Protokoll von Johnnie Akgün

Transkript

1 Aufgabenstellung: Protokoll von Johnnie Akgün Identifizierung von strukturierten non coding RNAs von 6 verschiedenen Aspergillus Stämmen. Arbeitsschritte: Begonnen wird mit einem Fasta file der Aspergillus Sequenzen, aus denen mit ncdnalign (Plausible Multiple Alignments of Non Protein Coding Genomic Sequences) Multiple Sequence Alignments erstellt werden. Die Alignmests vom zweiten Tag waren zu konserviert. Unser E Value betrug 10 hoch 3. Der Versuch vom zweiten Tag muss wiederholt werden. Neue Daten die einen E Value von 10hoch 2 haben sind bei Christoph erhältlich. Ich kopiere test2.tar.gz in meinen ws Ordner. Erstelle einen Ordner namens agains2 in ws. Entpacke test2.tar.gz in again2 (Befehl dazu ist tar zxvf test2.tar.gz) Öffne in test2 Ordner template.cfg. Ändere Pfade so, dass Zielfiles in meine Ordner erstellt werden (home/data/bioinf/ws/again2/test2/...) Führe erneut ncdnaligns durch. Sequenzalginments mit 6 Genomen von Aspergillus: ncdnalign cutsequences.pl c template.cfg Schneide zuerst Sequenz in test2 Ordner. getgenomewidealn.pl c template.cfg Führe damit lokale Alignments zwischen nicht kodierenden Regionen des Referenzgenoms und den 5 weiteren Aspergillus Stämmen mit Hilfe von einem Blast Algoritmus. mergegenomewide.aln.pl c template.cfg Verbinde 2 alignte Stellen zu einem einheitlichen Allignment. realignt.pl c template.cfg Realigne nochmal. trimaln.pl c template.cfg Trimme das Unnötige weg. Dadurch verbessert sich mein Alignment. Erstelle in maf 8 Ordner.

2 Programm Trimmed2maf.pl Wandelt aln.trim files (trimmed Alignments) in maf files (multiple Alignment files) um Verwende diesen Befehl: perl trimmed2maf.pl conf template.cfg in trimmedaln.bed prefix aln postfix aln.trim outdir maf Packe gezippte Datei aus: $tar zxvf filename.tar.gz Ordne Alignments nach Chromosomen, dann führe ich tobigmaf.sh aus um alle maf files in ein einziges File zusammenzufassen. Befehl:$ foreach i (*.trim) foreach? perl ne 'rename($argv, "$1/$ARGV"), exit if m/afu_(\d)/' $i foreach i (`seq 1 1 8`) foreach? pushd $i foreach? ~xtof/ws08/scriptln/tobigmaf.sh $i foreach? Popd foreach?end RNAZ Mit RNAz kann man Vorhersagen machen welche sich auf die thermodynamische Stabilität und der Konservierung der Sekundärstruktur beziehen. Verwende diesen Befehl: rnazwindow.pl < 1/1_all.maf > windows.maf Der Schritt wird für alle 8 Ordner wiederholt. Führe RNAz aus: [bioinf@prakt13 maf]$ foreach i ( `seq 1 1 8` ) foreach? pushd $i foreach? RNAz both strands show gaps cutoff=0.5 windows.maf >rnaz.out foreach? popd foreach? echo $i done. foreach? End Wandle alles in html um:

3 maf]$ foreach i ( `seq 1 1 8` ) foreach? pushd $i foreach? RnazCluster.pl html rnaz.out > results.dat foreach? popd foreach? echo $i done. foreach? end Gehe in xtof/ws/data Ordner und kopiere hueho.seq und Rfam.fasta.gz in again2 Ordner. Entpacke Rfam.fasta.gz: [bioinf@prakt13 again2]$ gunzip Rfam.fasta.gz Mache aus fasta file eine Datenbank mit diesen Befehlen: [bioinf@prakt13 again2]$ formatdb t rfam i Rfam.fasta p F [bioinf@prakt13 Rfam]$ formatdb t hueho i hueho.fa p F Kopiere Referenzorganismus in Ordner seqs. Blaste seqs gegen Results vom Vormittag mit Rfam.fasta Datenbank: [bioinf@prakt13 1]$ rnazblast.pl database=rfam.fasta seq dir=/data/home/bioinf/ws/again2/seqs blast dir=/data/home/bioinf/ws/again2/rfam results.dat > annotated.dat Mache das für alle 8 Result Datein. Blaste erhaltene annotated.dat gegen hueho.fa Datenbank: [bioinf@prakt13 8]$ rnazblast.pl database=hueho.fa seq dir=/data/home/bioinf/ws/again2/seqs blast dir=/data/home/bioinf/ws/again2/rfam annotated.dat > annotated2.dat Mache das für alle 8 Result Datein. Resultate 1: Chromosom 1: [bioinf@prakt13 1]$ grep ^locus annotated.dat locus81 afu "X / e 20" [bioinf@prakt13 1]$ fgrep X /../../Rfam/Rfam.fasta >X / RF00001;5S_rRNA; locus210 afu "AC / e 08"

