Öffnen einer Datei. Programm mit einer Fehlermeldung beendet. open( IN, "datei.txt" ) or die( "open-fail: $!" );

Transkript

1 Öffnen einer Datei! Damit eine Datei in einem Perl-Programm genutzt werden kann, muss sie zuerst geöffnet und mit einem frei wählbaren Namen (dem sogenannten Datei-Handle, im Beispiel unten IN) verknüpft werden.! Kann die Datei nicht geöffnet werden, wird das Programm mit einer Fehlermeldung beendet. open( IN, "datei.txt" ) or die( "open-fail: $!" );

2 Möglichkeiten zum Öffnen einer Datei Mode Beschreibung < Öffnen einer Datei zum Lesen (Standardeinstellung). > Erzeugung einer Datei zum Schreiben. Falls die Datei schon existiert, wird der bisherige Inhalt verworfen. >> Anfügen. Öffnen oder Erzeugen einer Datei, um an ihrem Ende zu schreiben; der bisherige Inhalt bleibt erhalten. Modes zum Öffnen einer Datei.

3 Lesen einer Datei! Der Eingabeoperator < > kann auch zum Lesen aus Dateien benutzt werden; man schreibt einfach statt STDIN das beim Öffnen der Datei definierte Datei-Handle in den Eingabeoperator: $line = <IN>;

4 Inhalt der Datei "datei.txt" : This is a sample text file that contains three separate lines of text for demonstration purposes. 1 #!/usr/bin/perl 2 # Fig. 10.4: fig10_04.pl 3 # Program that reads lines from a file and displays each line. 4 5 use strict; 6 use warnings; 7 8 open( IN, "datei.txt" ) 9 or die( "Cannot open datei.txt for reading: $!" ); while ( my $line = <IN> ) { 12 print( "file: $line\n" ); 13 } close( IN ) or die( "Cannot close file: $!" ); Wenn das Programm $line ausgibt, werden das \n in der Variablen $line and das \n in der print Anweisung beide ausgegeben. file: This is a sample text file that file: contains three separate lines of file: text for demonstration purposes.

5 Schreiben in eine Datei! Die Funktion print gibt den String in ihrem zweiten Argument in die Datei aus, die mit dem Datei-Handle in ihrem ersten Argument verknüpft ist: print( OUTFILE, "I found it hard" );

6 Sequentielles Einlesen einer Datei! Um eine Datei einzulesen und zeilenweise auf den Bildschirm auszugeben, kann eine einfache while- Schleife benutzt werden: print while( <INFILE> ); " Eingabe aus Datei wird in $_ eingelesen " while läuft bis zum EOF in der Datei " print ohne Argument gibt den Inhalt von $_ aus.

7 1 #!usr/bin/perl 2 # Fig. 10.6: fig10_06.pl 3 # Demonstrating writing to and reading from a file. 4 5 use strict; 6 use warnings; 7 8 print( "Opening file for output\n" ); 9 open( OUTFILE, ">file.txt" ) 10 or die( "Can't find file.txt : $!" ); 11 print( "Outputting to file\n" ); 12 print( OUTFILE "I found it hard, it was hard to find.\n" ); 13 close( OUTFILE ) or die( "Can not close file.txt: $!" ); print "The file now contains:\n"; 16 open( INFILE, "file.txt" ) 17 or die( "Can not open file.txt: $!" ); 18 print while ( <INFILE> ); 19 close( INFILE ) or die( "Can not close file.txt: $!" ); print( "\nappend to the end of the file\n" ); 22 open( OUTFILE, ">>file.txt" ) 23 or die( "Can not open file.txt: $!" ); 24 print( OUTFILE "Oh well, whatever, nevermind.\n" ); 25 close( OUTFILE ) or die( "Can not close file.txt: $!" ); print( "It now reads:\n" ); Wenn die Datei zum Anfügen geöffnet wird, öffnet Perl eine existierende Datei und fügt Zeilen an ihrem Ende an oder erzeugt eine neue Datei, falls noch keine existiert.

