PubMed-Kurs - Skript

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1 PubMed-Kurs - Skript 2017

2 Inhaltsverzeichnis RECHERCHESTRATEGIE SYSTEMATISCHER ZUGANG INDUKTIVER ZUGANG... 4 RECHERCHE IN PUBMED (PUBLIC MEDLINE) SCHLAGWORTSUCHE MIT MEDICAL SUBJECT HEADINGS (MESH) EINGRENZEN DER TREFFER MIT FILTERN STICHWORTSUCHE IM ADVANCED SEARCH BUILDER MY NCBI: PERSONALISIERUNG IN PUBMED BIBLIOGRAPHISCHE ANGABEN WEITERE MEDIZINISCH RELEVANTE DATENBANKEN DATENBANKINFOSYSTEM DBIS LIVIVO.DE SUCHPORTAL LEBENSWISSENSCHAFTEN WEB OF SCIENCE FACHÜBERGREIFENDE DATENBANK UPTODATE - KLINISCHE INFORMATIONSDATENBANK VOLLTEXTSUCHE GRUNDSÄTZLICHES ZU E-JOURNALS VERFÜGBARKEITSPRÜFUNG VON ZEITSCHRIFTEN-ARTIKEL IN PUBMED BESTELLUNG AUS ANDEREN BIBLIOTHEKEN VERFÜGBARKEITSPRÜFUNG IN ANDEREN DATENBANKEN SUCHE NACH BÜCHERN UND E-BOOKS DISSERTATION Wir helfen auch gerne nach dem Kurs, Kontakt: Bereichsbibliothek Universitätsmedizin, Gebäude bbum@ub.uni-mainz.de Bleiben Sie auf dem Laufenden Blog, Feed, Facebook via: Seite 2

3 1 RECHERCHESTRATEGIE Einen Überblick über wichtige Themen finden Sie unter: SYSTEMATISCHER ZUGANG Einlesen: Lesen Sie grundlegende Literatur und notieren Sie sich wichtige Schlüsselbegriffe und Synonyme (englisch) o Bücher / e-books: im Rechercheportal der Universitätsbibliothek: o Klinische Themen: klinisches Informationssystem o Seriöse Quellen im Internet, z.b. unter Suchbegriffe exzerpieren: Überlegen Sie, welche Aspekte Ihres Themas unverzichtbar sind und wie spezifisch Sie suchen möchten: Beispiel: Myocardial Ischemia - Myocardial Infarction - Anterior Wall Myocardial Infarction Recherche in PubMed aufbauen: o Recherchieren Sie nach geeigneten Schlagwörtern in der MeSH-Database o Testen Sie den ersten Suchaspekt (z.b. eine bestimmte Krankheit) in der Advanced Search mit verschiedenen Suchanfragen Stichwortsuche Synonyme, verwandte Begriffe MeSH (Schlagwort) MeSH + Subheading (Unterschlagwort) Kombinieren Sie die geeigneten Suchbegriffe dieses Aspekts mit OR o Suchen Sie nach dem zweiten Aspekt (z.b. ein bestimmtes Medikament) und kombinieren Sie diese Suche ebenfalls mit OR o Kombinieren Sie die Suchaspekte 1 und 2 ( ) mit AND Suchwerkzeuge o Trunkierung: neoplas* steht für neoplasia, neoplasic, neoplasie, neoplasm, neoplasms o Bool sche Operatoren AND OR NOT mehrere Begriffe sind meist automatisch mit AND verknüpft bei OR Klammern verwenden, Beispiel:(Krankheit OR Synonym Krankheit) AND (Medikament 1 OR Medikament 2) NOT nur dosiert einsetzen o Phrasensuche bei zusammengesetzten Begriffen, z.b. growth hormone Seite 3

4 1.2 INDUKTIVER ZUGANG Wenn Sie bereits wichtige Artikel von Ihrem Betreuer bekommen oder selbst gefunden haben, können Sie auch induktiv vorgehen: Analysieren Sie in PubMed die zu einem Artikel gehörigen MeSH-Begriffe (Hauptschlagworte mit * gekennzeichnet) Sehen Sie sich in Web of Science die zitierten und zitierenden Artikel an o welche Artikel werden besonders häufig zitiert? o welche Autoren publizieren in Ihrem Forschungsfeld? o welche Zeitschriften sind wichtig? Seite 4

