MOL.504 Analyse von DNA- und Proteinsequenzen. Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme

Transkript

1 MOL.504 Analyse von DNA- und Proteinsequenzen Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme

2 Ü1 Tutorial für NCBI NCBI Nucleotide: Suche nach cellobiose dehydrogenase fungi

3 Ü1 Tutorial für NCBI NCBI Nucleotide: Suche nach cellobiose dehydrogenase fungi Welche Taxonomic Groups (bzw. Untergruppen) werden gefunden? Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster für Überblick Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe? Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum (ein Basidiomycete)

4 Ü1 Tutorial für NCBI Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur: Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences

5 Ü1 Tutorial für NCBI Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur: Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences Somewhat similar sequences

6 Ü2 NCBI-Nucleotide Suche nach soluble epoxide hydrolase plants Welche Taxonomic Groups (bzw. Untergruppen) werden gefunden? Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster für Überblick Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe? Wähle die soluble epoxide hydrolase aus Arabidopsis thaliana (Tipp: eudicots) und suche dazu Informationen zur: Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences Anmerkung: In der Ergebnis-Liste keine kompletten Chromosomen und keine putative -Einträge wählen Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences Acker-Schmalwand Arabidopsis thaliana (Bild: Wikipedia) z.b.: Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase (SEH) mrna, complete cds NCBI Reference Sequence: NM_

7 Ü3 NCBI-Nucleotide/Protein Suche nach der Nukleotidsequenz mit der Accession-Nummer NC_ : Um welche Sequenz handelt es sich? Organismus, Molekül- und Sequenztyp, PubMed-ID? Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag yqjm Sichere die CDS dieser Gensequenz als.txt-datei im FASTA-Format Auf CDS klicken

8 Ü3 NCBI-Nucleotide/Protein Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag yqjm Sichere die CDS dieser Gensequenz als.txt-datei im FASTA-Format Auf CDS klicken Gib Informationen zu diesem Gen-Eintrag an: Sequenzstart und -ende im Genom Name des Translationsprodukts der CDS Gib die Accession-Nr. des korrespondierenden Proteins an und gehe mit Hilfe der Protein-ID zum Protein-Eintrag(NCBI Reference Sequence: NP_ ) Verwende die Optionen rechts auf der Seite ( Related information ): Welches ist die nächste, verwandte Sequenzen die nicht aus Bacillus subtilis stammt? (Related Information: BLink) Suche konservierte Domänen (Conserved Domains)

9 Ü4 UniProt/ProSite Suche in ExPASy/UniProt KB nach: Prunus dulcis hydroxynitrile lyase Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern Gehe auf der jeweiligen Seite des Eintrags zum Abschnitt Sequences und verwende das Tool Compute pi/mw - Isoelektrischer Punkt? Molekulargewicht?

10 Ü4 ExPASy/ProSite Gehen Sie zum Scan ProSite -Eingabeformular ( und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein (Prunus dulcis hydroxynitrile lyase, Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase; Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase) Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen? Anmerkung: Checkbox Exclude motifs deaktivieren!

11 Ü4 ExPASy/ProSite Prunus dulcis hydroxynitrile lyase - Glykosilierungsstellen check correct patterns

12 MOL.504 Übungsaugaben I Ü5 BRENDA Suche in der BRENDA-DB nach Aldose Reductase welche E.C.-Nummer hat dieses Enzym? welche Reaktion(en) wird/werden katalysiert? (Geben Sie die erste in der Liste an). welcher Kofaktor wird benötigt? aus welchen Organismen sind Aldose-Reduktasen bekannt (nennen Sie 5)? Reduzieren Sie den Eintrag auf den Organismus Homo sapiens gibt es Aminosäure-Sequenzen und Strukturen (linkes Menü)? welche Sequenzlänge hat die menschliche Aldose-Reduktase? wo wurde die höchste Turnover Number, wo die höchste spezifische Aktivität beschrieben (linkes Menü)? Angabe der Werte Angabe der vollständigen Referenz