Dockerbank Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen

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1 Dockerbank Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Vorstellung von Containern (Teil 2) und Orchestrierung am Beispiel der MOSAIC Toolbox for Research Martin Bialke Institut für Community Medicine Abt. Versorgungsepidemiologie und Community Health, Universitätsmedizin Greifswald Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 1

2 Agenda Kurzvorstellung der MOSAIC-Werkzeuge E-PIX, gpas & gics TMF-Dockerbank: Erstellung von Container-Lösungen Container-Orchestrierung am Beispiel der MOSAIC Toolbox for Research Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 2

3 Das MOSAIC-Projekt DFG-gefördertes Einzelprojekt der Ausschreibung Informationsinfrastrukturen für Forschungsdaten Ziel von MOSAIC: Datenmanagement in der epidemiologischen Forschung durch praxisorientierte Werkzeuge vereinfachen Zielgruppe: Kohorten und Register (mit minimaler IT-Unterstützung) mosaic-greifswald.de Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 3

4 Vorstellung der Werkzeuge E-PIX - Verwaltung von Personen und Identitäten Unterstützt (automatisierten) Datenzusammenführung aus unterschiedlichen Studienzentren und Systemen Umgang mit fehlerhaften/unvollständigen Daten Unterstützt bei der Auflösung von möglichen Synonymfehlern Konfigurierbare Matching-Parameter Protokollierung von Zugriffen und kritischen Systementscheidungen Stapelverarbeitung Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen martin.bialke@uni-greifswald.de Seite 4

5 Vorstellung der Werkzeuge gpas - Pseudonyme generieren und verwalten Verarbeitung beliebiger Zeichenfolgen Mehrfach-Pseudonymisierung De-Pseudonymisierung und Anonymisierung Flexibel konfigurierbar Integration von Altpseudonymen Anzeige von Pseudonymhierarchien Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen martin.bialke@uni-greifswald.de Seite 5

6 Vorstellung der Werkzeuge gics - Verwaltung modularer Einwilligungen und Widerrufe policy-spezifische Abfragen des Einwilligungsstatus flexibel kombinierbare Policies und Module Individuell anpassbar Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen martin.bialke@uni-greifswald.de Seite 6

7 Container-Lösung wildfly application server port 3306 Docker File Compose File Wildfly 10.1 Java 8 EclipseLink MySQL Connector mysql mysql database MySQL 5.7 system Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen martin.bialke@uni-greifswald.de Seite 7

8 Container-Lösung epix wildfly application server epix.ear epix-web.war Konfiguration des wildfly port 3306 epix_2.4.0_mysql mysql database: epix Datenbankinitialisierung E-PIX Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 8

9 Container-Lösung Installation Standard Docker-Compose Features Dauer (inkl. Download) ca. 3 min. Erforderlicher Speicherplatz ca. 1.4 Gbyte System Externer Port 8080 für Web-Zugriff Interner Port 3306 für DB-Zugriff (user: epix_user, password: epix_2016) Einheitlichkeit Gleiches Vorgehen für E-PIX, gpas (Port 8082) und gics (Port 8081) Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen martin.bialke@uni-greifswald.de Seite 9

10 Gesamt-Lösung mosaic-ths-tools-wildfly application server port 3306 E-PIX gpas gics mysqldb mysql databases epix, gpas, gics mosaic ths tools Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 10

11 Container-Orchestrierung am Beispiel MOSAIC Toolbox for Research Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 11

12 Container-Orchestrierung am Beispiel der MOSAIC Toolbox for Research Hintergrund Ziel: vor allem kleinere Forschungsprojekte mit geringen IT-Ressourcen (Expertise, Personal, Infrastrukturen) waren bisher oftmals auf Excel und Co. angewiesen manuelle Pseudonymisierung der erhobenen medizinische Daten erforderlich jährliche händische Zusammenführung der Daten zur Auswertung eine einfache Möglichkeit für web-basierte und standortübergreifende Datenerfassung bieten Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 12

13 Container-Orchestrierung am Beispiel der MOSAIC Toolbox for Research Umsetzung Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 14

14 IDAT* MDAT Device Data Container-Orchestrierung am Beispiel der MOSAIC Toolbox for Research Internal Researcher Toolbox for Research portal Nginx Proxy server /extrans/todispatch/devicename /export/spss redirect volumes-from Exports to ttpdb mysql database server connects-to ttp gpas, gras & dispatcher modul on WildFly ocdb Postgres database server connects-to oc openclinica + openclinica-ws on Tomcat ocdi data integration (incl enhancer) processes on JRE connects-to mrdb mysql database server volumes-from volumes-from volumes-from volumes-from volumes-from volumes-from ttpdb-data ocdb-data oc-data ocdi-data mrdb-data /opt/mysql/ths/data /var/lib/postgresql/data /tomcat/openclinica.data /extrans /var/lib/mysql/g2d2/data /var/lib/mysql/r2d2/data Pseudonym Administration Data Entry Site Data Integration Research Data Warehouse *IDAT: Geburtsdatum, Geschlecht, (KH PatID, Fallnummer) Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen martin.bialke@uni-greifswald.de Seite 16

15 Container-Orchestrierung am Beispiel der MOSAIC Toolbox for Research Installation und Bereitstellung Automatische Installation durch Docker und zahlreiche Shell-Skripte Einfache Anwendung durch ausführliche Dokumentation (u.a. Installation, Einrichtung, Betrieb, Checkliste für Administratoren, Anwenderhandbuch) Mehr Info unter: Status Quo Pilot-Betrieb seit April 2016 im Nationalen Verbrennungsregister 52 Standorte und mehr als 80 Benutzer Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 17

16 Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Dockerbank: Container-basiertes Deployment von biomedizinischen IT-Lösungen Seite 18