Inhalt Das Zeichnen von Strukturformeln mit ISIS/Draw

Transkript

1 Inhalt Das Zeichnen von Strukturformeln mit ISIS/Draw 2 A Zeichnen von Strukturen mit Hilfe der Vorlagen und Zeichenwerkzeuge 2 B Vorlagen von den Vorlageseiten verwenden 3 C Zeichnen von Bindungen und Ketten 3 D Zeichnen von Atomen 5 E Selektieren und Deselektieren von Atomen, Bindungen, Strukturen 7 F Gruppieren und Degruppieren 8 G Löschen von Atomen, Bindungen und bjekten 8

2 2 Das Zeichnen von Strukturformeln mit ISIS/Draw Das Programm enthält schon viele fertige Molekülstrukturen, die nach Stoffklassen geordnet leicht abzurufen sind. Um selbst Strukturformeln zu zeichnen, ist folgendermaßen vorzugehen: 1. Zeichnen Sie das Grundgerüst mit Hilfe der Vorlagen und Zeichenwerkzeuge. 2. Editieren Sie, wenn nötig, Atome, Bindungen und Moleküle. Alle Atome sind Kohlenstoffatome, wenn Sie nicht in andere umgewandelt werden. 3. Um sicher zu sein, dass die gezeichnete Strukturformel einheitliche Bindungslängen und -winkel aufweist, kann man die ption BJECT > CLEAN MLECULE verwenden Die mit ISIS/Draw erzeugten Dateien heißen dateiname.skc. Diese Extension wird beim Speichern automatisch angelegt. Zum Speichern in anderen Formaten muss FILE > EXPRT aufgerufen werden. A Zeichnen von Strukturen mit Hilfe der Vorlagen und Zeichenwerkzeuge Klicken Sie auf eines der Vorlagen-Symbole der horizontalen Leiste: Gehen Sie nun folgendermaßen vor: 1. Um die Vorlage irgendwo zu plazieren, klicken Sie in das leere Zeichenfenster 2. Um die Vorlage an eine bestehende Bindung zu hängen, klicken Sie auf diese Bindung. 3. Um die Vorlage mit einer Einfachbindung an ein bestehendes Fragment zu hängen, klicken Sie einfach auf das entsprechende Atom.

3 3 B Vorlagen von den Vorlage-Seiten verwenden 1. Wählen Sie eine Vorlage-Seite aus dem Menü Templates. Die Vorlage-Seite erscheint in einem Fenster 2. Suchen Sie die Vorlage aus, die Sie verwenden möchten. 3. Klicken Sie auf die gewählte Vorlage, dass Vorlage-Fenster wechselt hinter das Zeichenfenster. 4. Zum Einfügen der Vorlage wie oben unter 1-3 beschrieben vorgehen. C Zeichnen von Bindungen und Ketten Um Bindungen zu zeichnen, klicken Sie in der linken Leiste auf eines der beiden Symbole. Für normale Bindungen das obere Symbol, für stereochemische Darstellungen das untere Symbol: Dann klicken Sie im Zeichenfenster dort, wo Sie die Bindungen einfügen möchten oder ziehen Sie die Maus von einem bestehenden Atom aus, bei gedrückter Linker Maus-Taste, weg. Standardeinstellungen: Um die Einstellungen für Atome, Bindungen oder andere bjekte zu verändern, lesen Sie bitte unter Ändern der Parameter nach. Einige der Symbole, wie die beiden oberen, haben in der rechten unteren Ecke ein kleines Dreieck. Dies bedeutet, dass zusätzliche ptionen verfügbar sind. Um beispielsweise eine Doppelbindung zu zeichnen, klicken Sie zunächst auf das Symbol Einfachbindung und halten Sie die linke Maustaste gedrückt. Jetzt erscheinen die anderen möglichen Bindungstypen.

4 4 Laufen Sie bei gedrückter Maustaste zum gewünschten Feld und lassen Sie die Maustaste los. Es erscheint ein anderer Mauszeiger auf dem Bildschirm und der von Ihnen gewählte Bindungstyp ist nun als Standard eingestellt. Um nur ein einzige Bindung in einen anderen Bindungstyp umzuwandeln, können Sie durch wiederholtes Drücken auf die entsprechende Bindung in ihrer Formel den Typ verändern. 1. Um eine Bindung anzuhängen, klicken Sie auf das Symbol Einfachbindung und dann auf das Atom, an das die Bindung angrenzen soll. Halten Sie die linke Maustaste gedrückt, ziehen Sie die Maus etwas zur Seite und lassen Sie sie dann los. 2. Für räumliche Darstellungen (nach hinten, nach vorne) das entsprechende Symbol wählen und die Bindung wie unter 1. beschrieben zeichnen. 3. Zum Ändern eines Bindungstyps auf die entsprechende Bindung in der gezeichneten Formel klicken, bei stereochemischen Darstellungen bewirkt das Anklicken ein Ändern der Richtung. 4. Standard-Bindungslängen lassen sich unter PTINS > SETTINGS > CHEMICAL DRAWING einstellen. 5. Atomketten werden mit dem Chain-Tool gezeichnet. Das linke Symbol zeichnet lineare Ketten, das rechte Symbol Ketten wechselnder Richtung, die man beispielsweise zum Zeichnen von Makrocyclen benötigt.