5 2 RECHERCHE IN PUBMED (PUBLIC MEDLINE) Internetadresse von PubMed mit Verlinkung zum Mainzer Bestand wichtig für den Zugriff auf die Volltexte (PDFs) Link: oder via Toplinks auf der Webseite der Bereichsbibliothek 2.1 SCHLAGWORTSUCHE MIT MEDICAL SUBJECT HEADINGS (MESH) 1 Erläuterung 1 Definition des MeSH-Begriffs 2 2 Subheadings = Unteraspekt Sie können die Suche auf bestimmte Aspekte begrenzen, z.b. diagnosis 3 Restrict Search to Major Topics only = Hauptschlagwort Es werden nur Artikel angezeigt, die sich hauptsächlich mit der Thematik befassen Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy. = die Erweiterung der Suche auf hierarchisch untergeordnete MeSH-Begriffe wird ausgeschlossen 4 Der MeSH-Begriff steht für alle in den Entry-Terms genannten Stichworte. 5 Im hierarchisch aufgebauten MeSH-Tree können Sie überprüfen, ob Sie einen zu allgemeinen oder speziellen Begriff ausgewählt haben. Vorteile der MeSH: Sie haben ein Schlagwort für mehrere Bezeichnungen Sie suchen mit definierten, spezifischen Suchbegriffen Die Schlagwörter können durch Unterschlagworte (Subheadings) eingegrenzt werden, z.b. etiology, drug therapy, genetics Nachteile der MesH: Brandneue Artikel finden Sie noch nicht mit MeSH, weil die Schlagworte nach und nach von Fachleuten vergeben werden Seite 5

6 Vorgehen in der MeSH-Database Tipp: Sie können in der MeSH-Database immer nur nach einem Begriff suchen, im SEARCH BUILDER zwischenspeichern und anschließend nach dem nächsten Begriff suchen. Schritt 1: Geben Sie in der Suchleiste einen Suchbegriff ein Schritt 2: Wählen Sie aus der Trefferliste den gewünschten Begriff aus Wenn Sie eine weitere Eingrenzung des Themas wünschen, kreuzen Sie die gewünschten Unterschlagworte an, z.b. prevention and control Klicken Sie anschließend auf ADD TO SEARCH BUILDER Alternative: Wenn Sie das komplette Schlagwort ohne weitere Eingrenzung wünschen, klicken Sie direkt auf ADD TO SEARCH BUILDER Schritt 3: Suchen Sie ggf. nach weiteren Schlagwörtern Sie können im Search Builder auch weitere Stichworte eingeben Klicken Sie auf SEARCH PUBMED, wenn Sie Ihre Schlagwortsuche abgeschlossen haben. Seite 6

7 2.2 EINGRENZEN DER TREFFER MIT FILTERN Sie haben die Möglichkeit, alle PubMed-Suchen mit Filtern weiter einzuschränken: Erläuterung Text availability: Einschränkung auf Treffer deren Volltexte vorhanden oder frei zugänglich sind Publication Dates: Schränkt die Treffer anhand Ihres Veröffentlichungsdatums ein Article Types: Publikationstyp des Artikels, z.b. Review Übersichtsartikel Clinical Trial Klinische Studie Practice Guideline - Leitline Languages: Sprache des Original-Artikels (bei nichtenglischsprachigen Artikeln wird der Titel übersetzt und in eckige Klammern gesetzt) Species: untersuchte Spezies (Mensch oder Tier) - empfehlenswert für die Suche nach Tiermodellen Sex: Geschlecht der untersuchten Personen Journal Categories: Begrenzung der Suche auf Zeitschriften eines Faches oder auf Datenbanken, z.b. Core Clinical Journals, Dental Journals Ages: Alter der untersuchten Personen / empfehlenswert für Pädiatrie und Geriatrie Subjects: Einschränkung auf bestimmte Themengebiete z.b. AIDS, Bioethics, Cancer oder History of Medicine Search Fields: Auswahl eines Suchschlüssels, unter dem nach den eingegebenen Stichworten gesucht werden soll (Bsp. Stichwort health ) Author ergibt Treffer wie Health, A oder Health, VB Journal ergibt Treffer wie American journal of health behavior Seite 7

