PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Mini S, M, L & Mini L 'Revolution'

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1 PerfectBlue Horizontale Minigelsysteme Mini S, M, L & Mini L 'Revolution' Bedienungsanleitung Europäische Katalog Nummern: Mini S Mini M Mini L Mini L 'Revolution' Version: 1 Veröffentlicht:

2 Inhalt Firmenanschrift des Herstellers 3 Ursprungsland 3 Garantie 3 Lieferumfang 3 Sicherheitshinweise 3 Verwendungszweck 4 Systemüberblick 4 Technische Merkmale 4 Allgemeine Bedienungshinweise 5 Vorbereitung des Systems und Gießen des Agarosegels 5 Beladen des Gels und Elektrophorese 5 Auswertung/Dokumentation 6 Reinigung 6 Benötigte Materialien & Rezepte 6 Elektrophoresepuffer 6 Agarose: Gelvolumen und -Konzentration 7 Ethidiumbromid 8 Lade- oder Probenpuffer 8 Längenstandards 8 Troubleshooting 9 Technischer Service und Bestellinformationen 10 PerfectBlue Mini S 10 PerfectBlue Mini M 10 PerfectBlue Mini L & Mini L 'Revolution' 11 Justierbare Gießschiene JustCast 11 Power Supplies 11 Literatur 12 2 VWR PerfectBlue Mini ver

3 Firmenanschrift des Herstellers VWR International bvba Researchpark Haasrode 2020 Geldenaaksebaan 464 B-3001 Leuven Ursprungsland USA Garantie VWR gewährleistet, dass dieses Produkt ab Lieferung zwei (2) Jahre frei von Material- und Herstellungsfehlern ist. Liegt ein Fehler vor, entscheidet VWR nach eigenem Ermessen, das Produkt kostenlos zu reparieren oder auszutauschen oder dem Kunden den Kaufpreis des Produkts zu erstatten, sofern es innerhalb des Gewährleistungszeitraums zurückgesendet wird. Diese Gewährleistung erlischt, wenn das Produkt, versehentlich oder absichtlich, durch unsachgemäßen Gebrauch oder durch normalen Verschleiß beschädigt wurde. Sofern die erforderlichen Wartungsarbeiten und Inspektionen nicht entsprechend der Bedienungsanleitung und den lokalen Erfordernissen durchgeführt werden, erlischt die Gewährleistung, es sei denn, dieses Unterlassen ist nicht ursächlich für den auftretenden Fehler des Produktes. Zurückgesendete Artikel müssen vom Kunden gegen Schäden und Verlust versichert werden. Diese Gewährleistung ist auf die zuvor genannten Rechte beschränkt. ES WIRD AUSDRÜCKLICH VEREINBART, DASS DIESE GEWÄHRLEISTUNG ANSTELLE JEGLICHER GEWÄHRLEISTUNG DER EIGNUNG UND AN- STELLE DER GEWÄHRLEISTUNG DER ALLGEMEINEN GEBRAUCHSTAUGLICHKEIT GILT. Lieferumfang Der Lieferumfang der Modelle Mini S, Mini M, Mini L und Mini L 'Revolution' enthält folgende Komponenten: eine Pufferkammer mit korrosionsgeschützten Platinelektroden einen Sicherheitsdeckel mit fest angeschlossenen Stromkabeln einen UV-durchlässigen Gelträger mit stabilen Gummidichtungen Mini S: 2 Kämme, 1.5 mm dick, 6 und 10 Zähne Mini M: 2 Kämme, 1.5 mm dick, 10 und 14 Zähne Mini L ('Revolution'): 2 Kämme 1.5 mm dick, 12 und 20 Zähne eine Bedienungsanleitung Sicherheitshinweise Zur Vermeidung eines elektrischen Schlags lesen Sie bitte diese Bedienungsanleitung sorgfältig durch, bevor Sie das System in Betrieb nehmen: Verwenden Sie zur Stromversorgung eine CE-konforme Gleichstrom-Spannungsquelle. Trennen Sie das System von der Stromversorgung, bevor Sie den Sicherheitsdeckel entfernen. Trennen Sie das System bei Nichtbenutzung stets von der Stromversorgung. Die für das System definierte maximale Stromstärke und Spannung sollte nicht überschritten werden. Die Pufferkammer darf nicht über die maximale Fülllinie hinaus befüllt werden. Das Puffersteigrohr an der Unterseite der Gelkammer Mini L 'Revolution' darf nicht als 'Tragegriff' verwendet werden, da es entsprechender mechanischer Belastung auf Dauer nicht standhält. 3 VWR PerfectBlue Mini ver

