2. Übung: Einführung in MeVisLab

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1 2. Übung: Einführung in MeVisLab

2 MeVisLab Entwicklungsumgebung für die medizinische Bildverarbeitung und Visualisierung MeVisLab wird von der MeVis Medical Solutions AG und dem Fraunhofer Institut MEVIS entwickelt und genutzt Software für die Computerunterstützung in der Medizin Computergestützte Diagnose Therapieplanung und Überwachung Computerunterstütztes Lernen und Training 2/12

3 MeVisLab Schnelle Erstellung von prototypischen Anwendungen für die klinische Umgebung Integration von Bildverarbeitungs und Visualisierungsbibliothek, deren graphisches Frontend auf Open Inventor basiert Segmentierung, Registrierung, Volumetrie, Quantitative, morphologische und funktionelle Analysen Programme werden als graphische Netze repräsentiert Per Drag&Drop werden verschiedene Objekte bzw. Module auf dem Bildschirm angeordnet und miteinander verbunden 3/12

4 MeVisLab Weitere Informationen unter 4/12

5 Module in MeVisLab Module haben einen oder mehrere Eingänge und Ausgänge für Bilder, Visualisierungsobjekte oder abstrakte Datenstrukturen. Image Processing Modules Visualization Modules (OpenInventor Module): zum Rendern und Darstellen von Bilddatensätzen und verschieden OpenInventor Objekten sowie zur Bildinteraktion MacroModules besitzen die Funkionalität eines unterliegenden Netzwerks 5/12

6 Einladen von medizinischen Datensätzen in MeVisLab 1. Einlesen und Darstellen eines Datensatzes Datensatz Bilder einladen mit dem ImageLoad Modul Tippt dazu ImageLoad in das Module Search Fenster Öffnet das Kontextmenü des Moduls durch Doppelklick 6/12

7 Einladen von medizinischen Datensätzen in MeVisLab Öffnet den Datensatz Tumor1_Head_t1.small.dcm unter Packages\MeVisLab\Resources\DemoData\ Verbindet das ImageLoad Modul mit einem View2D Modul Öffnet mit einem Doppelklick auf das View2D Modul den Bildbetrachter Mit den Pfeiltasten (hoch, runter) oder dem Mausrad kann man durch die Schichten navigieren Mit der gedrückten rechten Maustaste kann man die Fensterung beeinflussen 7/12

8 Histogramme von medizinischen Datensätzen 2. Erzeuge das Histogramm vom Tumor1_Head_t1.small.dcm Datensatz! a) Datensatz einladen (ImageLoad Modul) b) Histogramm berechnen lassen (? Modul) c) Visualisierung des Histogramms (Diagram2D Modul) 8/12

9 Segmentierung in medizinischen Datensätzen 3. Segmentieren von Knochen a) Lade den Bone.tiff Datensatz (ImageLoad Modul ) (Pfad: Packages\MeVisLab\Resources\DemoData\ ) und erstelle das Histogramm! b) Erzeuge ein zweites Netzwerk! Lade wieder den Bone.tiff Datensatz und segmentiere die Knochen mit Hilfe eines Schwellenwertes! (Tipp: Nutze dazu den Threshold für Knochen) c) Visualisierung des Ergebnisses (View2D Modul) 9/12

10 Morphologische Operatoren 4. Realisiere ein Opening und Closing mit Hilfe des Morphology Moduls auf dem Ergebnisbild der schwellenwertbasierten Segmentierung! (Tipp: 2 Module sind notwendig) Closing Opening 10/12

11 RegionGrowing Mit Hilfe von RegionGrowing lassen sich Strukturen segmentieren, die ähnliche, von der Umgebung verschiedene Intensitäten aufweisen Z.B. Kontrastmittelangereicherte Gefäße 11/12

12 Dreidimensionale Darstellung 5. 3D Visualisierung eines RAW Datensatzes Öffnet den Datensatz Teddy.raw (siehe Übungsseite) Nutzt dazu wieder das ImageLoad Panel (aktiviert das Häkchen enable) Tipp: die Datensatzgröße ist 128 x 128 x 62 Nutzt das View3D Modul zur 3D Visualisierung In welche Richtung ist der Teddy gestaucht? 12/12