Datenhaltung und verwaltung am IPK. Steffen Flemming
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- Frida Fuhrmann
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1 Datenhaltung und verwaltung am IPK Steffen Flemming
2 Seite 2
3 Inhalt Meine Person Institut Status LIMS e!dal DataCite Seite 3
4 Über mich Dipl. Ing. Informatik (FH) Vertiefung DB GBIS Mitentwickler Intranetadmin Admin SunSamfs Virtualisierung Linux Computeserver Hadoop Seite 4
5 Institut: Tätigkeitsbereiche Taxonomie Genbank Sequenzierung Phänotypisierung Stress (Salz, Trocken, biotisch) Bioinformatik Seite 5
6 Science Workflow sample quantification life science research measurement data processing and analysis Seite 6
7 Was Rohdaten Primärdaten Analysedaten Veröffentlichte Daten Seite 7
8 Rohdaten 3,4 TB 20 GB 88 MB 1,8 GB Seite 8
9 Primärdaten Illumina 315 GB / Lauf Blumeria 1,8 KB / Experiment Lemnatec 2MB /30 d Experiment Rasterelektronenmikroskop Seite 9
10 Analysedaten Illumina 2 GB Blumeria 1,8 KB / Experiment Lemnatec 5 MB Rasterelektronenmikroskop Seite 10
11 Veröffentlichte Daten Illumina Blumeria Lemnatec 5 MB PDF Rasterelektronenmikroskop Seite 11
12 Beispiel Ablauf Controller-PC preprocessed HiSeq Server fastq HSM data (CASAVA) Sequencer LIMS Seite 12
13 Seite 13 Speicher (Ist)
14 Wo Datenbank 464 GB 1 TB Dateiserver 60 TB 86 TB 2x 27 TB 2x 65 TB Desktop? 230 TB Seite 14
15 Wie Verzeichnis und Dateibasiert Excel Datenbanken Webapplikationen Seite 15
16 Wie (2) Batch Summary ######## at 22_2011_10 No Type Name Weight Sample Sample Sample Raw Atom% Atom% Sample Sample Sample Ref Delta(13) N (%) C (%) N (%) C (%) Differenz Area(28) Height(28)Ratio(29/2Delta (15/1N N Area(44) Height(44)Ratio(45/4Ratio(45/4wrt PDB korr. korr (W) 4 Ref BBOT 877 2,78E-08 3,83E-09 7,50E-03 10,2 0,3692 1,15E-07 6,47E-09 1,18E-02 1,17E-02-26,1 6,51 72,53 5 Sam BBOT ,60E-08 3,52E-09 7,53E-03 13,26 0,3703 1,05E-07 5,91E-09 1,18E-02 1,17E-02-26,1 6,42 69,84 6, ,96 6 Sam ,84E-08 7,73E-09 8,92E ,94 0,4386 9,88E-08 5,56E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,71 7,78 35,39 7, ,958 7 Sam ,47E-08 7,01E-09 8,51E ,36 0,4184 9,47E-08 5,22E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,24 8,06 37,54 7, ,142 8 Sam ,55E-09 5,34E-10 5,07E-01 6,73E+04 20,032 1,52E-08 8,94E-10 1,18E-02 1,17E-02-30,39 7,06 42,28 6, ,958 9 Sam ,64E-08 6,01E-09 8,77E ,27 0,4311 0,4288 9,62E-08 5,30E-09 1,18E-02 1,17E-02-28,91 6,46 35,99 6, ,567 0, Sam ,24E-08 6,79E-09 7,55E-03 16,76 0,3716 9,44E-08 5,19E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,03 6,87 33,34 6, , Sam ,53E-08 8,39E-09 7,55E-03 16,94 0,3717 1,08E-07 5,85E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,38 7,89 35,14 7, , Sam ,28E-08 6,76E-09 8,38E ,76 0,412 9,47E-08 5,21E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,08 7,83 37,79 7, , Sam ,10E-09 3,56E-10 4,67E-01 6,19E+04 18,747 1,49E-08 9,16E-10 1,18E-02 1,17E-02-29,95 5, , , Sam ,43E-08 5,69E-09 8,36E ,39 0,4112 0,4058 8,86E-08 4,89E-09 1,18E-02 1,17E-02-28,67 6,67 35,9 6, ,476 0, Sam ,49E-08 5,66E-09 7,62E-03 25,19 