4 Verwendungszweck Verwenden Sie das Produkt nur so, wie in dieser Anleitung beschrieben. Verwenden Sie es nicht, wenn die Stromkabel beschädigt sind oder das Acrylglas der Kammer Risse aufweist. Das Produkt darf ausschließlich für Forschungszwecke eingesetzt werden. Es ist nicht für die Verwendung in diagnostischen oder therapeutischen Anwendungen bestimmt. Systemüberblick Bei den horizontalen Minigelkammern Mini S, M, L und Mini L 'Revolution' handelt es sich um 'All-in-one'- Systeme, bei denen die Gele in der Kammer ohne zusätzliche Abdichtmaterialien oder Vorrichtungen gegossen und verwendet werden können. Alle PerfectBlue Horizontalen Minigelsysteme enthalten einen UV-durchlässigen Gelträger mit mindestens zwei Kammpositionen, die es dem Benutzer erlauben, mindestens 2 Probenreihen gleichzeitig laufen zu lassen. Das fluoreszierende Lineal auf dem Gelträger hilft später bei der präzisen Fotodokumentation des Gels. VWR bietet insgesamt 6 unterschiedliche PerfectBlue Minigelsysteme an. Zusätzlich zu den hier beschriebenen Minigelsystemen S, M, L und L 'Revolution' stehen die beiden Breitformatgelsysteme Mini ExM und Mini ExW zu Verfügung. Optional erhältliche Gießschienen oder MultiCast Gießstände ermöglichen das Gießen von bis zu 3 Gelen während die Kammer in Benutzung ist. Die justierbare Gießschiene JustCast ist darüber hinaus für das komfortable Abdichten sämtlicher Minigelträger geeignet. VWR bietet eine Vielzahl von Standard- und Mikrotiterkämmen (nicht erhältlich für Mini S) in zwei verschiedenen Dicken (1 und 1.5 mm) an. Mikrotiterkämme erlauben das zeitsparende Beladen der Gele mit Mehrkanalpipetten. Für die größeren Gelsysteme (Mini L und Mini L 'Revolution') stehen zusätzlich einsetzbare Zwischenwände (Trennkämme) zur Verfügung, mit deren Hilfe bei Bedarf kürzere Gele gegossen werden können, um Agarose einzusparen. Eine ausführliche Auflistung des zur Verfügung stehenden Zubehörs ist im Kapitel 'Technischer Service und Bestellinformationen' zu finden. Im Unterschied zu den übrigen Minigelkammern ist das Modell Mini L 'Revolution' mit einem System zur automatischen Pufferumwälzung ausgestattet. Seine Funktionsweise beruht darin, dass Wasserstoffbläschen, welche durch Elektrolyse an der Kathode entstehen, aufgefangen und durch ein aufsteigendes Rohr zur Anodenseite der Gelkammer geleitet werden. Durch den dabei mitgerissenen Puffer kommt es zu einer Pufferumwälzung, welche die Bildung von störenden ph-und Ionengradienten verhindert. Technische Merkmale Schemazeichnung: 'Revolution'-Technologie PerfectBlue Bestell-Nr. Gelgröße (B x L) Puffervolumen Spannung Stromstärke typ. Laufzeit Mini S x 8 cm 400 ml V 1-75 ma min Mini M x 11 cm 600 ml V 1-75 ma min Mini L x 14 cm 800 ml V 1-75 ma min Mini L 'Revolution' x 14 cm 1000 ml V 1-75 ma min 4 VWR PerfectBlue Mini ver

5 Allgemeine Bedienungshinweise Vorbereitung des Systems und Gießen des Agarosegels 1. Entfernen Sie den Sicherheitsdeckel von der Gelkammer durch Festhalten der Pufferkammer mit der einen Hand und Ziehen an der Rückseite des Deckels mit der anderen Hand. 2. Der Gelträger ist für den Versand bereits in die Gelkammer eingesetzt und zwar in der 90 -Position, welche auch beim Gießen der Gele Verwendung findet. Um den Gelträger aus der Kammer herauszunehmen, halten Sie die Pufferkammer mit einer Hand fest und ziehen den Gelträger langsam nach oben heraus. Abwechselndes Anheben der Seiten des Gelträgers unterstützt die Entnahme des Gelträgers. Bitte achten Sie darauf, den Gelträger dabei nur um seine Längsachse, nicht aber um seine Querachse zu verkanten. Letzteres kann aufgrund der mechanischen Beanspruchung auf Dauer zu Rissen an den Rinnen an den beiden Enden des Gelträgers führen. 