MEDIZINISCHE DATENBANKEN ist eine Datenbank der NLM, der National Library of Medicine, Bethesda, Maryland / USA. Mehr als 19 Millionen Datensätze aus etwa 21.000 Journals decken das Gesamtgebiet der Medizin, der Veterinärmedizin sowie der Grenzgebiete ab. / PubMed NCBI / NLM / NIH Original www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez www.pubmed.gov EMBL / EBI DIMDI Benützer Anzahl der Artikel in 1900 2010* : ~ 20,6 Mio. 900.000 800.000 700.000 600.000 500.000 400.000 300.000 200.000 100.000 0 * Stand: 19.12.2010 1
Wachstum von GenBank - Eintrag von Basenpaaren 120.000.000.000 100.000.000.000 80.000.000.000 60.000.000.000 40.000.000.000 20.000.000.000 0 Dec 1982 Nov 1984 Aug 1986 Sep 1987 Oct 1988 Dec 1989 Mar 1991 Jun 1992 Jun 1993 Apr 1994 Feb 1995 Dec 1995 Oct 1996 Aug 1997 Jun 1998 Jun 1999 Apr 2000 Feb 2001 Dec 2001 Oct 2002 Aug 2003 Jun 2004 Apr 2005 Feb 2006 Dec 2006 Oct 2007 Aug 2008 Jun 2009 100 Milliarden120 Base Pairs [Milliarden] in GenBank 80 60 40 20 0 2
Sprache der Artikel in : 76% Englisch 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 Englisch; 76 Deutsch; 5 Russisch; 4 Französisch; 4 Japanisch; 2 Italienisch; 2 Spanisch; 1 Chinesisch; 1 Kostenloser Zugang zu über das INTERNET 1996 fand sich medizinisches Wissen findet sich in ca. 200 Datenbanken: Vgl. dazu: König J., Dorda W., Erhart G., Erfolgreiche Suche in Medizinischen Datenbanken, Wien - New York 1996, SPRINGER-Verlag. Kostenloser Zugang zu über das INTERNET ist die bedeutendste dieser Literaturdatenbanken und seit 1997 kostenlos im Internet zugänglich. Sie wurde vom ehemaligen Vizepräsidenten Gore als Kulturerbe der Menschheit bezeichnet, er sagte, es wäre unethisch sie Teilen der Menschheit vorzuenthalten. Sie finden unter der Adresse: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi 3
Kostenloser Zugang zu mehr als 1100 Datenbanken: www.meddb.info Die Einträge in der Datenbank sind unabhängig von der Originalsprache der Artikel englisch Die Suchsprache ist Englisch umfaßte ursprünglich die Literatur ab 1965. Durch die Eingliederung alter Datenbestände, die bisher in OLD waren, reicht die Literatur mit vereinzelten Zitaten nun bis ins Mitte des 19. Jahrhunderts zurück. Ein Eintrag in einer Datenbank wird RECORD genannt; dieses besteht aus mehreren FELDERN. In Literaturdatenbanken findet man üblicherweise nicht den ganzen Artikel, sondern nur die bibliographischen Angaben sowie eine kurze englische Zusammenfassung, das Abstract. Derzeit wird von mehreren Seiten daran gearbeitet, eine direkte Verbindung von einem Literaturzitat zum Volltext herzustellen; in den meisten Fällen ist dieser Service dann kostenpflichtig. 4
Fehler beim Suchen 1. ZU VIELE TREFFER 50000 Treffer zu einem Stichwort sind keine Seltenheit, aber auch 500 Artikel sind bereits zu viel zum Lesen 2. KEINE TREFFER Keine Treffer zu finden kann bedeuten: 1) Man hat schlecht gesucht oder 2) Es gibt wirklich keine Fundstellen; auch dies ist häufig eine wichtige Antwort! 3. EINE LESBARE ANZAHL VON TREFFERN, ABER SCHLECHT GESUCHT Hierbei handelt es sich um den gefährlichsten Fehler, da er nicht bemerkt wird! Wie sucht man in einer Datenbank? 1. Schritt: Suche ALLER ARTIKEL zu einem Grundbegriff. 2. Schritt: Einschränkung auf eine LESBARE ANZAHL. Die Felder eines Records: [TI] [AU] [MESH] [MH] TITLE AUTHOR MEDICAL SUBJECT HEADINGS [LA] [DP] [PT] [PS] SUBJECT [TA] ABBREVIATION, ISSN [RN] LANGUAGE DATE OF PUBLICATION PUBLICATION TYPE PERSONAL NAME AS JOURNAL TITLE, CAS - REGISTRY NUMBER 5
