Wintersemester 2014/2015: Vorbesprechung: (Geb , Raum 500, 8h30), Beginn (KW 43), Ende (KW 7)

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1 Zeitplan für das 1. Semester (WS) des Master-Studiengangs Chemische Biologie Wintersemester 2014/2015: Vorbesprechung: (Geb , Raum 500, 8h30), Beginn (KW 43), Ende (KW 7) Block Verantwortlich Dauer Plätze Besp-Wochen Vorlesung Ort: Vorlesung Ort: Praktikum A Christof Niemeyer 3 Wochen Wochen CN, Geb. 601, Raum 427 CN, Geb. 601, Raum 240 B Claudia Muhle-Goll 2x 1 Woche x 1 Woche CS, Geb , Raum 500 CS C Ute Schepers 3 Wochen Wochen CN, Geb. 601, Raum 427 CN,ITG, (Geb. 316) Praktikumssaal D Marcus Elstner 2 Wochen Wochen CS, Seminarraum PC, Geb , 4.OG CS, Seminarraum PC, Geb , 4.OG E Tilman Lamparter 2 Wochen Wochen CS, Seminarraum PC, Geb , CS 4.OG F Burkhard Luy 2 Wochen Wochen CS, Seminarraum der PC im Geb , 4.OG CS, Geb , Raum 401 und 402 G/H/J Anne S. Ulrich 3x 2 Wochen 3 x Wochen CN, Geb. 601, Raum 427 CN, Geb. 352, Raum 108 KW P-Block A B B D Weihnachten D F G J paralleler & Jahreswechsel Block C E E H V-Block A C B B E D D F G H J Seminar P-Block: Praktikumsblock V-Block: Vorlesungsblock (4 SWS, jeweils dienstags und mittwochs von 8h30-10h00) Literaturseminar: mittwochs im Anschluss an die Vorlesung (10h15-11h00)

2 Themenübersicht der Praktikumsblöcke im neuen Masterpraktikum Chemische Biologie für Fortgeschrittene Modulverantwortliche: Anne S. Ulrich und Christof M. Niemeyer Block A: Biokonjugation für Chemische Biologie und Mikroanalytik Christof M. Niemeyer Die Studierenden erhalten einen Überblick über Konzepte, Methoden und Anwendungen der Biokonjugation im Bereich der Chemischen Biologie und der Mikroanalytik. Sie kennen alternative Konzepte zur selektiven chemischen Modifizierung von Biomolekülen, insbesondere Proteine und Nucleinsäuren, und festen Substraten sowie typische Anwendungsbereiche von Biokonjugaten. Sie verstehen die Anforderungen an die chemische Synthese sowie das Design von Testverfahren (Assays) um solche Biokonjugate für die Untersuchung biologischer Fragestellungen einzusetzen und können ihr Wissen auf neue Fragestellungen übertragen. Im praktischen Teil werden typische Biokonjugationsverfahren für Proteine und Nucleinsäuren erlernt und auf modellhafte Oberflächenbasierte Assays zur Analyse von Proteinen und Nucleinsäuren angewendet. Grundlegende Konzepte der Chemischen Biologie; (kombinatorische) Synthese von Peptiden und Nucleinsäuren; (bio)orthogonale Ligationsverfahren; Oberflächenchemie; Mikroarray-Analytik; Antikörper-Wirkstoff-Konjugate; Ligand-induzierte Dimerisierung; Oberflächen-basierte Zell-Assays. Praktikum: 3 Wochen, 20 Plätze CN, IBG-1 (Geb. 601) Seminar- und Praktikumsraum Hermanson, G. T., Bioconjugate Techniques, Academic Press, San Diego Niemeyer, C. M., Bioconjugation Protocols: Strategies and Methods, Methods in Molecular Biology, Humana Press, Totowa, NJ Baldi, P., Hatfield, G. W., DNA Microarrays and Gene Expression: From Experiments to Data Analysis and Modeling, Cambridge University Press Schena, M., DNA Microarrays (Methods Express), Cold Spring Harbor Laboratory Press Weinrich, D., Jonkheijm, P., Niemeyer, C. M., Waldmann, H.; Applications of Protein Biochips in Biomedical and Biotechnological Research. Angew Chem Int Ed 48, 2009, p Chemical Biology. A Practical Course, H. Waldmann, P. Janning, Wiley-VCH, 1. Auflage, 2004.

