Schnelleinstieg Registrieren Ihrer Biomaterialbank(Biobank)

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1 Schnelleinstieg Registrieren Ihrer Biomaterialbank(Biobank) Arbeitsversion V002 Roman Siddiqui TMF Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.v. Erstellt am:

2 NUTZUNGSBEDINGEN Dieses Werk ist einschließlich aller seiner Teile urheberrechtlich geschützt. Die Rechte liegen, sofern nicht anders angegeben, bei der TMF. Die in diesem Handbuch enthaltenen Angaben und Daten können ohne vorherige Ankündigung geändert werden. Eine Gewähr für die Richtigkeit der Inhalte kann die TMF nicht übernehmen. Für Hinweise auf Fehler sind wir jederzeit dankbar.die in den Beispielen verwendeten Namen und Daten sind frei erfunden, soweit nichts anderes angegeben ist. Ohne ausdrückliche schriftliche Erlaubnis der TMF e. V. darf kein Teil dieser Unterlagen für irgendwelche Zwecke vervielfältigt oder übertragen werden, unabhängig davon, auf welche Art und Weise oder mit welchen Mitteln, elektronisch oder mechanisch, dies geschieht TMF e. V. Alle Rechte vorbehalten. Neustädtische Kirchstraße 6, Berlin, Aus Gründen der Qualitätssicherung und Transparenz bezüglich Verbreitung und Nutzung der TMF-Ergebnisse erfolgt die weitergehende Verbreitung ausschließlich über die Website von Nicht zur Weiterbearbeitung und Weitergabe an Dritte bestimmte ARBEITSVERSION v.002 Nur zur persönlichen Nutzung. 2

3 1 Inhaltsverzeichnis 2 Website des Deutschen Biobanken-Registers mit integriertem User-Portal Anmeldung Meine Biobank -Modus berechtigt zum Registrieren einer Biobank Anforderungen und Durchführen der Biobank-Registrierung Stammdaten der Biobank Veröffentlichung der Daten auf der Website des DBR Freischaltung durch den Administrator Allgemeine Hinweise zum Ausfüllen der Eingabemasken Hierarchie der Anforderungen für den Registrierungsprozess Pflichtfelder und optionale Felder Drop down- und Auswahlboxen Editieren, Aktualisieren, Sortieren, Löschen von Daten Kontaktdaten Policies Förderungen Materialgruppen Interner Material-Schlüssel Material Aliquot einer Materialprobe Lagermedium SPREC Verknüpfung von Förderung mit gesammeltem und gelagertem Probenmaterial Erläuterungen zu Probandengruppe und Sammlungen

4 A. Vielfache Beziehungen zw. Probandengruppe und Sammlungen B. Kongruenzzwischen Probandengruppe und Sammlung Hierarchische Verknüpfung von Phänotypen und Materialien (Sammlungsbestandteile) mit Probandengruppen bzw. Sammlungen Probandengruppe Verknüpfung von Phänotypen mit einer Probandengruppe Zu verwendende Klassifikationssysteme für die Phänotypangabe Sammlungen Sammlungsbestandteile und Verknüpfung mit Probandengruppen Fertigstellung der Registrierung

5 2 Website des Deutschen Biobanken-Registers mit integriertem User-Portal Bitte gehen Sie mit Ihrem Browser auf folgende Website: Hier erreichen Sie die Website des Deutschen Biobanken-Registers mit integriertem User-Portal (DBR-UP) in seiner Release-Version 1.0, in welche Sie die Daten ihrer Biobank(en) eintragen können. Abbildung 1. Startbildschirm des Deutschen Biobank-Registers (DBR) und Anmeldungslink (roter Pfeil) 3 Anmeldung Für das Registrieren Ihrer Biobank ist eine Zugangsberechtigung mittels -Adresse und Password auf dem Startbildschirm des DBR erforderlich. Hierzu benutzen Sie bitte den Anmelde-Link. Dieser befindet sich oben rechts (Abb.1, roter Pfeil). Nach Aktivierung dieses Links werden sie auf die Anmeldeseite des DBR geleitet. Bitte melden Sie sich dort mit Ihrer -Adresse sowie Ihrem Password an. Die rot markierten Eingabefelder sind Pflichtfelder, die Sie ausfüllen müssen. Die Anmeldeseite (Login) sehen Sie in Abbildung 2a und 2b. 5

6 Abbildung 2a (oben) und 2b (unten). Anmeldung eines Benutzers im DBR via Vor- (First Name), Nachname (Last Name), -Adresse, Kennwort (Password), Anrede, Institution, Adressenangaben etc. Nach Fertigstellung der angeforderten Angaben aktivieren Sie bitte den registrieren -Schalter. Bitte vergessen Sie nicht den Sicherheitscode (Abb. 2a unten links) anzugeben 6

