Apfelmikrobiom und Lagerkrankheiten

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Nelly Schuler
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der Züchtung und Genressourcen Physiologische Lagerschäden (Severine Gabioud)

1 Apfelmikrobiom und Lagerkrankheiten Andreas Bühlmann 1 Forschung zur Qualität von Obst an der Agroscope Unterstützung der Sortenprüfung (Lagerung neuer Sorten) Unterstützung der Züchtung und Genressourcen Physiologische Lagerschäden (Severine Gabioud) Mikrobielle Lagerkrankheiten (Andreas Bühlmann) Gute Kontakte im internationalen Umfeld pflegen 2 1

2 Mikrobielle Qualität von Obst Nützlinge HEFEN Produkt APFEL Pathogene PILZE Wirtspflanze APFELBAUM 3 Mikrobielle Qualität von Obst Pathogene sind Pilze, mögliche Nützlinge sind Hefen EsgibtNützlinge auf demmarkt, siewerden aber kaumbenutzt. Wieso? Formulierung, Timing Mischungen 4 2

3 Mikrobielle Qualität von Obst Pathogene sind Pilze, mögliche Nützlinge sind Hefen EsgibtNützlingeauf demmarkt, siewerdenaber kaumbenutzt. Formulierung, Timing Mischungen Mehr wissen über das Mikrobiom Forschung Prognosemodelle von Lagerkrankheiten- Praxis Nützlinge als Vorerntebehandlung - Praxis WenigerProblemeimLager -alle 5 Einfluss des Spritzprotokolls und Apfelsorte Kontrolle Lagerung Shelf Life 6 3

Einfluss des Spritzprotokolls und Apfelsorte Agarplatten Varieties Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 SL 7d SL14d Ariane A A A A A A A A A A A A A A A A

Spezies bestimmen 7 Resultate 25 Mikroorganismen im Lager 216 CFU/cm 2 apple skin 2 15 1 5 25 Okt 15Nov 15Dez 15 Jan 16 Feb 16Mrz 16Apr 16Mai 16 NL7 NL14 Sampling date

4 Einfluss des Spritzprotokolls und Apfelsorte Agarplatten Varieties Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 SL 7d SL14d Ariane A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A Otava C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C Topaz D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D Zählen, Spezies bestimmen 7 Resultate 25 Mikroorganismen im Lager 216 CFU/cm 2 apple skin Okt 15Nov 15Dez 15 Jan 16 Feb 16Mrz 16Apr 16Mai 16 NL7 NL14 Sampling date Mikroorganismen im Lager 217 CFU/cm2 Apple Skin Okt 15Nov 15Dez 15 Jan 16 Feb 16Mrz 16Apr 16Mai 16 NL7 NL14 Sampling Date Mikrobiom verändert sich Im Lager Von Jahr zu Jahr 8 4

5 Resultate CFU/cm 2 apple skin Mikroorganismen pro Sorte/Behandlung 216 Variety/ treatment Mikroorganismen pro Sorte/Behandlung 217 CFU/cm 2 apple skin Variety/ Treatment Sorte hat Einfluss Spritzprotokoll hat Einfluss 9 Results Microbiology CFU/cm 2 Apfelschale CFU/cm 2 Apfelschale Spezieszusammensetzung 216 Ariane Otava Topaz Sorte Spezieszusammensetzung 217 Ariane Otava Topaz Sorte other Alternaria Aspergillus Penicillium Rhodotorula/Erythrobasidium Metschnikowia Aureobasidium other Alternaria Aspergillus Penicillium Rhodotorula/Erythrobasidium Metschnikowia Aureobasidium Totale Menge unterschiedlich Auch Zusammensetzung der Nützlinge ändert sich 1 5

Problem Auf Kulturplatten wachsen nur 1 3% der Mikroorganismen.

einzelne Kolonien anschauen, Gesamtheit der Mikroorganismen analysieren 11 Agarplatten Low Input Trial Design Sampling Varieties Okt 15