3 Block B: Datenbanken und Bioinformatik-Tools Claudia Muhle-Goll Die Studierenden werden in die Internet-Datenbankrecherche und Bioinformatik-Tools eingeführt. Genom-, Protein- und Metabolomics-Datenbanken und Methoden zur in silico Proteincharakterisierung werden vorgestellt. Im Praktikum werden die entsprechenden Techniken erläutert und an konkreten Beispielen angewandt. NCBI und ENSEMBL-Datenbank, Uniprot, KEGG, EXPASY, Blast-Sequenzvergleiche, multiple Sequenzvergleiche mit Clustal und Phylogenie, Proteinstrukturmodellierung aufgrund von Homologie CS, IOC (Geb ), Seminarraum 5. Stock Praktikum: 1 Woche ( zwei Mal durchgeführt) 2* 15 Plätze CS, Jean-Michel Claverie: Bioinformatics for Dummies Block C: Kombinatorik Ute Schepers Die Studierenden erhalten einen Überblick über Konzepte, Methoden und Anwendungen der kombinatorischen Synthese und Hochdurchsatztechniken im Bereich der Chemischen Biologie. Sie kennen alternative Konzepte zur Herstellung kleiner Molekülbibliotheken auf Basis der organischen Festphasensynthese, deren Markierung mit Fluorophoren und deren automatisiertes Screening in Zellen und im Tiermodell Zebrafisch. Sie erlernen bioorthogonale Reaktionen und deren Anwendung in vivo z.b. in der Markierung von Glykostrukturen. Grundlegende Konzepte der Chemischen Biologie; (kombinatorische) Synthese von kleinen Molekülen, Festphasenchemie, Markierungsstrategien; (bio)orthogonale Ligationsverfahren; Hochdurchdsatz-Screeningverfahren, automatisierte Mikroskopie, Zebrafisch-Handling, Zellkultur, Robotik Praktikum: 3 Wochen, 20 Plätze CN,ITG, (Geb. 316) Praktikumssaal/ Seminarraum A Miller, J. Tanner Essentials of Chemical Biology", Wiley B. Larijani, C.A. Rosser Chemical Biology Wiley H. Waldmann, P. Janning Chemical Biology Wiley-VCH U. Schepers RNAi interference in practice Wiley-VCH Niemeyer, C. M., Bioconjugation Protocols: Strategies and Methods, Methods in Molecular Biology, Humana Press, Totowa, NJ 2004.

4 Block D: Molecular Dynamics and Docking Marcus Elstner Die Studierenden werden in die Methodik der biophysikalischen Beschreibung der Struktur- und Strukturbildung von Biomakromolekülen (Proteine, DNA, RNA) eingeführt und in Modelle zu deren Verständnis, der Modellierung (Bioinformatik) und der Simulation. Einführung in die empirischen Kraftfeldmethoden, Energiebeiträge, Strukturminimierung Molekulardynamik (Thermostat, Barostat), Strukturbasierte Simulationen, Beschreibung von Bindungsvorgängen, Rezeptor-Liganden-Docking CS, Seminarraum der Physikalischen Chemie im Geb , 4.OG (dienstags 9h30-11h00) Praktikum: 15 Plätze, 2 Wochen CS, Seminarraum der Physikalischen Chemie im Geb , 4.OG Leach: Molecular Modeling: Principles and Applications, Pearson Education, Jensen: Introduction to Computational Chemistry, Wiley, Chichester 2007 Block E: Protein Kristallisation Tilman Lamparter Die Studierenden werden in die Praxis der Proteinkristallisation eingeführt. Der erste Flaschenhals besteht in der Expression und Reinigung, der zweite in der Kristallisation, der dritte in der Diffraktion und Lösung des Phasenproblems. Die Grundlagen dazu werden in der Vorlesung vermittelt. Ziel der Kristallisation. Klonierung Expressionsvektoren; Protein Reinigung; Screening Konzepte, Optimierung; Cryo-Protektion; Diffraktion, Strahlenquellen; Lösung des Phasenproblems; Refinement; Visualisierung CS, Seminarraum der Physikalischen Chemie im Geb , 4.OG (dienstags 9h30-11h00) Praktikum: 10 Plätze, 2 Wochen Methods in Molecular Biology, vol. 363: Macromolecular Crystallography Protocols: Volumes 1 + 2: Preparation and Crystallization of Macromolecules Edited / Structure Determination by: S. Doublié Humana Press Inc., Totowa, N (2007) (als pdf verfügbar) Protein Crystallization (2009) by Therese M. Bergfors