7 3.1 Meine Biobank -Modus berechtigt zum Registrieren einer Biobank Nach erfolgreicher Anmeldung werden sie auf eine DBR-Seite geleitet, wo sie auf der linken Seite den Menüpunkt Meine Biobank finden (siehe rote Kennzeichnung in Abb. 3). Sobald sie diesen durch Anklicken aktivieren gelangen sie auf die Seite zur Eingabe aller im DBR abzufragenden Anforderungen, die für eine Registrierung Ihrer Biobank notwendig sind (siehe Abb.4). Abbildung 3. Der Menüpunkt Meine Biobank (rot eingekreist) erlaubt die Biobank-Registrierung 3.2 Anforderungen und Durchführen der Biobank-Registrierung Stammdaten der Biobank Auf der Seite zum Starten der Registrierung ist im linken Bereich ein senkrechter Navigationsbaum abgebildet, der den Benutzer durch die Registrierungsprozedur führen soll (Abb. 4, roter Kreis). Im Navigationsbaum sind die Anforderungen (engl. Requests) aufgeführt (z. B. Biobank, Kontakt, Policy, Förderung, Materialgruppen, Probandengruppe, Sammlungen etc.), die für die Registrierung abgefragt werden. Beim Aktivieren (durch Anklicken) der einzelnen Anforderungen (Abb. 4, orange Unterlegung) werden korrespondierende horizontale Ausführungselemente (Execution buttons) sichtbar (Abb. 4, grünes Rechteck). 7

8 Die Aktivierung der Ausführungselemente erzeugt Formulare / Masken mit Feldern zur Eingabe der angeforderten Informationen, die vom Benutzer ausgefüllt werden müssen (siehe grüner Pfeil von Abb. 4). Ausführungselement Abbildung 4. Seite zur Dateneingabe für die Biobank. Hier finden sie den Navigationsbaum (roter Kreis). Zu Beginn der Dateneingabe ist im Navigationsbaum die Anforderung Biobank aktiviert (orange unterlegt). Rechts daneben, in horizontaler Ausrichtung, finden sich graue Ausführungselemente. Die Aktivierung von Biobank erstellen (grünes Rechteck) führt zur Eingabemaske für die Erfassung der Stammdaten der Biobank (grüner Pfeil). Das Speichern erfolgt über den Speicherknopf (blauer Pfeil) 8

9 Wie im unteren Teil von Abb. 4 dargestellt, werden sie aufgefordert, bestimmte Angaben zum Namen und zur Adresse ihrer Biobank in das Formular einzutragen. Nach dem vollständigen Ausfüllen der Felder müssen sie ihre Angaben speichern in dem sie die Speicher-Leiste anklicken (Abb. 4, blauer Pfeil in der Eingabemaske unten links). Nach der Abspeicherung werden die von ihnen eingegebenen Stammdaten in der Zeile unterhalb der Spaltenüberschriften Biobank, Akronym, Trägerschaft usw. für sie sichtbar (Abb. 5). Das Datum ihrer Eingaben wird automatisch unter Update angezeigt. Die Farbe des Datums deutet die Aktualität ihrer Angaben an. Grün: Die Daten sind nicht älter als 6 Monate; gelb: Die Angaben sind älter als 6 Monate; rot: Die Angaben sind älter als ein Jahr. Falls Sie sich vertippt haben oder bei später notwendigen Änderungen bzw. um die Daten zu aktualisieren, können sie den Inhalt der Zeile durch Anklicken des blauen Editierstiftes jederzeit korrigieren bzw. updaten (Abb. 5, blauer Pfeil). Hierbei wird die in Abb. 4 gezeigte Eingabemaske mit den von ihnen vormals eingetragenen Daten angezeigt, die sie korrigieren können. Falls sie aber den Inhalt der Zeile vollständig löschen wollen, dann können sie das Löschzeichen am Ende der Zeile benutzen (Abb. 5, grüner Pfeil). Freischaltung zur Sichtbarkeit im Internet Editier- bzw. Korrekturmöglichkeit Löschen der gesamten Zeile Abbildung 5. Anzeige nach Speichern der Biobank-Stammdaten. Editierstift (blauer Pfeil); Löschen der Zeile (grüner Pfeil). Update zeigt Datum der Eingaben. Anzeige der Freischaltung für die Sichtbarkeit im Internet (roter Kreis). Ja, ist auf der Web-Site des DBR für alle User im Internet sichtbar. Nein, nicht sichtbar 9

