Aufgaben zur Enzymatik

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1 Aufgaben zur Enzymatik Viele dieser Aufgaben wurden in den vergangenen Jahren im Rahmen von Klassenarbeiten und/oder Prüfungen gestellt. 1. Grundlagen: Spezifität, T- und ph-ptima, Sättigungskinetik + Lineweaver-Burk-Plot, Cofaktoren 1.1. Die Temperatur wird in einem Enzymversuch mit einem typischen Säugetierenzym im Verlauf von 10 Minuten von 10 C auf 95 C gesteigert und im Verlauf weiterer 10 Minuten wieder auf 35 C gesenkt. Wie verändert sich die Geschwindigkeit/Enzymaktivität im Verlauf des gesamten Experiment? Annahme: Das Enzym ist zu jedem Zeitpunkt optimal mit Substrat versorgt. Geben Sie einen entsprechenden Kurvenverlauf in einem Diagramm an (x- Achse: Zeit, y-achse: Reaktionsgeschwindigkeit) und erklären Sie die Hintergründe! 1.2. Die Biochemie kennt heute viele tausende Enzyme. Mehrere hunderte solcher Enzyme sind im Zellplasma normalerweise gleichzeitig aktiv. Weshalb ist es dies möglich, ohne dass sich die Enzyme gegenseitig in ihrer Funktion stören/behindern und der geordnete Stoffwechsel in ein Chaos verfällt? Erläutern Sie ausführlich. 1.3 [NUR WENN IM LABR DER UNTERRICHT BEHANDELT] Das Enzym Urease spaltet Harnstoff (H 2N-C- NH 2) hydrolytisch in Ammoniak und Kohlenstoffdioxid. Die Aktivität des Enzyms kann durch die kontinuierliche Messung der elektrischen Leitfähigkeit mit einem Leitfähigkeitsmessgerät erfolgen. Zum Zeitpunkt A wurde in einer Harnstofflösung eine Spatelspitze Urease gelöst. Zum Zeitpunkt B wurden einigte Tropfen konz. Silbernitratlösung zugegeben. Insgesamt ergab sich folgender Verlauf: a) Notieren Sie die Reaktionsgleichung für die enzymatische Reaktion. b) Beschreiben und erklären Sie den Verlauf der Leitfähigkeit. c) Zeichnen Sie die zu erwartende Kurve, wenn zum Zeitpunkt A Silbernitratlösung und zum Zeitpunkt B Urease dazugegeben worden wäre. 1.4 Begründen Sie welches Cosubstrat bei folgenden enzymatischen Reaktionen benutzt wird. Stellen Sie eine entsprechende Reaktionsgleichung auf, wobei organische Substrate und Produkte in Strukturformeln darzustellen sind. a) Bei der Milchsäuregärung kommt es zur Umwandlung von Pyruvat (Anion der Brenztraubensäure, H 3 C-C()- CH) zu Lactat (Anion der Milchsäure, H 3 C-CH(H)-CH). b) Der Citratzyklus ist ein sehr wichtiger Stoffwechselweg. Ein Teilschritt ist die Umwandlung von Malat (zweifach negativ geladenes Anion der 2-Hydroxy-Butandisäure) in xalacetat (zweifach negativ geladenes Anion der xobutandisäure besitzt eine Ketogruppe).

