WSL-Kurs Einführung in die Statistik Software, Installation und Gebrauch Christian W. Hoffmann Swiss Federal esearch Institute WSL 2009-02-18, 21:19:40 Inhaltsverzeichnis 1 Benötigte Dokumente und Programme, und woher man sie holen kann 2 2 Editoren 3 3 Tips zum Installieren 3 4 Statistikkurs einrichten 4 4.1 Kursdateien holen................................... 4 4.2 erstmals starten................................... 4 4.3 Arbeitsdatei erstellen.................................. 5 4.4 verlassen....................................... 5 5 Arbeiten mit den Dateien 5 5.1 Wenn die html-hilfe nicht erscheint.......................... 5 5.2 Dateien bearbeiten................................... 5 5.3 Skript in ausführen................................. 5 5.4 Ergebnisse........................................ 5 5.5 Verbesserungen..................................... 6 6 Automatische Erzeugung von.pdf 6 6.1 Sweave.sty........................................ 6 6.2 Sweave, LATEX, Acrobat................................ 6 7 Informationsfluss 7 1
Kontakt: christian.hoffmann@wsl.ch, hier bin ich immer erreichbar. Büro: WSL HP D60 Tel intern: 277, mit Beantworter Konventionen: > bedeutet einerseits Punkt im Menu oder Link zum (Doppel-)Klicken Die Eingabeaufforderung, der Prompt, von wird ebenfalls mit > bezeichnet; er wird zunächst in den Beispielen erwähnt, soll aber nicht eingetippt werden. Nach der Texteingabe ist <T> zu drücken. 1 Benötigte Dokumente und Programme, und woher man sie holen kann Je nach den Bedürfnissen kann der Kurs auf verschiedenen Stufen bearbeitet werden. Zum besseren Verständnis sehe man sich die zugehörige Datei- und Programmstruktur in Abb. 1 auf S. 7 an. Alles weitere Material ist über http://www.wsl.ch/forschung/forschungsunits/wald/infomanagement/courses/statistics/ index_de (deutsch), und http://www.wsl.ch/forschung/forschungsunits/wald/infomanagement/courses/statistics/ index_en (englisch). zugänglich. 1. eine Lektüre des Kursmanuskripts Kurs.pdf (s. index_de), man benötigt dazu den Adobe-Acrobat-eader (eine neuere Version davon!). 2. Ausprobieren des Quellcodes (der echenanweisungen) Kurs. (s. index_de) mithilfe des Statistikprogramms : a) Einrichten (vorzugsweise auf dem Desktop) eines Arbeitsverzeichnisses ( AV ) StatsCrs, wie man es z.b. nennen könnte, b) Installation des Programmpakets in der aktuellen Version -xxx, wobei zur Zeit xxx = 2.8.0 ist, durch Herunterladen und Befolgung der Anweisungen in Windows: http://cran.r-project.org/ > Windows > base > -2.8.0-win32.exe und EADME.-2.8.0, Mac OSX: http://cran.r-project.org/ > MacOSX > -2.8.0.dmg und NEWS (letzteres erscheint dann als The Comprehensive Archive Network.html und als Verzeichnis), c) Kopieren von Kurs. (s. index_de) (und evtl. Kurs.eadme.pdf) in das AV, Anlegen des Unterverzeichnisses fig im AV. d) Herunterladen von Kurs.zip (s. index_de) und Auspacken in das AV, evtl. auch AdditionalZusatz.zip. e) Die Datei Kurs.profile steuert den Start von und das Laden von zusätzlich benötigten Paketen, siehe 4.2. 2