10 3.2.1 Veröffentlichung der Daten auf der Website des DBR Freischaltung durch den Administrator Die von ihnen in das Registriersystem des DBR eingegebenen Daten sind zunächst nur für sie und den Administrator des DBR sichtbar. Sie können schon zum frühestens möglichen Zeitpunkt ihre Biobank für die Öffentlichkeit sichtbar machen, nämlich nach dem Speichern der Stammdaten. Durch Aktivieren des Buttons Freischalten erbitten wird eine versendet und die Freischaltung im DBR angefordert. Bei Freischaltung und Bestätigung durch eine , sind alle vollständig und unvollständig ausgefüllten Inhalte der Anforderungen (Kontakte, Policy, Förderungen, Materialgruppen, Probanden, Phänotypen etc.) für die Öffentlichkeit sichtbar. Nach erstmaliger Freischaltung können Sie jetzt die Anforderungen nach ihrem Gutdünken bis zur vollständigen Registrierung abarbeiten und brauchen nicht mehr bei der DBR-Administration um Freischaltung nachfragen. Entsprechend ihrer sukzessiven Vorgehensweise zur Vervollständigung der Registrierung werden auch die entsprechenden Inhalte der Anforderungen z. B. zu Probandengruppen, Materialgruppen, Krankheiten etc. für die Öffentlichkeit sichtbar. Alternativ können sie die Registrierungsprozedur vollständig abschließen, bevor sie die Freischaltung anfordern. Im Falle, dass sie ihre Biobank nicht mehr der Öffentlichkeit zur Verfügung stellen wollen, müssen sie den DBR-Administrator um Deaktivierung anfragen ( an: Sobald die Biobank deaktiviert wurde sind alle mit ihr im Zusammenhang stehenden Daten nicht mehr der Öffentlichkeit zugänglich, sondern alleine für sie (den Biobank-Besitzer) und den DBR-Administrator sichtbar. Die Daten der Biobank bleiben auch bei Deaktivierung in der Datenbank des DBR gespeichert. Die deaktivierte Biobank kann jederzeit wieder freigeschaltet werden. 3.3 Allgemeine Hinweise zum Ausfüllen der Eingabemasken Hierarchie der Anforderungen für den Registrierungsprozess Standardmäßig muss beim Registrieren einer Biobank mit der Eingabe ihrer Stammdaten begonnen werden. Aus diesem Grund ist nach Aktivierung des Meine Biobank -Menüpunkts grundsätzlich das erste Element der Anforderungen im Navigationsbaum Biobank aktiv, d. h. orange unterlegt (Abb. 4). Die Stammdaten umfassen den Vollnamen, das Akronym sowie weitere Angaben zu Adressen der Biobank (siehe Felderbeschreibung in Abb. 4). 10

11 Sind die Angaben dieser ersten Anforderung zur Biobank einmal in der Datenbank des DBR gespeichert, empfehlen wir dem Benutzer die Anforderungen im Navigationsbaum sukzessiv abzuarbeiten: Kontakte Policies Förderungen Materialgruppen Probandengruppen Sammlungen. Analog der Stammdatenangabe für die Anforderung Biobank lassen sich alle weiteren Anforderungen durch Anklicken aktivieren (sichtbar durch orange Unterlegung). Analog der Nutzung des Ausführungselements bei der Angabe der Stammdaten ihrer Biobank (Erzeugung der Eingabemaske, siehe Abb. 4)werden über die entsprechenden Ausführungselemente spezifische Eingabemasken zum weiteren Ausfüllen aufgerufen. Prinzipiell kann der Benutzer bei erfolgter Abspeicherung der Anforderung Biobank, nach Belieben die weiteren Anforderungen im Navigationsbaum bearbeiten. Zwei kleinere Einschränkungen werden im Zusammenhang mit der Anforderung Probandengruppe und Phänotyp sowie Sammlung und Sammlungsbestandteile zu einem späteren Zeitpunkt besprochen Pflichtfelder und optionale Felder Die Masken / Formulare enthalten Felder, in denen Informationen abgefragt werden, deren Beantwortung obligatorisch ist. Diese sog. Pflichtfelder sind mit einem (*) gekennzeichnet. Werden diese Felder nicht ausgefüllt, bzw. falsch ausgefüllt können alle Daten in dem entsprechenden Formular nicht in die Datenbank des DBR gespeichert werden. Felder ohne (*)-Kennzeichnung können optional ausgefüllt werden Drop down- und Auswahlboxen Bei vielen Eingabemasken sollen Drop-down-Boxen oder Auswahlboxen (Checkboxen für multiple Auswahlmöglichkeiten) eine einheitliche Beantwortung der Anforderungen ermöglichen. Trotz der vorgegebenen Auswahl können sie aber bei fast allen Drop-down-Boxen auch per Freitext ihren Begriff eintragen, falls dieser ungenau oder gar nicht durch diejenigen der Drop-down-Menüs erfasst wurde. 11

12 3.3.4 Editieren, Aktualisieren, Sortieren, Löschen von Daten Für das Editieren bzw. Aktualisieren der gelisteten Daten in den Tabellen der Anforderungen können sie jederzeit den Editierstift benutzen (siehe auch Abb. 5). Bei dessen Aktivierung werden die zugehörigen Eingabemasken geöffnet und können editiert und anschließend gespeichert werden. Für das alphabetische Auf- und Absortieren der gelisteten Daten in den Tabellen der Anforderungen können sie das Doppelpfeil-Zeichen verwenden (auch für höchste und niedrigste Zahlen). Um einen ganzen Datensatz einer Zeile in den Tabellen der Anforderungen zu löschen können sie das Löschzeichen verwenden. 12

