SMEI (716) SMEB (99) GEFS+ (43) Supplementary Figure S1: SMEI, SMEB, and/or GEFS+ as indicated.
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1 SMEI (716) 27 SMEB (99) GEFS+ (43) Supplementary Figure S1: Venn diagram shows intersection (i.e., number of common mutations) between SMEI, SMEB, and/or GEFS+ as indicated.
2 Missense Nonsense Small deletion Large deletion Small duplication Large duplication In-del Splice site Supplementary Figure S2: Pie chart displaying various types of mutations (in percentage) known in SCN1A gene to be associated with DS. For details see Supplementary Table S1.
3 epilepsy Per rcent affecte ed with a giv ven type of All Population Caucasian Asian Arabic SMEI SMEB GEFS+ Supplementary Figure S3: Bar diagram depicting relative frequency (percent) of patients exhibiting SMEI, SMEB or GEFS+ phenotype in the three different ethnic groups. For details of mutations and number of cases, see Supplementary Table S1
4 Supplementary Figure S4: Phylogenetic conservation of residues affected by the missense mutations in SCN1A protein as revealed by the multiple sequence alignment [Homo sapiens, H.s (GenBank: NP_ ), Mus musculus, M.m (NP_ ); Rattus norvegicus, R.n (AAA ); Bos taurus, B.t (NP_ ); Canis lupus familiaris, C.l (XP_ ); Equus caballus, E.c (XP_ ) H W Mutation T N V F T P DN C ST P Q GVI R I S N D H.s. MEQT...KDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKK-TFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF...YTF M.m. MEQT...KDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKK-TFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF...YTFYTF R.n. MEQT...KDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKK-TFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF...YTF B.t. MEQT...KDDDEHGPKPNSDLEAGKNLPFIYGDVPPEMVSEPLEDLDPYYINKK-TFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF...YTF C.l. MEQT...KDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKK-TFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF...YTF E.c. MEQT...KDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIYGDIPPEMVSEXLEDLDPYYINKKXTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF...YTF R R V E K G MT V M Mutation PE K T RSR V RY N R A KL E KS SR T Y N I R H.s. TGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALI M.m. TGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALI R.n. TGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALI B.t. TGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALI C.l. TGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALI E.c. TGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALI A CL P Mutation W R RS RG I R I F VE R W DGITS R E H.s. GLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEEHSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHYFLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDT M.m. GLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNITMDYNGTLVNETVFEFDWKSYIQDSRYHYFLEGVLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDT R.n. GLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNVTTDYNGTLVNETVFEFDWKSYIQDSRYHYFLEGVLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDT B.t. GLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHTVEKNITKNYNGTFVNETRNEFDWKSYIQDSRYHYFLEGFSDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDT C.l. GLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIERNITVNYNGTLVNETLIEFDWKSYIQDSRYHYFLEGILDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDT E.c. GLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNVTVNYNGTLVNETLIEFDWKSYIQDSRYHYFLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDT Supplementary Figure S4 ccontinued in next page
5 H Q S L E C Mutation LQ NDRG H C P V V F W IN M N Q G G H.s. FSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQ...EGNRLTY...SQTSRSS...VIIDKPATDDNGTT...HEGNRLTY SQTSRSS VIIDKPATDDNGTT M.m. FSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQ...EGNRLTY...SQTSRSS GTT...H R.n. FSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQ...EGNRLTY...SQTSRSS...VIIDKPATDDNGTT...H B.t. FSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQ...EGNRLTY...SQTSRSS GTT...H C.l. FSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQ...EGNRLTY...SQTSRSS GTT...H E.c. FSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQ...EGNRLTY...SQTSRSS...VIIDKPATDDNGTT...H Mutation D P T K C M R I RR K C Q H.s. VVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLSVLRSFR M.m. IVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTEHFNHVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLSVLRSFR R.n. IVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTEHFNHVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLSVLRSFR B.t. VVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLSVLRSFR C.l. IVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTEHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLSVLRSFR E.c. IVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTEHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLSVLRSFR F Q M I H P A C SE T Mutation K F L T C F CCPIH YF PDELH YR G K KL RV H.s. LLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDCVCKIASDCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQ M.m. LLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDCVCKIATDCKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQ R.n. LLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDCVCKIATDCKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQ B.t. LLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDCVCKINSECKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQ C.l. LLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDCVCKISTSCELPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQ E.c. LLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDCVCKIASDCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQ K V P Mutation V I R LA IF F R G E K H.s. AMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIRKQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMSNHTAE M.m. AMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGIAYVKRKIYEFIQQSFVKKQKILDEIKPLDDLNNRKDNCISNHTTE R.n. AMCLTVFMMVMVIRNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFVRKQKILDEIKPLDDLNNRKDNCTSNHTTE B.t. AMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGIAYVKRKIYEFIQQSFVRKQKILDEIKPLDDLNNRKDNCMSNHTTE C.l. AMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFVRKQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMSNHTTE E.c. AMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGIAYVKRKIYEFIQQSFVRKQKILDEIKPLDDLNNKKDNCMSNHTAE Supplementary Figure S4 ccontinued in next page