8 28 open( INFILE, "file.txt" ) 29 or die( "Can not open file.txt: $!" ); 30 print while ( <INFILE> ); 31 close( INFILE ) or die( "Can not close file.txt: $!" ); Opening file for output Outputting to file The file now contains: I found it hard, it was hard to find. Append to the end of the file It now reads: I found it hard, it was hard to find. Oh well, whatever, nevermind. Inhalt der Datei "file.txt" nach Programmende: I found it hard, it was hard to find. Oh well, whatever, nevermind.

9 Funktionen für Zeichenketten (Strings)! Teilstring eines gegebenen Strings: substr( string, offset, length, replace ) " Beginnend bei offset innerhalb des Strings string wird eine Anzahl von length Zeichen zurückgegeben. " Der Teilstring kann bei Bedarf durch replace ersetzt werden (ein String oder eine Variable, die einen String enthält).

10 1 #!/usr/bin/perl 2 # Fig. 9.4: fig09_04.pl 3 # Demonstrating basic string functions. 4 5 use warnings; 6 use strict; 7 8 my $string = "hello there\n"; 9 print "The original string: ", 'hello there\n', "\n\n"; # Using substr 12 print "Using substr with the string and the offset (2): "; 13 print substr( $string, 2 ); 14 print "Using substr with the string, offset (2) and length (3): "; 15 print substr( $string, 2, 3 ), "\n"; # replace first 5 characters of $string with "bye" 18 # assign substring that was replaced to $substring 19 my $substring = substr( $string, 0, 5, "Bye" ); 20 print "The string after the replacement: $string"; 21 print "The substring that was replaced: $substring\n\n"; # convert all letters of $string1 to uppercase 24 $string = uc( $string ); 25 print "Uppercase: $string"; # calculating the length of $string 28 $length = length( $string ); 29 print "The length of \$string is: $length \n"; Zuerst werden die ersten beiden Zeichen von $string übersprungen und alles vom dritten Zeichen bis zum Ende von $string zurückgegeben Hier werden zunächst die ersten beiden Zeichen übersprungen und vom dritten Zeichen ab 3 Zeichen zurückgegeben.

11 The original string: hello there\n Using substr with the string and the offset (2): llo there Using substr with the string, offset (2) and length (3): llo The string after the replacement: Bye there The substring that was replaced: hello Uppercase: BYE THERE The length of $string is: 10

12 Verketten von Strings! Einzelne Strings in einer gegebenen Liste können mit der Funktion join zu einem Gesamtstring verkettet werden: join( Trennzeichen, Liste ) " Der zurückgegebene Gesamtstring enthält jeden String der Liste, wobei zwischen den Strings jeweils das gewählte Trennzeichen eingefügt wird. " join( " und ", ( ) ); erzeugt den String 1 und 2 und 3 und 4 und 5

13 Auftrennen von Strings! Mit der Funktion split kann ein String in einzelne Felder aufgetrennt werden: split( /RegulärerAusdruck/, String, max ) " Ein Feld besteht aus jedem Zeichen zwischen zwei Feld- Separatoren. " Ein Feld-Separator ist jeder nichtüberlappende Match von RegulärerAusdruck " Im Listenkontext wird eine Liste der so erhaltenen Felder zurückgegeben, im skalaren Kontext die Anzahl der Felder (jedoch maximal max Felder).

14 Inhalt der Datei "file.txt" : I found it hard, it was hard to find. Oh well, whatever, nevermind. 1 #!/usr/bin/perl 2 # Fig. 10.9: fig10_09.pl 3 # Program that counts the number of words in a text file. 4 5 use strict; 6 use warnings; 7 8 open( IN, "file.txt" ) 9 or die( "Cannot open file.txt for reading: $!" ); 10 $/ = undef; 11 = split /\s+/, <IN>; 12 close( IN ) or die( "Cannot close file: $!" ); my $numberofwords 15 print "Anzahl der Woerter in Textdatei: $numberofwords\n"; $/ legt das Trennzeichen für die Einleseoperation fest: normalerweise \n (zeilenweises Einlesen), hier undef und damit Einlesen der gesamten Datei Der Inhalt der gesamten Datei wird jeweils an Leerraumzeichen (\s) getrennt und somit die einzelnen Wörter in die Elemente des geschrieben.. Anzahl der Woerter in Textdatei: 13

