PROTRANS Elektrophorese Equipment

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1 Elektrophorese Equipment Elektrophorese Einheit 4x25 REF Mit dem Elektrophorese Equipment ist es auf schnelle und einfache Art möglich, bis zu 100 PCR Amplifikate oder DNA Fragmente in einem einzigen Gel aufzutrennen. Der Abstand zwischen den Kämmen im Gel erlaubt die elektrophoretische Trennung von PCR Fragmenten, deren Größen zwischen 90 und 1500 Basenpaaren variieren. Außerdem sind die Kämme so konzipiert, dass sie ein effizientes Laden der PCR Reaktionen mit einer Mehrkanalpipette erlauben. Der Gebrauch des UV - Transilluminators und des Polaroid Kamera Systems zur Dokumentation des Ergebnisses gestatten, das komplette Gel mit 4x 25 Slots in einer einzigen Aufnahme festzuhalten. Zur Vereinfachung der Identifizierung der einzelnen Geltaschen (Slots) im Agarose-Gel kann die Nummern Schablone verwendet werden. Die Nummerierung der Slots wird unter Verwendung des UV - Transilluminators und des Polaroid Kamera Systems sichtbar gemacht. 1.) Elektrophorese Kammer REF (Kammer mit Deckel, Gel-Gießkammer, UV Gel-Tray, 4 Gel Kämme) 2.) Gelgießkammer REF ) UV Gel-Tray REF ) Gel-Kämme (4 Kämme mit 25 Zähnen) REF ) SSP Nummern Schablonen (1/24) REF ) SSP Nummern Schablonen (1/96) REF

2 Gel Check 12 x 9 REF Mit dem Gel Check System kann auf schnelleste Art überprüft werden, ob man ein PCR-Fragment erhalten hat oder nicht. Mit der Gelgießkammer und den UV Gel-Trays können 2 kleine Gele mit je 6 x 9 (54) Geltaschen vorbereitet werden. Die PCR Produkte werden mit einer 8-Kanal Pipette in 2 x 6 Reihen bzw. in 2 x 54 Geltaschen überpipettiert. In nur 5 Minuten sind die Ergebnisse verfügbar. 1.) Elektrophorese Kammer REF (Kammer mit Deckel, Gel-Gießkammer, 2 UV Gel-Trays, 2x 6 Gel Kämme) 2.) Gelgießkammer REF ) UV Gel-Tray REF ) Gel-Kämme (6 Kämme mit 9 Zähnen) REF Elektrophorese Equipment 1) UV - Transilluminator REF (312 nm, Filtergröße 30 x 20 cm) 2.) Polaroid Kamera System REF (Kamera, Tubus, UV-Licht Filter Set) Elektrophorese Reagenzien 1.) AGAROSE REF ) TAE Elektrophorese Puffer REF Die Elektrophorese Reagenzien sind von höchster Qualität und für den Einsatz in der molekulargenetischen Diagnostik von PCR Produkten oder DNA Fragmenten geignet. 2

3 Arbeitsanleitung Bereitung eines 2% Agarose Gels mit der Gelgießkammer 1.) Zubereitung des 1x TAE Elektrophorese Puffers durch Verdünnung von 20 ml 50x TAE Elektrophoresepuffer mit 980ml destilliertem Wasser. 2.) Bereitung des 2% Agarose Gels Lösen der Agarose (Feinheitsgrad für die Molekulargenetik) in 1 x TAE Puffer durch Kochen in einer Mikrowelle (Vorsicht: Siedeverzug ohne Magnetrührer) oder auf einer magnetischen Heizrührplatte Protrans REF Gel Check (6 x 9) Elektrophorese Unit (4 x 25) Gel Volumen 50 ml 200 ml Protrans Agarose (molecular genetic grade) 1 g 4 g 1 x TAE Elektrophorese Puffer 50 ml 200 ml Ethidiumbromid (Konzentration: 10mg/ml) 2,5 µl 10 µl Volumen der Elektrophorese Kammer 250 ml 1000 ml Voltzahl des Elektrophoreselaufs 200 V 150 V Laufzeit der Elektrophorese 5 min 20 min 3.) Abkühlen des Agarosegels auf etwa 60 C auf einer kalten Magnetrührplatte 4.) Zugabe von Ethidiumbromid (10mg/ml Stocklösung) direkt zur Gellösung und erneutes Mixen zur homogenen Verteilung des Ethidiumbromids Vorsicht: Ethidiumbromid ist als höchst mutagen eingestuft. Beim Umgang mit Ethidiumbromid(gelen) sollten immer Nitrilhandschuhe getragen werden. 5.) Nach Befeuchten der Dichtungen des UV Gel Trays mit Wasser wird es in die Gelgießkammer eingesetzt und anschließend die Kämme im Gel Tray positioniert. Wird das Gel Check System verwendet, sind die rot markierten Seiten der Kämme auf die rote Seite der Gel Trays zu setzen. (Mit der mitgelieferten Wasserwaage ist es möglich, die Füße der Gelgießkammer so zu justieren, dass das Gel gleichmäßig (dick) gegossen werden kann) 6.) Vorsichtiges Gießen der Gellösung in das UV Gel Tray um Luftblasen im Gel zu vermeiden. Das Gel sollte mindestens auf 60 C abgekühlt werden, um Beschädigungen am UV-Gel Tray zu vermeiden. Das Gel ist nach min Stehen bei Raumtemperatur gebrauchsfertig. Bemerkung: Die gebrauchsfertigen Gele können mehrere Tage im UV Gel Tray im Kühlschrank aufbewahrt werden, wenn man sie in Frischhaltefolie einwickelt. 3

