Einführung in BioConductor

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1 Einführung in BioConductor Christian Netzer Christian Netzer Fakultät Statistik, TU Dortmund 22. Mai 2009 Seminar Bioinformatik

2 Was ist BioConductor? BioConductor is an open source and open development software project to provide tools for the analysis and comprehension of genomic data Die Beiträge aus BioC sind hauptsächlich für R konzipiert: BioC bietet eine umfangreiche Quelle für R-Pakete mit Anwendung in der Bioinformatik

3 Ziele des Bioconductor Projektes Weitverbreiteter Zugang zu umfassenden statistischen und graphischen Methoden für die Analyse genomischer Daten Erleichtern der Einbeziehung biologischer Metadaten, wie z.b. Literatur aus PubMed oder Annotationsdaten von LocusLink Bereitstellen einer Softwareplattform, welche die rasche Entwicklung und den Einsatz von erweiterbarer, skalierbarer und kompatibler Software ermöglicht Förderung von wissenschaftlichem Verständnis durch hochwertige Dokumentation und reproducible research Schulungen für den Umgang mit rechenbetonten und statistischen Methoden für die Analyse genomischer Daten Bioconductor's Core List of Developers Momentan 32 Mitglieder

4 BioConductor: Pakete Derzeit stehen etwa 320 Software-Pakete bereit. Hinzu kommen ca. 450 Metadaten-Pakete sowie ca. 65 Daten-Pakete Fortlaufend erscheinen neue oder aktualisierte Pakete, andere werden nicht mehr unterstützt und sind nur noch in älteren Versionen von BioC enthalten

5 BioConductor: Pakete

6 BioConductor: Pakete Task View Link Complete Taxonomy in der Sektion Downloads Task Views sind unterteilt in 3 Kategorien:

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11 BioConductor Pakete: Installation Installation der Standardpakete mit Hilfe des bioclite.r Skripts f source(" bioclite() Argumente: pgks zu installierende Pakete destdir Verzeichnis für heruntergeladene Pakete lib R Library in die die Pakete installiert werden Update der installierten Pakete source(" update.packages(repos=biocinstallrepos(), ask=false)

12 BioConductor Pakete: Installation Fehlende Pakete werden automatisch nachgeladen

13 Welche Art Dokumentationen gibt es? Online-Hilfe. Online Dokumentationen für die meisten Funktionen und Variablen in BioConductor können über die R-Konsole aufgerufen werden (help(name) oder?name). Meist auch erhältlich als Benutzerhandbuch im HTML, LaTeX oder PDF Format Vignetten. Jedes Bioconductor Paket enthält mindestens eine Vignette. Vignetten sind Dokumente, die praxisorientiert das Paket und die darin enthaltenen Funktionen beschreiben und erklären Kurse. Lectures und computer labs von Bioconductor short courses verfügbar Publikationen. Artikel und technical reports sind in der Sektion "Publications" auf der Webseite erhältlich

14 BioConductor Vignetten Beschreibung der im Paket entahltenen Funktionen anhand von Anwendungsbeispielen Vignetten enthalten ausführbaren R-Code. Sie sind für eine interaktive Bedienung konzipiert Jedes BioC Paket beinhaltet mindestens eine Vignette library("biobase") ## now load package of interset, here GOstats library("gostats") openvignette() Öffnen der Vignette über das erscheinende Auswahlmenü (Konsole/Menüleiste) Lokalisiert im Ordner doc des Pakets

15 Ordner doc im Verzeichnis des R-Pakets

16 R- WinEdt R Vignette

17 BioConductor Literatur Bücher: source(" getmonograph()

18 BioConductor Literatur