5 Block F: Hochauflösende NMR-Spektroskopie in der Chemischen Biologie Burkhard Luy Die Studierenden werden in die Methoden der NMR-Spektroskopie zur Strukturaufklärung und Quantifizierung von organischen Molekülen eingeführt. Weiterhin lernen sie die Grundlagen zu Drug- Design und Ligandenscreening mit Hilfe der NMR-Spektroskopie kennen. Eine Einführung zur NMR- Spektroskopie an Proteinen wird gegeben. Neben der Vermittlung von Grundlagenwissen soll die Vorlesung die Studierenden auf das gleichzeitig stattfindende Praktikum vorbereiten. Einführung in die NMR-Strukturaufklärung im Hinblick auf Konstitution, Konfiguration und Konformation; NOE-Distanzen, Karplusrelation, dipolare Restkopplungen und deren Anwendung; Grundlagen zu Metabolomics; Multivariate und andere Analyseverfahren; liganden- und rezeptorbasierte Detektion von Bindungsverhalten; Struktur-Aktivitäts-Beziehung mit Hilfe der NMR. CS, Seminarraum der Physikalischen Chemie im Geb , 4.OG (dienstags 9h30-11h00) Praktikum: 6 Plätze, 2 Wochen CS, Räume 401 und 402 Gebäude H. Günther: NMR Spectroscopy, Basic Principles, Concepts, and Applications, Wiley-VCH, Lämmerhofer, Michael / Weckwerth, Wolfram: Metabolomics in Practice, Wiley VCH, Originalliteratur.

6 Block G: Protein-Lipid Wechselwirkungen Jochen Bürck und Johannes Reichert (LS Biochemie: Anne S. Ulrich) Die Studierenden werden in die biologische Bedeutung und in die grundlegenden Techniken zur Aufklärung von Protein-Lipid-Wechselwirkungen eingeführt. An Beispielen wie der Membranbindung, Porenbildung, oder Amyloid-Aggregation werden Grundlagen und Methodik chiraloptischer und fluoreszenzspektroskopischer Techniken zur Charakterisierung von Biomakromolekülen vermittelt. Das zugehörige Praktikum beinhaltet die Probenpräparation relevanter Peptide in Membranimitierenden Umgebungen, ihre Messung im CD- bzw. Fluoreszenz-Spektrometer. Physikalische Grundlagen chiraloptischer und fluoreszenzspektroskopischer Methoden, Membranbindung, Konformations- und Orientierungsanalyse, Porenbildung, Translokation, Amyloid- Aggregation, Liposomen-Technologie, in-vitro- und in-vivo-techniken, High-Throughput Screening, Sekundärstrukturanalyse, Peptidorientierung, fluorimetrische Funktionsassays. Vorlesung: 1 Doppelstunde Praktikum: 5 Plätze, 2 Wochen CN, IBG-2 (Geb. 352), Seminarraum G. D. Fasman (ed.): Circular Dichroism and the Conformational Analysis of Biomolecules, Plenum Press, N.J., Comprehensive Chiroptical Spectroscopy,Two volume set. Edited by N. Berova, P. L. Polavarapu, K. Nakanishi, and Robert W. Woody. John Wiley & Sons, Hoboken, Lakowicz, Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3rd Ed., Springer, 2010 J.M. Sanderson, Peptide lipid interactions: Insights and perspectives. Organic & Biomolecular Chemistry. 3 (2005) Wu, Y., H. W. Huang, and G. A. Olah Method of oriented circular dichroism. Biophys. J. 57: K.A. Brogden, Antimicrobial peptides: Pore formers or metabolic inhibitors in bacteria. Nature Reviews Microbiology 3 (2005) F. Madani et al., Mechanisms of cellular uptake of cell-penetrating peptides. Journal of Biophysics 2011 (2011), Article ID