13 4 Kontaktdaten Nachdem sie die Stammdaten der Biobank abgespeichert haben, sind die Angaben in der Zeile unterhalb der Spaltenüberschriften einsortiert. Nun können als nächstes die für alle Biobankbezogenen Fragen verantwortlichen Ansprechpartner angegeben werden. sie können einen einzigen Ansprechpartner oder mehrere speichern. Hierzu müssen sie die Auswahlbox der Biobank durch Anklicken mit einem Häkchen markieren (Abb. 6, roter Pfeil). Anschließend lässt sich durch Anklicken von Kontakte im Navigationsbaum und nachfolgend mit dem Ausführungselement Kontakt erstellen (Abb.7, grünes Rechteck) die entsprechende Eingabemaske (Abb. 8) öffnen. Nach Eingabe der Daten für die Ansprechpartner der Biobank in das Formular und dessen Abspeicherung (Abb. 8) können sie weitere Ansprechpartner für die Biobank erstellen, in dem sie den Vorgang einfach wiederholen (Abb. 9). Abbildung 6. Auswahl der Biobank zum Anlegen weiterer Informationen. Die Checkbox der Biobank mit Auswahlhäkchen markieren (roter Pfeil). Dann können sie die Kontakte (roter Kreis) aktivieren. Die Auswahl der Biobank via Checkbox ist insbesondere dann wichtig, wenn sie mehrere Biobanken registrieren und verwalten müssen 13

14 Warum ist es notwendig die Biobank mit Häkchen-Setzen auszuwählen? Falls sie eventuell mehrere Biobanken unter ein und demselben Login / Account registrieren und verwalten wollen, muss das System wissen, welchen der Biobanken die nachfolgenden von Ihnen eingegebenen Daten zugeordnet werden müssen. Wenn sie für die Dateneingabe -nach erstmaliger Auswahl ihrer zu bearbeitenden Biobank- in einem Arbeitsgang weiterarbeiten, dann müssen sie die Checkbox bei der Biobank nicht weiter mit einem Häkchen versehen. Wenn sie allerdings die Arbeitssitzung unterbrochen haben, müssen sie die Auswahlbox wieder mit einem Häkchen versehen, damit sie für diese Biobank (ihre Biobank) weitere Registrierdatensätze zufügen können. 14

15 Abbildung 7. Seite zur Eingabe der Kontaktdaten für die Ansprechpartner der Biobank. Die Aktivierung von Kontakt erstellen (grünes Rechteck) erzeugt ein entsprechendes Eingabeformular für die Eingabe der Daten in Abb. 8 Abbildung 8. Eingabemaske für die Kontaktdaten der Biobank. Weitere Ansprechpartner werden durch Wiederholung der Vorgänge von Abb. 7 u. 8 in die DBR-Datenbank gespeichert (Abb. 9) 15

16 Abbildung 9. Zusammenfassende Darstellung der sich wiederholenden Vorgänge um mehr als einen Ansprechpartner für die gleiche Biobank zu erstellen (hier zwei). Die Ansprechpartner werden in der Reihenfolge ihrer Abspeicherung in der Tabelle der Anforderung Kontakte aufgelistet. Korrekturen etc. erfolgen wie unter beschrieben (s. auch Abb. 5) 16

17 5 Policies Aktivieren sie im Navigationsbaum die Anforderung Policies. In dieser Anforderung sollen die Richtlinien der Biobank angegeben werden, nach denen der Datenschutz, die Reichweite der Patienteneinwilligung, die Weitergabe von Proben und Daten an Dritte etc. geregelt sind. Hier soll am besten eine Website (URL) angegeben werden, die Auskunft erteilen kann. Möglicherweise findet sich die gewünschte Information auf der Website der Biobank oder ist in dem Netzwerk zu finden, in das die Biobank eingebunden ist. Sie können hier auch mehre URLs für jeweils einzelne Richtlinien angeben. Hierzu müssen sie das Ausführungselement der Anforderung Policies wiederholt aktivieren, um die Informationen in das das Formular einzugeben und abzuspeichern. Für Mehrfachangaben ist ein Vorgehen analog wie unter Pkt. 4 beschrieben durchzuführen, bei der mehrere Ansprechpartner für eine Biobank im System gespeichert wurden. Achtung: Bitte beachten sie, dass sie die Web-Adresse der URL stets ohne Fehler! Hyperlink- Referenz ungültig. angeben! Wir bitte sie dies für alle Eingaben zu Internetadressen, die sie in dem DBR-System eingeben, zu befolgen. Abbildung 10. Abfragemaske für die Informationen zu Richtlinien (Policy) bezüglich Datenschutz, Informed Consent etc. (Erklärung siehe Text) 17

