Java unter Linux für die Arbeit mit der SciFinder Webversion-ein Anwenderbericht

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1 Java unter Linux für die Arbeit mit der SciFinder Webversion-ein Anwenderbericht Java-Version >= "6 Update 4": Wichtig ist, dass Java wenigstens in der Version "6 Update 4" installiert ist. Der Hänger beim Schließen des Fensters zum Molekülezeichnen, den ich beim ersten Test unter Linux hatte, war verschwunden, sobald ich meine veraltete Version "6 Update 3" auf "6 Update 4" akualisiert hatte. Als Browser am besten Firefox verwenden: Als Browser ist Firefox eine gute Wahl, weil er für alle Linux-Distributionen erhältlich ist und auch meistens schon vorinstalliert ist. Linux-Distributionen, die jünger sind als 1 Jahr, sollten direkt funktionieren: Bei opensuse 10.3 ist Java 6 gleich dabei und muss nur aktualisiert werden. Die Aktualisierung erfolgt am besten via Yast -> "Online-Aktualisierung". Bei anderen Linux-Varianten gibt es vergleichbare Administrationstools. Da opensuse 10.3 schon vor über einem Jahr erschienen ist, sollten alle 32-bit-Linux-Systeme (nicht nur opensuse), die jünger sind, von Hause aus eine genügend aktuelle Java-Version mitbringen. Und dann sind auch die bei der Linux-Distribution enthaltenen Browser gleich mit dem passenden Java-Plugin ausgestattet. Hier sollte der SciFinder Web also direkt funktionieren (ggf. Browser-Konfiguration überprüfen (siehe unten)). Bei 64-bit-Linux-Systemen wird es schwieriger (siehe unten). ältere Linux-Distributionen: opensuse 10.2 (und damit alle Linux-Distributionen, die deutlich älter sind, als 1 bis 1,5 Jahre) kommt noch mit Java 5 daher. Da muss man Java 6 von Hand einspielen. Hier kommt es auf die Linux-Distribution an. Kann man mit dem distributions-eigenen Administrations-Tool auf Java >= "6 Update 4" aufrüsten, sollten alle Probleme behoben sein. Andernfalls muss eine aktuelle Java-Version von Hand installiert werden. Die Webseite von Sun zum Herunterladen von Java ist zu finden unter:

2 Für das passende Browser-Plugin braucht man nur die reine Laufzeit- Umgebung -> "Java SE Runtime Environment...". Für die heruntergeladene Datei "jre-6u11-linux-i586.bin" (die aktuelle Version "6 Update 11") wird im Folgenden angenommen, dass sie in das Verzeichnis /opt/jre1.6.0_11 entpackt werden soll. Dafür muss sie in das Verzeichnis "/opt" kopiert und mit root-rechten in einer Linux-Shell ausgeführt werden: chmod +x /opt/jre-6u11-linux-i586.bin /opt/jre-6u11-linux-i586.bin Die Anzeige der Lizenz kann mit "q" abgebrochen werden, aber die Lizenz muss durch Eingabe von "yes" bestätigt werden. Nachdem Entpacken liegen die Dateien im neu angelegten Unterverzeichnis /opt/jre1.6.0_11.

3 Nun muss noch eine Verknüpfung der Datei /opt/jre1.6.0_11/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so im Plugin-Verzeichnis des Firefox-Browsers angelegt werden. Unter opensuse 11.0 ist das das Verzeichnis "/usr/lib/browser-plugins". Eine eventuell gleichlautende Verknüpfung in diesem Verzeichnis muss zuvor umbenannt werden. cd /usr/lib/browser-plugins ln -s /opt/jre1.6.0_11/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so Die erzeugte Verknüpfung ist im folgenden Bildschirmfoto mit einem roten Pfeil markiert:

4 Browser-Konfiguration: Neben einem installierten Java ist noch wichtig, dass im Browser JavaScript aktiviert ist (Browsereinstellungen). Beim Konqueror-Browser unter Linux muss man noch in den JavaScript-Einstellungen das Öffnen neuer Fenster erlauben. Diese Funktion ist beim Konqueror offenbar standardmäßig ausgeschaltet. 64-bit-Linux-Systeme: 64-bit-Linux-Systeme verkomplizieren die Verwendung von Java, weil Sun aus unerfindlichen Gründen keine 64-bit-Java-Plugins bereitstellt. Bietet nun der Linux-Distributor ein eigenes 64-bit-Java-Plugin, so entspannt das die Sache schon wieder, weil man dann annehmen kann, dass zumindest der distributions-eigene Standard-Browser (im Falle von opensuse ist das der Konqueror) auf dieses Plugin zurückgreifen wird. Der Firefox-Browser hingegen verwendet das Java-Plugin von Sun. Daher fehlt ihm z.b. unter einer 64 bit-version von opensuse die

5 Java-Unterstützung. Folglich würde der SciFinder Web auf einem 64 bit-opensuse-linux allenfalls mit dem Konqueror funktionieren, jedoch straft der Rechner eines Kollegen mit opensuse 11.0 (64 bit) diese Theorie zurzeit noch Lügen. Es geht - warum auch immer - trotzdem nicht. Verfasser: Jörn Behre, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Lehrstuhl Bioinformatik 16. Dezember 2008

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