8 ACHTUNG Filter aktiviert Die Filter bleiben innerhalb der Browser-Sitzung so lange aktiviert, bis sie wieder aktiv herausgenommen werden - CLEAR ALL Merkmale nicht Englisch-sprachige Artikel Bei nicht-englischsprachigen Artikeln werden Titel und Abstrakt ins Englische übersetzt, jedoch nicht der gesamte Artikel: der eigentliche Artikel ist trotzdem auf Deutsch, Chinesisch, Russisch etc. 2.3 STICHWORTSUCHE IM ADVANCED SEARCH BUILDER 1 Klicken Sie auf Advanced 2 wählen Sie das passende Suchfeld aus (ALL FIELDS, AUTHOR, MeSH ) 3 verknüpfen Sie mehrere Felder ggf. mit AND, OR Seite 8

9 Index List: Sie erhalten eine Auswahl und sehen die damit verknüpften Treffer Add to History / History: Suchbegriffe testen und kombinieren Sie sehen wie viele Treffer Sie bekommen Sie können mehrere Suchbegriffe verknüpfen die Schnittmenge sehen o mit OR bei ähnlichen Begriffen und Synonymen o mit AND wenn Sie verschiedene Suchaspekte kombinieren Seite 9

10 2.4 MY NCBI: PERSONALISIERUNG IN PUBMED Schritt 1: Login / Registrierung CREATE ALERT: Sichern von Suchstrategien & regelmäßige -updates Starten Sie eine Suche Wählen Sie CREATE ALERT Sie können die Suche speichern aber auch regelmäßige s mit den jeweils aktuellen Artikeln anfordern, wählen Sie SAVE und ergänzen Sie die Angaben My NCBI: Treffer in PubMed dauerhaft speichern - Collections Sie können einzelne Treffer in Collections speichern Treffer ankreuzen (wenn Sie alle Treffer möchten NICHT markieren) und SEND TO COLLECTIONS auswählen Entscheiden Sie, ob Sie eine neue Collection anlegen wollen oder die Treffer zu einer bereits existierenden hinzu fügen wollen. Seite 10

11 My NCBI: Treffer in PubMed dauerhaft speichern - Collections Sie können einzelne Treffer in Collections speichern Treffer ankreuzen (wenn Sie alle Treffer möchten NICHT markieren) und SEND TO COLLECTIONS auswählen Entscheiden Sie, ob Sie eine neue Collection anlegen wollen oder die Treffer zu einer bereits existierenden hinzufügen wollen. MyNCBI Überblick über neue Treffer seit Ihrer letzten Aktivität 2.5 BIBLIOGRAPHISCHE ANGABEN Schema: Zeitschriftenabkürzung. Datum; Band (Heft): Seite von - bis Beispiel: o N Engl J Med Feb 22;356(8):874-5 bedeutet: New Enland Journal of Medicine 22. Feb ; Band 356 (Heft 8) : Seite 874 bis 875 o Qual Health Care Dec;7 Suppl:S54-61 bedeutet: Quality in Health Care. Dezember 1998; Band 7 Supplement: Seite S54 bis S61 Seite 11

12 3 WEITERE MEDIZINISCH RELEVANTE DATENBANKEN PubMed ist der Goldstandard der medizinischen Literaturrecherche Aber: Pubmed hat auch Lücken o es fehlen viele nicht-angloamerikanischen Zeitschriften o Sie finden keine Bücher, Kongressabstracts, Dissertationen o es fehlen z.b. viele Leitlinien deutschsprachiger Fachgesellschaften o medizinische Randgebiete sind nur punktuell nachgewiesen o populär orientierte oder regional begrenzte Zeitschriften werden i.d.r. nicht nachgewiesen Faustregel: in mindestens 2 Datenbanken recherchieren wenn Sie Literatur zu klassischen klinischen Themen suchen (z.b. zu Diabetes mellitus) sind Sie mit Pubmed gut bedient wenn Sie (auch) andere Schwerpunkte setzen, sollten Sie in jedem Fall noch in anderen Datenbanken recherchieren 3.1 DATENBANKINFOSYSTEM DBIS Im Datenbankinfosystem DBIS finden Sie alle vor Ort zugänglichen Datenbanken Die Datenbanken können nach Fächern sortiert werden Die Zugänglichkeit der Datenbanken wird in einem Ampelsystem angezeigt (ähnlich wie in der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek EZB): Seite 12