18 6 Förderungen Bitte aktivieren sie die Anforderung Förderung. Für diese Anforderung werden Angaben zur Förderung / Finanzierung angefragt, die beispielsweise ihrem Forschungsprojekt erlauben entsprechendes humanes Probenmaterial zu sammeln, in ihrer Biobank zu lagern und für Forschungszwecke zu benutzen bzw. zur Verfügung zu stellen. Im Falle, dass sie verschiedene Förderungen für unterschiedliche Projekte haben, müssen sie für die einzelnen Förderungen die Eingabemaske mehrfach aufrufen, die Daten eingeben und speichern. Sie können dann zu einem späteren Zeitpunkt die einzelnen Förder-Angaben mit den entsprechenden Probandengruppen (Pkt. 9), Sammlungen (Pkt. 10) oder Materialien (Pkt. 7 ff) etc. verknüpfen. In den Drop-down-Boxen können jeweils Angaben zu den Förderinstitutionen übernommen werden bzw. das richtige Datumsformat für Förderbeginn / -ende ausgewählt werden. Falls keine Angaben der Drop-Boxen für sie zutreffen, können sie ihre spezifischen Angaben auch per Freitexteingabe durchführen. Abbildung 11. Abfragemaske für die Angaben zur Förderung. Die Nutzung der Inhalte der Drop-down-Boxen unterstützt einheitliche Angaben in der Datenbank (Pfeile) 18

19 7 Materialgruppen Bitte aktivieren sie die Anforderung Materialgruppe. In der Eingabemaske werden sie gebeten ihr Probenmaterial zu registrieren (Abb. 12). Falls sie über eine Materialgruppe hinaus mehrere Materialgruppen in ihrer Biobank verfügen (was die Regel sein wird), dann müssen sie die Eingabe der Daten mit Hilfe der Eingabemaske mehrfach wiederholen analog der Vorgehensweise zur Erstellung von mehreren Ansprechpartnern unter den Kontaktdaten siehe Punkt 4ff. 7.1 Interner Material-Schlüssel Bei den abgefragten Angaben zu den Materialien müssen sie als Besonderheit zu jedem individuellen Material einen sog. Internen Material-Schlüssel angeben. Dieser darf nur ein einziges Mal in der bearbeiteten Biobank (ihre Biobank) vorkommen. Dieser einmalige Schlüssel wird einer einzigen Materialart zugeordnet, für die sie auch die Eingaben zu Art des Materials, Lagertemperatur, Lagermedium usw. in die entsprechende Formularmaske eintragen müssen. Der Schlüssel erleichtert die genaue Zuordnung ein und desselben Materials zu einer bestimmten Probandengruppe und dem untersuchten Phänotyp bzw. Sammlung (z. B. die gleiche Art des Materials, i. e. DNA bei -80 C, die aber von ganz unterschiedlichen Probandengruppen zur Verfügung stehen). Der Material-Schlüssel sollte eine für sie sinnvolle Kodierung aufweisen, z. B. ein Kürzel für die Biobank sowie der zugeordneten Probandengruppe (oder auch Sammlung bzw. Phänotyp). Mit Hilfe dieses Material- Schlüssels verknüpfen Sie gegebenenfalls das Probenmaterial verschiedener Sammlungen oder ordnen beispielsweise Förderungen zu, die der Sammlung des Probenmaterials zugrunde liegen. Der interne Material-Schlüssel wird im Meine Biobank-Modus nur demjenigen angezeigt, der die Daten in das DBR einpflegt. Nach außen, d. h. für die Öffentlichkeit wird der interne Material- Schlüssel nicht angezeigt, sondern immer nur die von ihm verschlüsselte Art des Materials und dessen Lagerungsbedingungen (siehe Abb. 13; z. B. DNA bei -80 C). 7.2 Material Für die Angabe zur Art des Materials für Flüssig- und Gewebe-Proben können sie eine Einmal- Auswahl aus der Drop-down-Box treffen, oder per Freitext ihr Probenmaterial bezeichnen. 37 der Material-Bezeichnungen inklusiver ihrer Abkürzungen sind der Publikation von Betsou et al. (2010; 19

20 siehe Pkt. 7.2 SPREC) entnommen. Weitere 14 Bezeichnungen (ohne Abkürzungen) entspringender Erfahrungen aus bisherigen Pilotprojekten, und werden teilweise nicht von der SPREC- Veröffentlichung abgebildet Aliquot einer Materialprobe Der Begriff Aliquot (v. lat. aliquot einige, ein paar ) oder auch aliquoter Teil stammt aus der analytischen Chemie. Im DBR ist ganz allgemein eine Teilportion einer Probe gemeint, unabhängig davon, ob diese eine flüssige (Blut, Serum, Urin usw.) oder eine feste Gewebeprobe ist (Biopsie, Tumorgewebe eines bestimmten Organtyps). Hier soll mitgeteilt werden, auf wie viele Einzelteile eine ganze Probe aufgeteilt wurde, um das mehrfache Nutzen der Probe zu erlauben, ohne dass die Qualität (z. B. durch wiederholtes Auftauen/Einfrieren) beeinträchtigt wird. 7.3 Lagermedium Humanes Probenmaterial kann in ganz verschiedenen geeigneten Behältnissen gelagert werden: z. B. in 1 bis 5 ml-glasschraubdeckelröhrchen, 250 µl bis 2 ml Plastikröhrchen (Laborjargon: Eppis); in 96er bis 384er ELISA-Platten (Well Plates), in sog. Straws für die Kryolagerung in flüssigem Stickstoff. Hier werden sie gebeten das Volumen und den entsprechenden Medientyp bzw. das Lagersystem (Röhrchen usw.) anzugeben. Für Gewebeproben, die z. B. in Paraffin eingebettet wurden, können sie die Angabe als mm Paraffinblöcke oder Schnitte angeben. 7.4 SPREC SPREC steht für Standard Preanalytical Coding for Biospecimens und wurde von Betsou et al. (Cancer Epidemiol Biomarkers Prev; 19(4) April 2010) im Zuge von Standardisierungs und Harmonisierungsbestrebungen der International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER) ( vorgeschlagen. Der Code soll der zukünftigen Qualitätssicherung von humanen Biomaterialien für die medizinische Forschung dienen. Er ist zwar noch nicht als Standard für Biobanken anerkannt, wird aber immer mehr auf europäischer und auch 20