5 5 6. Für das Zeichnen anderer bjekte, wie Linien, Kästen, Pfeile oder Polygone das entsprechende Symbol auswählen und bei gedrückter Maustaste zur entsprechenden Größe aufziehen. D Zeichnen von Atomen Für das Zeichnen von Atomen muss in der linken Spalte ausgewählt werden. Dann klickt man mit der Maus im Zeichenfenster an die Stelle, an der das Atom eingefügt werden soll. Im Textfeld lässt sich direkt ein Elementesymbol eingeben oder es können aus einer Liste Atome oder Atomgruppen ausgewählt werden. Wichtig: Wenn Sie ein Standard-Elementesymbol in kleinen Buchstaben eingeben, passt das Programm automatisch das Symbol an: aus der Eingabe br wird Br. Falls der Text nicht einem Element zuzuordnen ist, wird er nicht verändert. Für ein wiederholtes Einfügen des gleichen Elementes einfach die Strg-Taste der Tastatur gedrückt halten und im Zeichenfenster auf ein Atom oder an die entsprechende Position klicken. Um bereits bestehende Atome zu ändern müssen diese editiert werden. Dies erfolgt im Elemente-Schreibmodus durch einen Einfachklick auf das

6 6 entsprechende Atom (es erscheint das Textfeld) oder durch einen Doppelklick auf das entsprechende Atom (es erscheint ein Fenster, in dem sich das Atom sowie seine Eigenschaften verändern lässt), wenn man sich im Selektiermodus LASS (links) oder KASTEN (Mitte) befindet: Ladungen lassen sich durch Eingabe von plus (+) oder minus (-) darstellen, beispielsweise: na+ ergibt Na +. Radikale werden durch folgende Zeichen hinter dem Symbol eingegeben: Biradikale: Doppelpunkt (:), Monoradikale: Punkt (.) Für Isotope einfach die Zahl vor das Elementesymbol schreiben: 206pb ergibt 206 Pb. Es gibt zwei Arten von Wasserstoffatomen: Die eine Art kann optional dargestellt oder ausgeblendet werden, die andere Art ist fest und bleibt auch beim Ausblenden der anderen Wasserstoffatome sichtbar: optionale Wasserstoffatome optionale Wasserstoffatome C H CH C H H C H feste Wasserstoffatome Wasserstoffe aus ein aus ein

7 7 Um feste Wasserstoffatome zu erzeugen, muss Wasserstoff als Element spezifiziert werden. Neben dem Symbol zum Eingeben von Elementesymbolen, gibt es auch die Möglichkeit Text einzugeben. Dies erfolgt mit dem Symbol Hoch- und Tiefstellen erfolgt durch die Eingabe von \S text \S (hoch) \s text \s (tief) Beispiel: S 2 4 kann folgendermaßen eingegeben werden: S\s4\s\2 \S Wichtig: Nicht Slash (/) sondern Backslash (\) (Alt Gr +?-Taste) Bei der Eingabe von Atomgruppen kann durch (^) vor dem Buchstaben das Atom gekennzeichnet werden, an dem die Verknüpfung erfolgen soll. Beispiel: H3C^CHCH3 die Bindung erfolgt am Kohlenstoffatom in der Mitte. Die Formatierung von Textfeldern und Atomen (hier nur: fett, kursiv, unterstrichen, Schrift) kann auch über die Auswahl TEXT in der oberen Befehlszeile erfolgen. Hier führt die Auswahl FRMULA beispielsweise dazu, dass in einem Text die Indices automatisch tiefgestellt werden. E Selektieren und Deselektieren von Atomen, Bindungen und Strukturen Wenn Sie den Mauszeiger über bjekte in der Zeichenebene ziehen, zeigt das Programm an, ob es sich um ein Atom, eine Bindung oder eine Struktur handelt:

8 8 Durch einen Doppelklick gelangen sie zu einem Fenster, in dem Sie entsprechenden Einstellungen verändern können. Zum Selektieren von bjekten gibt es drei Symbole: Das LASS und der RAHMEN werden verwendet, um einzelne Atome, Bindungen oder andere bjekte auszuwählen, in dem entweder auf das entsprechende bjekt geklickt wird oder ein Lasso oder ein Rahmen um die zu markierenden bjekte bei gedrückter linker Maustaste gezogen wird. Der RING wird nur für Strukturen oder bjekt-gruppen eingesetzt. Mit ihm lassen sich einzelne Atome oder Bindungen nicht auswählen. Mehrere bjekte lassen sich markieren, wenn konstant die Shift-Taste der Tastatur gedrückt wird. Für das Deselektieren einzelner bjekte wird genauso vorgegangen: Shift- Taste drücken und selektierte bjekte anklicken. F Gruppieren und Degruppieren Einzelne bjekte lassen sich mit BJECT > GRUP gruppieren. Gruppen lassen sich mit BJECT > UNGRUP degruppieren. G Löschen von Atomen, Bindungen und bjekten Markierte Atome, Bindungen und bjekte können mit Hilfe der Delete-Taste der Tastatur oder über die obere Leiste über EDIT > CUT entfernt werden.

9 9 Daneben gibt es auch einen Radierer der durch das Symbol aktiviert werden kann. Zum Löschen müssen dann nur die gewünschten bjekte mit der Maus angeklickt werden.