IVD Bacterial Test Standard

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1 Gebrauchsanweisung IVD Bacterial Test Standard Massenkalibrierstandard mit einem typischen Escherichia coli-dh5-alpha- Peptid- und -Proteinprofil und zusätzlichen Proteinen Zur Verwendung in der Matrix-unterstützten Laser-Desorption/Ionisations- Massenspektrometrie (MALDI-TOF-MS) CARE- Produkte unterstützen unsere Kunden weltweit mit hochwertigen Verbrauchsartikeln, Zubehör und Spezial-Kits. Sprache: de Revision H (Juli 2017)

2 1 Verwendungszweck 2 2 Produktbeschreibung 2 3 Überprüfung, Aufbewahrung und Stabilität Überprüfung nach Eingang Aufbewahrung nach Eingang Aufbewahrung nach Auflösung und Aliquotierung 3 4 Risiko- und Sicherheitshinweise 3 5 Softwareanforderungen 4 6 IVD BTS Probenpräparation Herstellung von IVD BTS-Aliquoten Präparation einer IVD BTS-Probe auf einer MALDI-Targetplatte 5 7 Kalibrierung des MALDI-TOF-Massenspektrometers mit dem IVD BTS Verwendete Kalibrierungspunkte Kalibrierungsverfahren Manuelle Kalibrierung Automatische Kalibrierung 9 8 Hersteller 12 1 Verwendungszweck Der IVD Bacterial Test Standard ist ein In-vitro- Diagnostikum und wird für die Kalibrierung und Optimierung von Bruker MALTI-TOF-Massenspektrometer sowie zur Leistungskontrolle der Identifikation von aus menschlichen Proben kultivierten Mikroorganismen verwendet. 2 Produktbeschreibung Der IVD Bacterial Test Standard (kurz als IVD BTS bezeichnet) enthält einen sorgfältig hergestellten Extrakt des Escherichia coli - Stamms DH5 alpha. Dieser weist in MALDI- TOF MS- Spektren charakteristische Peptid- und Proteinprofile auf. Der Extrakt ist mit zwei zusätzlichen Proteinen versetzt, um mit dem IVD BTS einen größeren Massebereich abzudecken. Der IVD BTS deckt einen Massebereich zwischen 3,6 und 17 kda ab. Jedes Röhrchen enthält Material für die Präparation von mindestens 35 Spots auf MALDI- Targetplatten. Dieses Kit ist für in-vitro-diagnostische Zwecke zu verwenden. Bestellinformationen Produkt Bestell-Nr. IVD Bacterial Test Standard, 5 Röhrchen Seite 2 von 12 IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Revision H

3 3 Überprüfung, Aufbewahrung und Stabilität 3.1 Überprüfung nach Eingang Die Verpackung des IVD BTS bei Erhalt überprüfen. Bei beschädigter Verpackung die Probenröhrchen überprüfen. Wenn auch die Probenröhrchen beschädigt sind, darf der IVD BTS nicht verwendet werden. Der IVD BTS (Röhrchen/Flaschen und Verpackung) ist gemäß den Richtlinien im Datenblatt zur Materialsicherheit für das Produkt zu entsorgen, und es ist Bruker zu kontaktieren, um Ersatz anzufordern. 3.2 Aufbewahrung nach Eingang 18 C Der Versand des IVD BTS erfolgt bei Umgebungstemperatur. Der Standard muss unmittelbar nach dem Eingang bei 18 C oder darunter aufbewahrt werden. Das auf der Verpackung des IVD BTS angegebene Verfallsdatum gilt nur, wenn das Produkt direkt nach Eingang bei 18 C oder darunter eingefroren wird. 3.3 Aufbewahrung nach Auflösung und Aliquotierung Der IVD BTS muss vor dem Gebrauch aufgelöst werden. Es wird dringend empfohlen, die IVD BTS- Lösung in 0,5-mL-Mikrozentrifugenröhrchen mit Schraubverschluss zu aliquotieren und die Aliquote bei 18 C oder darunter einzufrieren. 18 C Eingefrorene IVD BTS-Lösung kann bei 18 C oder darunter bis zu 5 Monate aufbewahrt werden. 4 Risiko- und Sicherheitshinweise Dieses Produkt unterliegt nicht der Verordnung (EG) 1272/2008, und es ist daher nicht gemäß dem Globalen Harmonisierten System zur Einstufung und Kennzeichnung von Chemikalien (GHS) klassifiziert. Nach den Erfahrungen des Herstellers hat das Produkt keine schädigende Wirkung, wenn es gemäß den Spezifikationen verwendet und gehandhabt wird. Alle Materialien können jedoch unbekannte Gefahren darstellen und sollten mit Vorsicht verwendet werden. Weitere Informationen finden Sie im Datenblatt zur Materialsicherheit, das unter heruntergeladen werden kann. Für die in dieser Gebrauchsanweisung beschriebenen Verfahren werden unter Umständen zusätzliche Chemikalien benötigt. Lesen Sie bitte sorgfältig das vom Anbieter bereitgestellte Produkt- Datenblatt zur Materialsicherheit und halten Sie sich beim Umgang mit Chemikalien und biologischen Gefahrstoffen an die üblichen Sicherheitsvorschriften. Revision H IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Seite 3 von 12