3. Falls Sie den Gelträger aus der Pufferkammer entnommen oder in Laufrichtung gedreht hatten, setzen Sie ihn zum Gießen des Gels bitte um 90 von der Laufrichtung gedreht in die Gelkammer ein. Auf diese Weise werden die beiden offenen Enden des Gelträgers über die Gummidichtungen von den Gelkammerwänden abgedichtet. Wichtig ist, dass der Gelträger ganz nach unten gedrückt ist und gerade in der Kammer sitzt. In ähnlicher Weise können die Gelträger auch in externen Gießschienen abgedichtet werden. Ein vorheriges Anfeuchten der Gummidichtungen des Gelträgers erleichtert dessen Einsetzen in die Kammer. Bei der Verwendung der justierbaren Gießschiene JustCast kann auf die beiden Gummidichtungen des Gelträgers verzichtet werden. Optional: Mit dem für die Mini L und Mini L 'Revolution' erhältlichen Trennkamm kann der Gelträger unterteilt werden, um kürzere Gele zu gießen. Da der Trennkamm keine Gummidichtungen enthält, sollte er mit 2 %iger Agaroselösung abgedichtet werden, bevor das eigentliche Gel gegossen wird. 4. Für Gele sollten nur für Elektrophorese taugliche Agarosen und entsprechende Puffer benutzt werden. Das Gel kann auf verschiedene Arten angesetzt werden. Agaroseart und -Konzentration sowie der verwendete Puffer sind abhängig von Art und Länge der aufzutrennenden Nukleinsäuren sowie den geplanten Folgeanwendungen (siehe 'Benötigte Materialien und Rezepte'). Die entsprechende Menge Agarose wird in den Puffer gegeben, gemischt und über einer Heizplatte unter Rühren erhitzt bzw. in der Mikrowelle aufgekocht, bis die Agarose komplett aufgelöst ist. 5. Um eine Verformung der Gelträger aufgrund zu hoher Temperaturen zu vermeiden, sollte die Gellösung auf 60 C abgekühlt sein, bevor sie in den Gelträger gegossen wird. Werden an einem Tag zahlreiche Gele benötigt, kann eine größere Menge Gellösung angesetzt und in einem bedeckten Gefäß bei 60 C im Wasserbad oder Wärmeschrank bis zur weiteren Verwendung aufbewahrt werden. 6. Unmittelbar nachdem eine entsprechende Menge (siehe 'Agarose: Gelvolumen und -Konzentration') der Agaroselösung möglichst luftblasenfrei in den Gelträger gegossen wurde, sollten der oder die Kämme eingesetzt werden. Gele aus handelsüblicher Standard-Agarose verfestigen sich bei Raumtemperatur innerhalb von ca. 30 Minuten. Sollten Sie 'Low-Melting'- oder andere Spezialagarosen verwenden, befolgen Sie bitte die jeweiligen Herstellerangaben. Beladen des Gels und Elektrophorese 1. Sobald das Gel vollständig fest ist, kann der Gelträger für den Gellauf passend eingesetzt werden, d.h. wie oben beschrieben herausgenommen und um 90 versetzt wieder in die Pufferkammer eingesetzt werden, so dass die offenen Enden des Gelträgers zu den Pufferreservoiren gerichtet sind. 2. Füllen Sie nun so viel Elektrophoresepuffer in beide Pufferreservoire der Kammer bis das Gel komplett mit ca. 3 mm Puffer überschichtet ist; maximal aber bis zur Markierung 'Fill Line', die auf jeder Pufferkammer zu finden ist. Eine ungefähre Angabe der dazu benötigten Puffervolumina finden Sie unter 'Systemüberblick/Technische Merkmale'. Zu wenig Puffer kann zum Austrocknen des Gels während des Laufs führen, wogegen zu viel Puffer eine verminderte Migrationsgeschwindigkeit, erhöhte Wärmeentwicklung und ein verzerrtes Bandenmuster zur Folge haben kann. 3. Entfernen Sie die Kämme vorsichtig aus dem Gel, ohne die Taschen zu beschädigen, indem Sie sie zum Lockern leicht hin- und her bewegen und dann gerade nach oben herausziehen. 4. Beladen Sie die Taschen nun mit den vorbereiteten Proben. Die Proben sollten mit einem entsprechenden Ladepuffer versetzt sein, damit sie gleichmäßig in die Taschen einsinken und der Fortschritt des Gellaufs verfolgt werden kann. Angaben zum ungefähren Taschenvolumen finden Sie unter 'Technischer Service und Bestellinformationen'. Falls Mikrotiterkämme verwendet wurden, können die Taschen unter Verwendung einer Mehrkanalpipette beladen werden. Bis zu einer Zahnzahl von 26 können die Taschen der Minigel-Mikrotiterkämme 'direkt' beladen werden, d. h. die Pipettenspitzen passen fortlaufend in die Geltaschen. 5 VWR PerfectBlue Mini ver