SUCHMÖGLICHKEITEN IN (=PubMed) Freitextsuche: es wird in allen Feldern der Datenbank gesucht SUCHMÖGLICHKEITEN IN (=PubMed) Freitextsuche: es wird in allen Feldern der Datenbank gesucht Details zeigt eine größere Version des Eingabefensters an; so wird die Eingabe mehrzeiliger Suchstrategien ermöglicht. SUCHMÖGLICHKEITEN IN (=PubMed) Freitextsuche: es wird in allen Feldern der Datenbank gesucht 6
Verarbeitung der Suchergebnisse Send to... Text... reines Textformat File... speichert Ergebnisse ab Printer... druckerfreundliche Darstellung Clipboard... Zwischenspeicherung E-mail... sendet Ergebnisse per e-mail Order... Bestellung von Volltextartikel Verarbeitung der Suchergebnisse: Ausdruck Send to Printer ermöglicht eine druckerfreundliche Darstellung Verarbeitung der Suchergebnisse: Clipboard Send to Clipboard ermöglicht die Zwischenspeicherung von Artikeln Clip Remove entfernt markierte Artikel wieder. 7
SUCHMÖGLICHKEITEN IN (=PubMed): INDEX Verschiedene Indices stehen zur Auswahl: 6 7 1 2 5 3 4 THESAURUS: Suche nach MESH-Begriffen Thesaurus, griech.: wörtl.: Schatz; hier: Verzeichnis hierarchisch geordneter Suchbegriffen?????????????????????????????? THESAURUS: Suche nach MESH-Begriffen 8
THESAURUS: Suche nach MESH-Begriffen FREITEXT insult 14.221 * MESH + 415 % stroke 58.984 * * Stand: 04.09.2010 MESH DATABASE Die MEDICAL SUBJECT HEADINGS, MESH, sind von der NLM erstellte Begriffe, - unabhängig von der Terminologie des Autors. Der Begriff cardiac infarction ist kein MESH-Begriff. Es wird unter Suggestions der MESH-Begriff Myocardial infarction vorgeschlagen. MESH DATABASE Der MESH-Begriff wird erklärt: Gross necrosis of the myocardium Die Suche kann mit Subheadings eingeschränkt werden. 9
MESH DATABASE [Pharmacological Action] Die Suche nach einer bestimmten pharmakologischen Wirkung wird mit Hilfe der Einschränkung [PA] durchgeführt. Treffer * 13.894 + 1448 % 201.145 * Stand: 04.09.2010 MESH DATABASE [Pharmacological Action] In diesem Beispiel werden alle Substanzen mit bronchodilatierender Wirkung angeführt. MESH DATABASE [Pharmacological Action] 10
MESH DATABASE: Verlinkung mit PubChem MESH DATABASE: Verlinkung mit PubChem MESH DATABASE: Verlinkung mit PubChem Einschränkung auf ein Geschlecht: male [mh] 261.586 female [mh] 165.822 11
Suchstrategie als URL abspeichern URL Uniform Resource Locator besteht aus dem Zugriffsmechanismus und dem Ort der gesuchten Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=puresearch&db=pubmed&details_term=%22multiple%20myeloma%22%5bmesh%5 D%20AND%20%22bortezomib%22%5BSubstance%20Name%5D Suchstrategie als URL abspeichern Ein Klick auf den Button, der den URL enthält, führt zur abgespeicherten Suche BOOLE SCHE OPERATOREN: AND Kidney neoplasms AND IL-2 Der Boole sche Operator AND verknüpft zwei Mengen so, daß das Ergebnis die Durchschnittsmenge ist; sie enthält alle Elemente sowohl der ersten als auch der zweiten Teilmenge. 12