4 5 Softwareanforderungen Bestimmte Softwareversionen/-kombinationen müssen mit einem kostenlosen Softwarepatch aktualisiert werden, um IVD BTS zu unterstützen (siehe Tabelle 1). Hinweise zur Installation erteilt das örtliche Service Team von Bruker Daltonics. Tabelle 1 Anforderungen an Softwarepatch Softwareversion Compass-Version Softwarepatch erforderlich? flexcontrol-version Nein Nein Ja Ja Ja Ja Ja Ja 6 IVD BTS Probenpräparation Vorbemerkungen Eine unzureichende Probenpräparation vermindert die Sensitivität und ergibt eine geringe Auflösung und schlechte Reproduzierbarkeit. Die Erzeugung von Ionen mit dem MALDI-Verfahren gelingt nur dann, wenn ein optimales Verhältnis von Matrixsubstanz zu Analyt vorliegt. Um beste Ergebnisse zu erzielen, frisch zubereitete Lösungen und Chemikalien mit dem höchsten verfügbaren Reinheitsgrad (z. B. CHROMASOLV LC-MS Lösungsmittel) verwenden. Benötigte Chemikalien und Materialien Standardlösungsmittel (Acetonitril 50 %, Wasser 47,5 % und Trifluoressigsäure 2,5 %) von o o o Sigma-Aldrich 1 ('Bruker standard solvent'; Best.-Nr ), oder Honeywell Riedel-de Haen 2 ('Acetonitrile 50%, Water 47.5% and Trifluoroacetic acid 2.5%'; Best.-Nr ), oder VWR International 3 ('SOLUTION OS'; Best.-Nr. PRLS ), die von der Bruker Daltonik GmbH geprüft wurden und zur Auflösung von IVD BTS empfohlen werden. MALDI-Targetplatte des Typs, der für den Workflow ausgewählt wurde IVD Matrix HCCA-portioned ( IVD HCCA ) ( ) Lösung Die Lösung von IVD Matrix HCCA-portioned wie in der zugehörigen Gebrauchsanweisung beschrieben herstellen Seite 4 von 12 IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Revision H