6 Anmerkung: Auf jedem Gel sollte eine Probe eines definierten Molmassen- bzw. Längenstandards aufgetragen werden, um eine Größen- und ggf. Konzentrationsbestimmung der zu analysierenden Probe zu ermöglichen. 5. Schieben Sie den Sicherheitsdeckel mit den angeschlossenen Stromkabeln seitlich bis zum Anschlag auf die Pufferkammer, wodurch es zu einem vollständig abgeschirmten elektrischen Kontakt zwischen den entsprechenden Anschlüssen des Kammerdeckels und der Pufferkammer kommt. Die Enden der Stromkabel (4 mm, male) werden nun an eine geeignete Gleichstrom-Spannungsquelle (Power Supply) angeschlossen. Bitte achten Sie dabei auf die richtige Polung. Zur Erinnerung: Nukleinsäuren sind in alkalischem bis neutralem Milieu negativ geladen und wandern zur Anode, der positiven Elektrode. Der allgemeine Farbcode für positiv geladene Elektroden ist ROT. 6. Schalten Sie den Power Supply an und führen Sie den Gellauf bei einer angemessenen elektrischen Spannung durch (siehe 'Systemüberblick/Technische Merkmale'). Beobachten Sie den Fortschritt der Migration anhand der Farbstoffbande des Ladepuffers, um ein Herauslaufen der Proben aus dem Gel bzw. in ein anderes Probenfeld hinein zu vermeiden. Dabei ist zu berücksichtigen, dass in 0.5 x TBE- Gelen Bromphenolblau mit 300 bp DNA-Fragmenten und Xylencyanol in etwa mit 4 kbp DNA-Fragmenten komigriert. Auswertung/Dokumentation Zum Abbrechen der Elektrophorese sollte der Power Supply abgeschaltet und der Deckel der Gelkammer heruntergeschoben werden, um die Pufferkammer von der Spannungsquelle zu trennen. Erst dann darf der Gelträger aus der Pufferkammer gehoben werden. Sind Ethidiumbromid oder sonstige interkalierenden Farbstoffe im Gel oder Puffer enthalten, ist direkter Hautkontakt unbedingt zu vermeiden (Handschuhe!). Das Gel kann aufgrund der UV-Durchlässigkeit des Gelträgers auf einem UV-Tisch angesehen und evtl. fotografiert werden, ohne das Gel vom Gelträger herunternehmen zu müssen. Zum sicheren und bequemen Transport des Gels kann der Gelträger in eine Gießschiene eingesetzt werden. Reinigung Pufferkammer, Gelträger und Kämme sollten nach jeder Benutzung unter fließendem Wasser gereinigt werden. Zur Beseitigung von Rückständen kann außerdem ein mildes Reinigungsmittel verwendet werden. Ein anschließendes kurzes Abspülen mit destilliertem Wasser verhindert die Bildung von Salzflecken. Um die Platinelektroden nicht zu beschädigen, empfehlen wir die Kammer an der Luft trocknen zu lassen und nicht mit Papiertüchern trocken zu wischen. Zur Reinigung von Acrylglas dürfen weder Ethanol noch sonstige organische Lösungsmittel verwendet werden, da sonst Risse und Sprünge im Material entstehen können! Benötigte Materialien & Rezepte Elektrophoresepuffer Im Allgemeinen müssen Elektrophoresepuffer die für die Elektrophorese nötigen Ionen bereitstellen und für einen konstanten ph-wert sorgen, damit das Zielmolekül die gewünschte Nettoladung aufweist (Nukleinsäuren sind in alkalischem bis neutralem Milieu negativ geladen). Häufig enthalten sie außerdem Komponenten, welche das Zielmolekül vor Degradation schützen (z. B. EDTA, welches aufgrund der Komplexierung zweiwertiger Kationen u. a. DNasen inhibiert). Soll die Elektrophorese unter denaturierenden Bedingungen erfolgen (z. B. bei der Elektrophorese von RNA), enthalten Gel- und Laufpuffer darüber hinaus Substanzen, welche die Bildung von Sekundärstrukturen verhindern. Im Folgenden werden die beiden Elektrophoresepuffer TAE und TBE beschrieben, welche am häufigsten für die Elektrophorese von DNA unter nicht-denaturierenden Bedingungen verwendet werden. TAE-Puffer ist für präparative Gele zu empfehlen, d. h. wenn die DNA im Anschluss an die Elektrophorese aus dem Gel eluiert und weiterverwendet werden soll. Im Vergleich zu TBE sind mit TAE außerdem höhere Migrationsgeschwindigkeiten und eine bessere Auftrennung von supercoiled DNA zu erzielen. Aufgrund der deutlich geringeren Pufferkapazität von TAE ist für zeitlich ausgedehnte Elektrophoresen jedoch TBE zu empfehlen, sofern die Pufferkammer nicht über ein Pufferrezirkulationssystem verfügt (wie z. B. die PerfectBlue 'Revolution'-Systeme von VWR), welches die Ausbildung eines ph-gradienten (alkalische Anodenseite, saure Kathodenseite) verhindert. Da Agarose in TBE-Puffer außerdem feinere Poren und eine festere Matrix bildet, wird die vom elektrischen Feld unabhängige Diffusion der DNA verringert und eine höhere Bandenschärfe erzielt. 6 VWR PerfectBlue Mini ver