6 S R G Mutation R PK K QR K FT R DY Q NM CD P L PA T NV S PN H.s. IGKDLDYLK...GKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLI M.m. IGKDLDCLK...GKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLI R.n. IGKDLDCLK...GKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLI B.t. IGKDLDYLK...GKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLI C.l. IGKDLDYLK...GKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLI E.c. IGKDLDYLK...GKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLI G D S V T Mutation DF S V TP P M V M G L R IK P R H V MS PI H.s. VDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNNHT M.m. VDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCVNTTTGDIFEISEVNNHS R.n. VDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCVNTTTGDTFEITEVNNHS B.t. VDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCVNTTTGDMFDISEVNNHS C.l. VDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINTTTGDMFDITEVNNHS E.c. VDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINTTTGDRFEIEEVNNHS Y D E RL C Mutation G Y GSG CF RP D I VR M P LS K IHS W S SK V MGY H G H.s. DCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQD M.m. DCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQD R.n. DCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQD B.t. DCLILIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQD C.l. DCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQD E.c. DCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQD L Mutation L K K T IP SAV R K C E E R P C H.s. IFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSEYVTTILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYF M.m. IFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSDYVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYF R.n. IFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSDYVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYF B.t. IFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSDCVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYF C.l. IFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSEYVTNILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYF E.c. IFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSEYVTNILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYF Supplementary Figure S4 ccontinued in next page
7 S G M N H HM L TC Mutation S Y FI T V L S QETG S Q C E MCR PSV K PA ITRR F SFDD SW S C H.s. TIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD M.m. TIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD R.n. TIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD B.t. TIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD C.l. TIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD E.c. TIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD T R NF CMV Mutation V I NK R R PCR L RG E R G EN HFN F THST KK T K H.s. MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE M.m. MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE R.n. MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE B.t. MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE C.l. MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE E.c. MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE L S K D Mutation I G SP F T LTL W YT EK I H.s. MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTT M.m. MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTT R.n. MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTT B.t. MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTT C.l. MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTT E.c. MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTF W L Q Q M PMVSG R DI G SGE Q S S S Q T Mutation T G G H.s. LKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGGANLLIKEDMI M.m. LKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKLKGGANLLVKEDML R.n. LKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKLKGGANLLVKEDMI B.t. LKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGGANLLVKEDMI C.l. LKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGGANLLVKEDMI E.c. LKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGGANLLVKEDMI
8 Percent mu utations Missense 50 Truncation Large deletion 40 Large duplication 30 Splice site SMEI SMEB GEFS+ Supplementary Figure S5: Bar diagram showing relative frequency (percent) of different types of mutations known in SCN1A to be causing SMEI, SMEB or GEFS+ phenotype. Here, truncation mutation refers to both frame shift and nonsense mutations. For details of mutations and number of cases, see Supplementary Table S1.
9 ercent muta ations P De novo Inherited 0 SMEI SMEB GEFS+ Supplementary Figure S6: Bar diagram showing the relative levels (percentage) of de novo and inherited mutations in patients with SMEI, SMEB or GEFS+ phenotype, as indicated. For details of mutations and number of cases, see Supplementary Table S1.
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