5 Benötigte Geräte und Hilfsmittel, nicht mitgeliefert Zentrifuge, Pipetten, Pipettenspitzen Schraubverschluss- Mikrozentrifugenröhrchen (Sarstedt, Bestell- Nr ) mit Schraubverschlüssen (Sarstedt, Bestell-Nr ) 6.1 Herstellung von IVD BTS-Aliquoten 1. Das Schraubverschlussröhrchen mit IVD BTS aus dem Gefriergerät nehmen und mindestens 5 Minuten bei Raumtemperatur äquilibrieren (±1) μl Standardlösungsmittel zu dem IVD BTS-Pellet geben und durch mindestens 20-maliges Auf- und Abpipettieren bei Raumtemperatur auflösen. Ein Aufschäumen der Lösung ist zu vermeiden! Hinweis Alternativ zur Verwendung des empfohlenen handelsüblichen Standardlösungsmittels können 475 (±5) µl HPLC-Wasser, 25 (±1) µl Trifluoressigsäure und 500 (±5) µl Acetonitril in einem 1,5- ml- Eppendorf- Röhrchen gemischt werden, um 1 ml Standardlösungsmittel zu erhalten. 3. Die IVD BTS- Lösung mindestens 5 Minuten bei Raumtemperatur inkubieren und danach durch mindestens 20-maliges Auf- und Abpipettieren vermischen. 4. Kurz zentrifugieren (10 (±5) s; U/min; Raumtemperatur). 5. Von der IVD BTS-Lösung 5,0 (±0,1) -µl-aliquote in Mikrozentrifugenröhrchen mit Schraubverschluss pipettieren und diese danach fest verschließen. 6. Die Aliquote bei 18 C oder darunter aufbewahren. 6.2 Präparation einer IVD BTS-Probe auf einer MALDI- Targetplatte Hinweis Gefrorene IVD BTS-Aliquote müssen mindestens 5 Minuten bei Raumtemperatur aufgetaut und durch Antippen des Mikrozentrifugenröhrchens mit dem Finger vermischt werden. Kurz zentrifugieren (10 (±5) s; U/min; Raumtemperatur). Die Schraubverschluss- Mikrozentrifugenröhrchen müssen sofort nach Präparation der IVD BTS- Spots fest verschlossen und bei 18 C oder darunter aufbewahrt werden. Jedes 5-μL-Aliquot enthält Material für mindestens vier Spots. IVD BTS muss vor der Verarbeitung auf jeder MALDI- Targetplatte präpariert werden. Hinweis Die Messung präparierter MALDI- Targetplatten muss innerhalb von 24 Stunden nach Präparation erfolgen. Wenn seit der Präparation mehr als 24 Stunden vergangen sind, kann die präparierte MALDI-Targetplatte nicht getestet werden, und die Probenpräparation muss wiederholt werden. Revision H IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Seite 5 von 12

6 1. 1,0 (±0,1) µl IVD BTS- Lösung auf mindestens einer (1) freien MALDI- Targetplattenposition auftragen. 2. Die IVD BTS-Spots bei Raumtemperatur trocknen lassen. ACHTUNG Wenn die IVD HCCA-Lösung nicht innerhalb von 30 Minuten, nachdem die Proben getrocknet sind, hinzugegeben wird, können diese Positionen nicht analysiert werden. 3. Auf jeden IVD BTS-Spot 1,0 (±0,1) µl IVD HCCA-Lösung auftragen. 4. Erneut bei Raumtemperatur trocknen lassen. Es sollte auf eine homogene Präparation geachtet werden. 7 Kalibrierung des MALDI-TOF- Massenspektrometers mit dem IVD BTS 7.1 Verwendete Kalibrierungspunkte Tabelle 2 Kalibrierungspunkte mit einer Massetoleranzgrenze von ±300 ppm Protein Referenzmasse (mittlere Masse) Toleranzbereich ±300 ppm RL29 [M+2H] ,8 Da 3636,7 Da 3638,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da 5095,3 Da 5098,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da 5379,8 Da 5383,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da 6253,5 Da 6257,3 Da RL29 [M+H] ,5 Da 7272,3 Da 7276,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da 10297,0 Da 10303,2 Da RNAse A [M+H] ,2 Da 13679,1 Da 13687,3 Da Myoglobin [M+H] ,3 Da 16947,2 Da 16957,4 Da 7.2 Kalibrierungsverfahren Es können sowohl manuelle als auch automatische Kalibrierungsverfahren angewendet werden. Das manuelle Kalibrierungsverfahren kann mit allen flexcontrol-versionen durchgeführt werden, während für die automatische Kalibrierung flexcontrol Version 3.3 oder höher erforderlich ist Manuelle Kalibrierung 1. Die mit der IVD BTS-Probe präparierte MALDI-Targetplatte in das MALDI-TOF-Massenspektrometer einsetzen. 2. Sicherstellen, dass flexcontrol gestartet wurde. Seite 6 von 12 IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Revision H

