Dockerbank Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen
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- Lisa Winter
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1 Dockerbank Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Block 3: Vorstellung von Containern biomedizinischer IT- Lösungen Christian Bauer 1, Dr. med. Thomas Ganslandt 2 1 Universitätsmedizin Göttingen 2 Universitätsklinikum Erlangen Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 1
2 Containerisierbarkeit verfügbarer Tools Rahmen Untersuchung beim TMF-Deployment-Workshop am in Berlin Einschlusskriterien Produktkatalog der TMF (damals) laufende DFG-Anträge internationale Tools mit bekannter Nutzung bei TMF-Mitgliedern Untersuchte Eigenschaften Typ des Produkts, aktuelle Relevanz Eignung zur Containerisierung mögliche Synergien Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 2
3 Typ der untersuchten Produkte 46 Produkte näher untersucht Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 3
4 Deploymentrelevanz der IT-Produkte Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 4
5 Nicht containerisierbare IT-Produkte Lokal installierbare Software mit GUI ARX Quiz-Software Innerhalb von anderer Software zu nutzende Pakete, Bibliotheken Narrative-Skript für Pharmakovigilanzsoftware SAS-Makros für klinische Studien Report-Vorlagen für Pharmakovigilanzsoftware Software-Bibliothek zu Datenschutzkonzept A Abgelehnte DFG-Anträge transustain Veraltete Produkte PID-Service Projektportal im Deutschen Biobanken-Register Referenzimplementation Datenschutzkonzept A Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 5
6 Zentral betriebene IT-Produkte werden in einzelner Instanz zentral von TMF betrieben daher keine Relevanz für Dissemination Containerisierung ggf. für Betrieb denkbar Produkte Autorenportal zur Leitlinienentwicklung Deutsches Biobanken-Register Hosting für SAE-Software Informed Consent - Online-Assistent IRene-Tool Interaktiv Rechtsgrundlagen erkunden MetaReg Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 6
7 Containerisierbare Produkte Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 7
8 Containerisierte Produkte bereits Images verfügbar Galaxy MirthConnect OpenClinica (im Workshop aktualisiert) OpenMRS REDCap (lizenzbedingt nur Dockerfile, im Workshop aktualisiert) transmart (im Workshop aktualisiert) XNAT im Workshop + Folgetermin 06/2016 containerisiert i2b2 Mainzelliste Mainzer MDR (Bestandteil OSSE-Plattform) Greifswalder MOSAIC-Plattform (EPIX, gpas, gics) PID-Generator Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 8
9 Containerisierbare Produkte empfohlen MAGIC Mikrobiologische Primärdatenbank MOSAIC Nationales Metadata Repository OSSE denkbar Anonymisierungs-Tool Greifswalder R-Paket zur Prüfung der Datenqualität NLP-Analyse Phase-II-Paket Pseudonymisierungs-Software RADAR replichecksnp R-Programmpaket zur flexiblen Anpassung von Mehrstufen-Designs für GWAS SDTM-Wandler Werkzeuge Datenqualität Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 9
10 Containerisierbare Produkte empfohlen MAGIC Mikrobiologische Primärdatenbank MOSAIC Nationales Metadata Repository OSSE denkbar Anonymisierungs-Tool Greifswalder R-Paket zur Prüfung der Datenqualität NLP-Analyse Phase-II-Paket Pseudonymisierungs-Software RADAR replichecksnp R-Programmpaket zur flexiblen Anpassung von Mehrstufen-Designs für GWAS SDTM-Wandler Werkzeuge Datenqualität Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 10
11 Vorstellung der Werkzeuge i2b2: Informatics for Integrating Biology & the Bedside Abfrage und Analyse von Daten unterschiedlicher Quellen Open Source Serveranwendung Datawarehouse zur Ablage von Phenotypdaten Ad-hoc Kohortenerstellung und Export von Daten b2/ Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 11
12 Vorstellung der Werkzeuge transmart Abfrage und Analyse von Daten unterschiedlicher Quellen Open Source Serveranwendung basierend auf i2b2 Datawarehouse zur Ablage von Phenotyp- und NGS-Daten Build in: u.a. Genexpressionsdaten, SNP, VCF, mehr durch Community- Erweiterungen Ad-hoc Kohortenerstellung, Export und Analyse von Daten Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 12
13 transmart Container-Lösung transmart-app Compose File application transmart-app release-16.1 Java Tomcat R Grails port 5432 transmart-dbmanage import tools transmart-dbdata database data volume transmart-db database server Docker-Image postgres Java tmdataloader Postgres client Freie Studien system Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 13
14 transmart Container-Lösung transmart-app Compose File application transmart-app release-16.1 Java Tomcat R Grails port 5432 transmart-dbmanage import tools transmart-dbdata database data volume transmart-db database server Docker-Image postgres Java tmdataloader Postgres client Freie Studien system Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 14
15 Vorstellung der Werkzeuge TMF-PID-Generator Erzeugung nichtsprechender Identifikatoren Pseudonymisierungstool zur Erstellung von PID, SIC, Forschungs- ID nach TMF-Datenschutzrichtlinien Auffangen von Fehlern in IDAT Einbindung in verschiedene medizinische Forschungsszenarien als eine zentrale Komponente des ID-Managements * dgen/ * Aus: Prof. Dr. Klaus Pommerening, Dr. Murat Sariyar: Der PID-Generator der TMF - TMF-Workshop Tools zum ID-Management in der klinischen Forschung. Foliensatz Berlin, 24. September 2010 Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Christian.Bauer@med.uni-goettingen.de & Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de A Seite 15
16 Vorstellung der Werkzeuge OpenClinica Freie Software für Electronic Data Capture Community und Enterprise Serveranwendung ecrfs, Rules/Checks Audit trail, Role-based access enclinica/ Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 16
17 Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Dockerbank: Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen & A Seite 17
Dockerbank II. Block 2: Komplexbeispiel. Benjamin Baum 1, Christian Bauer 1
Dockerbank II Vertiefungsworkshop zum Container-basierten Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Block 2: Komplexbeispiel Benjamin Baum 1, Christian Bauer 1 1 Universitätsmedizin Göttingen Dockerbank
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