Literaturrecherche mit PubMed (Einführung)

Transkript

1 Literaturrecherche mit PubMed (Einführung) Christian Appenzeller-Herzog, PhD WiMo März 2018

2 Übersicht PubMed im Überblick Unterteilung der Fragestellung / Boole sche Operatoren Recherchieren mit MeSH (Medical Subject Headings) MeSH Thesaurus, Search builder Die freie Textwortsuche Synonyme, Suchfelder, Trunkieren, Phrasieren PubMed Advanced (Search History): Kombination der Suchen Einsatz von PubMed-Filtern Zugang zu elektronischen Volltexten per SFX Übungen Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 2

3 PubMed im Überblick Public access to Medline database, Open Access PubMed ist die Suchoberfläche der Datenbank Medline. Herausgeber: US National Library of Medicine (NLM) Ausgewertet werden rund biomedizinische Zeitschriften Zur Verfügung stehen idr die Abstracts, aber nicht die Volltexte Berichtszeit ab 1946 Insgesamt mehr als 28 Mio Nachweise Artikel in PubMed sind mit MeSH (Medical Subject Headings) indexiert Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 3

4 Problem: Informationsflut Pro Jahr erscheinen ca. 2 Mio. neue Publikationen in ca biomedizinischen Fachzeitschriften PubMed: jährliche Zunahme > 0.5 Mio Artikel jeden Tag neue Publikationen Welcher Weg führt zum Ziel? Zeitmangel bei Ärzten: ~ 20 min Lesezeit pro Woche Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 4

5 Abwägen zwischen Genauigkeit und Vollständigkeit der Suche Relevante Dokumente finden! Suchanfrage Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 5

6 Literatursuche: zielgerichtet und strukturiert 1. Präzise Formulierung der Fragestellung: Was will ich wissen? 2. Aufsplitten der Fragestellung in Teilsuchen 3. Schlagwortsuche (MeSH) 4. Freie Textwortsuche 5. Teilsuchen verbinden 6. Dokumentation der Suchstrategie und des Resultates (=> Kurs für Fortgeschrittene) Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 6

7 Verwendung von Boole schen Operatoren Boole sche Operatoren ermöglichen mehr Präzision bei der Suche in Datenbanken AND = beide Begriffe OR = mindestens einer der beiden Begriffe NOT = ohne diesen Begriff Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 7

8 Formulierung der Fragestellung Thema: Behandlung von Kindern mit Typ 1 Diabetes mit einer Insulinpumpe: Suche nach systematischen Übersichtsarbeiten (systematic reviews) Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 8

9 Deutsch => Englisch (z.b. Pflegeheim) dict.leo.org PubMed: Suchen nach dem deutschen Begriff gefolgt von [tt] liefert die englische Übersetzung aller deutschen Artikel mit diesem Schlagwort. Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 9

10 Formulierung der Fragestellung Thema: Behandlung von Kindern mit Typ 1 Diabetes mit einer Insulinpumpe Teilsuche Mögliche Suchbegriffe 1) Child OR Infant OR Adolescent AND 2) Type 1 diabetes OR Type I diabetes OR IDDM AND 3) Insulin pump OR Insulin infusion OR Insulin delivering (Teilsuche1 OR Synonym OR ) AND (Teilsuche2 OR Synonym OR ) AND (Teilsuche3 Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 10

11 Zugriff auf PubMed Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 11

12 PubMed - Suchoptionen 2. Freie Textwortsuche 1. Thematische Suche mit MeSH-Thesaurus Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 12

13 Suche mit MeSH für spezifische Resultate Medical Subject Headings = MeSH-Terms Kontrolliertes standardisiertes medizinisches Vokabular (= Thesaurus) ~ 26,000 Schlagwörter (MeSH-Terms) sind definiert mit Synonymen Hierarchische Baumstruktur des Thesaurus (MeSH-Trees): 19 verschiedene MeSH-Bäume / Kategorien (z.b. Anatomy, Organisms, Diseases etc.) regelmässige Updates Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 13

14 3 Eingrenzungstricks bei der MeSH Suche NOT «EXPLODE» MeSH Baum SUBHEADINGS MAJOR TOPIC Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 14

15 3 Eingrenzungstricks bei der MeSH Suche NOT «EXPLODE» MeSH Baum SUBHEADINGS MAJOR TOPIC Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 15

16 3 Eingrenzungstricks bei der MeSH Suche NOT «EXPLODE» MeSH Baum SUBHEADINGS MAJOR TOPIC Heading/Subheading1 Heading/Subheading2 Heading/Subheading3 Heading/Subheading4 Heading/Subheading5 Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 16

17 3 Eingrenzungstricks bei der MeSH Suche NOT «EXPLODE» MeSH Baum SUBHEADINGS MAJOR TOPIC Eingrenzung auf Treffer, wo der MeSHterm als «major topic» indexiert wurde. Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 17

18 Suche mit MeSH (vs. Suche mit Textwörtern) Vorteile Synonyme und verschiedene Schreibweisen werden automatisch berücksichtigt Eingrenzung auf Hauptthema MeSH Major Topic «Not Explode» Bei hierarchischem Aufbau sind Ober- und Unterbegriffe leicht zu bearbeiten Nachteile Ganz neue Artikel haben noch keine MeSH-Terms z.t. erst nach ca. 3-6 Monaten Neue Substanzen haben noch keinen MeSH Term Artikel ohne MeSH Obwohl Fachpersonal die MeSH vergibt: Indexierung nicht ganz einheitlich Zusammenhänge dank Subheadings eingrenzbar Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 18