13 3.2 LIVIVO.DE SUCHPORTAL LEBENSWISSENSCHAFTEN o Durchsucht verschiedene deutsch- und englischsprachige Datenbanken und Kataloge o Link: Die ergänzende Suche in Livivo ist sinnvoll o wenn es wichtige deutschsprachige Literatur zu dem Thema gibt, z.b. bei gesundheitspolitischen Themen (Mammographie-Screening) o wenn Sie zu bestimmten Themen sehr wenig Literatur finden und die Recherchebasis verbreitern wollen o wenn Sie einführende Literatur suchen o Livivo biete gute Suchroutinen und eine gute Volltextverlinkung an o Sie können auf deutsch suchen und finden auch englischsprachige Artikel 3.3 WEB OF SCIENCE FACHÜBERGREIFENDE DATENBANK Link: Trefferliste 1 Treffer können nach Zitierhäufigkeit sortiert werden: Times Cited 2 Einschränkung der Treffermenge mit REFINE YOUR RESULTS (mit dieser Funktion können Sie gut erkennen, welche Zeitschriften, Autoren etc. für das jeweilige Gebiet relevant sind) o Feld für zusätzliche Suchbegriffe o Web of Science Categories Themengebieten Seite 13

14 o Research Areas - Fachgebiete o Authors gibt es Topautoren auf diesem Gebiet? o Source Titels Quellen, meist Zeitschriften o Publication Years wird dazu auch in jüngster Zeit publiziert? 3 Volltextsuche o Schritt 1: FULL TEXT FROM PUBLISHER o Schritt 2 sofern Schritt 1 nicht zum Erfolg führt - HEBIS-VOLLTEXTSUCHE (Verlinkung zum Bestand vor Ort, EZB + Kataloge) 4 weitere Auswertung der Ergebnisse o Analyze Results (nach Autoren, Zeitschriften, Organisationen) o Create Citation Report (auf Autorenebene, s.u.) Einzeltreffer In der Einzeltreffer-Anzeige können Sie interessante Verlinkungsoptionen nutzen Vorteil: gerade wenn Sie wenig Literatur finden, können Sie - von einzelnen Artikeln ausgehend - im Schneeballsystem weitere Literatur finden Verlinkung zu den zitierten Artikeln (entspricht dem Literaturverzeichnis) CITED REFERENCES Verlinkung zu den zitierenden Artikeln - TIMES CITED o Vorteil: Sie erkennen Artikel, die sehr häufig zitiert wurden und wahrscheinlich bekannt und wichtig sind o ACHTUNG: Artikel der letzten 1-2 Jahre weisen auf Grund der Kürze der Zeit noch keine oder wenig Zitierungen auf VIEW RELATED RECORDS Web of Science bietet Ihnen ähnliche Treffer an In der CITATION MAP können Sie die Verknüpfungen der Referenzen verfolgen Seite 14

15 3.4 UPTODATE - KLINISCHE INFORMATIONSDATENBANK Kostenpflichtige klinische Informationssysteme bieten Ihnen von Experten aufbereitetes Material für den klinischen Alltag. Suchmöglichkeiten (Suche in Deutsch, Ergebnisse in Englisch): Thematische Dossiers zu klinischen Themen Beispiel: Management of hypertension in pregnancy Arzneimittelwechselwirkungen Wichtige Neuerungen in einzelnen Fachgebieten (Neuigkeiten; PCUs = Practice Changing Updates) Patienteninformationen Rechner: Rechner für verschiedene Skalen und Werte, Beispiel: APGAR-Score Seite 15

16 4 VOLLTEXTSUCHE 4.1 GRUNDSÄTZLICHES ZU E-JOURNALS Elektronische Zeitschriftenartikel sind nur verfügbar, sofern: kostenpflichtige Zeitschriften von der Universität lizenziert werden (Beispiel: New England Journal of Medicine) oder die Zeitschriften kostenfrei im Internet zur Verfügung stehen (Beispiel: Deutsches Ärzteblatt) Ein Verzeichnis aller E-Journals finden Sie in der elektronischen Zeitschriftenbibliothek EZB Kostenpflichtige elektronische Zeitschriften und Datenbanken (gelbe Ampel) sind ausschließlich im Uninetz zugänglich, d.h. an allen PCs der Universitätsmedizin und Universität einschließlich W-LAN. Von außerhalb können Sie mit Ihrem ZDV-Account (=Anmeldedaten zu Jogustine, zugreifen, via: VPN Virtual Private Network o Sie verbinden sich mit dem Uninetz und arbeiten mit Ihrem eigenen Rechner o weitere Infos unter: Remote-Desktop-Verbindung o Sie wählen sich auf einen Rechner des ZDV ein und nutzen dort die Programme (z.b. auch SPSS, Photoshop ) o weitere Infos unter: Wenn Zeitschriftenaufsätze in Mainz nicht zugänglich sind, können Sie diese von außerhalb bestellen per ILV Fernleihe: Dokumentlieferdienst Weitere Infos siehe unten. Seite 16