21 auf internationaler Ebene angestrebt (siehe National Cancer Institute ff.; SPREC stellt einen siebenstelligen Code dar, der die Behandlung der Probe vor der Lagerung in einer Biobank erfasst (z.b. Standzeit, Zentrifugationsdauer und intervalle bei bestimmter Temperatur, Entnahmeprozedur von Gewebe usw.). Die Erkenntnis, dass das Wissen um die Qualität inklusive der Vorbehandlung der Proben von entscheidender Bedeutung für die Aussagekraft der mit ihnen erzielten Forschungsergebnisse ist, ist derzeit unumstritten (siehe u. a. Kommentar von Simeon- Dubach&Perren in NATURE Vol. 475, Seite 454vom 28 Juli 2011, und dortige Referenzen) Das DBR wird international anerkannte Bestrebungen zur Etablierung von Qualitätskriterien von Biobankmaterialien unterstützen. In der jetzigen Version des DBR 1.0 ist SPREC noch kein Pflichtfeld, in zukünftigen Versionen werden wir bestrebt sein, die Erfassung von SPREC zu automatisieren und dessen Benutzung zu erleichtern. Diejenigen, denen SPREC bereits vertraut ist, werden optional gebeten die Kodierung für ihre Proben anzugeben. 7.5 Verknüpfung von Förderung mit gesammeltem und gelagertem Probenmaterial Um zu dokumentieren, dass das Akquirieren bzw. das Vorhalten einer speziellen Materialgruppe in einem Projekt durch weitere Förderungen finanziell unterstütz wird / wurde, soll eine Verknüpfung mit der entsprechenden Förderung ermöglicht werden. Am unteren Ende der Eingabemaske Angaben zum Material finden sie eine Liste aller Förderkennzeichen mit Auswahlboxen, die sie unter Pkt. 6 angelegt haben. Durch Aktivierung(en) (Häkchen setzen) können sie dem Material ein Förderkennzeichen zuordnen Achtung: Eine Mehrfachauswahl von Förderungen, mit denen ein bestimmtes Material akquiriert wurde ist ebenfalls möglich. 21

22 Liste der Förderkennzeichen mit Auswahlboxen (Mehrfachauswahl möglich) Abbildung 12. Eingabemaske für die Informationen zum Material. Die Nutzung der Inhalte der Drop-down- Boxen unterstützt die einheitliche Angabe der Materialbezeichnungen in der Datenbank (rechter schwarzer Pfeil). Der linke schwarze Pfeil zeigt die auswählbaren Lagerungstemperaturen an. Im Falle, dass sich keine der Angaben der Drop-down-Boxen nützlich ist, können per Freitext Angaben im jeweiligen Abfragefeld gemacht werden. Die Liste der angelegten Förderkennzeichen inklusive von Auswahlboxen findet sich am Ende der Eingabemaske 22

23 Interner Material-Schlüssel Abbildung 13. Ansicht der Materialangaben für den Benutzer, der die Daten (s)einer Biobank bearbeitet (oben) im Vergleich zur öffentlichen Ansicht im Internet (unten). Der interne Material-Schlüssel ist nur im Meine Biobank - bzw. Biobank erstellen -Modus sichtbar (roter Pfeil, Bild oben). Der Biobank-spezifische Material-Schlüssel ist nicht für die Öffentlichkeit sichtbar (unten). 23