7 TAE (Tris-Acetat-EDTA) Puffer 1 x Arbeitslösung: 40 mm Tris-Acetat, 1 mm EDTA 50 x Stammlösung (1 l): 242 g Tris 57.1 ml Eisessig 100 ml 0.5 M EDTA (ph 8.0) mit H2O auf 1 l auffüllen TBE (Tris-Borat-EDTA) Puffer 0.5 x Arbeitslösung*: 45 mm Tris-Borat, 1 mm EDTA 5 x Stammlösung (1 l)**: 54 g Tris 27.5 g Borsäure 20 ml 0.5 M EDTA (ph 8.0) mit H2O auf 1 l auffüllen * Während für Agarosegele eine TBE-Konzentration von 0.5 x ausreicht, wird für vertikale Polyacrylamidelektrophorese häufig 1 x TBE eingesetzt, um den vergleichsweise kleineren Pufferreservoiren vertikaler Gelkammern Rechnung zu tragen. ** 5 x TBE-Stammlösungen können bei längerer Lagerung ausfallen. Sie sollten dann verworfen werden. Aufgrund dieser Eigenschaft ist das Ansetzen höher konzentrierter Stammlösungen nicht sinnvoll. Agarose: Gelvolumen und -Konzentration VWR bietet eine Reihe hochwertiger Agarosen an, die für verschiedenste Anwendungen geeignet sind (siehe 'Technischer Service und Bestellinformationen'). Das benötigte Gelvolumen errechnet sich nach folgender Formel: Gelbreite (cm) x Gellänge (cm) x Geldicke (cm) = ml Agaroselösung Abhängig von der Geldicke ergeben sich somit folgende Gelvolumina: Modell Gelgröße (cm) Geldicke (cm) PerfectBlue Mini S 7 x 8 (B x L) 14 ml 28 ml 42 ml 56 ml PerfectBlue Mini M 9 x 11 (B x L) 25 ml 50 ml 75 ml 100 ml PerfectBlue Mini L ('Revolution') 12 x 14 (B x L) 42 ml 84 ml 126 ml 168 ml Je nach Agarosegehalt des Gels werden Moleküle unterschiedlicher Größenbereiche optimal aufgetrennt. Für besonders kleine Nukleinsäurefragmente werden hochprozentige Gele, für besonders große Fragmente niederprozentige Agarosegele verwendet. Für die in der folgenden Tabelle angegebenen größten bzw. kleinsten Fragmentlängen sollte allerdings die Verwendung einer Spezialagarose bzw. eines Polyacrylamidgels erwogen werden, da sich eine 3 %ige Agaroselösung extrem schnell verfestigt bzw. ein 0.3 %iges Agarosegel sehr brüchig ist. 7 VWR PerfectBlue Mini ver

8 Agarosegehalt (w/v) Agarose (g) Puffer (ml) optimaler Auftrennungsbereich (kb) 0.3 % % % % % % % % < 0.1 Ethidiumbromid Ethidiumbromid ist für den Nachweis von Nukleinsäuren in Gelen immer noch der am häufigsten verwendete Fluoreszenzfarbstoff. Aufgrund seiner Eigenschaft, zwischen die Basen eines Nukleinsäurestranges zu interkalieren und somit dessen sterische Eigenschaft zu verändern, ist von einer stark mutagenen Wirkung auszugehen. Da es sowohl hydrophile als auch hydrophobe Eigenschaften besitzt, müssen für den Umgang mit Ethidiumbromid Maßnahmen getroffen werden, die sein Eindringen in lebende Hautschichten verhindern. Zum Färben der Nukleinsäuren bereits während der Elektrophorese kann Ethidiumbromid der Gellösung vor dem Gießen zu einer Konzentration von 0.1 bis 0.5 µg/ml beigefügt werden. Aufgrund seiner positiven Ladung wandert es allerdings während der Elektrophorese zur Kathode (negative Elektrode), sozusagen 'der Nukleinsäure entgegen', wodurch sich ein inhomogener Hintergrund und eine ungleichmäßige Färbung unterschiedlich langer Nukleinsäuren ergeben. Homogenere Färbeergebnisse mit geringem Hintergrund lassen sich erzielen, wenn das Gel im Anschluss an die Elektrophorese in einer Färbewanne in Elektrophoresepuffer mit 0.5 µg/ml Ethidiumbromid für ca. 5 bis 20 min leicht wippend inkubiert und anschließend für ca. 5 bis 20 min in Elektrophoresepuffer entfärbt wird. Lade- oder Probenpuffer Die zu analysierenden Proben werden vor dem Auftragen auf das Gel mit einem geeigneten Ladepuffer vermischt. Ladepuffer enthalten Farbstoffe zur Sichtbarmachung des Migrationsfortschrittes sowie Glycerol o. Ä., damit die Proben schwerer als der Elektrophoresepuffer werden und in die Geltaschen sinken. Die verwendeten Farbstoffe sind wie die Nukleinsäuren negativ geladen und wandern wie diese zur Anode. Dabei komigriert Bromphenolblau in 0.5 x TBE-Gelen mit 300 bp DNA-Fragmenten und Xylencyanol in etwa mit 4 kbp DNA-Fragmenten. 