15 Ersetzen von Zeichen mit s///! Mit dem Substitutions-Operator s/// können in einem String vorhandene Muster durch andere ersetzt werden: s/gesuchtezeichen/ersetztezeichen/g " Hierbei wird der Bindungsoperator =~ benutzt, um die Such- und Ersetzungsoperation bei einem bestimmten String durchzuführen: " $string =~ s/world/planet/; sucht das Muster world in der Variablen $string und ersetzt es durch das Muster planet. " Steht hinter dem letzten / ein g ( global ), werden alle Vorkommen des gesuchten Musters ersetzt. 15

16 Ersetzen von Zeichen mit tr///! Mit dem Translations-Operator tr/// können in einem String vorhandene Zeichen durch andere Zeichen ersetzt werden: tr/gesuchtezeichen/ersetztezeichen/ " Hierbei wird der Bindungsoperator =~ benutzt, um die Such- und Ersetzungsoperation bei einem bestimmten String durchzuführen: " $existingstring =~ tr/a-z/a-z/; ändert jeden Kleinbuchstaben in $existingstring in den entsprechenden Großbuchstaben.

17 Zählen von Zeichen mit tr///! Mit dem Translations-Operator tr/// kann auch gezählt werden, wie oft bestimmte Zeichen in einem String vorkommen: tr/gesuchtezeichen// " Hierbei werden keine Ersetzungszeichen angegeben und so wird der String auch nicht verändert. " $a = ( $dna =~ tr/aa// ); zählt, wieviele A oder a in $dna vorkommen und speichert diese Anzahl in $a.

18 Nukleotid-Häufigkeiten in DNA-Strängen! DNA-Stränge können als Zeichenketten aus vier verschiedenen Nukleotiden, die durch jeweils einen Buchstaben symbolisiert werden können, dargestellt werden: " AAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGTTTTCCCCCCCC ist ein Beispiel.! Das folgende Programm liest DNA-Daten in dieser Form aus einer Datei und zählt, wie oft die vier unterschiedlichen Nukleotide in dem DNA-Strang vorkommen.

19 1 #!/usr/bin/perl 2 # Determining frequency of nucleotides 3 # Source: Tisdall: Perl for Bioinformatics 4 5 use strict; 6 use warnings; 7 8 print "Please type the filename of the DNA sequence data: "; 9 my $dna_filename = <STDIN>; 10 chomp $dna_filename; # open the file, or exit 13 open( DNAFILE, $dna_filename ) 14 or die( "open fail: $!" ); # read the dna sequence data 17 = <DNAFILE>; 18 close DNAFILE; # put the DNA sequence data into a single string 21 my $dna = join( # remove whitespace 24 $dna =~ s/\s//g; 25

20 26 # initialize the counts 27 my $a = 0; my $c = 0; my $g = 0; my $t = 0; my $e = 0; # use tr-function which returns number of characters in string 30 $a = ( $dna =~ tr/aa// ); 31 $c = ( $dna =~ tr/cc// ); 32 $g = ( $dna =~ tr/gg// ); 33 $t = ( $dna =~ tr/tt// ); 34 $e = length( $dna ) ( $a + $c + $t + $g ); print "A = $a C = $c G = $g T = $t errors = $e\n"; # also write the results to a file called "countbase.txt" 39 my $outputfile = "countbase.txt"; 40 open( COUNTBASE, ">$outputfile" ) 41 or die( "open fail: $!" ); print COUNTBASE "A = $a C = $c G = $g T = $t errors = $e\n"; 44 close COUNTBASE;

21 Please type the filename of the DNA sequence data: C:\...\small_dna.txt A = 40 C = 27 G = 24 T = 17 errors = 1 Inhalt der Datei small_dna.txt: AAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGTTTTCCCCCCCC CCCCCGTCGTAGTAAAGTATGCAGTAGCVG CCCCCCCCCCGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAT AAACG