7 3. Für die Messung und Kalibrierung ist die flexcontrol-standardmethode MBT_FC.par (positiver Linearmodus) zu verwenden. 4. Manuell ein Summenspektrum messen. Dazu den IVD BTS- Spot aus unterschiedlichen Rasterpositionen in 6 Serien je 40- mal mit dem Laser bestrahlen. An jeder gewünschten Rasterposition auf die Schaltflächen Start und Add klicken und insgesamt 240 Laserschüsse durchführen (werden wie folgt angezeigt: Strahlungsintensität des Lasers muss optimal eingestellt sein. Optional: Alternativ kann ein Summenspektrum wie folgt automatisch gemessen werden: Auf die Registerkarte AutoXecute klicken. ). Die In der Dropdown- Liste Method die autox- Methode MBT_ AutoX auswählen (Abbildung 1). Auf die Schaltfläche Run method on current spot klicken. Abbildung 1 Registerkarte AutoXecute mit MBT_AutoX als ausgewählter Methode für die automatische Messung des Summenspektrums Das Summenspektrum wird automatisch gemessen. 5. Auf der Symbolleiste auf die Symbolschaltfläche Single Buffer klicken, um das aktuell angezeigte Einzelspektrum auszublenden. Die Symbolschaltfläche Sum Buffer und das gemessene Summenspektrum angezeigt. wird aktiviert 6. Auf der Symbolleiste auf die Symbolschaltfläche Smooth Spectrum klicken, um das Summenspektrum zu glätten (Abbildung 2). Abbildung 2 Geglättetes Summenspektrum von IVD BTS 7. Auf die Registerkarte Calibration klicken und in der Dropdown- Liste Mass Control List die Kalibrierungsdatei MBT_Standard auswählen (Abbildung 3). Revision H IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Seite 7 von 12

8 Abbildung 3 Registerkarte Calibration mit Mass Control List 8. Auf die Schaltfläche Automatic Assign klicken, um die Kalibrierpeaks automatisch auszuwählen. 9. Prüfen, ob die automatische Zuordnung der Kalibrierpeaks einwandfrei durchgeführt wurde. In der Liste der Kalibrierpeaks sollten alle zugeordneten Peaks angezeigt werden. Des Weiteren darf die maximale Abweichung Err/ppm für keinen Peak über ±300 ppm liegen (Abbildung 4). Abbildung 4 Ergebnis der automatischen Zuordnung der Kalibrierpeaks, wenn alle Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt Je nach Ergebnis wie folgt fortfahren: Wenn alle Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt, war die automatische Zuordnung der Kalibrierpeaks erfolgreich. Mit Schritt (12) fortfahren. Wenn alle Peaks zugeordnet wurden, die maximale Abweichung Err/ppm für einen der Peaks jedoch über ±300 ppm liegt, die Schritte (4) bis (9) wiederholen. Wenn nur einige Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt, mit Schritt (10) fortfahren. Wenn nur einige Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für einen der Peaks über ±300 ppm liegt, die Schritte (4) bis (9) wiederholen. Wenn keine Peaks zugeordnet wurden, mit Schritt (11) fortfahren. 10. Auf Apply klicken und die automatische Peakzuordnung durch Klicken auf Automatic Assign wiederholen. Prüfen, ob alle Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt. Wenn alle Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt, war die automatische Zuordnung der Kalibrierpeaks erfolgreich. Mit Schritt (12) fortfahren. Wenn nicht alle Peaks zugeordnet wurden oder die maximale Abweichung Err/ppm für einen der Peaks über ±300 ppm liegt, die Schritte (4) bis (9) wiederholen. Seite 8 von 12 IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Revision H

