General Concepts to Dissect Signaling Pathways

Transkript

1 General Concepts to Dissect Signaling Pathways Forward Genetics Molecular Biology Biochemistry Receptors Early Genes Growth & Development Gene Expression Binding Proteins ( Biochemistry) ( Reverse Genetics)

2 Approaches to Dissect Auxin Signaling Auxin Receptor Auxin-related Mutants Early Genes Late Genes Ion Flux Cell Elongation Cell Division Cell Differentiation min Day Week

3 Induction of Early (Primary) Response Genes Should be: fairly rapid (within a few minutes) independent of de novo protein synthesis specific for the stimulus Typically short activation pathway Promoter Protein Typically regulatory functions

4 Approaches to Dissect Auxin Signaling Auxin Receptor Auxin-related Mutants Early Genes Late Genes Ion Flux Cell Elongation Cell Division Cell Differentiation min Day Week

5 Classic Experimental Systems

6 Straight Growth Assays

7 Minus IAA Plus IAA (30 min)

8 Major Classes of Early Auxin Genes ACS SAUR Aux/IAA GH3-like GH2/4-like ACC Synthase Ethylene? Auxin Inactivation Labile Nuclear Transcription Factors Glutathione S-Transferase Detoxification Cellular Redox State Intercellular Signaling Regulation of Gene Expression Stress Response

9 Some Features of Aux/IAA Genes: Induction Kinetics

10 Some Features of Aux/IAA Genes: Specificity A A * * Effect of CHX *

11 Approaches to Dissect Auxin Signaling Auxin Receptor Auxin-related Mutants Early Genes Late Genes Promoter Protein? Aux/IAA Genes

12 Domain Structure of Aux/IAA Proteins No obvious similarity to any other proteins! What to do??

13 Question: Where are the proteins expressed in planta? First Approach: Immunolocalization BIG FAILURE!!!

14 ... because Aux/IAA proteins are labile

15 ... but where are the proteins? Hypothesis: In the cell nucleus. (basic motifs similar to nulear localization signals)

16 The data say: Yes, they are! Translational fusion constructs (transient expression in tobacco protoplasts)

17 Domain III is similar to the DNA-binding domain of prokaryotic transcription factors

18 Co-Crystal Crystal Structure of Arc α1 α2 β

19 Ub Ub AXR1? E3 E2 Ub repressor? Ub Ub Ub Ub

20 Approaches to Dissect Auxin Signaling Auxin Receptor Auxin-related Mutants Early Genes Late Genes Promoter (AuxRE)? Proteins

21 Goal: Identification of promoter sequences mediating auxindependent transcritptional activation of early auxin response genes ( promoter bashing ) Auxin Response Element (AuxRE) AuxRE Transcription factors Receptor

22 Transcriptional Fusions (chimeric plasmid constructs) Promotor XY Gen XY GFP Promotor XY + Reporter Gene Luciferase ß-Glucuronidase (GUS) CAT Activation Promotor XY Reporter Gene Detection of mrna Detection of protein activity

23 Voraussetzung: Etablierung eines Auxin-induzierbaren Protoplastensystems / Reportersystems Lokalisation des AuxRE erfordert das Testen vieler verschiedener (chimärer) Konstrukte stabile Transformation(sehr aufwändig + zeitintensiv + funktioniert nicht mit jeder Pflanzenart gleich gut) transiente Transfektionmit Protoplasten (leichter zugänglich für die Aufnahme von DNA-Konstrukten und Chemikalien als komplexe Gewebe) Notwendiger Test: Überprüfen ob sich die Protoplasten genauso verhalten wie intakte Keimlinge (Auxin response)

24 test protoplasts vs. epicotyls IAA4/5 Kontrolle IAA 2,4-D NAA GA ABA BA IAA4/5 IAA4/5 Induktion IAA6 in Protoplasten pwi1 gleicht der in Epicotylen wird spezifisch durch Auxine induziert erfolgt schnell, pwi1 Transkriptmenge akkumuliert + IAA in Abhäng. Kontrolle der Behandlungsdauer µm IAA Protoplasten Epicotyle 24

25 Konz. abhängigkeit IAA4/5 pwi1 Auxin response in Protoplasten ist mit der von Epicotylen vergleichbar kann für weitere Experimente genutzt werden IAA4/5 Expression nimmt mit steigener Auxinkonzentration zu Inhibierung der Proteinbiosynthese aktiviert Expression auch in Abwesenheit von Auxin! 1. Signalelemente müssen nicht erst gebildet werden 2. Aktivierung im Grundzustand vermutlich durch labile Repressorproteine?

