Einfluss des Spritzprotokolls und der Apfelsorte auf das Apfelmikrobiom und die Entstehung von Lagerkrankheiten
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- Dennis Busch
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1 Einfluss des Spritzprotokolls und der Apfelsorte auf das Apfelmikrobiom und die Entstehung von Lagerkrankheiten Andreas Bühlmann 1
2 Forschung zu Qualität von Obst an der Agroscope Unterstützung der Sortenprüfung Unterstützung der Züchtung und Genressourcen Gute Kontakte im internationalen Umfeld pflegen Bis 2016 Forschung primär auf physiologischen Lagerkrankheiten (Franz Gasser) Ab 2016 Fokus vermehrt auf mikrobiologische Lagerkrankheiten 2
3 Mikrobielle Qualität von Obst Nützlinge HEFEN Produkt APFEL Pathogene PILZE Wirtspflanze APFELBAUM 3
4 Mikrobielle Qualität von Obst Pathogene sind Pilze, mögliche Nützlinge sind Hefen Vor- und Nachernte sind nicht trennbar, Stärke von Agroscope Biologie verschiebt sich von Spezies- Spezies Interaktionen zu Gemeinschaften Es gibt Nützlinge auf dem Markt, sie werden aber kaum benutzt. Formulierung, Timing Mischungen 4
5 Einfluss des Spritzprotokolls und der Apfelsorte auf das Apfelmikrobiom und die Entstehung von Lagerkrankheiten Existierender Low input trial (Naef et al.) Existierendes Lager know-how (Gasser et al.) Mikrobielle Belastung von Lagerfrüchten monatlich bestimmen Genauere Charakterisierung mittels Metagenomik 5
6 Low Input Trial Design Feldversuch Kontrolle Lagerung Shelf Life 6
7 Agarplatten Low Input Trial Design Sampling Varieties Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 SL 7d SL14d Ariane A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A Otava C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C Topaz D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D Zählen, Spezies bestimmen 7
8 Mikrobiologie 1400 Total Mikroorganismen/Monat CFU/Platte Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 NL7 NL14 Sampling Datum Ariane Kontrolle Ariane Low Input Ariane IP Otava Kontrolle Otava Low Input Otava IP Topaz Kontrolle Topaz Low Input Topaz IP 8
9 Mikrobiologie Total Mikroorganismen/Sorte/Spritzprotokoll CFU/Platte Ariane Kontrolle Ariane Low Input Ariane IP Otava Otava Low Kontrolle Input Otava IP Sorte/Spritzprotokoll Topaz Topaz Low Kontrolle Input Topaz IP Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 NL7 NL14 9
10 Mikrobiologie CFU Spezies Sorte/ Spritzprotokoll Aureobasidium Metschnikowia Rhodotorula Penicillium Alternaria unbekannt 10
11 Problem Auf Kulturplatten wachsen nur 10 30% der Mikroorganismen. Den Rest sehen wir nicht Viele Mikroorganismen/ Kolonien sind Morphologisch schwierig zu identifizieren Lösung Metagenomik (DNA) Statt einzelne Kolonien studieren, Apfelschalen waschen und sequenzieren 11
12 DNA Wieso? Differenzierung: «Genetischer Fingerabdruck» Alle Differenzierungsebenen: Arten, Rassen, etc. 12
13 Agarplatten Low Input Trial Design Sampling Varieties Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 SL 7d SL14d Ariane A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A Otava C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C Topaz D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D Metagenomik Bakterien/Pilze Varieties Okt 15 Jan 16 Mai 16 SL14d Ariane A A A A A A A A A A A A Otava B B B B B B B B B B B B Topaz D D D D D D D D D D D D wash Database comparison >seq1 Aureobasidium >seq2 Penicillium >seq3. 13
14 Resultate Metagenomik 1Mio sequenzen/ sample Ariane Kontrolle 14
15 Metagenomik Auswertung Läuft (Herbst 2016) Korrelation Lagerschäden/ Mikrobiom Identifikation potentieller Nützlinge, quantifizierung Pathogene Versuch wird 2016/ 2017 wiederholt werden Definitive Resultate Ende
16 Parallele Versuche Auswertung von Sporenfallen im Feld und im Lager (Gloeosporium) Biocontrol Versuch mit BoniProtect und Agroscope Hefe (IPB) 16
17 Vision 2018 Wir kennen das Mikrobiom auf der Apfelschale und wissen wie es von der Sorte, Spritzprotokoll beeinflusst wird Wir können Schlüsselspezies identifizieren die die Entstehung von Lagerfäulen positiv oder negativ beeinflussen Wir verstehen die Biologie von Lagerfäulen besser (zb Gloeosporium Wir können das Mikrobiom zu unseren Gunsten beeinflussen (Mycosan/ BoniProtect etc.) UND so Lagerfäulen minimieren 17
18 Danke für Ihre Aufmerksamkeit Agroscope gutes Essen, gesunde Umwelt 18
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