9 11. Den Peak bei 6255,4 Da durch Klicken auf die linke Seite des Peaks im Spektrum manuell auswählen. Die Farbe der senkrechten Linie neben dem Peak muss von rot nach grün wechseln, damit die Peakzuordnung einwandfrei erfolgt (die entsprechenden Daten werden in die Liste der Kalibrierpeaks eingetragen). Auf Apply klicken und die automatische Peakzuordnung durch Klicken auf Automatic Assign wiederholen. Prüfen, ob alle Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt. Wenn alle Peaks zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm für alle Peaks unter ±300 ppm liegt, war die automatische Zuordnung der Kalibrierpeaks erfolgreich. Mit Schritt (12) fortfahren. Wenn nicht alle Peaks zugeordnet wurden oder die maximale Abweichung Err/ppm für einen der Peaks über ±300 ppm liegt, die Schritte (4) bis (9) wiederholen. 12. Nachdem alle Peaks automatisch zugeordnet wurden und die maximale Abweichung Err/ppm bei allen Peaks weniger als ±300 ppm beträgt, auf Apply klicken. 13. Die neuen Kalibrierungswerte in der flexcontrol- Methode (MBT_ FC.par ) speichern. Durch Klicken auf die Symbolschaltfläche Save method as auf der Symbolleiste wird das Dialogfeld Save flexcontrol Method As geöffnet. Auf die Schaltfläche Save klicken. Das Ersetzen der Datei (MBT_FC.par) durch Klicken auf Yes im Bestätigungsdialogfeld bestätigen (Abbildung 5). Abbildung 5 Bestätigungsdialogfeld beim Ersetzen der angegebenen Methodendatei Automatische Kalibrierung Hinweis Für die automatische Kalibrierung ist flexcontrol Version 3.3 oder höher erforderlich. 1. Die mit der IVD BTS-Probe präparierte MALDI-Targetplatte in das MALDI-TOF-Massenspektrometer einführen. 2. Sicherstellen, dass flexcontrol gestartet wurde. 3. Für die Messung und Kalibrierung ist die flexcontrol-standardmethode MBT_FC.par (positiver Linearmodus) zu verwenden. Revision H IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Seite 9 von 12

10 4. Tools > Method Calibration Parameters auswählen ( Abbildung 6 ), um die Kalibrierungseinstellungen der flexcontrol-methode festzulegen oder zu überprüfen. Hinweis Die Festlegung der Kalibrierungsparameter ist nur für die erste (anfängliche) Kalibrierung erforderlich. Bei nachfolgenden Kalibrierungen muss nur die Auswahl der richtigen autox-methode (MBT_AutoX) überprüft werden. Abbildung 6 Method Calibration Parameters im Menü Tools 5. Die Einstellungen für die Parameter der automatischen Kalibrierung (siehe Abbildung 7) eingeben oder überprüfen. Anschließend auf OK klicken. Abbildung 7 Dialogfeld Edit Auto Calibration Parameters Seite 10 von 12 IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Revision H

11 6. Auf der Registerkarte Calibration (Abbildung 3) überprüfen, ob der Parameter Peak Assignment Tolerance auf den Maximalwert von 1000 ppm gesetzt ist (Abbildung 8). Abbildung 8 Parameter Peak Assignment Tolerance 7. Zum Starten der Kalibrierung auf die Schaltfläche Calibrate klicken. Es wird automatisch ein Summenspektrum erstellt. Dazu wird der IVD BTS- Spot aus unterschiedlichen Positionen in 6 Serien je 40-mal mit dem Laser bestrahlt. Die Durchführung der Kalibrierung erfolgt automatisch. Nach erfolgreicher Kalibrierung wird ein Informationsdialog (Abbildung 9) angezeigt. Auf OK klicken, um die Kalibrierung abzuschließen. Abbildung 9 Informationsdialogfeld zur Kalibrierung 8. Falls die Kalibrierung fehlschlägt, ist die automatische Kalibrierung (Schritte 4 bis 7) zu wiederholen oder die in Abschnitt beschriebene manuelle Kalibrierung durchzuführen. Revision H IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Seite 11 von 12

12 8 Hersteller Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Deutschland Support biotyper.support@bruker.com Telefon: +49 (421) Fax: +49 (421) Verkaufsberatung care@bruker.com Telefon: +49 (421) Internet: Anstelle der Informationen aus älteren Dokumenten gelten die Beschreibungen und technischen Spezifikationen aus diesem Dokument. Diese können ohne vorherige Benachrichtigung geändert werden. Copyright 2017 Bruker Daltonik GmbH Seite 12 von 12 IVD Bacterial Test Standard Gebrauchsanweisung Revision H