26 CAT reporter system CAT = Chloramphenicol acetyltransferase Enzym kann das Antibiotikum Chloramphenicol inaktivieren, indem Acetylgruppen übertragen werden -CAT + CAT

27 CAT reporter system Test des CAT reporter systems K kein Promotor konstitutiver Promotor IAA4/5 Promotor IAA4/5::CAT CAT-Aktivität spiegelt die Auxin response des Promotors zeit-und konzentrationsabhängig wider

28 Aufklärung der Promotorstruktur primer extension: i.d.r. erster Schritt zur Charakterisierung von Promotorbereichen Erhalt vollständiger Transkripte Identifizierung des Transkriptionsstarts (TATA box, 5 UTR) TATA? ATG Promotor? 5 UTR? reverse Transkription IAA4/5 IAA4/5 (mrna) P 32 Primer

29 Primer extension IAA4/5 (mrna) P 32 Primer 3 Transkriptionsstarts identifiziert: 93, 95 und 99 bp vor dem Start ATG Experiment wurde auch mit Primer Extension aus dem chimären Konstrukt (IAA4/5:CAT) wiederholt = gleiches Ergebnis ACGT Pr Epi

30 promoter deletion analysis basale CAT Aktivität vermindert -aber Auxin response funktioniert noch keine/kaum CAT Aktivität CAT Aktivität Vom 5 Ende her markiert Position -318 die Grenze zur Position des AuxRE

31 promoter deletion analysis -154 markiert 3 Ende des AuxRE

32 promoter deletion analysis Das AuxRE liegt im Bereich von -154 bis -318

33 Testen der core sequence min.promotor = keine CAT Aktivität AuxRE = Auxin-induzierter Anstieg der CAT Aktivität inv.auxre = geringe Induktion der CAT Aktivität min.promotor = kaum CAT Aktivität AuxRE = Auxin-induzierter Anstieg der CAT Aktivität inv.auxre = geringe Induktion der CAT Aktivität (-318 AuxRE -154) reicht für die Auxin response aus korrekte Orientierung ist essentiell!

34 in vivo reporter assay Konstrukte in Tabak transformiert GUS IAA4/5 Promotor GUS -318 IAA4/5 Prom. GUS Bestätigung der Region -318 bis -154 als notwendig für die Auxin response + Faktoren die dafür in Erbse nötig sind finden sich auch in Tabak -188 IAA4/5 GUS

35 Bereich wurde auf 164 bp eingegrenzt(-318 bis -154) DNase I footprinting Liegen Bindestellen für kernlokalisierte Proteine (Transkriptionsfaktoren) in diesem Bereich? DNase I footprinting

36 Nr. 3 / 10 Nr. 4 / 5 / 6 (-IAA) Nr. 7 / 8 / 9 (+IAA) - IAA + IAA

37 - IAA komplementärer Strang - IAA + IAA

38 Struktur des AuxRE II-VI: five sequence motifs identified by Oeller et al. (1993) footprint C/E CACATGCTCATGTTTC palindrome sequence TGTCCCAT (1993) found in: auxin-responsive genes of P. sativum, soybean and A. thaliana

39 Approaches to Dissect Auxin Signaling Auxin Receptor Auxin-related Mutants Early Genes Late Genes AuxRE Proteins

40 +IAA Highlights of Aux/IAA Gene Expression +IAA

41 Modelle (1993/94) Short-lived nuclear proteins (possibly transcription factors) De-repression by CHX alone