Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 1 Members of the second funding period (2010 to 2013): 1) Rolf Backofen Computational Detection of Bacterial ncrnas and their Targets Institut für Informatik Georges-Köhler-Allee 106 79110 Freiburg Tel: 0761 203 7461 E-Mail: backofen@informatik.uni-freiburg.de Peter F. Stadler Universität Leipzig Interdisziplinäres Zentrum für Bioinformatik Härtelstr. 16-18 04107Leipzig Tel: 0341 97 16691 Email: studla@bioin.uni-leipzig.de 2) Anke Becker Target identification and functional analysis of regulatory small RNAs in Sinorhizobium meliloti and related alpha-proteobacteria Institut für Biologie III Schänzlestr. 1 79104 Freiburg Tel.: 0761 203 6948 Email: anke.becker@biologie.uni-freiburg.de Robert Giegerich Universität Bielefeld Technische Fakultät Universitätsstrasse 25 33615 Bielefeld Tel: 0521-106 2913 E-Mail: robert@techfak.uni-bielefeld.de 3) Ulla Bonas Characterization of small regulatory RNAs with a putative function in the virulence of Xanthomonas campestris pv. vesicatoria Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg Institut für Genetik Weinbergweg 10 06120 Halle/Saale Tel: 0345 55 26290 Email: ulla.bonas@genetik.uni-halle.de 4) Sabine Brantl Elucidation of novel regulatory mechanisms employed by small noncoding RNAs from B. subtilis and identification of RNA chaperones involved in these mechanisms Friedrich Schiller Universität Jena Biologisch Pharmazeutische Fakultät AG Bakteriengenetik Winzerlaer Str. 10 07745 Jena Tel: 03641-657578, Fax: 03641-657520 E-Mail: Sabine.Brantl@rz.uni-jena.de
Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 2 5) Petra Dersch Influence of sensory and regulatory RNAs on the biological fitness and pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Molekulare Infektionsbiologie Inhoffenstraße 7 38124 Braunschweig Tel: 0531 6181 5700 Email: petra.dersch@helmholtz-hzi.de Ann Kathrin Heroven Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Tel: 0531 6181 5705 Email: Ann-Kathrin.Heroven@helmholtz-hzi.de 6) Elena Evguenieva-Hackenberg (associated project EV 42/4-1) Kleine nicht-kodierende RNAs mit regulatorischer Funktion in alpha-proteobakterien Justus-Liebig-Universität Gießen Institut für Mikrobiologie und Molekularbiologie Raum L234, 2.Etage 35392 Gießen Tel: 0641 99 35 55 0 Email: hackenberg@mikro.bio.uni-giessen.de 7) Boris Görke GlmY and GlmZ: A regulatory cascade of two small RNAs Georg-August-Universität Göttingen Biologische Fakultät Institut für Mikrobiologie und Genetik Grisebachstr. 8 37077 Göttingen Tel: 0551-39 3796, Fax: 0551-39 3808 E-Mail: bgoerke@gwdg.de 8) Roland K. Hartmann (associated member) Structure and function of the small riboregulator 6S RNA Phillips-Universität Marburg Fachbereich Pharmazie Marbacher Weg 6 35032 Marburg Tel: 06421-28-25553, Fax: 06421-28-25854 E-Mail: hartmanr@mailer.uni-marburg.de 9) Wolfgang Hess Identification and function of regulatory RNA in the phototrophic model organism Synechocystis sp. PCC 6803 Institut für Biologie III Schänzlestr. 1 79104 Freiburg im Breisgau Tel: 0761-203-2745 E-Mail: wolfgang.hess@biologie.uni-freiburg.de Annegret Wilde Justus-Liebig-Universität Giessen Institut für Mikro- und Molekularbiologie Heinrich-Buff-Ring 26 39392 Giessen Tel: 0641 / 99-35545
Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 3 Email: Annegret.Wilde@mikro.bio.uni-giessen.de 10) Gabriele Klug Role of an srna repeat in general stress response of alpha-proteobacteria and mechanisms of regulation Justus-Liebig-Universität Gießen Institut für Mikrobiologie und Molekularbiologie Heinrich-Buff-Ring 26-32 35392 Gießen Tel: 0641-99 35542 E-Mail: Gabriele.Klug@mikro.bio.uni-giessen.de 11) Manja Marz (associated member) Automated genomewide annotation of non-coding RNAs Phillips-Universität Marburg Fachbereich Pharmazie RNA Bioinformatics Group Marbacher Weg 6 35037 Marburg Tel: 06421-28-25768 E-Mail: manja@staff.uni-marburg.de 12) Anita Marchfelder Small regulatory RNAs from the halophilic archaeon Haloferax volcanii Universität Ulm Fakultät für Naturwissenschaften Abteilung für Molekulare Botanik (Biologie II) 89069 Ulm Tel: 0731-50-22658, Fax: 0731-50-22626 E-Mail: anita.marchfelder@biologie.uni-ulm.de Jörg Soppa Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Biologie und Genetik von Prokaryonten Max-von-Laue-Str. 9 60438 Frankfurt Tel: 069-798 29564 E-Mail: Soppa@bio.uni-frankfurt.de 13) Sabine Müller Folding of the FMN-dependent riboswitch Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald Institut für Biochemie Felix-Hausdorff-Straße 4 17487 Greifswald Tel: 03834 86 22843 Email: sabine.mueller@uni-greifswald.de 14) Franz Narberhaus Structure and function of RNA thermometers Ruhr-Universität Bochum Lehrstuhl für Biologie der Mikroorganismen Universitätsstrasse 150 44780 Bochum Tel: 0234-32-23100, Fax: 0234-32-14620 E-Mail: franz.narberhaus@rub.de 15) Franz Narberhaus The role of small RNAs in physiology and virulence of Agrobacterium tumefaciens
Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 4 16) Ümit Pul (associated project PU 435/1-1) Analysis of the acquired microbial defence mechanism against foreign DNA by the CRISPR system Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Institut für Physikalische Biologie Universitätsstrasse 1 Gebäude 26.12.U1 40225 Düsseldorf Tel: 0211-81 14945, Fax: 0211-81 15167 E-Mail: pul@uni-duesseldorf.de 17) Lennart Randau (associated project) Analysis of the small RNA profile of extremophilic archaea MPI for Terrestrial Microbiology Karl-von-Frisch-Str. 10 35043 Marburg Tel: 06421-178-600 E-Mail: lennart.randau@mpi-marburg.mpg.de 18) Ruth Schmitz-Streit Functional analysis of selected srnas potentially involved in nitrogen and/or general stress response in the archaeon Methanosarcina mazei Gö1 Christian-Albrechts-Universität Kiel Institut für Allgemeine Mikrobiologie Am Botanischen Garten 1-9 24118 Kiel Tel: 0431-880-4334 E-Mail: rschmit@gwdg.de 19) Renée Schroeder Role of Hfq-binding aptamers in antisense transcripts opposite to start and stop sites of protein coding genes in E. coli Universität Wien Department of Biochemistry Dr. Bohrgasse 9/5 1030 Wien, Austria Tel: +43 (1) 4277 54690 Email: renee.schroeder@univie.ac.at 20) Harald Schwalbe NMR investigation of the regulation of gene expression by RNA thermometers Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie Max-von-Laue-Str.7 60438 Frankfurt Tel: 069 798 29737 Email: schwalbe@nmr.uni-frankfurt.de 21) Claus Seidel Single-molecular fluorescence analysis of the temperature dependent structure and dynamics of an RNA thermometer: consequences for its molecular function Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Institut für Physikalische Chemie II Universitätsstrasse 1 40225 Düsseldorf Tel: 0211 81 15881 Email: c.seidel@gwdg.de
Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 5 Sabine Müller Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald Institut für Biochemie Felix-Hausdorff-Straße 4 17487 Greifswald Tel: 03834 86 22843 Email: sabine.mueller@uni-greifswald.de Janusz M. Bujnicki Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering International Institute of Molecular and Cell Biology Trojdena 4 02-109 Warsaw, Poland Tel: +48-22 597 0750 Email: iamb@genesilico.pl 22) Claudia Steglich Regulatory RNAs in the hfq-deficient oxyphototroph Prochlorococcus sp. Institut für Biologie III (Experimentelle Bioinformatik und Genetik) Schaenzlestr. 1 79104 Freiburg i.br. Tel: 0761 203 6986 Email: claudia.steglich@biologie.uni-freiburg.de 23) Beatrix Süß Small non-coding RNAs in Streptomyces coelicolor Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg Institut für Biologie Lehrstuhl für Mikrobiologie Staudtstr. 5 91058 Erlangen Tel: 09131 8528818 Email: bsuess@biologie.uni-erlangen.de 24) Jörg Vogel Multiple target regulation by GcvB srna Institut für Molekulare Infektionsbiologie Josef Schneider-Str. 2 / D15 97080 Würzburg Tel: 0931-31 82 575 E-Mail: joerg.vogel@uni-würzburg.de 25) Jörg Vogel A conserved small RNA in the RpoS regulon 26) Rolf Wagner Studies of the structure and function of bacterial 6S RNA, a putative transcriptional regulator Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Institut für Physikalische Biologie Universitätsstrasse 1 Gebäude 26.12.U1 40225 Düsseldorf Tel: 0211-81 14928, Fax: 0211-81 15167 E-Mail: wagner@rz.uni-duesseldorf.de 27) Oliver Weichenrieder
Sensory and regulatory RNAs in prokaryotes (DFG-SPP 1258) 6 Structural analysis of regulatory RNAs: Hfq-mediated gene regulation by small transacting RNAs Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie Abteilung 2 Biochemie Spemannstr.35 / II 72076 Tübingen Tel: 07071 601 1358 Email: oliver.weichenrieder@tuebingen.mpg.de 28) Jens Wöhnert Ligand recognition and discrimination in the S-adenosylhomocysteine (SAH) sensing riboswitch Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Biozentrum N200-204 Max-von-Laue-Str. 9 60438 Frankfurt Tel: 069 798 29271 Email: woehnert@bio.uni-frankfurt.de