Workflow- basiertes Data Mining in der Bioinformatik

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1 05/ 04/ 06 mine- IT: Workflow- basiertes Data Mining in der Bioinformatik Theoretical Bioinformatics

2 Hintergrund Medizinische Bioinformatik: Forschungsbereich an der Schnitt stelle zwischen Molekularbiologie und Medizin Analyse von klinischen und molekularen Daten mit dem Ziel klinische Entscheidungen in Diagnostik und Therapie zu unterstützen

3 Hintergrund Medizinische Bioinformatik: Forschungsbereich an der Schnitt stelle zwischen Molekularbiologie und Medizin Analyse von klinischen und molekularen Daten mit dem Ziel klinische Entscheidungen in Diagnostik und Therapie zu unterstützen Gewebeproben Molekulare Messungen: DNA RNA Prot ein Klinisches Krankheitsbild Therapieverhalten Prognose Klinische Beobachtungen

4 Hintergrund Medizinische Bioinformatik: Forschungsbereich an der Schnitt stelle zwischen Molekularbiologie und Medizin Analyse von klinischen und molekularen Daten mit dem Ziel klinische Entscheidungen in Diagnostik und Therapie zu unterstützen Gewebeproben Molekulare Messungen: DNA RNA Prot ein Assoz iation Klinisches Krankheitsbild Therapieverhalten Prognose Klinische Beobachtungen

5 Hintergrund Medizinische Bioinformatik: Forschungsbereich an der Schnitt stelle zwischen Molekularbiologie und Medizin Analyse von klinischen und molekularen Daten mit dem Ziel klinische Entscheidungen in Diagnostik und Therapie zu unterstützen Gewebeproben Molekulare Messungen: DNA RNA Prot ein Assoz iation Klinisches Krankheitsbild Therapieverhalten Prognose Klinische Beobachtungen Moderne Hochdurchsatzverfahren erzeugen Datenmengen deren manuelle Bearbeitung nicht möglich ist Analyseprozess komplex, spezifisch für Art der Daten und Fragest ellung Bei komplexen Analyseprozessen Reproduzierbarkeit der Analysen nicht- triviales Problem

6 mine- it: Überblick Software- Plattform zur Modellierung und Abarbeitung von Dat enanalyseprozessen

7 mine- it: Überblick Software- Plattform zur Modellierung und Abarbeitung von Dat enanalyseprozessen Analyseprozesse werden als gerichtete Graphen einzelner Analyseschrit te modelliert (Workflows)

8 mine- it: Überblick Software- Plattform zur Modellierung und Abarbeitung von Dat enanalyseprozessen Analyseprozesse werden als gerichtete Graphen einzelner Analyseschrit te modelliert (Workflows) Modellierung erfolgt per Drag'n Drop über eine graphische Benut zer- Schnit tst elle

9 mine- it: Überblick Software- Plattform zur Modellierung und Abarbeitung von Dat enanalyseprozessen Analyseprozesse werden als gerichtete Graphen einzelner Analyseschrit te modelliert (Workflows) Modellierung erfolgt per Drag'n Drop über eine graphische Benut zer- Schnit tst elle Umfangreicher Katalog von einsetzbaren Analyse- Methoden mit Schwerpunkt Auswertung molekularbiologischer Daten

10 mine- it: Überblick Software- Plattform zur Modellierung und Abarbeitung von Dat enanalyseprozessen Analyseprozesse werden als gerichtete Graphen einzelner Analyseschrit te modelliert (Workflows) Modellierung erfolgt per Drag'n Drop über eine graphische Benut zer- Schnit tst elle Umfangreicher Katalog von einsetzbaren Analyse- Methoden mit Schwerpunkt Auswertung molekularbiologischer Daten Komplexe Analyseprozesse können als Workflows gespeichert, weitergegeben und wiederverwendet werden

11 mine- it: Anwendungsbeispiel

12 mine- it: Anwendungsbeispiel

13 mine- it: Anwendungsbeispiel

14 mine- it: Anwendungsbeispiel

15 mine- it: Anwendungsbeispiel

16 mine- it: Anwendungsbeispiel

17 mine- it: Anwendungsbeispiel

18 mine- it: Anwendungsbeispiel

19 mine- it: Anwendungsbeispiel

20 mine- it: Besonderheiten Graphische Workflow- Modellierung unterstützt einfache Konzepte prozeduraler Programmiersprachen: Variablen Unterprogramme Schleifen

21 mine- it: Besonderheiten Graphische Workflow- Modellierung unterstützt einfache Konzepte prozeduraler Programmiersprachen: Variablen Unterprogramme Schleifen Workflow- Abarbeit ung im Batch- Modus möglich

22 mine- it: Besonderheiten Graphische Workflow- Modellierung unterstützt einfache Konzepte prozeduraler Programmiersprachen: Variablen Unterprogramme Schleifen Workflow- Abarbeit ung im Batch- Modus möglich Workflow- Parametrisierung durch Einsatz von globalen Variablen möglich

23 mine- it: Erweiterbarkeit Java- basierte Implement ierung

24 mine- it: Erweiterbarkeit Java- basierte Implement ierung leicht zu realisierende Integration von neuen Analysemethoden über Neu- Implementierung in Java Einbindung best ehender Implement ierungen über Wrapper- Klasse

25 mine- it: Erweiterbarkeit Java- basierte Implement ierung leicht zu realisierende Integration von neuen Analysemethoden über Neu- Implementierung in Java Einbindung best ehender Implement ierungen über Wrapper- Klasse direkte Einbindung von Analyse- Skripten des R Software- Pakets für st at ist ische Auswert ungen ohne Programmieraufwand möglich

26 mine- it: Ausblick Stetiger Ausbau des Kat alogs an int egrierten Analysemet hoden

27 mine- it: Ausblick Stetiger Ausbau des Kat alogs an int egrierten Analysemet hoden Entwicklung weiterer Workflows für spezielle Analyse- Aufgabenst ellungen

28 mine- it: Ausblick Stetiger Ausbau des Kat alogs an int egrierten Analysemet hoden Entwicklung weiterer Workflows für spezielle Analyse- Aufgabenst ellungen Ausbau der Online- Dokument ation

29 mine- it: Zusammenfassung Workflow- basiert e Datenanalyse

30 mine- it: Zusammenfassung Workflow- basiert e Datenanalyse Graphische Modellierung per Drag'n Drop

31 mine- it: Zusammenfassung Workflow- basiert e Datenanalyse Graphische Modellierung per Drag'n Drop Durchführung der Analysen int eraktiv oder im Bat ch- Modus

32 mine- it: Zusammenfassung Workflow- basiert e Datenanalyse Graphische Modellierung per Drag'n Drop Durchführung der Analysen int eraktiv oder im Bat ch- Modus Umfangreicher Kat alog an einset zbaren Analysemet hoden

33 mine- it: Zusammenfassung Workflow- basiert e Datenanalyse Graphische Modellierung per Drag'n Drop Durchführung der Analysen int eraktiv oder im Bat ch- Modus Umfangreicher Kat alog an einset zbaren Analysemet hoden leicht zu realisierende Int egrat ion von neuen Analysemethoden

34 mine- it: Zusammenfassung Workflow- basiert e Datenanalyse Graphische Modellierung per Drag'n Drop Durchführung der Analysen int eraktiv oder im Bat ch- Modus Umfangreicher Kat alog an einset zbaren Analysemet hoden leicht zu realisierende Int egrat ion von neuen Analysemethoden Vielen Dank für Ihre Aufm erksam keit!