PSE Molekulardynamik - Entwicklung eines Molekulardynamik-Simulators

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Reiner Siegel
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1 PSE Molekulardynamik - Entwicklung eines Molekulardynamik-Simulators Molekulardynamik-Simulation: Unit-Tests; Lennard-Jones-Potential Wolfgang Eckhardt 4. November 2011 Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

2 Übersicht Unit-Tests Das Lennard-Jones-Potential Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

3 Unit Tests: Warum? Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

4 Unit Tests: Warum? Sicherstellen, dass Code gemäß Spezifikation funktioniert. Typischerweise: Programmieren Ausgabe von Werten mittels printf() Ausprobieren des Codes für ein paar Standardfälle Debuggen, Einfügen von etwas mehr printf()-statements Löschen der Printf()s Ausprobieren reicht nicht isoliertes Testen der Implementierung Verhindern dass bestehende Funktionalität gebrochen wird (Whac-A-Mole: Maulwurf-Spiel) Testen der Performance von Implementierungen Dokumentation Empfehlenswerte Lektüre: Pragmatic Unit Testing in Java with JUnit; Andy Hunt, Dave Thomas; 2003 Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

5 Unit Tests: Finden von Tests Right BICEP Right Boundary conditions (siehe nächste Folie): u.a. falsche / Unerlaubte / fehlende Werte Inverse operation: z.b. sqrt(x) = x 2 Cross-Check / Gegenprobe: evtl. gegen alternative Implementierung testen Error conditions: Fehlersituationen provozieren Performance Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

6 Unit Tests: Grenzfälle für Testfälle CORRECT Conform: Format von Eingaben? Order / Reihenfolge von Daten? z.b. Werte in Arrays, sortiert vs. unsortiert Range / Wertebereich Wertebereiche von Variablen (z.b. Alter); Verzweigungen / Schleifendurchläufe Relation / Beziehungen: Externe Abhängigkeiten, Vorbedingungen Existence von Werten: 0 oder NULL-Werte Cardinality: Um z.b. Off-By-One Fehler zu finden Time Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

7 Intermolecular Two-Body Potentials Aus: Folien zu Algorithms of Scientific Computing II Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

8 Intermolecular Two-Body Potentials { ( ) r hard sphere potential: U HS rij = ij d 0 r ij > d Force: Dirac Funktion ( ) ( ) n soft sphere potential: U SS rij = ɛ σ r ij ( ) r ij d 1 Square-well potential: U SW rij = ɛ d 1 < r ij < d 2 0 r ij d 2 Sutherland potential: U Su ( rij ) = ɛ r 6 ij r ij d r ij > d Lennard Jones potential ( ) ( ) 6 van der Waals potential U W rij = 4ɛσ 6 1 rij Coulomb potential: U C ( rij ) = 1 4πɛ 0 q i q j r ij ɛ = energy parameter σ = length parameter (corresponds to atom diameter, cmp. van der Waals radius) Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

Lennard Jones Potential r ij r i Lennard Jones potential: U LJ ( rij ) = αɛ (( σ r ij ) n ( σ r ij ) m ) ( ) with n > m and α = 1 n n 1 n m m m n m continuous and differentiable (C ), since r ij > 0

9 Lennard Jones Potential r ij r i Lennard Jones potential: U LJ ( rij ) = αɛ (( σ r ij ) n ( σ r ij ) m ) ( ) with n > m and α = 1 n n 1 n m m m n m continuous and differentiable (C ), since r ij > 0 LJ 12-6 potential ( ( ) ( ) 12 ( ) ) 6 U LJ rij = 4ɛ σ r σ ij r ij m = 6: van der Waals attraction (van der Waals potential) n = 12: Pauli repulsion (softsphere potential): heuristic application: simulation of inert gases (e.g. Argon) force between 2 molecules: ) ) 6 ( ) 12 ( = (2 24ɛ σ r ij r σ ij r ij very fast fade away short range (m = 6 > 3 = d dimension) F ij = U(r ij) r ij r j Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November O

10 LJ Atom-Interaction Parameters atom ɛ σ [ J] a [10 1 nm] b H He C N O F Ne S Cl Ar Br a Boltzmann-constant: kb := J K b 10 1 nm = 1Å (Ångstöm) ɛ = energy parameter σ = length parameter (cmp. van der Waals radius) parameter fitting to real world experiments Unit-Tests; Lennard-Jones, 4. November

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