Applikations-Software Handbuch für SC-Cluster. Josef Beiglböck

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1 Applikations-Software Handbuch für SC-Cluster Josef Beiglböck September 2004

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3 Inhaltsverzeichnis 1 Allgemeines ABAQUS Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support FIDAP Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support Fieldview Lizenz Getting Started Support EMAS Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs FLUENT Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support GAMBIT Lizenz getting started Support ANSYS Lizenz

4 1.7.2 Getting Started Aufruf Interaktiv Absetzen von Jobs Support CFX Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support CFX Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support CFX-TASCflow Lizenz Getting Started Support CFX-TurboGrid Lizenz Getting Started Support PowerFLOW PowerFLOW System Architektur Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support LMS Sysnoise Lizenz Getting Started Absetzen von Jobs Support

5 Kapitel 1 Allgemeines Diese Beschreibung soll die Verwendung der Anwendersoftware am SC- Cluster darlegen, sowie einige Informationen über den Support der Pakete durch unsere Vertragspartner. Bitte beachten Sie, dass die Pfadangaben in dieser Beschreibung immer für die aktuellste Softwareversion angegeben wird. Saemtliche installierten Versionen sind im Verzeichnis /etc/motd ersichtlich. Bei der Inanspruchnahme eines Supportdienstes bitte immer usere Vertragsnummer angeben. 1.1 ABAQUS ABAQUS homepage Lizenz Die Installation umfasst 60 Tokens für ABAQUS/ Standard u. ABAQUS/ Explicit 8 CAE/Viewer SEATS Getting Started Server Eintrag im.login 5

6 set path=(/appl/local/abaqus6/commands $path) Environment File /appl/local/abaqus6/6.2-7/site /appl/local/abaqus6/6.3-1/site /appl/local/abaqus6/6.4-1/site Im Environment File sind die Einträge fuer 1 CPU und 4 CPU Jobs enthalten Absetzen von Jobs Single CPU Job Parallel Jobs abq641 analysis job=myjob_id queue=scp1 input=myjob.inp & abaqus analysis job=myjob_id cpus=4 queue=scp1 input=myjob.inp & Client Bei ABAQUS Paralleljobs (shared memory) über 4 CPUs wird ein kompletter Knoten reserviert. (Siehe -c Parameter im abaqus v6.env) ABAQUS CAE muss lokal am Institut installiert werden. Die Verteilung der Software und Lizenz wird vom ZID uebernommen Support Um die Supportdienste in Anspruch zu nehmen melden Sie sich bitte unter mit der Site-ID 16UWIEN an. Sie erhalten einen persoenlichen Account unter dem Sie dann Ihre Supportanfragen abwickeln. 6

7 1.2 FIDAP FLUENT homepage Lizenz Die Installation umfasst 4 Proc. fisolv 4 Proc. fisolv-par 4 Proc. fidap 4 Proc. fidap-post Getting Started Eintrag im.login set path =(/appl/local/fidap8.7/fluent.inc/bin $path) Absetzen von Jobs Single CPU Job prun fidap -id myjobid -run presol -in myjob.fdread & Support Der Supportpartner ist Fluent Deutschland. Web : Tel: ++49/6151/ support@fluent.de 7

8 User Services Center: Bitte beachten Sie, dass sich pro Institut nur 1 Person anmelden kann. 1.3 Fieldview Fieldview homepage Lizenz Die Installation umfasst Lizenz fuer 1 Session Getting Started Eintrag im.login set path=(/appl/local/fieldview8.1f/fv/bin $path) Support Der Supportpartner ist Fluent Deutschland. Web : Tel: ++49/6151/ support@fluent.de User Services Center: Bitte beachten Sie, dass sich pro Institut nur 1 Person anmelden kann. 8

9 1.4 EMAS EMAS homepage Lizenz Die Installation umfasst EMAS V3 or V4 Full, Unlimited Grids Getting Started EMAS wird direkt über ein Script aufgerufen. Es sind sind keine besonderen Einträge notwendig Absetzen von Jobs Single CPU Job prun -B 4 emas4 jid=myjob.dat paramlist 1.5 FLUENT FLUENT homepage Lizenz Die Installation umfasst 20 Proc. fluent-base 8 Proc. fluent-par 8 Proc. fluent-nox 12 Proc. tgrid 9

10 1.5.2 Getting Started Eintrag im.login set path=(/appl/local/fluent6.1.22/fluent.inc/bin $path) Absetzen von Jobs Single CPU Job prun fluent 3ddp -g > "myjob.out" < "myjob.in" Parallel Jobs fluent version -tn -pcomm -t Anzahl der CPUs -p Communication Library tmpi angeben (In den Fluent Handbuechern nicht dokumentiert) Folgendes Beispiel zeigt einen Fluent Job parallelisiert ueber 8 CPUs. fluent 3ddp -t8 -ptmpi -g > "myjob.out" < "myjob.in" Wird der -g Parameter nicht angegeben, so wird Fluent interaktiv gestartet, der cortex Prozess lauft am lokalen Knoten. Hier ist zu beachten, dass die im -t Parameter angegebenen CPUs fuer diesen Job exclusiv reserviert sind. 10