6 x DNA-Ladepuffer: 0.25 % (w/v) Bromphenolblau 0.25 % (w/v) Xylencyanol FF 30 % (v/v) Glycerol Längenstandards Längenstandards oder 'Marker' werden auf jedem Gel aufgetragen, um die Auftrennung zu kontrollieren und um eine Größenbestimmung der Proben vornehmen zu können. Wird eine spezifische Konzentration eines bekannten Markers aufgetragen, kann auch die DNA-Menge einer Bande bestimmt werden. Größenmarker bestehen z. B. aus entsprechend verdauter Plasmid-DNA mit Fragmenten bekannter Größe. VWR bietet eine Vielzahl an DNA- und RNA-Markern an. Informationen hierzu finden Sie auf vwr.com. 8 VWR PerfectBlue Mini ver

9 Troubleshooting Hier finden Sie passende Lösungen zu möglichen Problemen. Sollten Sie weitere Fragen haben, wird Ihnen Ihr lokales VWR-Service-Team gerne weiterhelfen. Problem: Agarose läuft beim Gießen aus. Überprüfen Sie den festen Sitz der Gummidichtungen um den Gelträger und dessen Sitz in der Gießschiene. Setzen Sie die Gummidichtungen nach eventueller Reinigung mit warmem Wasser erneut fest ein. Achten Sie dabei auf ein gleichmäßiges Einsetzen der Gummidichtungen in die Aussparungen des Gelträgers. Problem: Bandenmuster ist verzerrt; Banden laufen nicht gerade ('Smiling Effekt'). Stellen Sie sicher, dass das Gel auf einer geraden Unterlage gegossen wird und der Gelträger eben in der Pufferkammer sitzt. Möglicherweise wird eine zu hohe Spannung verwendet. Verringern Sie die Spannung. Evtl. wurde der Elektrophoresepuffer falsch oder mit zu alten Chemikalien angesetzt. Evtl. wurde vergessen zum Ansetzen der Gellösung Elektrophoresepuffer zu verwenden. Evtl. wurde die konzentrierte Stammlösung des Elektrophoresepuffers zur Herstellung der Arbeitslösung nicht oder falsch verdünnt. Problem: Proben laufen in bestimmten Bereichen des Gels ungleichmäßig. Überprüfen Sie, ob die Platinelektroden intakt sind und über die gesamte Länge gleichmäßig Strom abgeben. Dies zeigt sich durch Blasenbildung an den Elektroden, bis zur Verbindung am Bananenstecker. Sollte eine Elektrode gerissen sein, kontaktieren Sie bitte umgehend das VWR Service-Team. Evtl. wurden die Gele wiederholt mit zu heißer Agaroselösung (> 60 C) gegossen. Die Gellösung sollte immer auf unter 60 C abgekühlt werden, um den Gelträger nicht zu verformen und die Kammer nicht zu beschädigen. Ein verformter Gelträger führt zu ungleichmäßig gegossenen Gelen und daraus resultierender schlechter Auftrennung. Problem: Proben zeigen kein scharf begrenztes Bandenmuster. Evtl. hat sich die Gellösung vor Beginn der Elektrophorese nicht vollständig verfestigt. Handelsübliche Standardagarose ist nach ca. 30 Minuten bei RT vollständig erstarrt. Wird Low-Melting Agarose verwendet, sollte das Gel zum Festwerden bei niedrigeren Temperaturen gelagert werden, z.b. im Kühlschrank. Die Gele sollten mit 3 bis 5 mm Elektrophoresepuffer überschichtet sein. Zu viel Puffer (> 5 mm) führt jedoch zu einer verlangsamten Migration und evtl. zu überhöhter Erwärmung, wodurch ein verzerrtes Bandenmustern entstehen kann. Evtl. wurde eine zu große Menge Nukleinsäure pro Tasche aufgetragen, wodurch es zu einem 'Schmieren' der Banden kommen kann. Problem: Proben verbleiben in den Taschen, laufen 'rückwärts' oder diffundieren aus dem Gel. Prüfen Sie, ob der Stromkreis zwischen Gelkammer und Power Supply vollständig geschlossen ist. Die Platinelektroden und Bananenstecker sollten intakt sein. Sie können den Stromfluss überprüfen, indem