0,3747 7,86E-08 4,36E-09 1,18E-02 1,17E-02-30,76 6,66 31,35 6, , Sam BBOT ,89E-08 3,85E-09 7,50E-03 9,41 0,3689 1,13E-07 6,17E-09 1,18E-02 1,17E-02-25,97 6,7 70,24 6, ,367 0,9856 1, Sam ,55E-08 7,16E-09 7,63E-03 26,98 0,3753 9,11E-08 5,08E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,42 7,83 34,56 7, ,33 18 Sam ,87E-08 9,00E-09 8,20E ,74 0,4033 1,16E-07 6,31E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,37 8,21 37,29 8, ,12 19 Sam ,64E-09 6,84E-10 4,48E-01 5,93E+04 18,115 1,51E-08 8,98E-10 1,18E-02 1,17E-02-30,13 7,49 37,59 7, , Sam ,69E-08 6,14E-09 8,57E ,33 0,4213 9,71E-08 5,38E-09 1,18E-02 1,17E-02-28,66 6,38 35,51 6, , Sam ,51E-08 7,11E-09 7,56E-03 17,85 0,372 9,80E-08 5,40E-09 1,18E-02 1,17E-02-30,79 7,05 33,74 6,975 34, Sam ,50E-08 7,09E-09 7,76E-03 45,31 0,382 8,95E-08 4,98E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,78 7,88 34,45 7, , Sam ,87E-08 7,45E-09 8,06E-03 85,4 0,3966 9,62E-08 5,20E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,5 8,21 36,17 8, , Sam ,96E-09 4,55E-10 4,62E-01 6,12E+04 18,57 1,28E-08 7,42E-10 1,18E-02 1,17E-02-30,06 7,27 43,65 7, , Sam ,69E-08 5,96E-09 8,15E-03 97,52 0,401 9,40E-08 5,11E-09 1,18E-02 1,17E-02-29,02 6,5 35,03 6, ,81 26 Sam ,67E-08 7,20E-09 7,56E-03 17,37 0,3718 1,02E-07 5,48E-09 1,18E-02 1,17E-02-30,62 6,89 33,21 6, ,95 27 Sam BBOT ,46E-08 6,21E-09 7,46E-03 4,75 0,3672 1,73E-07 8,84E-09 1,18E-02 1,17E-02-26,1 6,65 69,37 6, ,915 0,9894 1, Sam ,65E-08 8,66E-09 7,56E-03 17,81 0,372 1,08E-07 5,86E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,43 8,12 35,38 7, , Sam ,39E-08 6,93E-09 8,44E ,22 0,4151 9,38E-08 5,14E-09 1,18E-02 1,17E-02-30,99 8,03 37,52 7, , Sam ,70E-09 4,38E-10 5,05E-01 6,70E+04 19,96 1,64E-08 9,62E-10 1,18E-02 1,17E-02-29,96 6,13 49,04 6, , Sam ,27E-08 6,90E-09 1,09E ,79 0,537 1,09E-07 5,88E-09 1,18E-02 1,17E-02-28,73 6,41 35,43 6,313 36,35 32 Sam ,72E-08 7,36E-09 7,70E-03 36,47 0,3788 1,07E-07 5,79E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,33 6,72 33,72 6, , Sam ,15E-08 7,91E-09 7,67E-03 32,08 0,3772 9,62E-08 5,26E-09 1,18E-02 1,17E-02-32,17 8,01 33,73 7, , Sam ,46E-08 6,93E-09 8,27E ,73 0,4065 9,08E-08 4,93E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,74 8,21 36,66 8, , Sam ,09E-09 4,75E-10 5,17E-01 6,86E+04 20,337 1,45E-08 8,42E-10 1,18E-02 1,17E-02-30,36 7,05 44,79 6, , Sam ,58E-08 5,81E-09 9,00E ,23 0,4424 8,91E-08 4,86E-09 1,18E-02 1,17E-02-29,61 6,67 34,85 6, , Sam ,82E-08 5,96E-09 7,59E-03 21,44 0,3733 8,04E-08 4,37E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,03 6,99 31,36 6, , Sam ,46E-08 8,16E-09 7,66E-03 30,74 0,3767 9,98E-08 5,34E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,42 8,22 34,11 8, , Sam BBOT ,76E-08 6,65E-09 7,48E-03 7,74 0,3683 1,82E-07 9,15E-09 1,18E-02 1,17E-02-26,06 6,71 68,86 6, ,647 0,9849 1, Sam ,02E-08 7,82E-09 8,20E ,57 0,4036 1,05E-07 5,68E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,19 7,95 37,14 7, , Sam ,02E-09 4,69E-10 5,66E-01 7,52E+04 21,854 1,70E-08 9,84E-10 1,18E-02 1,17E-02-29,81 6,31 46,18 6, , Sam ,57E-08 7,19E-09 