17 4.2 VERFÜGBARKEITSPRÜFUNG VON ZEITSCHRIFTEN-ARTIKEL IN PUBMED Voraussetzungen: Funktioniert ausschließlich mit dem Link: Sie finden den Link auch auf der Bibliothekswebsite und im Intranet der Universitätsmedizin. Sie befinden sich im Netz der Universität bzw. Universitätsmedizin (s.o.) Prüfen Sie Schritt für Schritt die Verfügbarkeit gehen Sie jeweils einen Schritt weiter, wenn Sie keinen Erfolg haben Schritt 1: Schritt 2: Link zum Verlag Verfügbarkeitsprüfung der UB Mainz, ein neues Fenster öffnet sich Schritt 3: Schritt 4: DOI-Suche (prüft Verfügbarkeit im Internet über Digital Object Identifier ) Suche über die Elektronische Zeitschriftenbibliothek EZB grün: frei im Netz, gelb: im Uninetz, rot: nicht verfügbar Schritt 5: Rechercheportal der Universität Mainz (prüft Verfügbarkeit der gedruckten Zeitschrift, NICHT des Papers) Seite 17

18 Sie hatten keinen Erfolg? 4.3 BESTELLUNG AUS ANDEREN BIBLIOTHEKEN Schritt 6 Bestellung per ILV oder Fernleihe ILV via Website der Bibliothek: kostenloser Bestelldienst für Zeitschriftenaufsätze für Mitarbeiter und Doktoranden der Universitätsmedizin Fernleihe Bücher, Dissertationen und Zeitschriftenaufsätze können per Fernleihe bestellt werden Kosten: ab 1,50, Bearbeitungszeit ca. 1-6 Wochen Bitte kommen Sie in der Bibliothek vorbei, wenn Sie ein Buch per Fernleihe bestellen möchten wir richten alles weitere für Sie ein Dokumentlieferdienst alternativ können Sie einen Dokumentlieferdienst in Anspruch nehmen, z.b. SUBITO: Kosten ab 6,50 Euro, Lieferung: i.d.r. 3 Tage, oft ist eine Lieferung als PDF-Datei möglich Weitere Infos zu den Bestellmöglichkeiten unter: Seite 18

19 4.4 VERFÜGBARKEITSPRÜFUNG IN ANDEREN DATENBANKEN In vielen anderen Datenbanken wird die Verfügbarkeitsprüfung ebenfalls angeboten. Meistens wird die dort HEBIS-VOLLTEXTSUCHE automatisch angezeigt, wenn Sie sich im Uninetz befinden. Beispiel Web of Science Beispiel Livivo.de Schritte 3-6 siehe oben 4.5 SUCHE NACH BÜCHERN UND E-BOOKS Alle an der UB Mainz zugänglichen Bücher und E-Books sind im Rechercheportal verzeichnet: Nicht in Mainz vorhandene Bücher können Sie per Fernleihe oder Subito bestellen (s.o.) Eine Vorauswahl medizinischer E-Books finden Sie unter: Seite 19

20 5 DISSERTATION Weiterführende Informationen: Promotionsordnung und Promotionsbroschüre der Universitätsmedizin: Ausführliche Zitierbeispiele unter: Informationsseite der Universitätsbibliothek zur Abgabe der Dissertationsschrift, auch elektronisch: Suche nach bereits erschienenen Dissertationen: In der Forschungsdatenbank der Universitätsmedizin finden Sie u.a. die Dissertationen nach Kliniken/Instituten sortiert: wählen Sie Ihre Institution sowie das Jahr aus: Sämtliche Mainzer Dissertationen sind im Rechercheprotal recherchierbar: Im Katalog der Deutschen Nationalbibliothek sind alle in Deutschland erschienen Dissertationen (und andere Publikationen), seit 1913 verzeichnet. o o Sie können Ihre Suche mit dem Zusatz diss auf Dissertationen beschränken. o Tipp: Bestellen Sie gedruckte Dissertation per Fernleihe in der Bereichsbibliothek Universitätsmedizin. Seite 20