f) Ausführen von > source("kurs."). Es werden alle Variablen und Bilder des Kurses erzeugt. Von jetzt an können Teile des -Codes in beliebiger eihenfolge neu ausgeführt werden, ohne dass man wegen fehlender Variablen nicht weiter kommt. 3. Verändern einzelner Kapitel oder Erzeugung eines eigenen Manuskripts: a) Installation der Editoren (s. Kap. 2) und des LATEX-systems: Windows: TexLive von http://www.tug.org/texlive/acquire.html. Mac OSX: TexShop.dmg von http://www.tug.org/mactex/ > MacTeX.mpkg. zip. b) Anwenden der Editoren (z.b.tinn- und Aquamacs) auf Dateien vom Typ.nw, c) Verarbeiten von..nw in mittels > Sweave("..nw") mit dem Ergebnis in Datei..tex, d) Setzen von..tex mittels pdflatex oder TexShop, mit dem Ergebnis in Datei..pdf. Im Folgenden werden einige dieser Punkte noch näher erläutert. 2 Editoren Windows: Tinn- von http://www.sciviews.org/tinn-/ TextPad von http://www.textpad.com/ NotePad2 von http://www.flos-freeware.ch/notepad2.html Crimson Editor von http://www.crimsoneditor.com/ Mac OSX: Aquamacs.dmg von http://www.cognitiones.de/doku.php/aquamacs TexShop.dmg von http://www.tug.org/mactex/ Alpha von http://www.kelehers.org/alpha/ TotalEdits von http://totaledit.softonic.de/ Die angegebenen Editoren können so eingestellt werden, dass sie Klammerpaare und Schlüsselworter der Syntax hervorheben und so bei der Programmerstellung erheblich mithelfen. Sie können zum Teil durch Tastenkürzel Codezeilen oder ganze Abschnitte direkt in ausführen lassen. Ansonsten bewährt sich das gewöhnliche Copy/Paste aus dem Editor in die Kommandozeile von. 3 Tips zum Installieren 1. Windows: Vom Programm C:\ProgramFiles\\-2.8.0\bin\gui.exe erzeugt man eine Verknüpfung/Shortcut und gibt in den Eigenschaften/Properties das Arbeitsverzeichnis ( AV ) von Kap. 1 als Startverzeichnis an. Das ist sehr wichtig!, wenn man über diese Startikone starten will. 2. Mac OSX: Beim Starten von wird man meist nach dem Startverzeichnis gefragt. Ansonsten muss man explizit mit setwd(av}) (also etwa setwd("/users/eigene_benutzename/desktop/statscrs")) ins Kursverzeichnis wechseln. 3
3. Man kann jederzeit auf das aktuelle Verzeichnis testen, in dem gerade arbeitet mit getwd(). 4 Statistikkurs einrichten 4.1 Kursdateien holen Die Kursdateien aus Kurs.zip (siehe Kap. 1) in das AV StatsCrs auspacken. Darauf achten, dass das Unterverzeichnis fig existiert, sonst selbst erzeugen. Wichtig: Beim Auspacken kann es vorkommen, dass ein weiteres StatsCrs innerhalb ( unterhalb ) von AV StatsCrs erzeugt wird, in dem sich dann alle Dateien (und Unterverzeichnisse) des Kurses befinden. Um diese fehlerhafte Hierarchie zu korrigieren, müssen diese Dateien sämtlich in das AV StatsCrs hinauf verschoben werden. Das geleerte und damit überflüssige StatsCrs sollte gelöscht werden. Also: Statt.../Desktop/StatsCrs/StatsCrs/<Kursdateien> korrekt.../desktop/statscrs/<kursdateien> und Löschen von.../desktop/statscrs/statscrs/. 4.2 erstmals starten 1. Windows: Auf Schreibtisch Ikone doppelklicken, Gui öffnet sich. Datei > Verzeichnis wechseln >..Desktop/StatsCrs auswählen. 2. Mac OSX: Programme > Aquamacs starten, Nacheinander die Tasten Esc, x und <T> drücken, oder die Datei Kurs. (steht im AV) öffnen. Auf die Ikone im Menubalken drücken. Jetzt wird die -Konsole in einem Fenster von Aquamacs gestartet. Die Frage nach dem Startverzeichnis beantwortet man (ist evtl. schon richtig angegeben mit AV), oder man verlangt explizit > setwd("/users/eigene_benutzename/desktop/statscrs"). 3. Um den Startprozess anzupassen, muss > source("kurs.profile") ausgeführt werden, danach >.First(). Wenn eine Liste mit Verteilerstandorten von erscheint, wählt man Switzerland und quittiert mit OK. Es werden benötigte Pakete nachgeladen. 4. Beim Start von sollte im Browser das Fenster file:/..././doc/html/index.html (oder so ähnlich) aufgehen mit dem Inhalt: Statistical Data Analysis (-Logo) Manuals An Introduction to The Language Definition Writing Extensions Installation and Administration Data Import/Export Internals eference Packages Search Engine & Keywords Miscellaneous Material About Authors esources License Frequently Asked Questions Thanks 4