2 2. Enzymkinetik, Rechnungen Rund um enzymatische Berechnungen existiert auch ein eigenes Arbeitsblatt mit dem Titel Rechnen mit der Wechselzahl und der Enzymaktivität 2.1. a) Zeichnen und erklären Sie den Verlauf der Kurve wenn man die Geschwindigkeit bzw. die Enzymaktivität gegen die Substratkonzentration in ein Diagramm aufträgt. b) Wie gelangt man ausgehend von a) zur Lineweaver-Burk-Auftragung? Zeichnen und beschriften Sie ein solches Diagramm (Größe der Zeichnung: ca. ¼ DIN A4-Seite) c) Wie verändert sich die Kurve/Gerade von b), wenn in einem ansonsten gleichen Ansatz zusätzlich ein allo - sterischer Hemmstoff vorhanden ist. Zeichnen Sie in das Diagramm von b) eine solche Kurve/Gerade ein. 2.2 Die Carboanhydrase der Erythrozyten katalysiert die Reaktion C 2 + H 2 HC 3 + H +. Die gehört zu den schnellten bekannten Enzymen. a) Erklären Sie kurz den Begriff Wechselzahl. b) Berechnen Sie die Wechselzahl des Enzyms, wenn 10 µg des hochreinen Enzyms (M= g/mol) pro Minute 6,8 mmol C 2 umsetzen können. Hinweis: Avogadro-Konstante N A = 6, /mol Die Alkoholdehydrogensase (ADH) katalysiert in Hefezellen die Umwandlung von Acetaldehyd (= Ethanal, C 2H 5, M = 44,1 g/mol) in Ethanol. Die spezifische Aktivität eines hochreinen Präpararats von Alkoholdehydrogenase beträgt 4,16 µkatal/mg. a) Berechnen Sie die spezifische Aktivität in der Einheit U/mg um b) Welche Masse des Enzympräparats muss in einem Versuch eingesetzt werden, um in einem Versuchsansatz 793,8 mg Ethanal in 20 Minuten umzuwandeln. 3. Enzymklassen 3.1. Begründen Sie kurz, zu welchen Enzymklassen diese Enzyme gehören. a) R - - P + H ¾¾¾¾ R - H + HP 2- alkalische Phosphatase 4 b) D-Glucose + ATP Kinase ¾¾¾ D-Glucose-6-Phosphat + ADP c) Malatdehydrogenase ist ein Enzym, das die chemische Reaktion von Malat (zweifach geladenes Säurerestion der 2-Hydroxy-butandisäure (C 4H 6 5)) zu xalacetat (xalacetat: zweifach geladenes Säurerestion der 2-xobutandisäure (C 4H 4 5)) katalysiert. Geben Sie neben der Enzymklasse (incl. Begründung) auch die Reaktionsgleichung incl. Cosubstrat an! 4. Gemischte Aufgaben 4.1 Äpfelsäure kann in einer Probe fotometrisch mit Hilfe des Enzyms Malat-Dehydrogenase (MDH) und NAD + als Cosubstrat bestimmt werden. Das Enzym MDH katalysiert dabei folgende Reaktion: HC H + NAD+ MDH HC CH CH + NADH/H + Äpfelsäure (Malat) a) Erklären Sie kurz das Prinzip dieser Bestimmungsmethode. b) Zu welcher Enzymklasse gehört die Malat-Dehydrogenase? c) Zeichnen Sie das passende Lineweaver-Burk-Diagramm, wenn die maximale Enzymaktivität in der Versuchsreihe v max = 9,09 µmol/min und K M = 0,069 millimol/l beträgt.

3 4.2 Das Enzym Aldehyddehydrogenase oxidiert Aldehyde (R-CH) mithilfe von NAD + oder NADH/H + auf. Der molare Absorptionskoeffizient von NADH/H + beträgt bei λ = 339 nm, ε = 6200 L/(mol cm), der von NAD + bei gleicher Wellenlänge beträgt ε = 0,0 L/(mol cm). a) Notieren Sie eine allgemeine Reaktionsgleichung (mit R-CH) und entscheiden Sie ob NAD + oder NADH/H + benötigt wird. b) Berechnen Sie die Enzymaktivität eines Aldehyddehydrogenase-Präparats wenn sich während der 1- stündigen enzymatischen Reaktion in einem Ansatz mit 200 ml die Absorbanz um A 339nm 0,875 ändert. Geben Sie das Ergebnis in Units und in Nanokatal an. c) Zur Bestimmung der Masse an Acetaldehyd (Hinweis: Acetaldehyd = Ethanal) wurden 50 ml einer Probelösung mit einer großen Portion der Aldehyddehydrogenase versetzt. Nach längerer Zeit hat sich die Absorbanz von A 339nm 0,454 verändert. Berechnen Sie die Masse Acetaldehyd, die in der Probe vorlag.