Sie die Pufferkammer ohne Gel oder Gelträger mit Puffer füllen, den Deckel aufsetzen und an den Power Supply anschließen. Entlang der gesamten Elektrode sollten bei Stromfluss gleichmäßig Blasen aufsteigen. Ist der Stromkreis nicht vollständig geschlossen, erfolgt keine oder nur geringe Blasenbildung. Ist der Gelträger falsch herum eingesetzt oder stimmt die Polarität nicht, laufen die Proben in die andere Richtung und oben aus dem Gel heraus. Der Gelträger muss so in der Pufferkammer platziert werden, dass die Kammposition der negativ geladenen Kathode (schwarz) nächst gelegen ist. Problem: Beim Entfernen des Kammes werden die Taschen beschädigt. Das Gel sollte vor dem Entfernen des Kammes oder dem Bewegen der Gelkammer vollständig fest sein und mit Laufpuffer überschichtet sein. Um eine Beschädigung der Taschen zu verhindern, kann der Kamm durch vorsichtiges Hin- und Herbewegen gelöst und dann vorsichtig und gerade nach oben heraus gezogen werden. Diese Bewegung verhindert ein Festsaugen des Kammes in der Tasche. Um ein Hängenbleiben der Agarose an den Zähnen des Kammes zu vermeiden, sollten die Kämme vor jedem Gebrauch gründlich gereinigt werden. Problem: Das Gel läuft bei üblicher Spannung auffallend langsam. Beachten Sie, dass das Gel nur mit 3 bis 5 mm Laufpuffer bedeckt ist. Das Gel sollte komplett mit Puffer bedeckt sein, damit es nicht austrocknet und ein homogenes elektrisches Feld entstehen kann. Ein deutlich höheres Überschichten des Gels führt zu einer verminderten Migrationsgeschwindigkeit und erhöhtem Stromfluss/Wärmeentwicklung. 9 VWR PerfectBlue Mini ver

10 Technischer Service und Bestellinformationen Wenn Sie Informationen oder technische Unterstützung benötigen, wenden Sie sich an Ihr VWR Vertriebszentrum oder besuchen Sie unsere Website unter vwr.com. Dort finden Sie die folgenden Informationen: Alle Kontaktdaten des technischen Kundendienstes VWR Online-Katalog sowie Informationen über Zubehör und zugehörige Produkte Weiterführende Produktinformationen und Sonderangebote PerfectBlue Mini S Artikel Beschreibung Bestell-Nr. Gelsystem Mini S vollständiges System für Gele 7 x 8 cm (B x L) Gießschiene Schiene für das Abdichten von bis zu 3 Gelträgern Gelträger UV-durchlässiger Gelträger mit Gummidichtungen Ersatzdichtungen 2 Gummidichtungen für Gelträger Standardkämme 1.5 mm 5 Zähne 64 µl* mm 6 Zähne 51 µl* mm 8 Zähne 36 µl* mm 10 Zähne 26 µl* mm 12 Zähne 21 µl* mm 5 Zähne 42 µl* mm 6 Zähne 34 µl* mm 8 Zähne 24 µl* mm 10 Zähne 18 µl* mm 12 Zähne 14 µl* Präparativer Kamm 1.5 mm 2 Zähne 320/28 µl* * Taschenvolumen ist kalkuliert für eine Geldicke von 5 mm PerfectBlue Mini M Artikel Beschreibung Bestell-Nr. Gelsystem Mini M vollständiges System für Gele 9 x 11 cm (B x L) Gießschiene Schiene für das Abdichten von bis zu 3 Gelträgern Gelträger UV-durchlässiger Gelträger mit Gummidichtungen Ersatzdichtungen 2 Gummidichtungen für Gelträger Standardkämme 1.5 mm 5 Zähne 86 µl* mm 8 Zähne 51 µl* mm 10 Zähne 38 µl* mm 12 Zähne 30 µl* mm 14 Zähne 25 µl* mm 5 Zähne 58 µl* mm 8 Zähne 34 µl* mm 10 Zähne 25 µl* mm 12 Zähne 20 µl* mm 14 Zähne 16 µl* VWR PerfectBlue Mini ver

11 Mikrotiterkämme 1.5 mm 9 Zähne 40 µl* mm 18 Zähne 16 µl* mm 9 Zähne 27 µl* mm 18 Zähne 11 µl* Präparativer Kamm 1.5 mm 2 Zähne 439/28 µl* * Taschenvolumen ist kalkuliert für eine Geldicke von 5 mm PerfectBlue Mini L & Mini L 'Revolution' Für die Gelkammern Mini L und Mini L 'Revolution' wird das identische Zubehör verwendet. Artikel Beschreibung Bestell-Nr. Gelsystem Mini L vollständiges System für Gele 12 x 14 cm (B x L) Gelsystem Mini L 'Revolution' vollständiges System für Gele 12 x 14 cm (B x L) Gießschiene Schiene für das Abdichten von bis zu 3 Gelträgern Gelträger L4 Gelträger mit Gummidichtungen, für bis zu 4 Kämme Gelträger L12 Gelträger mit Gummidichtungen, für bis zu 12 Kämme Ersatzdichtungen 2 Gummidichtungen für Gelträger