11 1.5.4 Support Der Supportpartner ist Fluent Deutschland. Web : Tel: ++49/6151/ support@fluent.de User Services Center: Bitte beachten Sie, dass sich pro Institut nur 1 Person anmelden kann. 1.6 GAMBIT FLUENT homepage Lizenz Die Installation umfasst 12 Proc. gambit 2 Proc. gturbo getting started Eintrag im.login set path=(/appl/local/gambit2.1.12/fluent.inc/bin $path) 11

12 1.6.3 Support Der Supportpartner ist Fluent Deutschland. Web : Tel: ++49/6151/ support@fluent.de User Services Center: Bitte beachten Sie, dass sich pro Institut nur 1 Person anmelden kann. 1.7 ANSYS ANSYS homepage Lizenz Die Installation umfasst 8 Prozesse ANSYS-RF Folgende Limits sind gültig Anzahl der Knoten: Anzahl der Elemente: Getting Started Eintrag im.login set path=(/appl/local/ansys_inc/v81/ansys/bin \ /appl/local/ansys_inc/shared_files/licensing/lic_admin $path) 12

13 1.7.3 Aufruf Interaktiv launcher Absetzen von Jobs Single CPU Job prun ansys81 -p ansysrf -j jobname -i myjob.dat -o jobname.out& Support Supportdienste koennen Sie bei CADFEM München per mail, oder Telefon in Anspruch zu nehmen. Vertragsnummer: 9232 Telefon: CFX-5 CFX-5 homepage Lizenz Die Installation umfasst jeweils 12 Prozesse CFX-5-MFR CFX-5-SOLVER CFX-POST CFX-5-MULTIFLUID 13

14 1.8.2 Getting Started Eintrag im.login Durch Aufruf des Scripts /appl/local/cfx5.7/cfx-5.7/bin/cfx5setupuser werden die entsprechenden Pfade in Ihrem.login eingetragen Absetzen von Jobs Single CPU Job prun cfx5solve -def myjob.def & paralleljob 4 CPUs prun -c 4 -N 1 cfx5solve -def myjob.def -par-local -partition 4 & Support Der Supportpartner ist ANSYS Germany. Web : Tel: ++49/ cfx-info-germany@ansys.com 14

15 1.9 CFX-4 CFX-4 homepage Lizenz Die Installation umfasst jeweils 10 Prozesse CFX-MESHBUILD CFX-MESHIMPORT CFX-4-SOLVER CFX-RADIATION CFX-VIEW Getting Started Eintrag im.login Aufruf von /appl/local/cfx4.4/install/list Die entsprechenden Pfade werden in Ihrem.login gesetzt Absetzen von Jobs Single CPU Job prun runsolve4 -c myjob.fc -f myjob.f -geo myjob.geo & 15

16 Client Durch die Uebernahme der CFX Produkte durch ANSYS ergibt sich eine Aenderung im Bereich CFX-Build. CFX-Build wird nicht mehr weiterentwickelt und ab 2004 nicht mehr unterstuetzt. Als Ersatz wird neues Programm mit dem namen CFX-CAD2Mesh angeboten. Die Geometriegenerierung in CFX-CAD2Mesh baut auf dem ANSYS DesignModeler auf und bietet wesentliche Vorteile in Bezug auf die CAD-Schnittstellen. Es koennen folgende Geometrieformate importiert werden: ACIS, CATIA, DWG, GEMS, IGES, Parasolid, ProE, STL und Mesh Daten aus Nastran und Patran. und Mesh Daten aus Nastran und Patran. Verfuegbare Plattformen: Windows XP/NT/2000 Linux Redhat 7.1 Die Software und Doku steht im Download Bereich des SC-Clusters unter zur Verfuegung. Bezegl. der Installation setzen Sie sich bitte mit Dietmar Sonnleitner Josef Beiglboeck in Verbindung Support Der Supportpartner ist ANSYS Germany. Web : Tel: ++49/ cfx-info-germany@ansys.com 16

17 1.10 CFX-TASCflow CFX-TASCflow homepage Lizenz Die Installation umfasst CFX-TASCFLOW-AGC CFX-TASCFLOW-NES CFX-TASCFLOW-RFG CFX-TASCFLOW-BOB CFX-TASCFLOW-CHT CFX-TASCFLOW-FLO CFX-TASCFLOW-MFR CFX-TASCFLOW-RFR CFX-TASCFLOW-STS CFX-TASCFLOW-TFG CFX-TASCFLOW-TOL CFX-TASCFLOW-TRS Getting Started Eintrag im.cshrc source /appl/local/tascflow2.12.1/tascflow/utility/csetup 17