BOOLE SCHE OPERATOREN: OR Cats OR Dogs Der Boole sche Operator OR verknüpft zwei Mengen so, daß das Ergebnis die Vereinigungsmenge ist; sie enthält alle Elemente der ersten und der zweiten Teilmenge. BOOLE SCHE OPERATOREN: NOT Primary prevention AND breast neoplasms NOT Chemoprevention Der Boole sche Operator NOT verknüpft zwei Mengen so, daß nur jene Records gefunden werden, in denen die Begriffe der ersten Teilmenge, nicht jedoch der zweiten enthalten sind. EINSCHRÄNKUNGEN: Title - TI Die Einschränkung auf Begriffe, die im Titel stehen, führt zu einer weiteren Spezifizierung. 13
EINSCHRÄNKUNGEN: Author - AU PHRASE stem cell wird durch Eingabe in Anführungszeichen als Phrase gesucht TRUNKIEREN (truncus: Stamm, Wortstamm) sucht nur nach den Zeichen bis zum * Bsp.: staphyloco* Arbeiten eines bestimmten Autors findet man durch Einschränkungen im Autorenfeld. EINSCHRÄNKUNGEN: First Author - 1AU EINSCHRÄNKUNGEN: Last Author - LastAU 14
EINSCHRÄNKUNGEN: Author 1AU AND LastAU EINSCHRÄNKUNGEN: Adresse des Erstautors - AD institutional affiliation address e-mail address Suche nach Veröffentlichungen am DKFZ Krebsforschungszentrum [ad] OR German Cancer Research Center [ad] OR dkfz [ad] EINSCHRÄNKUNGEN: Language - LA Im Feld LA wird die Originalsprache angegeben, in der der Artikel erschienen ist, TT = Transliterated Title, TI = [immer in Englisch] 15
EINSCHRÄNKUNGEN: Transliterated Title - TT EINSCHRÄNKUNGEN: Date of Publication - DP Datumsangaben Mögliche Eingaben: 2009 [dp] 1999:2007 [dp] 1966/12 [dp] 1998/07:2004/12 [dp] Aktuelle Literatur kann durch Einschränkung auf einen bestimmten Publikationszeitraum gesucht werden. EINSCHRÄNKUNGEN: Subset - sb JOURNAL GROUPS Core clinical journals 1.763.007 Dental journals 473.616 Nursing Journals 551.455 TOPICS AIDS 342.020 Bioethics 238.957 Cancer 4.687.841 Complementary Medicine [cam] 619.020 History of Medicine [history] 321.272 Space Life Sciences [space] 321.255 Systematic Reviews [systematic] 124.099 Toxicology 2.256.540 MENSCH / TIER Animal 4.402.753 Humans 10.770.053 JOURNAL GROUPS Core clinical journals 1.763.007 Dental journals 473.616 Nursing Journals 551.455 SONSTIGE OLD 409.345 16
EINSCHRÄNKUNGEN: Subset - sb Beschränkung der Suche auf ein bestimmtes Subset Suche nach Tierversuchen: animal [sb] NOT humans [sb] Ausschluß von Tierversuchen: humans [sb] NOT animal [sb] Beispiel: defensin* AND (humans [sb] NOT animal [sb]) EINSCHRÄNKUNGEN: Publication Type - PT Clinical-trial Randomized- Review-of- Meta- Review-of-reported- Journal Article Review Multicenter-study Review-literature controlled-trial Monograph reported-cases Comment analysis Letter Meeting-report Historical-article cases EINSCHRÄNKUNGEN: Personal Name as Subject - PS Ist eine Person Thema eines Artikels, so läßt sich ein solcher mit dieser Einschränkung finden. 17
EINSCHRÄNKUNGEN: Publication Type - PT Der Typ einer Publikation ist sehr hilfreich! Auf diese Weise kann z.b. eine Einschränkung auf Übersichtsarbeiten erfolgen. EINSCHRÄNKUNGEN: Nur auf Artikel mit kostenlosem Volltext free full text [sb] Artikel mit kostenlosem Volltext EINSCHRÄNKUNGEN: Nur auf Artikel mit Abstract Der Ausdruck hasabstract beschränkt die Suche auf Artikel mit Abstract. Keine Feldbezeichnung nötig! 18