8,48E ,01 0,4172 1,12E-07 5,95E-09 1,18E-02 1,17E-02-28,78 6,55 35,44 6, , Sam ,88E-08 7,49E-09 7,53E-03 13,31 0,3704 1,04E-07 5,57E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,07 7,02 33,34 6,919 34, Sam ,52E-08 8,31E-09 7,52E-03 11,95 0,3699 1,02E-07 5,49E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,92 8,12 34,23 8, , Sam ,41E-08 8,11E-09 7,77E-03 45,58 0,3821 1,06E-07 5,64E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,51 8,15 36,21 8, , Sam ,22E-09 3,64E-10 6,49E-01 8,63E+04 24,265 1,31E-08 7,56E-10 1,18E-02 1,17E-02-29,85 6,83 45,75 6, , Sam ,61E-08 5,86E-09 8,33E ,21 0,4096 9,18E-08 4,98E-09 1,18E-02 1,17E-02-29,53 6,51 34,85 6, , Sam ,97E-08 6,21E-09 7,60E-03 22,36 0,3737 8,54E-08 4,63E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,09 6,97 32,2 6, , Sam BBOT ,57E-08 7,94E-09 7,46E-03 3,89 0,3669 2,12E-07 1,03E-08 1,18E-02 1,17E-02-26,09 6,7 68,62 6, ,521 0,9856 1, Sam ,22E-08 7,88E-09 7,64E-03 27,92 0,3757 9,65E-08 5,20E-09 1,18E-02 1,17E-02-32,15 8,12 33,88 7, ,92 51 Sam ,71E-08 7,13E-09 7,66E-03 31,08 0,3768 8,81E-08 4,78E-09 1,18E-02 1,17E-02-32,19 8,11 33,62 7, , Sam ,21E-09 3,63E-10 4,73E-01 6,27E+04 18,933 1,33E-08 7,64E-10 1,18E-02 1,17E-02-30,24 5,94 45,16 5, , Sam ,13E-08 6,53E-09 9,06E ,38 0,4457 9,93E-08 5,33E-09 1,18E-02 1,17E-02-29,53 6,58 34,22 6, ,27 54 Sam ,16E-08 7,64E-09 7,71E-03 37,61 0,3792 9,86E-08 5,19E-09 1,18E-02 1,17E-02-30,96 7,36 31,7 7, , Sam ,20E-08 7,63E-09 7,68E-03 34,37 0,378 9,39E-08 4,96E-09 1,18E-02 1,17E-02-32,16 8,18 33,31 8, , Sam ,41E-08 6,69E-09 9,39E ,2 0,4616 9,13E-08 4,85E-09 1,18E-02 1,17E-02-31,36 8,11 36,77 7, , Sam ,25E-09 7,11E-10 4,09E-01 5,41E+04 16,817 1,71E-08 9,68E-10 1,18E-02 1,17E-02-30,52 7,93 41,81 7, , Sam ,82E-08 5,98E-09 9,82E ,15 0,4827 9,01E-08 4,81E-09 1,18E-02 1,17E-02-29,35 6,68 33,53 6,569 34, Sam ,59E-08 4,51E-09 7,78E-03 46,81 0,3826 1,12E-07 5,85E-09 1,18E-02 1,17E-02-30,94 4,16 34,97 4, ,043 Seite 16
17 Seite 17 Speicher (Soll)
18 LIMS Studie 2010 produktiv seit Pilotgruppen Seite 18
19 Einsatzgebiete Gefahrstoffe (alle) Gerätereservierung (15 Nutzer) Proben (3 Arbeitsgruppen) Materialen Methoden Ergebnisse Seite 19
20 Architektur Desktop PC Lab PC Desktop PC Lab PC Lab PC RDBMS Terminalserver Hierarchical Storage System Seite 20
21 Seite 21 Nutzung
22 e!dal JAVA API Aufgaben Daten speichern Metadaten erfassen Zugriff schützen Daten wiederfinden Daten veröffentlichen Beispielimplementierung Sicherheit Versionen e!dal IDs Suche Metadaten Seite 22
23 Konzepte EnumDublinCore JAAS-LoginModule has elements authenticates MetaData Subject Permission n n described by accessed by has grants for manage Version n is archived as 1 PrimaryDataEntity 1 use 1 PermissionProvider provide PublicReference PrimaryDataDirectory PrimaryDataFile PD-DirectoryImpl PD-FileImpl Seite 23
24 Seite 24 Komponenten
25 DataCite Konsortium seit 2009 Zugang und Zitierbarkeit erleichtern Seite 25
26 Seite 26 Metadaten
27 Zusammenfassung Immer mehr Daten Wir arbeiten dran Seite 27
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