19 Formulierung der Fragestellung Thema: Behandlung von Kindern mit Typ 1 Diabetes mit einer Insulinpumpe Teilsuche Mögliche Suchbegriffe 1) Child OR Infant OR Adolescent AND 2) Type 1 diabetes OR Type I diabetes OR IDDM AND 3) Insulin pump OR Insulin infusion OR Insulin delivering (Teilsuche1 OR Synonym OR ) AND (Teilsuche2 OR Synonym OR ) AND (Teilsuche3 Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 19

20 MeSH-Suche «Diabetes» Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 20

21 MeSH-Oberfläche Definition des MeSH-Begriffes Einführung des MeSH-Begriffes ev. auch alte Begriffe suchen Subheadings = Spezifikationen z.b. «drug therapy» MeSH Major Topic (*): Schlagwort soll Hauptaspekt sein Automatisch eingeschlossene Unterbegriffe «Automatic explosion» / explode können aktiv ausgeschlossen werden Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 21

22 MeSH-Oberfläche Alternative Suchbegriffe & Synonyme, welche durch den MeSH Begriff mitabgefragt werden. MeSH Bäume Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 22

23 Search Builder Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 23

24 Search Builder Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 24

25 Search Builder Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 25

26 Resultate der MeSH-Suche Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 26

27 Suche mit MeSH (vs. Suche mit Textwörtern) Vorteile Synonyme und verschiedene Schreibweisen werden automatisch berücksichtigt Eingrenzung auf Hauptthema MeSH Major Topic «Not Explode» Bei hierarchischem Aufbau sind Ober- und Unterbegriffe leicht zu bearbeiten Nachteile Ganz neue Artikel haben noch keine MeSH-Terms z.t. erst nach ca. 3-6 Monaten Neue Substanzen haben noch keinen MeSH Term Artikel ohne MeSH Obwohl Fachpersonal die MeSH vergibt: Indexierung nicht ganz einheitlich Zusammenhänge dank Subheadings eingrenzbar Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 27

28 Freie Textwortsuche in PubMed PubMed vergleicht die Suchbegriffe mit dem standardisierten Vokabular aus dem MeSH-Thesaurus = Automatic Term Mapping (ATM) Problem 1: sehr grosse Treffermenge (wegen ATM) Notwendigkeit der Präzisierung Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 28

29 Präzisierung der Resultate [Title / Abstract] statt [All Fields] Um zusammenhängende Begriffe nicht zu trennen, werden benutzt z.b. «growth hormone» = Phrasensuche / Phrasierung Schreibweise um Singular- und Pluralformen zu berücksichtigen = Trunkieren dh. Fortsetzung des Wortes durch * ersetzen neoplas* steht für neoplasia, neoplastic, neoplasie, neoplasm, neoplasms Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 29

30 Problem 2: Synonyme müssen berücksichtigt werden (=> Kurs für Fortgeschrittene) Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 30

31 Formulierung der Fragestellung Thema: Behandlung von Kindern mit Typ 1 Diabetes mit einer Insulinpumpe Teilsuche Mögliche Suchbegriffe 1) Child OR Infant OR Adolescent AND 2) Type 1 diabetes OR Type I diabetes OR IDDM AND 3) Insulin pump OR Insulin infusion OR Insulin delivering (Teilsuche1 OR Synonym OR ) AND (Teilsuche2 OR Synonym OR ) AND (Teilsuche3 Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 31

32 [Title/Abstract] Suche in «Advanced» [All Fields] ändern zu [Title/Abstract] OR preschool* OR teen* OR pediatric* OR paediatric* Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 32

33 Resultate der Suchen: MeSH und Textwörter Alle durchgeführten Suchanfrangen werden in der Search History (Advanced) dokumentiert und können dort bearbeitet werden. Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 33

34 Korrekte Reihenfolge der Kombination von MeSH und Textwörtern (MeSH1 OR Textword1 ) AND (MeSH2 OR Textword2 ) AND (MeSH2 OR Textword2 ) Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel

35 Search History: Kombination der Teilsuchen Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 35

36 Eingrenzung der Suchresultate mit Filtern,,, Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 36

37 Anzeigen der Trefferliste Z.B. «Most Recent» oder «Best Match» Z.B. «Summary» oder «Abstract» Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 37

38 Von der Datenbank zum Volltext: Zugang per SFX Prüfen, ob Artikel im Netz UniBasel als Volltext verfügbar ist Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 38

39 Von der Datenbank zum Volltext: Zugang per SFX E-Journal Gedruckte Zeitschrift Dokumentenlieferdienst der UB Medizin Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 39

40 Von der Datenbank zum Volltext: Zugang per SFX Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 40

41 Übungen Führen Sie die selbständigen Suchen ( ) auf dem Übungsblatt durch! Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 41

42 Kontakt Kontakt: Universitätsbibliothek Medizin Spiegelgasse 5 CH-4051 Basel Vielen Dank! Wir sind gerne für Sie da. Christian Appenzeller-Herzog Medizinischer Informationsspezialist christian.appenzeller@unibas.ch Monika Wechsler Leiterin UB Medizin monika.wechsler@unibas.ch Literaturrecherche mit PubMed Universität Basel 42