4 Elektrophoreselauf in der Elektrophoresekammer 1.) Entfernen Sie vorsichtig die Gel Kämme aus dem UV Gel Tray. 2.) Nehmen Sie das UV Gel Tray aus der Gelgießkammer und setzen Sie es in die Elektrophoreskammer. 3.) Die Elektrophoresekammer fasst: große Elektrophorese Kammer (4x 25 Zähne) Gel Check Kammer (6x 9 Zähne) 1000 ml 1x TAE- oder 1x TBE Puffer 250 ml 1x TAE- oder 1x TBE Puffer Beim Gießen des Elektrophoresepuffers in die Elektrophorese Kammer daruaf achten, dass das Gel komplett mit Puffer bedeckt ist. 4.) 5-11 µl des PCR- or DNA-Fragments werden mit einer 8-Kanal-Pipette entweder aus der 96-well Cyclerplatte oder aus einzelnen Cyclertube in die Vertiefungen des Gels pipettiert. 5.) Schieben Sie den Deckel auf die Elektrophoresekammer und verbinden Sie die Kabelanschlüße mit dem Stromversorgungsgerät. 8.) Lauf des Agarose-Gels Gel Check (6 x 9) Elektrophoresis Unit (4 x 25) Voltzahl des Elektrophoreselaufs 200 V 150 V Laufzeit der Elektrophorese 5 min 20 min Bemerkung: Der Maximalstrom für ein Elektrophorese System beträgt etwa 300mA. 4

5 Analyse und Dokumentation der Ergebnisse 1.) Schalten Sie den Strom aus und entfernen Sie die Kabel vom Stromversorgungsgerät. Schieben Sie den Deckel von der Elektrophoreskammer. 2.) Setzen Sie das Gel direkt auf den UV-Transilluminator. 3.) Setzen Sie die SSP Nummern Schablone auf das Gel. 4.) Befestigen Sie den Tubus auf dem Polaroid Kamera System. 5.) Positionieren Sie das Kamerasystem über dem Gel und machen Sie ein Bild. Fehlersuche Die Agarosegellösung läuft während des Gelgießens aus der Gelgießkammer. Kontrollieren Sie die Dichtungen des UV Gel Trays. Die Dichtungen müssen gut in der Kerbe des UV Gel Trays befestigt sein. Befeuchten Sie die Dichtungen mit Wasser vor dem Einsetzen des UV Gel Trays in die Gelgießkammer. Die Dichtungen können nach häufigem Gebrauch brüchig werden und sollten dann ausgetauscht werden. (Protrans Dichtungen, 2 Stück, Artikel Nr ). Das PCR Produkt läuft nicht in das Gel ein. Der Deckel der Elektrophoresepufferkammer ist nicht korrekt geschlossen. Die Stromkabel sind nicht mit den Elektroden oder dem Stromversorgungsgerät verbunden. Eine der Elektroden ist gebrochen. Nach dem Gellauf sind keine PCR Fragmente zu sehen. Das Agarosegel wurde in der falschen Richtung bzgl. der Elektroden in die Elektrophoresepufferkammer gesetzt und die PCR Fragmente sind aus dem Gel gelaufen. Kontrollieren Sie Ihren Elektrophoresepuffer. Benutzen Sie diesen maximal 6-8 mal. Vor dem Laden der PCR-Produkte kontrollieren, dass der Puffer das ganze Gel bedeckt. Die PCR Produkte scheinen ungleichmäßig zu laufen. Kontrollieren Sie die Elektroden. Falls eine Elektrode nicht richtig arbeitet, können die PCR Produkte in eine Ecke des Gels laufen. Kontrollieren Sie, ob Ihr Gel gleichmäßig dick gegossen ist. Reinigung Nach Gebrauch entfernen Sie den Deckel und reinigen die Elektrophoresekammer, das UV Gel Tray und die Gelkämme durch Spülen mit warmem Wasser. Benutzen Sie zur Reinigung der Elektrophoresepufferkammer bitte keine Bürste, weil die Elektroden zerbrechlich sind. Gießen Sie das Gel erst, wenn es auf 60 C abgekühlt ist. Temperaturen über 60 C können das UV Gel Tray verziehen oder brüchig/blind machen. Vermeiden Sie das Reinigen von Acrylglas mit formaldehyd- oder ethanol-haltigen Lösungen. Diese organischen Lösungsmittel sind sehr aggressiv und machen das Material brüchig bzw. blind. 5