VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch. Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin

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1 VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin

2 Vorlesungsthemen Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees Part 5: Secondary Structures (4) 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures (4) 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships Part 7: Cells and Organisms (6) 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation 2

3 Heute Wiederholung der Vorlesungsthemen Gliederung Blöcke: Part 1: Background Basics Part 2: Sequence Alignments Part 3: Evolutionary Processes Part 4: Genome Characteristics Part 5: Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures Part 7: Cells and Organisms Pro Block: Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud Beispiel-Fragen der Probeklausur

4 Block 1 Background Basics Kapitel 1,2,3 Topics: 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases

5 Kapitel 1 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

6 Kapitel 2 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

7 Kapitel 3 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

8 Woche 1 - Montag Einführung 8

9 Woche 1 - Mittwoch Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen 9

10 Woche 2 - Montag Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken 10

11 Woche 2 - Mittwoch Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava 11

12 Beispiel-Fragen

13 Block 2 Sequence Alignments Kapitel 4,6 Topics: 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments

14 Kapitel 4 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

15 Kapitel 6 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

16 Woche 3 - Montag Wiederholung: Sequence Alignment 16

17 Woche 3 - Mittwoch Einführung: Patterns & Profiles 17

18 Beispiel-Fragen

19 Block 3 Evolutionary Processes Kapitel 7,8 Topics: 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees

20 Kapitel 7 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

21 Kapitel 8 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

22 Woche 4 - Mittwoch Einführung: Phylogenetische Bäume 22

23 Woche 5 - Montag Vertiefung: Phylogenetische Bäume Evolutionary Distances, Generating Single Trees 23

24 Woche 5 - Mittwoch Vertiefung: Phylogenetische Bäume Generating Multiple Tree Topologies, Tree Evaluation 24

25 Woche 5-3 Vertiefung: Phylogenetische Bäume Statistical Methods for Tree Evaluation 25

26 Beispiel-Fragen

27 Block 4 Genome Characteristics Kapitel 9,10 Topics: 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation

28 Kapitel 9 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

29 Kapitel 10 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

30 Woche 6 - Montag Einführung: Gene Finding 30

31 Woche 6 - Mittwoch Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes 31

32 Woche 7 - Montag Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes 32

33 Woche 7 - Donnerstag Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison 33

34 Beispiel-Fragen

35 Block 5 Secondary Structures Kapitel 11,12 Topics: 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures

36 Kapitel 11 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

37 Kapitel 12 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

38 Woche 8 - Montag Einführung: Secondary Structure from Sequence 38

39 Woche 8 - Mittwoch Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction 39

40 Woche 9 - Montag Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert) 40

41 Woche 9 - Mittwoch Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction 41

42 Woche 10 - Montag Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures 42

43 Woche 10 - Mittwoch Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction 43

44 Beispiel-Fragen

45 Block 6 Tertiary Structures Kapitel 13,14 Topics: 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships

46 Kapitel 13 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

47 Kapitel 14 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

48 Woche 11 - Montag Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling 48

49 Woche 11 - Mittwoch Vertiefung: Homology Modeling 49

50 Woche 12 - Montag Vertiefung: Threading 50

51 Woche 12 - Mittwoch Vertiefung: Structure Comparison 51

52 Woche 13 - Montag Vertiefung: Binding Site Detection, Docking 52

53 Beispiel-Fragen

54 Block 7 Cells and Organisms Kapitel 15,17 Topics: 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology

55 Kapitel 15 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

56 Kapitel 17 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

57 Woche 13 - Mittwoch Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis 57

58 Woche 14 - Montag Vertiefung: Gene / Microarray Expression Analysis; Quality Control, Preprocessing, Normalization, Selforganizing Maps for clustering and classification 58

59 Woche 14 - Mittwoch Einführung: Protein Expression Analysis, 2D GE, Mass Spectrometry 59

60 Woche 15 - Montag Vertiefung: Protein Expression Analysis; Mass Spectrometry, Algorithms for analysing MS data 60

61 Woche 15 - Mittwoch Vertiefung: Protein Expression Analysis, Peptide Mass Fingerprinting; Einführung: Systems Biology 61

62 Woche 16 - Montag Vertiefung: Systems Biology 62

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