Einsetzbare Zwischenwand Trennkamm für Gele von geringerer Größe Standardkämme 1.5 mm 8 Zähne 70 µl* mm 16 Zähne 30 µl* mm 20 Zähne 22 µl* mm 24 Zähne 17 µl* mm 8 Zähne 47 µl* mm 16 Zähne 20 µl* mm 20 Zähne 15 µl* mm 24 Zähne 11 µl* Mikrotiterkämme 1.5 mm 9 Zähne 40 µl* mm 12 Zähne 40 µl* mm 25 Zähne 16 µl* mm 9 Zähne 27 µl* mm 12 Zähne 27 µl* mm 25 Zähne 11 µl* Präparativer Kamm 1.5 mm 2 Zähne 596/28 µl* * Taschenvolumen ist kalkuliert für eine Geldicke von 5 mm Justierbare Gießschiene JustCast Die flexible Alternative zur modellspezifischen Gießschiene. Für das Gießen von gleichzeitig bis zu 3 Mini S Gelen, 2 Mini M Gelen, 2 Mini L Gelen, 1 Mini ExM Gel oder 1 Mini ExW Gel. Artikel Beschreibung Bestell-Nr. JustCast justierbare Gießschiene für PerfectBlue Minigelsysteme mit 3-Punkt-Nivellierungssystem und Wasserwaage Power Supplies Bei Bedarf beraten wir Sie gerne, welcher Power Supply für Ihre Anwendung geeignet ist. 11 VWR PerfectBlue Mini ver

12 Literatur SAMBROOK J, FRITSCH E. F. AND MANIATIS T. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY. FREDERIK M. AUSUBEL et al. (Ed.) Short Protocols in Molecular Biology, - A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology. OGDEN R. AND ADAMS D. A. (1987) Electrophoresis in Agarose and Acrylamide Gels. Methods Enzymol. 152: FOTADOR U., SHAPIRO L. E. AND SURKS, M. I. (1991) Simultaneous Use of Standard and Low-Melting Agarose for the Separation and Isolation of DNA by Electrophoresis. Bio Techniques, 10 (2): BOOTS S. (1989) GEL ELECTROPHORESIS OF DNA. ANAL. CHEM., 61 (8): 551A-553A. 12 VWR PerfectBlue Mini ver

13 Ihr Distributor Austria VWR International GmbH Graumanngasse Vienna Tel.: info.at@vwr.com Belgium VWR International bvba Researchpark Haasrode 2020 Geldenaaksebaan Leuven Tel.: vwr.be@vwr.com China VWR International China Co., Ltd Shanghai Branch Room 256, No Pusan Road Pudong New District Shanghai Tel.: Fax: info_china@vwr.com Czech Republic VWR International s. r. o. Veetee Business Park Pražská 442 CZ Stříbrná Skalice Tel.: info.cz@vwr.com Denmark VWR International A/S Tobaksvejen Søborg Tel.: info.dk@vwr.com Finland VWR International Oy Valimotie Helsinki Tel.: info.fi@vwr.com France VWR International S.A.S. Le Périgares Bâtiment B 201, rue Carnot Fontenay-sous-Bois cedex Tel.: * (national) Tel.: +33 (0) (international) info.fr@vwr.com * 0,18 TTC/min Germany VWR International GmbH Hilpertstraße 20a D Darmstadt Freecall: Tel.: +49 (0) (international) info.de@vwr.com Hungary VWR International Kft. Simon László u Debrecen Tel.: +36 (52) info.hu@vwr.com India VWR Lab Products Private Limited No.139. BDA Industrial Suburb, 6th Main, Tumkur Road, Peenya Post, Bangalore, India Tel.: vwr_india@vwr.com Ireland / Northern Ireland VWR International Ltd / VWR International (Northern Ireland) Ltd Orion Business Campus Northwest Business Park Ballycoolin Dublin 15 Tel.: sales.ie@vwr.com Italy VWR International S.r.l. Via San Giusto Milano (MI) Tel.: info.it@vwr.com The Netherlands VWR International B.V. Postbus AD Amsterdam Tel.: info.nl@vwr.com Norway VWR International AS Haavard Martinsens vei Oslo Tel.: info.no@vwr.com Poland VWR International Sp. z o.o. Limbowa Gdansk Tel.: info.pl@vwr.com Portugal VWR International Material de Laboratório, Lda Centro Empresarial de Alfragide Rua da Indústria, nº Alfragide Tel.: info.pt@vwr.com Singapore VWR Singapore Pte Ltd 18 Gul Drive Singapore Tel: sales.sg@vwr.com Spain VWR International Eurolab S.L. C/ Tecnología 5-17 A-7 Llinars Park Llinars del Vallès Barcelona Tel.: info.es@vwr.com Sweden VWR International AB Fagerstagatan 18a Stockholm Tel.: info.se@vwr.com Switzerland VWR International AG Lerzenstrasse 16/ Dietikon Tel.: info.ch@vwr.com UK VWR International Ltd Customer Service Centre Hunter Boulevard Magna Park Lutterworth Leicestershire LE17 4XN Tel.: +44 (0) uksales@vwr.com 13 VWR PerfectBlue Mini ver