18 Support Der Supportpartner ist ANSYS Germany. Web : Tel: ++49/ cfx-info-germany@ansys.com 1.11 CFX-TurboGrid CFX-TurboGrid homepage Lizenz Die Installation umfasst CFX-TURBOGRID-TGG CFX-TURBOGRID-TOL CFX-TURBOGRID-BOB CFX-TURBOGRID-TBG Getting Started Eintrag im.cshrc source /appl/local/turbogrid1.6a/utility/csetup Support Der Supportpartner ist ANSYS Germany. Web : Tel: ++49/ cfx-info-germany@ansys.com 18

19 1.12 PowerFLOW PowerFLOW homepage PowerFLOW basiert auf einem Lattice-Boltzmann Verfahren. Dabei werden Strömungsvorgänge durch die Bewegung idealisierter Partikel modelliert, die sich auf einem gleichmässigen Gitter in diskreten Richtungen und mit diskreten Geschwindigkeiten bewegen koennen. Dabei kommt es zu Kollisionen der Partikel, die nach festgelegten Regeln aufgelöst werden und zu Zustandsveränderungen der Partikel führen. Die Anwendung von diskreter kinetischer Theorie auf die Partikel- Dynamik garantiert die vollständige Einhaltung der Gleichungen eines fluiden Kontinuums hinsichtlich der makroskopischen Strömungseigenschaften. Die Strömungsinformationen werden ohne Lösung nichtlinearer partieller Differentialgleichungen ermittelt, das Verfahren ist vollständig explizit und gibt instationäre Vergänge zeitgenau wieder. Turbulente Grenzschichtsimulation fuer Strömungen mit hoher Reynoldszahl Laminare (direkte) Simulation fuer Strömungen mit niedriger Reynoldszahl Aussenaerodynamik (Digitaler Windkanal) Aeroakustik fuer externe Strömungen Innenströmungen 2D und 3D Simulationen PowerFLOW System Architektur Interaktive Client Software Beinhaltet Tools fuer Pre,- und Postprocessing, und umfasst die Module ExaCASE und PowerVIZ. Diese werden auf Inst. Ebene installiert und stehen für folgende Systeme zur Verfügung: Solaris IRIX AIX LINUX 19

20 HP-UX Win.XP Die Clientsoftware kann am ZID bezogen werdeb. Server Software Am SC-Cluster installiert, beinhalted die Tools ExaDISC Discretizer zum generieren des Simulationsgitters, konvertiert das Problem in voxels (Volums Elemente) und surfels (Oberflaechen Elemente). ExaDECOMP Decomposer zur Zerteilung des Problems fuer Parallelisierung. ExaSIM Simulator zur Lösung des Problems und Generierung der Ergebnisfiles Lizenz Fuer Pre,- Postprocessing stehen jeweils 2, fuer die Server Software wurden 16 Lizenzen angeschafft Getting Started Eintrag im.login set path=(/appl/local/powerflow/3.4p4/bin $path) Setzen des Environments setenv LM_LICENSE_FILE /usr/local/flexlm/licenses/license.dat setenv EXA_LSF_BINDIR /usr/share/lsf/4.2/alpha5-rms/bin \item{"uberlr"ufen vorhandener Lizenzen} 20

21 \begin{verbatim} exalmtest -verbose grep ExaSIM Absetzen von Jobs exaqsub -qsw -nprocs xx jobname rms -nprocs Angabe der gewünschten Prozessorzahl jobname Name des CASE files rms LSF Queue Name Support Der Supportpartner ist EXA Deutschland. Tel: ++49/ EXA User Center: LMS Sysnoise SYSNOISE ist ein Programm zur numerischen Loesung akustischer und elasto- akustischer Probleme. Es arbeitet auf Basis der Boundary Element Method (BEM) oder alternativ mit der Finite Element Method (FEM). SYSNOISE homepage 21

22 Lizenz Die Installation umfasst die Module Kernel Harmonic Acoustic BEM BEM Rayleigh Harmonic Getting Started Eintrag im.login set path=(/appl/local/sysnoise/5.5/bin $path) Absetzen von Jobs bsub -q sn sysnoise -nogui -if inputfile -of outputfile & bsub Command zum Absetzen von LSF Jobs sn LSF single queue fuer SYSNOISE Jobs nogui ohne Graphical User Interface inputfile SYSNOISE command file outputfile SYSNOISE output file Support Supportdienste koennen Sie bei CADFEM Schweiz per mail, oder Telefon in Anspruch zu nehmen. 22

23 Vertragsnummer: 9232 Telefon: