Leitlinie für das Verfassen einer wissenschaftlichen Arbeit am ifmb 1

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1 Leitlinie für das Verfassen einer wissenschaftlichen Arbeit am ifmb 1 Es sei an dieser Stelle erwähnt, dass dieser Leitfaden nicht mehr und nicht weniger als eben jenes sein soll. Es werden einige Grundlagen skizziert und Probleme umrissen, die im Laufe des Schreibensprozesses auftreten können. Hierbei erhebt dieser Leitfaden weder den Anspruch auf Vollkommenheit noch auf Allgemeingültigkeit, er ist eher ein work in progress. Sollte von einzelnen Betreuern ein bestimmtes Format oder eine bestimmte Schreibweise bzw. ein bestimmter Stil gefordert sein, ist dem natürlich zu entsprechen. Es wurde versucht, persönliche Preferenzen weitesgehend auszuklammern und immer auch Begründungen für einzelne Punkte zu liefern. Über Feedback, Kritik, Änderungsvorschläge etc. ist der Autor jederzeit dankbar. 1 Aufbau der Arbeit Wissenschaftliche Arbeiten sind in Abschnitte eingeteilt, die jeweils einem klar umgrenzten Zweck dienen. Die Abschnitte sind: die Einleitung, Materialien und Methoden, Ergebnisse, Diskussion. Hierbei muss unabhängig von der Zahl der geschriebenen Seiten die Gewichtung zwischen den Abschnitten stimmen. Die Länge der Teile Materialien und Methoden und Ergebnisse ergeben sich prinzipiell aus dem methodischen Umfang der Arbeit und der Menge der erhaltenen Ergebnisse. Im Gegensatz dazu schwankt das Verhältnis zwischen Einleitung und Diskussion meist stärker. Hier gilt, dass das Hauptaugenmerk auf der Diskussion liegt, da in diesem Teil die eigentliche wissenschaftliche Leistung zu Papier gebracht wird, nämlich Wissen geschaffen wird. 1.1 Einleitung Die Einleitung dient dazu, den Leser mit der bearbeiteten Fragestellung vertraut zu machen, sodass er der sich später anschließenden Diskussion folgen kann. Hierbei ist entscheidend, dass die Einleitung nicht mit Informationen überfrachtet wird. Vielmehr sollte man sich im Vorfeld überlegen, welche Aspekte des behandelten Forschungsberei- 1 H. Osadnik, Institut für Mikrobiologie (ifmb) der Leibniz Universität Hannover, Version vom

2 ches für das Verständnis der Arbeit notwendig sind, und welche nicht. Zu viele unnötige Details lenken leicht vom eigentlichen Grundgedanken der Arbeit ab. Ebenso ist es durchaus wichtig, den Bezug zum Großen Ganzen herzustellen, also z.b. die einfach Frage zu stellen: Warum hat mein Forschungsobjekt das, was ich untersuche? Eine Möglichkeit (von vielen!), eine strukturierte Einleitung zu verfassen, ergibt sich, wenn man einen Weg vom Allgemeinen zum Speziellen nachverfolgt, d.h. mit dem Großen Ganzen beginnend über den Organismus hin zum Forschungsobjekt zu gelangen, um dann die o.g. Details zu erläutern. Wenn man z.b. an einem Protein X des Flagellums im Bakterium Q arbeitet, könnte man dies so skizzieren: Bewegung ist essentieller Teil der Lebensprozesse, Lebewesen müssen sich bewegen, um... - "Das... Bakterium Q besitzt aus diesem Grund Flagellen - Integraler Bestandteil von Flagellen ist Protein X. - Von Protein X wird angenommen, dass es für Y verantwortlich ist. Ying und Yang (2009) konnten dabei zeigen, dass.... Dann folgt noch ein kurzer Abschnitt zur Zielstellung der Arbeit. Ziel der Bachelorarbeit war es, Punkt Z zu klären. 1.2 Materialien und Methoden Dieser Teil dient dazu, alle verwendeten Materialien aufzulisten und die (Durchführung der) verwendeten Methoden aufzuführen, sodass ein anderer Wissenschaftler des Fachgebietes prinzipiell in der Lage sein sollte, die durchgeführten Versuche allein aus den hier gegebenen Angaben zu reproduzieren. Es soll dabei kein 1:1 Ablaufprotokoll aufgenommen werden. Vielmehr sollte man sich als Ziel setzten, wiederkehrende Abläufe/Vorgaben zusammenzufassen. Beispielsweise ist nicht notwendig, immer wieder auf die Zugabe von Antibiotika hinzuweisen, sondern vielmehr sinnvoll, einen Satz wie Den Medien wurde zur Selektion den Resistenzen der Stämme entsprechende Antibiotika zugegeben. Die Endkonzentration betrug dabei für Ampicillin 100 µg/ml, für.... Ebenso sinnvoll ist z.b. ein Satz wie Alle Medien und Pipettenspitzen wurden bei X C und... autoklaviert. Die Grundprinzipien der verwendeten Methoden sollten kurz erläutert werden. Weiterhin sind alle verwendeten Stämme, Plasmide, Antikörper etc. tabellarisch aufzulisten (außer die verwendete Anzahl war sehr gering, dann reicht die Beschreibung im Text), um dem Leser einen schnellen Überblick zu erlauben.

3 1.3 Ergebnisse Der Ergebnisteil dient dazu, alle erhaltenen Ergebnisse aufzuführen 2. Die Ergebnisse sind hierbei sinnvoll zusammenzufassen. Man sollte sich z.b. zu diesem Zeitpunkt schon im Klaren sein, was im Verlauf in welcher Form diskutiert werden wird, oder welche Ergebnisse gegenübergestellt werden sollen. Dementsprechend kann man schon den Ergebnisteil gestalten. Ausufernde Rodaten können in einem separaten Anhang wiedergegeben werden. Zur Art und Weise, wie Ergebnisse präsentiert werden sollten, siehe weiter unten ( Abbildungen, und: Präsens oder Perfekt? ). 1.4 Diskussion Für die ansonsten sehr variabel ausfallende Diskussion gelten einige feste Grundregeln. Erstens werden in diesem Teil keine neuen Rohdaten gezeigt. Alle Daten (SDS PAGE Gele, Messdaten, In silico Daten), die diskutiert werden, müssen im Ergebnisteil stehen. Der Diskussionsteil dient nicht zur Nacherzählung des Ergebnisteils 3. Was heißt aber nun diskutieren der Ergebnisse? Diskussion von Ergebnissen heißt zuerst einmal, eine theoretische Grundlage im Kopf zu haben. Man vergleicht dann die erhaltenen Ergebnisse mit diesem aktuellen theoretischen Stand. Fragen können hier zum Beispiel sein: Wie fügen sich meine Ergebnisse in die bisher bekannten Ergebnisse anderer Arbeiten ein? Sind meine Ergebnisse in Übereinstimmung mit den gängigen Theorien? Wenn es Unterschiede gibt, wie lassen sie sich erklären?. Je nach Stand der Forschung auf einem Gebiet kann die Frage aber auch ganz einfach sein: Hat das geklappt was ich mir überlegt habe? 2 Auch wenn die Abtrennung zur nachfolgenden Diskussion in der Theorie häufig als scharf dargestellt wird, gelingt diese in der Praxis nicht immer (und ist auch nicht immer wünschenswert!). Je nach Umfang und Ziel einer wissenschaftlichen Arbeit verschiebt sich außerdem die Grenze zwischen Ergebnis und Diskussion. Ein einfaches Beispiel hierfür ist die Reinigung eines Proteins. Wenn die Fragestellung einer Bachelorarbeit war, ob ein Protein zu reinigen ist, kann als Ergebnis ein Gel einer Reinigung abgebildet und beschrieben werden, und in der folgenden Diskussion dann eine Verknüpfung mit anderen Daten stattfinden, die alle zusammengenommen ergeben, dass die Reinigung erfolgreich war. Wenn die Fragestellung einer Masterarbeit war, ein bereits vielfach gereinigtes Protein näher zu charakterisieren, wird die Reinigung per se nicht mehr diskutiert werden, sondern mit einem kurzen Satz im Ergebnisteil auf die erfolgreiche Reinigung hingewiesen werden. 3 Man kann jedoch zur Einleitung eines Diskussionspunktes dem Leser noch einmal kurz die nun diskutierten Ergebnisse ins Gedächtnis rufen. Hierbei ist auch der Umfang der Arbeit von Bedeutung. In einer Bachelorarbeit werden nicht so viele Ergebnisse erhalten, dass der Leser zwischendurch den Überblick verlieren könnte.

4 1.5 Literaturverzeichnis Alle verwendeten Literaturstellen und Veröffentlichungen sind hier anzugeben (zu Form und Inhalt siehe weiter unten). 1.6 Anhang Wir notwendig, sobald man der Meinung ist, dass die Menge an z.b. Rohdaten so groß ist, dass nur ihr zusammengefasstes Ergebnis im Ergebnisteil dargestellt wird, und der Rest im Anhang. 1.7 Am Anfang war die Gliederung Bevor man die ersten Zeilen der Arbeit schreibt, sollte man sich bereits grundlegend über den Inhalt und den roten Faden im Klaren sein. Umso klarer und präziser im Vorhinein die Gliederung vorhanden ist, desto schneller und einfacher wird im Nachhinein das Niederschreiben der Arbeit. Das heißt, dass man seine komplette Arbeit auf maximal einem Blatt Papier skizzieren können und dies auch tun! sollte, bevor man anfängt zu schreiben. Die Frage, an der sich der Rest des Enwurfes orientiert, ist hierbei die der Zielstellung der eingenen Arbeit. Was war das Ziel meiner Arbeit? Was wollte ich herausfinden/zeigen? Daraus folgt unmittelbar: Welche Versuche habe ich zur Klärung durchgeführt? Welche Ergebnisse habe ich dabei erhalten? Womit man bereits beim Entwurf des Ergebnisteils angelangt wäre. Wenn man sich dann noch fragt, was sich nun durch die Ergebnisse als Antwort auf die Zielstellung ergibt (und warum!), hat man bereits die Diskussion entworfen. Jetzt fehlt nur noch die Einleitung, die zur Erläuterung der Zielstellung hinführen soll (ein möglicher Entwurf wird in diesem Leitfaden beschrieben). In dieser Gliederung ist der Materialien Teil bewusst ausgespart. Dieser Teil sollte in der Dringlichkeitsliste an letzter Stelle stehen. Wenn die Zeit limitierend wird, kann hier auf bereits vorhandene Arbeiten zurückgegriffen werden. Enweder man schreibt diesen Teil bereits während der Laborarbeit, oder erst ganz zum Schluss.

5 2 Generelles 2.1 Format Grundsätzlich gilt wie bei allen anderen wissenschaftlichen Arbeiten: Schrift mit Serifen (also Times, Garamond usw. aber nicht Arial, Calibri usw.), Schriftgröße 12, 1,5 facher Zeilenabstand, Blocksatz, einseitiger Druck, Seitennummerierung (bis auf Deckblatt). Variabler sind meist Angaben zu Seitenrändern, hier bitte: links 4 cm, rechts 1,5 cm, oben 2,5 cm, unten 2,0 cm. 2.2 Einheiten Auch hier gilt analog zu anderen wissenschaftlichen Arbeiten: Zwischen Zahl und Einheit wird ein geschütztes Leerzeichen gesetzt (unter Word: Strg+ Umschalt+ Leertaste) um Zeilenumbrüche und Vergrößerung des Zwischenraumes im Blocksatz zu verhindern. Das Prozentzeichen wird ebenso behandelt (also: 5 % SDS). Bei Angaben in Grad Celsius wird zwischen Zahl und C ein geschütztes Leerzeichen gesetzt (also: 5 C). Als Einheitenzeichen für Liter sollte das kleine l verwendet werden (also auch ml und nicht ml). Damit wird der älteren Definition des Einheitenzeichens der Vorzug vor dem alternativen Zeichen L gegeben, und damit dem weit überwiegenden Teil der internationalen Fachpresse (u.a. Science und Nature) gefolgt, jedoch wird auch die (einheitliche!) Verwendung von L toleriert. 2.3 Gene und Proteine In der Bakteriologie werden Proteinnamen generell groß geschrieben (TorA), die entsprechenden Gennamen klein und kursiv (tora). Für nicht aus Bakterien stammende Proteine/Gene weicht die Benennung oft ab, z.b. bei GFP (Protein komplett groß geschrieben) und gfp für das Gen. Da die Schreibweise den Bezug zum Protein oder Gen eindeutig determiniert, kann auf redundante Begriffe wie das TorA-Protein oder das tora-gen verzichtet werden. Die Protein-/Genbezeichnungen werden zu Eigennamen, d.h. man sagt und schreibt MscL (mechanosensitive channel of large conductance) ist ein interessantes Protein und nicht Der MscL ist ein interessantes Protein, ebenso wie BMW (Bayerische Motoren Werke) baut schnelle Autos statt Die BMW bauen

6 schnelle Autos. Ein wichtiger Punkt ist die exakte Trennung der logischen Bereiche Gen und Protein. Die Trennung verschwindet im Alltagssprachgebrauch zwar häufig, ist aber mehr als nur störende Konvention. Im Klartext heißt das 1. dass Proteine nicht auf der DNA (z.b. auf Plasmiden) liegen, sondern nur die für sie kodierenden Gene (Schreibweise beachten!, ebenso besitzen nur Proteine N- und C-Termini, Basensequenzen hingegen 5 - und 3 -Enden) und 2. dass nur Gene exprimiert werden können (die Genexpression umfasst Transkription und Translation) und nicht Proteine, d.h. das Wort Proteinexpression ist schlicht und einfach falsch und gewinnt nicht dadurch an Legitimität, dass es viel zu häufig (insbesondere in biotechnologischen Bereichen) gebraucht wird. Hier kann man einfach von Proteinbiosynthese, Proteinproduktion oder Bildung von Proteinen sprechen. 2.4 Rechtschreibung Da es sich um einen sehr häufig auftretenden Fehler handelt: Die deutsche Sprache kennt sog. Nominalkomposita (zusammengesetzte Substantive). Unzulässig ist daher generell das einfache Aneinanderreihen von Substantiven, z.b. Tryptophan Fluoreszenz Spektroskopie, auch wenn dies im Englischen ( tryptophane fluorescence spectroscopy ) der Norm entspricht. Es heißt also in diesem Fall korrekt Tryptophanfluoreszenzspektroskopie. Um die Lesbarkeit zu erhöhen, kann ein Bindestrich zur Gliederung verwendet werden, also: Tryptophan-Fluoreszenzspektroskopie. Auch Zusammensetzungen, die Abkürzungen/Zahlen enthalten, sind von dieser Regel nicht ausgeschlossen: TorA-Enzym statt TorA Enzym, 6-fach statt 6 fach. Englische Fachbegriffe, die (noch) nicht eingedeutscht wurden, sollten im Text klein geschrieben und durch Kursivsetzung hervorgehoben werden, also z.b. coiled coil. Kursivsetzung gilt ebenfalls für alle Artennamen, bei denen zusätzlich auch ein Leerzeichen (geschützt) zwischen Gattungs- und Artbezeichnung zu setzen ist (E. coli). Der Gattungsname wird groß, der Artenbezeichnung klein geschrieben! Wird ein nichtdeutscher Fachbegriff bzw. Artname in einem zusammengesetzten Substantiv verwendet, so gilt hier, dass das gesamte Wort mit Bindestrichen durchgekoppelt und groß geschrieben wird: Das Coiled-coil Protein. Dies gilt ebenso für E. coli Stämme. 4 4 Bei Fragen zur Rechtschreibung: Regeln und Wörterverzeichnis 2006 des Rates für deutsche Rechtschreibung zum Download

7 2.5 Präzision Mangelnde Präzision im Ausdruck sollte vermieden werden. Man sollte sich darüber im Klaren sein, dass der Leser nur die Informationen vom Autor erhält, welche dieser aufgeschrieben hat. Daher sollte man immer versuchen, deutlich zu machen, worüber man gerade schreibt. Ein klassisches Beispiel ist die Erwähnung von Proben. Wenn der erste Satz eines neuen Abschnittes lautet: Die Proben wurden daraufhin auf ein SDS PAGE Gel geladen, dann muss man sich als Autor fragen, ob eindeutig ist, von welchen Proben die Rede ist. Meint man die Proben der Reinigungsfraktionen oder die Proben aus der Wachstumsreihe? Weiterhin ist darauf zu achten, nicht in Laborslang zu verfallen, der im Alltag zwar das Leben vereinfacht, in schriftlichen Arbeiten aber nichts zu suchen hat. Insbesondere Bezüge und Benennungen sollten präzise sein. Verwendet man Elutionsfraktionen für eine SDS PAGE oder Proben der Elutionsfraktionen? Misst man die OD der Zellen oder der Zellkultur? 2.6 Zitieren und das Literaturverzeichnis Das korrekte Zitieren von wissenschaftlichen Publikationen ist von großer Wichtigkeit. Zitieren heißt, dass man Inhalte aus Publikationen häufig verkürzt und mit anderen Worten wiedergibt. Zitieren bedeutet also hier im weitesten Sinne: Sich der Erkenntnisse anderer bedienen. Sobald man dies tut, muss man die Quelle seines Wissens angeben, was häufig in Klammern nach dem Zitat geschieht: Das Flagellum benötigt dazu einen Protonengradienten (Ying et al., 2009).. Um Abschnitte mit vielen Zitaten flüssiger lesbar zu gestalten, kann man auch auf ein Kürzlich konnten Yang et al. (2008) zeigen, dass... etc. zurückgreifen. Bei mehr als zwei angegebenen Autoren wird der Artikel mit Nachnamen des Erstautoren + et al. + Veröffentlichungsjahr erwähnt, bei zwei Autoren spricht man von Ying und Yang, Quellenangaben sind dann nicht nötig, wenn seit langer Zeit gültige Erkentnisse erwähnt werden, die nicht Hauptgegenstand der Arbeit sind. Die Tatsache, dass E. coli zu den Gram negativen Bakterien gehört (und dass es ein Bakterium ist etc.) werden als allgemein bekannt angesehen und bedürfen keiner Quellenangabe. Alle in der Arbeit erwähnten Publikationen, Bücher usw. müssen in einem Literatur-