4 1]$ fgrep AC /../../Rfam/Rfam.fasta >AC / RF00005;tRNA; locus229 afu "AF / e 15" [bioinf@prakt13 1]$ fgrep AF /../../Rfam/Rfam.fasta >AF / RF00001;5S_rRNA; Chromosom 2: locus160 afu "AP / e 07" [bioinf@prakt13 2]$ fgrep AP /../../Rfam/Rfam.fasta >AP / RF00005;tRNA; Chromosom 3: locus49 afu "X / e 22" [bioinf@prakt13 3]$ fgrep X /../../Rfam/Rfam.fasta >X / RF00001;5S_rRNA; locus51 afu "X / e 20" [bioinf@prakt13 3]$ fgrep X /../../../Rfam/Rfam.fasta >X / RF00001;5S_rRNA; Chromosom 4: locus57 afu "U / e 48" [bioinf@prakt13 4]$ fgrep U /../../Rfam/Rfam.fasta >U / RF00002;5_8S_rRNA; locus58 afu "AB / e 29" [bioinf@prakt13 4]$ fgrep AB /../../Rfam/Rfam.fasta >AB / RF00028;Intron_gpI; Chromosom 5: locus44 afu "AF / e 07" [bioinf@prakt13 5]$ fgrep AF /../../Rfam/Rfam.fasta >AF / RF00005;tRNA;

5 >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; >AF / RF00005;tRNA; locus99 afu "X / e 20" [bioinf@prakt13 5]$ fgrep X /../../../Rfam/Rfam.fasta >X / RF00001;5S_rRNA; Chromosom 6: locus80 afu "AF / e 17" [bioinf@prakt13 6]$ fgrep AF /../../Rfam/Rfam.fasta >AF / RF00001;5S_rRNA; Chromosom 7: keine Announcements Chromosom 8:

6 locus36 afu "Z / e 08" [bioinf@prakt13 8]$ fgrep Z /../../Rfam/Rfam.fasta >Z / RF00005;tRNA; Resultate 2: Ergebnisse zeigen mir ob diese RNAs in den jeweiligen Chromosomen ident sind mit meiner zu vergleichenden RNA. Eine Aussage über die Funktion der RNA kann jedoch nicht gemacht werden. Chromosom 1: [bioinf@prakt13 1]$ grep ^locus annotated2.dat locus69 afu "Afu 198 1e 72" locus81 afu "X / e 20" locus229 afu "AF / e 15" Chromosom 2: locus160 afu "AP / e 07" Chromosom 3: locus49 afu "X / e 22" locus51 afu "X / e 20" locus172 afu "Afu 203 1e 39" Chromosom 4: locus57 afu "U / e 48" locus58 afu "AB / e 29" locus146 afu "Afu 182 8e 64" Chromosom 5: locus44 afu "AF / e 07" locus99 afu "X / e 20" Chromosom 6:

7 locus80 afu "AF / e 17" Chromosom 7: keine identen RNAs Chromosom 8: locus36 afu "Z / e 08" RnaFilter.pl Dieses Programm filtert die Locis nach bestimmten Krierien, zb. Nach SCI, P Value,.. Lasse rnaz Filter über annotated2.dat laufen: [bioinf@prakt13 6]$ rnazfilter.pl "P>0.9" annotated2.dat > P2.dat [bioinf@prakt13 6]$ rnazfilter.pl "N>2" P2.dat > N3.dat cmsearch Die gefilterten Daten können mit Hilfe von, cmsearch weiter analysiert werden. [bioinf@prakt13 6]$ rnazcmsearch.pl cm dir ~ivo/rfam seq dir /data/home/bioinf/ws/again2/seqs N3.dat tee cm.dat Resultate wurden auf überprüft. Resultate und dazugehörige Noise cutoff Werte: Locus 5: RF00180: RF00526: Locus 7: RF00048: RF00066: Locus 10: RF00221: RF00453: Locus 26: RF00032: Locus 29: RF00453: Locus 52: RF00196: RF00469: Locus 56: RF00063: RF00070: RF00150: RF00152: RF00154: 35.33

8 RF00208: RF00217: RF00351: RF00376: RF00382: RF00477: RF00489: RF00522: RF00526: RF00536: RF00539: RF00037: Locus 70: RF00556: Locus 74: RF00522: Locus 77: RF00215: Locus 79: RF00617: Locus 80: RF00617: Locus 84: RF00164: Locus 92: RF00173: RF00390: 18.06/ RF00460: Locus 93: RF00136: RF00245: RF00526: Umwandlung der Ergenisse in html: 6]$ rnazindex.pl html cm.dat > results/index3.html