24 8 Erläuterungen zu Probandengruppe und Sammlungen Die beiden Anforderungen Probandengruppe und Sammlungen, die im DBR abgefragt werden, dienen dazu, die Heterogenität von Konzepten zum Aufbau und Organisation von Klinischen Studien und Forschungsprojekten flexibel abbilden zu können, die auf Proben von Biobanken beruhen. Die Probanden stellen Blut, Serum, Urin usw. für die medizinisch orientierte Forschung zur Verfügung (Donoren). Probanden können gesunde Menschen sein (sog. Kontrollgruppen) oder Personen mit einem bestimmten Lebensstil (Raucher, Sportler etc.), die in Studien zu Vergleichszwecken mit anderen Probanden untersucht werden, die z. B. an einer Krankheit leiden (Patienten). In der Regel werden Probandengruppen innerhalb von Klinischen Studien bzw. in Forschungsprojekten definiert. Zur einfachen Darstellung des Themas der Beziehung von Probandengruppe und ihren Probenmaterialien zur Untersuchung einer einzigen Krankheit oder aber vielen Krankheiten, verbunden mit dem Anlegen von spezifischen Sammlungen, sollen zwei Beispiele gegenübergestellt werden. A. Vielfache Beziehungen zw. Probandengruppe und Sammlungen Eine Probandengruppe gibt Probenmaterial für Untersuchung vieler unterschiedlicher Krankheiten bzw. Phänotypen Beispiel Untersuchung an männliche Rauchern bezüglich: Diabetes & Chronisch obstruktive Bronchitis (COPD) & Pankreastumoren Hier werden von einer Probandengruppe verschiedene Materialproben entnommen und mit unterschiedlichen Zielrichtungen untersucht. Ihre Proben dienen dazu, z. B. Biomarker für die Vorhersage ganz unterschiedlicher Krankheiten (Phänotypen) zu finden, die in dieser Probandengruppe möglicherweise eine andere Häufigkeit aufweist als in der Normalbevölkerung. Für jede dieser Fragestellungen (Diabetes, COPD, Pankreastumor)kann angenommen werden, dass eine der vielen Arten des Probenmaterials von den Männliche Rauchern besonders geeignet ist, die 24

25 entsprechende Untersuchung erfolgreich durchzuführen. Deshalblassen sich von der Probandengruppe Männliche Raucher unterschiedliche Sammlungen mit unterschiedlichen Materialien definieren. Probandengruppe: Männliche Raucher SAMMLUNG - Diabetes Material: Urin SAMMLUNG - COPD Material: Sputum SAMMLUNG - Pankreas-Tumor Material: Serum Abbildung 14. Beispiel 8A: Eine Probandengruppe und mit ihr verknüpften Sammlungen zur Untersuchung dreier unterschiedlicher Krankheiten mit Hilfe spezifischen Probenmaterials aus der Probandengruppe. In der Datenbank muss die Probandengruppe mit den jeweiligen Phänotypen und den Sammlungen von Probenmaterialien verknüpft werden B. Kongruenzzwischen Probandengruppe und Sammlung Eine Probandengruppe gibt Probenmaterial für die Untersuchung einer einzigen Krankheit bzw. eines Phänotyps Beispiel Untersuchung an männlichen Männliche Rauchern bezüglich: Nichtkleinzelliges Bronchialkarzinom Im einfachsten Fall kann eine Probandengruppe mit einer Sammlung zusammenfallen, wenn von der Probandengruppe zwar verschiedene Materialproben entnommen wurden, diese aber alle mit nur 25

26 einer Zielrichtung untersucht werden, z. B. um Biomarker für die Vorhersage einer einzigen Krankheit (Phänotyp) zu finden. Hier kann auf das Anlegen von Sammlungen verzichtet werden. Die Probandengruppe und Sammlung stehen in linearem Zusammenhang und sind quasi identisch. Hier kann bei Abfragen im DBR-System zur Benennung der Probandengruppe bzw. der Sammlung der gleiche Name / Akronym angegeben werden. Probandengruppe: Männliche Raucher Nichtkleinzelliges Bronchialkarzinom Material: Urin, Sputum, Serum Abbildung 15. Beispiel 8B: Eine Probandengruppe und die mit ihr untersuchte Krankheit mit Hilfe verschiedener Probenmaterialien. Hier ist eine Unterteilung in weitere Sammlungen nicht sinnvoll. Probandengruppe und Sammlung sind quasi identisch 8.1 Hierarchische Verknüpfung von Phänotypen und Materialien (Sammlungsbestandteile) mit Probandengruppen bzw. Sammlungen Um sowohl komplexe als auch einfache Beziehungen zwischen Probandengruppen und ihren entsprechenden Sammlungen darstellen zu können(siehe Beispiele 8A / 8B) müssen im DBR-System einige Hierarchien für Verknüpfung beachtet werden. Diese deuten sich in der Darstellung des Navigationsbaumes an (Abb. 16). Sowohl Probandengruppen als auch bei Sammlungen sind mit einem Symbol für eine Pfeilspitze versehen. Sobald diese durch Anklicken aktiviert werden, öffnen sich jeweils zwei Anforderungen, die einerseits mit Probandengruppen (Phänotypen) und 26

27 andererseits mit Sammlungen (Sammlungsbestandteile) verbunden sind (siehe auch Hinweis bei Pkt zu Hierarchien). - Der Phänotyp ist z. B. die Krankheit oder das Einschlusskriterium zur exakten wissenschaftlichen oder medizinischen Charakterisierung der Probandengruppe (siehe Pkt. 9.2) Phänotypen können nur über die Probandengruppe verknüpft werden - Sammlungsbestandteile umfassen die Materialien (Mehrfachauswahl via Material-Schlüssel, siehe Pkt. 7.1) und insbesondere deren Verknüpfung mit einer Probandengruppe (siehe Pkt. 8.1) Nur über die Sammlungen können die Sammlungsbestandteile (Untersuchungsmaterialien) mit einer entsprechenden Probandengruppe verknüpft werden In Umkehrung: Durch die Verknüpfung der Sammlung via ihrer Sammlungsbestandteile mit Probandengruppen werden alle Materialien mit Phänotypen verknüpft Sind Probandengruppe und Sammlung quasi identisch, so sollen bei der Namensgebung der Probandengruppe bzw. der Sammlung gleiche Begriffe verwendet werden Im Falle, dass Probandengruppe und Sammlung identisch sind, müssen bei sich überschneidenden Fragen zu Personen / Aliquots etc. die gleichen Angaben gemacht werden (Pkt. 7ff; keine automatische Kontrolle derzeit) Abbildung 16. Aktivierung des Navigationsbaums zur Verknüpfung der Phänotypen und Sammlungsbestandteile (Materialien) in einer Probandengruppe 27