8 verzeichnis am Ende der Arbeit angegeben werden. Literaturverzeichnisse werden von Prüfern/Gutachtern gerne durchgesehen, um die Sorgfalt des Schreibers zu überprüfen. Daher gilt als oberstes Gebot: Einheitlichkeit der Darstellung. Nicht einmal die Vornamen abkürzen, dann ausschreiben, dann mal ein Komma statt eines Punktes an der entsprechenden Stelle verwenden etc. Die Sortierung erfolgt alphabetisch anhand des Nachnamens des Erstautors. Beispiel: Ying, A.; Yang, B.; Young, C.: The nice little mice in peruvian rice. In: Rhyme Science (2001), Nr.3, S Abbildungen, und: Präsens oder Perfekt? Als Richtwert gilt: Alle erhaltenen Ergebnisse sind in der Vergangenheitsform zu präsentieren. Dabei wird niemals auf Abbildungen beschreibend eingegangen (also nicht: Auf dem Gel in Abbildung 2 oder Die Kurven in Abbildung 2 etc.) sondern nur auf sie hingewiesen. Abbildungen dienen nur dem Leser als Hilfe zum Nachvollziehen der erhaltenen Ergebnisse. Der Autor selbst wertet seine Ergebnisse aus, nicht Bilder, die seine Ergebnisse für die Nachwelt dokumentieren. Demnach wäre also z.b. richtig: Mittels SDS PAGE konnte GFP in allen Elutionsfraktionen nachgewiesen werden (Abb.2, Spur E1 bis E7). oder Es zeigte sich eine deutliche Verschiebung des Intensitätsmaximums auf 300 nm (Abb.2, gestrichelte Kurve). Alle Abbildungen werden durchnummeriert und müssen eine unterhalb des Bildes stehende Legende besitzen, die für sich stehend Aufbau und Inhalt des Bildes verständlich macht. Dazu gehört eine kurze Abbildungsbeschreibung (Inhalt) sowie eine Erklärung aller Abkürzungen, z.b. bei einer SDS PAGE Abb.2: Reinigung von rekombinantem TorA mittels Ni-IMAC. SDS PAGE der Reinigungsfraktionen, Coomassiefärbung. M = Marker, W = Waschschritt usw. ). Tabellen werden ebenfalls durchnummeriert, jedoch oberhalb der eigentlichen Tabelle mit einer Überschrift versehen (also: Tab.1: Verwendete Plasmide ), die Legende steht hier aber wieder unter der Tabelle. Sobald von den erhaltenen Ergebnissen ausgehend eine theoretische Aussage zu einem Sachverhalt getroffen wird, deren Aussagekraft über das eigentliche Experiment hinaus Gültigkeit besitzt, wird von der Vergangenheits in die Gegenwartsform gewechselt. Der Autor beschreibt nun Allgemeingültigkeiten oder zumindest hofft er das. Hier kann als

9 Faustregel gelten, dass all jene Sätze im Präsens geschrieben werden können, welche Aussagen betreffen, in die man im Allgemeinen einfügen kann (ohne den Satz logisch zu verfälschen). Beispiel: Somit konnte gezeigt werden, dass GFP (im Allgemeinen) bei einem ph-wert von 5,0 fluoresziert oder Demnach ist PspA (im Allgemeinen) ein membranassoziiertes Protein. 2.8 Schreibweisen und klassische Fehler Western Blot Die englischsprachigen Journale schreiben Western blot, da das Substantiv mit Western aus einem Eigennamen und blot einem normalen Substantiv besteht. Wegen des Eigennamens werden die Wörter im Deutschen dann üblicherweise nicht zusammengesetzt, sondern mit einem Bindestrich verbunden, jedoch ist auch die Schreibweise Westernblot möglich (siehe Dieselmotor ). Transformation Im Laborslang sagt man ich transformiere das Plasmid in die Zellen (rein) o. ä., dieser Gebrauch des Wortes ist aber fachsprachlich falsch, da der Begriff Transformation (lat. in etwa Verwandlung ) die genetische Veränderung eines Bakteriums durch Einbringen von DNA bedeutet. Daher sind folgende Formulierungen korrekt: Das Bakterium durch Einbringen eines Plasmids transformieren, Eine Transformation mithilfe eines Plasmids durchführen etc. SDS PAGE Die Schreibweise SDS-Page ist nicht zulässig, da es sich bei PAGE um eine Abkürzung handelt (wie LED, DVD etc.)