Medizinische Dokumentation Wiederholung, Taxonomien, Ontologien, Terminologien 1
Syntaktische Interoperabilität Zwei Datensätze gleichen Inhalts, aber unterschiedlicher Struktur (Syntaktik) Moser Gerda 12. März 2006 Bronchial Ca. Hb^13.4:Na^145:Ca^2.5 <Patient> <Nachname>Moser</Nachname> <Vorname>Gerda</Vorname> <Untersuchungsergebnisse Datum= 2007-03-12 > <Diagnose>Bronchial Ca.</Diagnose> <Laborwert typ= Hb >13.4</Laborwert> <Laborwert typ= Ca >2.5</Laborwert> </Untersuchungsergebnisse> </Patient> Beispiele für syntaktische Standards: xdt, HL7 V2, HL7 V3 (CDA/SCIPHOX), EHR, DICOM Standards-Klassifizierungen-im- Gesundheitswesen Version 1.0 2
Semantische Interoperabilität Zwei Datensätze gleicher Struktur, aber unterschiedlicher Bedeutung der Inhalte (Semantik) Nachname Untersuchungsdatum Verdachtsdiagnose Kalzium vor Dialyse in mg/dl Moser Gerda 12. März 2006 Bronchial Ca. Hb^13.4:Na^145:Ca^2.5 Moser Gerda 12. März 2006 Lungenkrebs Hb^13.4:Na^145:Ca^2.5 Geburtsname Entlassdatum Gesicherte Diagnose Kalzium mmol/l Standards-Klassifizierungen-im- Gesundheitswesen Version 1.0 3
Beispiele für semantische Standards ICD 9, ICD10, ICD10-GM: Diagnosen OPS: Prozeduren, Behandlungsverfahren DRG: Abrechnung LOINC: Laborwerte SNOMED: Medizinische Begriffe (s.u.) MeSH: Medizinische Begriffe (s.u.) TNM: Tumorklassifzikation ATC: Medikamente Alpha ID: 4
Klassifikationen Klasse 1: Blaue Haare Klasse 3: Gelbe Haare Regeln Klasse 2: Keine Haare 1.Genau eine Klasse 2.Disjunktheit 3.Richtige Breite Klasse 4: Sonstige Haare 5
Beispiel Quittungen Klasse 1: Essen Kantine Klasse 2: Wohnen Miete Lebensmittel Nebenkosten Reparaturen 6
Taxonomie Man spricht bei hierarchischen Klassifikationen (Klassen mit Unterklassen) von Taxonomien 7
ICD-10-GM I... IX... XXI 21 Kapitel z.b.: IX Krankheiten des Kreislaufsystems I00 I02... I20 I25... I95 I99 Gruppen (Blöcke) z.b.: I20 I25 Ischämische Herzkrankheiten I20 I21 I22 I23 I24 I25 Kategorien z.b.: I25.- chronische ischämische Herzkrankheit I25.0 I25.1 I25.2 I25.3... I25.9 Subkategorien z.b.: I25.1 Atherosklerotische Herzkrankheit I25.10 I25.11 I25.12... I25.19 Subdivisionen an fünfter Stelle z.b.: I25.11 Atherosklerotische Herzkrankheit, Ein-Gefäßerkrankung Quelle: Dr. Albrecht Zaiß, Universitätsklinikum Freiburg 8
Quelle: Prof. Dr. Harald Trost 9
Mono- vs. Polyhierarchisch Monohierarchische Taxonomie Polyhierarchische Taxonomie Monohierarchisch: Jedes Konzept und jede Klasse darf nur einer (Ober-)Klasse zugeordnet werden (ICD) Polyhierarchisch: Eine Klasse kann mehreren Oberklassen zugeordnet werden (ATC) 10
Mono- vs. Polyaxial 11
Prä- und Postkoordination Erlaubt man alle Kombinationen, spricht man von Postkoordination Schränkt man die Menge möglicher Kombinationen von vorneherein ein, spricht man von Präkoordination 12
Taxonomien - Partonomien Generische Beziehung ( Taxonomie) ist-ein-beziehung ( is-a ) Beispiel: Daumen ist ein Finger Partitive Beziehung ( Partonomie) Teil-von-Beziehung ( part-of ) Beispiel: Daumen ist Teil von Hand Quelle: Dr. Albrecht Zaiß, Uniklinik Freiburg 13
Beziehungen A hat als Ziel B A wird abgelöst durch B A ist Teil von B A wird verursacht durch B A wird verabreicht via B A ist ein (Sonderfall von) B A misst B A wird verfasst von B 14
Ontologie Lungenerkrankung ist eine Lungenentzündung ist eine ist eine Infektöse Erkrankung Infektöser Agent wird verursacht durch ist eine Infektiöse Lungenentzündung ist eine Virale Lungenentzündung wird verursacht durch Virus ist ein 15
Ontologie Eine Ontologie ist ein Netz aus Konzepten (Begriffen, Objekten) und Relationen (den Beziehungen zwischen den Objekten) einer Wissensdomäne. Ontologien dienen der Repräsentierung von Wissen. 16
RDF In der Informatik werden die Relationen oft über das Resource Description Framework (RDF) ausgedrückt, welches Aussagen in Tripeln aus Subjekt, Prädikat und Objekt ausdrückt. Beispiel: Person hat E-Mail mail@johner.org <?xml version="1.0"?> <rdf:rdf xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:contact="http://www.w3.org/2000/10/swap/pim/contact#"> <contact:person rdf:about="http://www.w3.org/people/em/contact#me"> <contact:mailbox rdf:resource="mailto:mail@johner.org"/> <contact:fullname>christian Johner</contact:fullName> <contact:personaltitle>prof. Dr.</contact:personalTitle> </contact:person> </rdf:rdf> 17
Web Ontology Language OWL 18
Die Welt der Pizzen Eine Pizza besteht aus einem Boden und einem Belag Eine vegetarische Pizza kann keinen Belag mit Fleisch/ Wurst enthalten Es gibt italienische, amerikanische und deutsche Pizzen Eine Pizza 4 Jahreszeiten muss Oliven enthalten 19
Protégé 20
Terminologie Als Terminologie wird die Gesamtheit aller Begriffe und Benennungen einer Fachsprache bezeichnet. Terminologie lassen sich formulieren in Wörterbuch, Glossar (alphabetische Liste von Begriffen mit Erklärung) Kontrolliertes Vokabular Thesaurus Alle (Begriffe Terminologien stehen zusätzlich eines Relationen Fachbereichs z.b. Oberund Unterbegriffe, Synonyme, ) 21
Möglichkeiten der Standardisierung Vorgehen Definieren von Begriffen Bilden von Klassen Bilden von Hierarchien Beschreiben von Zusammenhängen Ordnungssystem Terminologie, Thesaurus, Nomenklatur Klassifizierung Taxonomien Ontologien 22
Zusammenfassung Ontologie Taxonomie Mono- /polyhierarchisch Partonomie RDF und OWL Mono-/polyaxiales System Prä- /Postkoordination Wörterbuch, Glossar, Thessaurus Terminologie