Hauptbibliothek. PubMed

Transkript

1 PubMed

2 Kursablauf 1. Allgemeines zu PubMed 2. Allgemeines zur Recherche PubMed effizient und effektiv nutzen 3. Suchfunktionen 4. Resultate eingrenzen 5. Suche mit MeSH Terms 6. Persönliches Profil anlegen (My NCBI) Seite 2

3 Allgemeines zu PubMed PubMed public access to MEDLINE database produziert von der US National Library of Medicine (NLM) programmiert von der NLM-Abteilung NCBI (National Center for Biotechnology Information) frei zugängliche bibliographische Datenbank ca biomedizinische Zeitschriften ab 1947 (OLDMEDLINE Data ) Seite 3

4 Allgemeines zu PubMed Fortsetzung Referenzen total: über 24 Mio Zuwachs pro Jahr: > 0,5 Mio Aktualisierung täglich (2 000 bis 4 000) direkt durch Verlage und NLM beschlagwortet mit MeSH* PubMed - as supplied by publisher Refs ( ) PubMed - in process Refs ( ) PubMed - indexed for MEDLINE* Refs ( ) PubMed OLDMEDLINE Refs ( ) Seite 4

5 Kennzeichnung der Treffer ohne MeSH Seite 5

6 NZZ online Hauptbibliothek Suchen Sie den erwähnten Artikel in PubMed Ob Paracetamol für das ungeborene Kind jedoch tatsächlich so harmlos ist, darüber wird seit einigen Jahren gestritten. Nun wird auch in der Schweiz eine Verschärfung der Warnhinweise in der Packungsbeilage gefordert.. Die Bedenken gegenüber Paracetamol basieren auf neueren Untersuchungen, welche die Wirksubstanz mit dem Auftreten von Störungen wie dem «Zappelphilipp»-Syndrom (ADHS) in Zusammenhang bringen. So hat eine im April veröffentlichte Studie mit über dänischen Müttern und ihren Kindern ergeben, dass sich bei Kindern, die im Mutterleib Paracetamol ausgesetzt waren, das ADHS- Risiko um 37 Prozent erhöhte. Ein Jahr zuvor war eine Studie in Norwegen mit über Kindern zu ähnlichen Ergebnissen gelangt Seite 6

7 Allgemeines zur Recherche Allgemeines Vorgehen bei thematischen Suchen: Für die Fragestellung essentielle Themenbereiche identifizieren Relevante Suchbegriffe für diese Themenbereiche festlegen (MeSH- Term, Synonyme, evtl. Wortstamm) Suche durchführen und Teilergebnisse verknüpfen Suchstrategie überprüfen und allenfalls anpassen Eingrenzen mit Filter Seite 7

8 Themenbereiche identifizieren Hilfsmittel: PICO Problem / Patient / Population Typ 1 Diabetiker Intervention / Drug Behandlung mit Insulinanaloga Comparison (if any) Behandlung mit Humaninsulin Outcome (if any) Nutzen (Morbidität, Mortalität, Lebensqualität, Komplikationen) Seite 8

9 Recherchetechniken: Boolesche Operatoren Verknüpfung der Suchbegriffe mit den Boolesche Operatoren gross schreiben: AND, OR und NOT cancer AND brain cancer OR tumor cancer brain cancer tumor diabetes type 2 NOT type 1 type 2 diabetes type 1 diabetes Seite 9

10 Der Boolesche Operator AND ist stärker als der Boolesche Operator OR! Damit die Suchmaschine das macht was Sie wollen, ist es manchmal notwendig Klammern zu setzten, z.b. wie in diesem Fall: (relatives OR father OR mother OR son) AND dementia Seite 10

11 Trunkierung * Suchbegriffe können mit Trunkierungszeichen erweitert werden z.b. verschiedene Wortvarianten oder verschiedene grammatikalische Schreibweisen, Eingabe von child* findet child, children, childhood etc. Seite 11

