30 Snapshot: Build Tool Chain Fetch SVN Configure CMake Build (N)Make Test (N)Make 30

31 Snapshot: Build Tool Chain Das geht bisher Code auschecken, Konfigurieren, Buildprozess und Tests durchführen Optionen durch Konfigurationsdatei und Argumente übergeben Das geht bisher noch nicht Module (generisch) aufrufen Das ist geplant Build- und Testergebnisse geordnet zurückgeben und in Redmine einbinden 31

32 Bildquelle: Charité Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit 32

33 Fragen? 33

34 Diskussion Continuous Integration bietet hohen Mehrwert. Tatsächlich? 34

35 Quellen Continuous Integration Martin Fowler: 35

36 Quellen Bilder: bilder/kooperationen/scopis/scopis_system_middle.jpg ogos/fraunhofer_logo.jpg https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/jenkins_logo_with_title.svg https://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/7/79/subversion.png https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3f/redmine_logo.svg 36

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