7 Block H: Membran-aktive Peptide Parvesh Wadhwani und Sergii Afonin (LS Biochemie, Anne S. Ulrich) Die Studierenden erhalten einen Überblick über das Vorkommen, die Funktionsweisen und die Anwendungsgebiete von Membran-aktiven Peptiden. Sie verstehen die Anforderungen an das molekulare Design und die chemische Synthese, sowie bezüglich der Peptid-Aggregation und der Lipid-Polymorphie. Anhand von repräsentativen Beispielen werden unterschiedliche Peptid-Kategorien erläutert. Im praktischen Teil kommen die synthetischen, massenspektrometrischen und chromotographischen Schritte zur Anwendung. Membran-aktive Peptide in Medizin (antimikrobielle und toxische Peptide) und Biotechnologie (zellpenetrierende und fusogene Peptide); natürliches Vorkommen und chemisches Design; Festphasen-Peptidsynthese (automatisiert and manuell); Charakterisierung der Produkte mittels Chromatographie und Massenspektrometrie; Kalorimetrische Analyse der Membranbindung. Vorlesung: 1 Doppelstunde Praktikum: 5 Plätze, 2 Wochen Erste Woche am CN, IBG-2 (Geb. 352) Seminarraum Zweite Woche am CS, IOC (Geb ) Raum 501 Bioactive Peptides, Edited by john Howl CRC Press, Boca Raton, 2009, 506 pp. Peptide characterization and application protocols Edited by Gregg B. Fields, Methods in Molecular Biology, Vol , XI, 342 p. Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis. A Practical Approach; Edited by W. Chan and Peter White; Practical Approach Series 222, (2000) 370. G.W.H. Höhne, W.F. Hemminger, H.-J. Flammersheim. Differential Scanning Calorimetry, 2003 Methods in Molecular Biology, vol. 251: HPLC of Peptides and Proteins, 2004 Methods in Molecular Biology, vol. 146: Mass Spectrometry of proteins and Peptides, 2000 Methods in Molecular Biology, vol. 386: Peptide Characterization and Application Protocols, 2007

8 Block J: Strukturaufklärung in Membranen Erik Strandberg und Stephan Grage (LS Biochemie, Anne S. Ulrich) In der Vorlesung werden die Studierenden verschiedene Methoden der Festkörper-NMR kennenlernen, um 3D-Strukturen von membranständigen Peptiden und Membranproteinen zu bestimmen. Im Praktikum wird der theoretische Hintergrund wichtiger Festkörper-NMR Techniken erklärt, sowie Probenvorbereitung, Durchführung und Daten-Auswertung vermittelt. Isotopenmarkierung, Rekonstitution von membranaktiven Peptiden in Lipiddoppelschichten und Vorbereitung von orientierten NMR Proben, Methoden der Festkörper-NMR zur Bestimmung von Molekülorientierungen, intermolekularen Abständen und molekularer Dynamik, fortgeschrittene Festkörper-NMR Techniken wie 2-dimensionale NMR und magic angle spinning Vorlesung: 1 Doppelstunde Praktikum: 5 Plätze, 2 Wochen CN, IBG-2 (Geb. 352) Seminarraum, oder CS, IOC (Geb ) Raum 501 M. Levitt: Spin Dynamics M. Duerr: Solid-state NMR spectroscopy. Principles and Applications F. O. Stejskal and J. D. Memory: High resolution NMR in the solid state K. Schmidt-rohr and H. Spiess: Multidimensional solid-state NMR in polymers

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