Man prüft die Version von mit >.Version(). Fehlermeldungen in der -Konsole sind zu beachten. Sie helfen, den Startprozess korrekt zu steuern. Notfalls Hilfe anfordern. 4.3 Arbeitsdatei erstellen Die Datei Kurs. direkt verwenden, oder sie wird mit > Stangle("Kurs.nw") erzeugt. 4.4 verlassen > q(), Workspace sichern: Ja. 5 Arbeiten mit den Dateien 5.1 Wenn die html-hilfe nicht erscheint Beim Start von sollte im Browser die -Hilfe erscheinen, siehe Kap. 4.2. Ist dies nicht der Fall oder hat man das Hilfesystem aus versehen im Browser geschlossen, so holt man es mit > help.start() wieder in den Browser. 5.2 Dateien bearbeiten Im jeweiligen Editor Tinn-, TextPad, Aquamacs oder auch TexShop. TexShop hat ausgezeichnete Hilfen und kleine LATEX-Kurse. 1. Windows: Wer nicht mit Tinn- arbeiten will, öffnet die Dateien in > Datei > Offne Skript > z.b. Kurs.. Dieser -eigene Editor bietet aber keine Syntaxunterstützung. Alternativen sind in Kap. 2 genannt, 2. Mac OSX: Aquamacs ist eine integrale Arbeitsumgebung, so z.b. kann man nahtlos mit arbeiten. Er bietet gute Syntaxhilfe, Dateivergleiche etc., ist aber gewöhnungsbedürftig (es ist ja Emacs). TexShop kann auch editieren und wird für das Setzen (aus LATEXDateien in.pdf umwandeln) benötigt. 5.3 Skript in ausführen > source("kurs."), oder Zeilen von Kurs.pdf auf die Kommandozeile von kopieren und ausführen. In der -Konsole auf dem -Prompt erscheinen die echenergebnisse und Fehlermeldungen von. Wenn Grafiken erzeugt werden, öffnet sich das Fenster Graphics... und zeigt die Figuren. 5.4 Ergebnisse Im Editor kann man die Ergebnisse aus der -Konsole mit Copy und Paste in eine eigene Ergebnisdatei kopieren und abspeichern. Die esultate einer ganzen Sitzung können in einer Datei abgespeichert werden mit Speichern unter der -Konsole. Bilder können angeklickt und mit dem Menupunkt Speichern unter einem sinnvollen Namen gesichert werden, z.b. im Unterordner fig des AV. 5
5.5 Verbesserungen Man wiederholt die Punkte dieses Kapitels... 6 Automatische Erzeugung von.pdf 6.1 Sweave.sty Die Datei Sweave.sty wird von > Sweave() gebraucht. Sie muss ebenfalls im WD vorhanden sein. 6.2 Sweave, L A TEX, Acrobat 1. > Sweave("Kurs.nw"), auf Schlussmeldung You can now... warten. 2. Windows: > system("pdflatex Kurs") (zweimal ausführen!), erzeugt Kurs.pdf, das mit dem Adobe-Acrobateader (neuere Version!) geöffnet werden kann. 3. Mac OSX: Nach TexShop wechseln, > Ablage > "Offnen oder Zuletzt benutzte Dokumente > Kurs.tex öffnen, Befehl-T (zweimal ausführen!) erzeugt Kurs.pdf und öffnet es auch. Das zweimalige Ausführen der Befehle sorgt für die Auflösung von Verweisen auf weiter hinten liegende Teile des Dokuments. 6
7 Informationsfluss Kurs.nw > Stangle( + ) > Sweave( * ) \SweaveInput( ) Kurs.hdr Kurs.Ch1.nw Kurs.Ch2.nw Kurs.Ch3.nw Kurs. -Console > Stangle ( Kurs.nw ) + > source ( Kurs. ) > [Copy Paste] > [esultate] > Sweave ( Kurs. )* > system( pdflatex Kurs.tex ) Kurs.tex > pdflatex Kurs L Kurs.pdf Mywork. \fig\fig-01.pdf \fig\fig-02.pdf \fig\fig-03.pdf \fig\fig-04.pdf Acrobat eader L Fehler in chunk Fehler in Latex C.W.Hoffmann, 2008-11-24 Abbildung 1: Dateien und Programme, Informationsfluss im System, LaTeX, Acrobat. Anstelle von pdflatex Kurs gilt für Mac OSX TexShop, Befehl-T 7