12 Phrasensuche Setzt man Suchbegriffe unter Anführungszeichen, so werden diese genau in der vorgegebenen Reihenfolge gesucht. Die Phrasensuche ist sehr einschränkend, kann aber manchmal Sinn machen, z.b. bei der Suche in Google Scholar. z.b. myocardial infarction Seite 12

13 Aufbau einer Datenbank Datensatz Ahlbom A, Feychting M. Mobile telephones and brain tumours. Datenfelder British Medical Journal Seite 13

14 Feldbezeichnungen Die wichtigsten Felder in PubMed: [AU] Author(s): Nachname und Initialen [TI] Title: Titel des Artikels [TT] Transliterated Title: Originaltitel [TIAB] Abstract: Titel und Zusammenfassung [TA] Journal: Zeitschriftentitel oder ISSN [MH] MeSH Terms: Medical Subject Headings [PT] Publication Type: Review, RCT etc. [NM] Substances: generischer Substanzname Die Felder können für eine gezielte Recherche verwenden werden Seite 14

15 Advanced search: Felder und Index Feldauswahl für Suche in einem bestimmten Feld Seite 15

16 Seite 16

17 Zugriff über Seite 17

18 Seite 18

19 Teilergebnisse verknüpfen Suchanfragen in kleine Schritte aufteilen, damit Sie Ihre Suche besser nachvollziehen und steuern können Einzelne Suchschritte können im Nachhinein im Suchverlauf (Search History) bearbeitet werden: verknüpfen, löschen etc. Seite 19

20 PubMed: Automatic Term Mapping (ATM) Wenn Sie einen Suchbegriff in den Suchschlitz von Pubmed eingeben wird die intelligente Suchtechnologie (Automatic Term Mapping) aktiviert Seite 20

21 PubMed: Automatic Term Mapping (ATM) Die Suchbegriffe werden einzeln oder falls als sinnvoll erachtet auch als Phrase gesucht, Pubmed überprüft ob es eine passendes Schlagwort (MeSH term) zu den eingegebenen Suchbegriffen gibt, falls ja werden die Schlagworte in die Suche einbezogen, Es wird überprüft ob der Suchbegriff einer Substanz oder einer Abkürzung entspricht, falls ja, werden diese in die Suche miteinbezogen Seite 21

22 Automatic Term Mapping Search term [Details] MeSH translation Table MeSH Term OR search term[text word] OR search [text word] OR term [text word] Journals translation Table search term[journal] Full Author translation table and Author Index search term[author] search AND term Seite 22

23 PubMed: Automatic Term Mapping (ATM) Das Automatic Term Mapping wird durch folgende Aktionen unterdrückt: Feldsuche (z.b. otitis media [tiab]) Phrasensuche Trunkierung von Suchbegriffen Natürlichsprachliche Suchbegriffe werden von ATM nicht berücksichtigt. Beispiel: die Eingabe von Inflammation of the middle ear berücksichtigt nicht den MeSH term OTITIS MEDIA. Seite 23

24 Automatic Term Mapping in Search Details. Es ist wichtig, dass Sie immer einen Kontrollblick auf die Search Details werfen und überprüfen, wie Pubmed Ihre Suche umsetzt. Platzhalter und Phrasensuche inaktivieren in PubMed das Automatic Term Mapping! Seite 24

25 Neu: Sortierung nach Relevanz Weitere Anzeigemöglichkeiten (Display Settings) Format (Summary, Abstract, PMID-List etc.) Anzahl Referenzen pro Seite Sortierkriterien (by recently added, relevance, title, journal, author) Displaysettings können im persönlichen NCBI-Konto individuell ausgewählt werden The relevance sort order for search results is based on an algorithm that analyzes each PubMed citation that includes the search terms. For each search query, "weight" is calculated for citations depending on how many search terms are found and in which fields they are found. In addition, recently-published articles are given a somewhat higher weight for sorting. Seite 25