C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C Topaz D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D Metagenomik

6 Problem Auf Kulturplatten wachsen nur 1 3% der Mikroorganismen. Den Rest sehen wir nicht Viele Mikroorganismen/ Kolonien sind Morphologisch schwierig zu identifizieren Lösung Metagenomik (DNA) Statt einzelne Kolonien anschauen, Gesamtheit der Mikroorganismen analysieren 11 Agarplatten Low Input Trial Design Sampling Varieties Okt 15 Nov 15 Dez 15 Jan 16 Feb 16 Mrz 16 Apr 16 Mai 16 SL 7d SL14d Ariane A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A Otava C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C Topaz D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D D Metagenomik Bakterien/Pilze Varieties Ariane Otava Topaz Okt 15 Jan 16 Mai 16 SL14d A A A A A A A A A A A A B B B B B B B B B B B B D D D D D D D D D D D D wash Database comparison >seq1 Aureobasidium >seq2 Penicillium >seq3 J. 12 6

7 Resultate 13 7

8 Resultate Vorkommen von Lagerpilzen J Jegliche Mikroorganismen können gesucht werden 15 Resultate Korrelation visuell vs. DNA Bonitur Lagerkrankheiten Metagenomik % befallenefrüchte Anzahl Reads Kontrolle Low-Residue IP Kontrolle Low-Residue IP Kontrolle Low-Residue IP Kontrolle Low-Residue IP Otava Ariane Otava Ariane Bull's eye rot Calyx rot Grey mould rot Neofabraea Sclerotinia Botrytis Befall ähnlich wie gemessene DNA Korreliert? 16 8

9 Parallele Versuche Biocontrol Versuch mit Hefen % befallene Früchte a AL April Kontrolle Captan + Flint a a 3 x Hefe M 2 x Hefe M a 4 2 ab Kontrolle Captan + Flint AL Juni ab a b 3 x Hefe M 2 x Hefe M Biocontrol alleine nützt nichts Additiv in Kombination mit Fungiziden 17 Resultate und Ausblick Mikrobiom und Lagerpilze können mittels Metagenomik identifiziert werden Gibt es die Möglichkeit Prognosen zu entwickeln? Nützlinge zeigen positive Effekte im Lager Mischungen 217/218 Können wir auch im Feld die Pilze charakterisieren enorm wichtig für die Kontrolle während des Wachstums Ziel: Neue Ansätze zur Kontrolle von Lagerfäulen 18 9

Danke für Ihre Aufmerksamkeit Agroscope gutes

10 Danke für Ihre Aufmerksamkeit Agroscope gutes Essen, gesunde Umwelt Schweizer Symposium für Lebensmittelsensorik IG Sensorik - Symposium 217 Markterfolg mit allen Sinnen! Lebensmittelsensorik und Konsumentenforschung in der Praxis 8. November 217 Wädenswil, Schloss 2 1

11 Programm Anmeldung: (Anmeldeschluss: 31. Oktober 217) Hermeneutik und Lebensmittelsensorik- Tilo Hühn, ZHAW - Raymond Place, Ricola AG Produktbeurteilungen durch Konsumenten - Reto Grolimund, SMP Workshop: Sensorik Software - Robert Lobmaier, Sensoplus Avancées récentes en méthodologies sensorielles de produits cosmétiques et automobiles- Jean-Marc Sieffermann, AgroParisTech Einblicke in die Konsumentenforschung von morgen - Michael Siegrist, ETH Spannungsfelder der Sensorik in der Praxis als Chance - Birgit Wirth, JOWA AG Sensory evaluation: the guiding thread of the consumer centricity from product design to manufacturing and quality management L. Fillion, Nestlé Einblick hinter die Kulissen - Wo steht die Sensorik der Schweiz? Eugenia Harms, BFH-HAFL 21 Feedback vom Feedback 216 Online Anmeldung Handout per mail Zu viele Vorernte- Themen Mehr neues Fehlender Praxisbezug 22 11

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