EINSCHRÄNKUNGEN: CAS No. - RN Wie findet man die folgende Substanz? [(Dimethoxyphosphinothioyl)thio]butanedioic acid diethyl ester Mit den CAS - Nummern des Chemical Abstract Service werden Chemikalien eindeutig bezeichnet. EINSCHRÄNKUNGEN: CAS No. - RN Wie findet man CAS-Nummern? z.b. von Malathion? Durch Suche in der Datenbank CHEMID EINSCHRÄNKUNGEN: CAS No. - RN Wie findet man CAS-Nummern? z.b. von Malathion? 19
EINSCHRÄNKUNGEN: CAS No. - RN Wie findet man CAS-Nummern? z.b. von Malathion? EINSCHRÄNKUNGEN: Artikel eines bestimmten Journals - TA Der Publication Type letter führt im NEJM direkt zum Volltext. EINSCHRÄNKUNGEN: Artikel eines bestimmten Journals - TA Journals Database 20
JOURNALS DATABASE Eingabe einiger Wörter aus dem Zeitschriftentitel 1 Anklicken von Links 2 Auswahl der DB PubMed 3 JOURNALS DATABASE 4 Es werden 44440 Artikel aus dem New England Journal of Medicine gefunden. SUCHMÖGLICHKEITEN IN PubMed: INDEX Auch im Journal Name Index kann nach der gewünschten Zeitschrift gesucht werden. Eingabe der Suchbegriffe Starten der Suche Auswahl des gewünschten Journals Übernahme in die Suche 21
EINSCHRÄNKUNGEN: auf bestimmte Artikel - PUBMED UNIQUE IDENTIFIER - PMID Bei der Eingabe mehrerer PMID-Nummern verknüpft automatisch mit OR Die Eingabe des UNIQUE IDENTIFIERS führt auf die schnellste Art zum gewünschten Artikel. SUCHMÖGLICHKEITEN in PubMed: HISTORY In der HISTORY werden automatisch alle bisher durchgeführten Suchen abgespeichert; diese können dann mit ihrer laufenden Nummer verknüpft werden, z.b.: #1 AND #2 (#1 OR #7) AND messner [au] #4 OR #7 #9 AND review [pt] #3 AND freud [ps] #1 AND 1999:2000 [dp] AND english [la] CLIPBOARD: Auswahl eines Display-Formates 1: Br J Hosp Med 1997 Mar 19-Apr 1;57(6):277-80 Interferon beta: the current position. Boothman BR Department of Neurology, Royal Preston Hospital. Treatments that reduce disease activity in multiple sclerosis are now available, but it is not known how these agents will modify the development of disability in the long term. Published trials of the use of interferon beta failed to detect any clinically relevant reduction in accumulation of disability during the study period. Should patients therefore be prescribed these compounds? Publication Types: Review Review literature PMID: 9196574, UI: 97340064 Aus mehreren Formaten kann z.b. ABSTRACT ausgewählt werden. als Format nimmt man, wenn die Suchergebnisse z.b. in den Reference Manager übernommen werden sollen. 22
URL: Speicherung von Suchstrategien Suchstrategien können als URL abgespeichert werden. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=puresearch&db=pubmed&details_term=%28%22bortezomib%22%5bsubstance%20 Name%5D%20OR%20bortezomib%5BText%20Word%5D%29%20AND%20%22multiple%20myeloma%22%5BMeSH%20Terms%5D MyNCBI: Speicherung von Suchstrategien ENTREZ Global Query Cross-Database Search System Unter der Adresse http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi Findet sich eine Suchmöglichkeit über zahlreiche Datenbanken hinweg. 23