26 Automatic Term Mapping am Beispiel «middle ear inflammation» Translated to: Refs Datenpaket "otitis media"[mesh Terms] OR Medline only! "otitis media"[all Fields] OR Pre/Med/OM* ("otitis "[All Fields] AND "media "[All Fields]) OR Pre/Med/OM* ("middle"[all Fields] AND "ear"[all Fields] AND "inflammation"[all Fields]) OR 1467 Pre/Med/OM* "middle ear inflammation"[all Fields] 176 Pre/Med/OM* * Premedline/Medline/OldMedline Seite 26

27 ("middle"[all Fields] AND "ear"[all Fields] AND "inflammation"[all Fields]) > Achtung, z.t. sehr unspezifische Treffer! Seite 27

28 "otitis media"[mesh Terms] > hochspezifisch! Seite 28

29 PubMed: Filter Sprache (z.b. English, German) Publikationstyp (z.b. letter, meta-analysis) Altersgruppen Tier / Mensch Geschlecht diverse Subsets Achtung: einzelne Filter (z.b. für Altersgruppen) funktionieren über MeSH-Suchen, deshalb gehen so aktuelle Treffer verloren! Achtung: Die Filter bleiben gesetzt bis sie wieder aktiv wieder entfernt werden Seite 29

30 Pubmed: Autorensuche Familienname und Initialen der Vornamen z.b. Rolf Zinkernagel zinkernagel r (findet auch alle Arbeiten von Zinkernagel RM) Feldbeschränkung gene [au] bei Umlauten Pünktchen weglassen (manchmal auch auflösen: ä ae) Vornamen auch ausgeschrieben ab 2002 Seite 30

31 Aufgabe 2 Seite 31

32 Aufgabe 3 Seite 32

33 Medizinischer Thesaurus: MeSH Der MeSH-Thesaurus wird von der Medical Subject Headings Section der National Library of Medicine aufgebaut, kontinuierlich ergänzt und aktualisiert. Der MeSH-Thesaurus reduziert das umfangreiche medizinische Vokabular auf normierte Begriffe (MeSH-Terms) Der MeSH-Thesaurus ist als eigene Datenbank integriert (MeSH-Database). Die MeSH Database besteht derzeit aus 27,149 Schlagwörtern. Sie enthält: die Medical Subject Headings (Schlagwörter) die Subheadings (Unterschlagwörter) Substance Names Seite 33

34 Medical Subject Heading MeSH /epidemiology = Subheading Adult = «normal» MeSH Cellular Phone* = MeSH Major Heading Seite 34

35 MeSH Seite 35

36 Thesaurus- / MeSH-Suche Vorteile: Relevanz keine aufwändige Suche mit Synonymen Bsp: Cystic Fibrosis findet auch Mucoviscidosis Nachteile: Aktuellste Literatur wird nicht gefunden, da noch nicht indexiert PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process MeSH-Suche mit Freitextsuche (limitiert auf Custom Filter in Process) kombinieren oder eine -Benachrichtig über die neuesten relevanten Ergebnisse einer MeSH-Suche einrichten (Alert). Seite 36

37 Aufgabe 4 Seite 37

38 Personalisiertes PubMed: My NCBI gruppieren der Suchergebnisse in Untergruppen gemäss vorgegebener oder massgeschneiderten Filter (max. 15) Suchstrategie speichern (saved searches): Wiederholung bei Bedarf Regelmässige Benachrichtigung per (Alerts) über neue Artikel mit oder ohne applizierten Filtern Referenzen sammeln und teilen (Collections) Dokumente bestellen über LoansomeDoc Seite 38

39 MyNCBI: Filters Clinical Queries Filter für klinisch Tätige (Therapie, Diagnostik, Ätiologie, Prognose) Age Groups Adolescent, Child, Aged, Adult, etc. Publication Types Clinical Trial, Meta-Analysis, Review, etc. Subsets Themenbereiche, z.b. Systematic Reviews und weitere Seite 39

40 Aufgabe 5 und Zusatzaufgabe Seite 40

41 Herzlichen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Seite 41