4 Lösungshinweise ohne Gewähr Zu vielen Fragen finden sich nur Lösungshinweise. In jedem Fall auch die Aufgabenstellung dieser online-version mit Ihrer Kopie aus dem Unterricht abgleichen. Manchmal gibt es Änderungen, auch in der Nummerierung! Wenn Sie einen Fehler entdecken, bin ich um eine kurze dankbar. Die finden sie unter Zu Beginn greift die RGT-Regel. Erhöht man die T um 10 C so nimmt die Enzymaktivität (Reaktionsgeschwindigkeit) je nach Enzym um das Doppelte bis Dreifache zu. Bis zum Temperaturoptimum verläuft die Zunahme also exponentiell. Als T-ptimum nimmt man z.b. eine bestimmte T im Bereich von 35 C 40 C an. Danach kommt es zu einer senkung der Enzymaktivität, weil das Enzym denaturiert. Ab ca. 50 C kommt es zur irreversiblen Denaturierung, die Enzymaktivität fällt auch 0,0 mol/min. Auch bei einer T-Senkung steigt die Enzymaktivität nicht mehr an. 1.2 Die Erklärung liegt in der ausgeprägten Substrat- und Wirkungsspezifität der Enzyme. 1.3 a) H 2N-C-NH 2 + H 2 C NH 3 b) Die elektrische Leitfähigkeit ist ein Maß für die Ionenkonzentration in der Lösung. Zu beginn ist sie konstant. Bei Zugabe von Urease beginnt sie kontinuierlich zu steigen, weil die C 2und Ammoniak entstehen, die in wässeriger Lösung teilweise in Ionen zerfallen (NH 3 + H 2 + NH 4 + H, C 2+ H 2 H HC 3 ). Bei Zugabe das Salzes AgN 3 nimmt die Ionenleitfähigkeit sprunghaft zu, da das Salz in Ionen dissoziiert vorliegt. Dabei wird jedoch die Urease irreversibel aktiviert, sodass es nicht mehr zu einer kontinuierlichen Zunahme der Leitfähigkeit kommt. c) Bis zum Punkt A (AgN 3-Zugabe): horizontal. Bei Punkt A senkrechter (sprunghafter) Anstieg, da ein Salz (Ionenverbindung) zugegeben wird. Dann bis zum Punkt B horizontal weiter ( keine weitere Zunahme der Ionenkonzentrationen). Auch nach Urease-Zugabe ändert sich die Ionenleitfähigkeit nicht, da die Urease durch dass Ag + irreversibel gehemmt wird. 1.4 Fehlt noch 2.1 Leitfähigkeit A B t Es resultiert eine Substratsättigungskurve. Beispiel für eine Kurve mit v max = 0,375 µmol/l und K M = 300 µmol/l

5 0, 4 Substratsättigungskurve 0, 35 0, 3 )-1 *s -1 0, 25 0, 2 0, 15 mol*l μ 0, 1 0, 05 0 Reaktionsgeschwindigkeit (z.b. in Substratkonzentration ( z.b. in μmol/ L) Trägt man die Substratkonzentration und die Reaktionsgeschwindigkeit reziprok auf, so gelangt man zum entsprechenden Lineweaver-Burk-Diagramm. c) Bei einer allosterischen Hemmung wird v max kleiner, da ja eine Hemmung eintritt! Wenn v max kleiner wird, dann wird 1/v max größer. D.h. die Gerade hat bei Anwenheit eines allosterischen Hemmstoff hat auf jeden Fall einen größeren y-achsenabschnitt. Der K M-Wert kann größer, gleich oder kleiner Sein, so dass man keine Aussage über den x-achsenabschnitt machen kann. (Hinweis: Es gibt hier auch genauere Differenzierungen, die aber im Unterricht nicht behandelt wurden). 2.2 a) Die Wechselzahl (turnover number) gibt an, wie viel Substratmoleküle pro Enzymmolekül pro Zeiteinheit umgesetzt wird. Meist gibt man die Wechselzahl pro Sekunde an. Einheit: s -1 b) Die Avogadro-Konstante wird für das Rechnen nicht unbedingt benötigt! 10 µg Enzym entsprechen 3, mol Enzym. Diese Stoffmenge setzt 6,8 mmol (= 6, mol) C 2 um. Es wird die 2, fache Substratmenge umgesetzt, wie Enzymmenge vorhanden ist. Mit anderen Worten (Variante 1): Pro mol Enzym werden also 2, mol C 2 umgesetzt.

6 Mit anderen Worten (Variante 2): Pro Molekül Enzym werden pro Minuten 2, C 2- Moleküle umgesetzt. Die Wechselzahl beträgt also tn = 2, min -1 DER tn = s a) µmol µmol 1 µmol min µkatal 60 4,16 4,16 4,16 249, 6 min U = s = = = 249, 6 mg mg mg mg mg b) 793,8 mg Ethanal entsprechen 0,018 mol Ethanal. Das sind µmol Ethanal. Pro Minute müssen also 900 µmol Ethanal umgewandelt werden. Die eingesetzte Enzymportion muss also 900 Units besitzen. Wenn die spezifische Aktivität 249,6 U pro mg beträgt, müssen 3,6 mg eingesetzt werden a) Es handelt sich um eine Hydrolase, da ein Molekül unter dem Einfluss von Wasser gespalten wird b) Es handelt sich um eine Transferase, da eine Molekülgruppe (hier: Phosphat) von einem Molekül (hier: ATP) auf ein anderes Molekül (hier: D-Glucose) übertragen wird. 3.1.c) - - (0) (+II) - H + NAD + + NADH/H+ Es handelt sich um eine Redoxreaktion, denn xalat wird oxidiert (das 2. C-Atom gibt zwei Elektronen ab). Als Elektronenempfänger dient das Cosubstrat NAD +, was zu NADPH/H + reduziert wird. Die Malatdehydrogenase ist damit eine xidoreduktase a) Es handelt sich um den optischen Test. Es wird fotometrisch die Umwandlung von NAD + zu NADH/H + verfolgt. Die Absorbanz bei ca. 340 nm nimmt im Verlauf der Reaktion zu, die Absorbanz bei ca. 260 nm ab. Diese Absorbanzänderungen sind ein Maß für den Gehalt an Äpfelsäure. b) xidoreduktase. c) Schnittpunkt mit x-achse: -1/kM, Schnittpunkt y- Achse: 1/v max. Einheit x-achse: L/mmol, Einheit y- Achse: min/µmol

7 4.2 a) Schon allein durch die Information, dass das Substrat aufoxidiert wird, ist klar, dass NAD + benötigt wird, also die Form des Cosubstrats, die die bei der xidation frei werdenden Elektronen aufnehmen kann. NAD + ist das xidationsäquivalent. Bitte folgendes Aufoxidationsschema einprägen: möglich] Aufoxidation: prim. Alkohole Aldehyde Carbonsäuren xxx [ohne Molekülbruch nicht weiter Aufoxidation: sek. Alkohole Ketone xxx [ohne Molekülbruch nicht weiter möglich] Aufoxidation: tert. Alkohole xxx [ohne Molekülbruch nicht weiter möglich] Bitte Einprägen: In den Reaktionsgleichungen von Reaktion die von xidoreduktasen katalysiert werden, taucht häufig H₂ auf. b) Die Absorbanzänderung von A = 0 auf A = 0,875 lässt sich in eine NADH/H + -Änderung zurückführen. Die dazugehörige Stoffmengenänderung lässt sich mit dem Lambert-Beerschen Gesetz berechnen: A=ε c d c= A ε d = 0,875 4 mol μmol 1, ,1 L 6200 mol cm 1cm L L NAD + bzw. NADH/H + Wegen dem 1:1-Koeffizient in der Reaktionsgleichung entspricht die NAD + -Änderung bzw. NADH/H + -Änderung auch der Substratänderung. Änderung der Substratkonzentration in 1 Stunde: 141,1 µmol pro Liter. In den 200 ml des Ansatzes werden pro Stunde ein Fünftel davon, also 28,2 µmol umgesetzt. Pro Minute sind dass 0,47 µmol. Die Enzymaktivität beträgt also EA = 0,47 µmol / min = 0,47 Units. EA = 0, µmol / 60 sek. = 7, mol/s = 7, katal = 7,84 nanokatal c) A=ε c d c= A ε d = 0,454 5 mol 7, L 6200 mol cm 1cm L In 50 ml wurden also 3, mol Acetaldehyd (CH 3-CH, M = 44,1 g/mol) umgesetzt. Das sind 0,16 Milligramm Ethanal.