28 9 Probandengruppe Nach Aktivierung der Anforderung Probandengruppe im Navigationsbaum und nachfolgendem Nutzen des Ausführungselements Probandengruppe erstellen öffnet sich die entsprechende Eingabemaske zum Ausfüllen und Abspeichern der angeforderten Daten (Abb. 17). Freitext zur Benennung der Probandengruppe Die Weitergabe von Proben und Daten kann nur im Rahmen der Reichweite des Informed Consent erfolgen. Follow-Up: Ist ebenfalls von der Reichweite des Informed Consent abhängig bzw. ergibt sich aus dem Studiendesign Angabe der Projektförderung durch Auswahl des Förderkennzeichens Abbildung 17. Ansicht der Angaben zu einer Probandengruppe für den Benutzer, der die Daten (s)einer Biobank bearbeitet. Oben, Ansicht der ausgefüllten Eingabemaske. Unten, Sichtbarkeit nach Abspeichern der entsprechenden Probandengruppe in der Tabellenansicht (orange markiert); in diesem Beispiel wurde die neue Probandengruppe alphabetisch unter bereits existierende einsortiert 28

29 9.1 Verknüpfung von Phänotypen mit einer Probandengruppe Die Verknüpfung des Phänotyps bzw. des Einschlusskriteriums verläuft nur über die Probandengruppe (siehe Pkt. 8.1). Nach Aktivierung der Anforderung Phänotypen im Navigationsbaum (Abb. 16) und nachfolgendem Nutzen des Ausführungselements Phänotyp erstellen öffnet sich die entsprechende Eingabemaske zum Ausfüllen und Abspeichern der angegeben Daten (Abb. 18). Falls in einer Probandengruppe mehrere Phänotypen untersucht werden (siehe Pkt. 8 und Beispiel 8A sowie Abb. 14), muss das Eingabefeld mehrfach ausgefüllt und abgespeichert werden (dreimal bei Beispiel 8A). Freitext zur Benennung des Phänotyps od. Einschlusskriterium Code der verwendeten Klassifikation Version d. Klassifikationssystems und dessen Erscheinungsjahr. Hier die Angaben bitte sorgfältig machen, entsprechend der vorgeschlagenen Schreibweise im Eingabefeld (grauer Text)! Abbildung 18. Wiederholtes Eingeben eines Phänotyps für eine bestimmte Probandengruppe mit Verwendung des Klassifikationssystems von ICD-10 vom Jahr 2011 (Germany, GM; World Health Organisation, WHO) 29

30 9.2 Zu verwendende Klassifikationssysteme für die Phänotypangabe Folgende Klassifikationssysteme sollen bevorzugt zur Angabe des Phänotypis eingesetzt werden: A. ICD-Klassifikation (International Classification of Diseases -Internationale Klassifikation der Krankheiten): oder bei B. MIM-Nummer entsprechend OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): C. MeSH (Medical Subject Headings; Verwenden von Textangaben wie diese für Keywords bei PUBMED- oder MEDLINE-Literatur-Suchen eingesetzt werden): Da es wahrscheinlich ist, dass die unter A, B und C genannten Systeme spezielle Phänotypen (Krankheiten, Einschlusskriterien bzw. Lifestyle-Angaben) nicht abbilden können, erlaubt die Abfragemaske zu den Phänotypen (Abb. 18) die Eingabe von Freitext. WICHTIG ist, dass bei Freitext- Eingabe eine weitere Angabe im Verwendetes Kodiersystem und Version getätigt wird, die für den entsprechenden Forschungszweig als zitierfähig gelten kann. 10 Sammlungen Nach Aktivierung der Anforderung Sammlungen im Navigationsbaum und anschließendem Nutzen des Ausführungselements Sammlung erstellen öffnet sich die entsprechende Eingabemaske zum Ausfüllen und Abspeichern der angeforderten Daten (Abb. 19). Freitext zur Bezeichnung der Sammlung; z.b. Akronym Möglichkeit zur Verknüpfung mit einer Förderung via Auswahl eines Förderkennzeichens Abbildung 19. Benennung der Sammlung. Achtung: Falls die Sammlung identisch mit einer Probandengruppe ist, kann auch der Name der Probandengruppe bzw. dessen Akronym angegeben werden (siehe Pkt. 8.1) 30

31 11 Sammlungsbestandteile und Verknüpfung mit Probandengruppen Nach Aktivierung der Anforderung Sammlungsbestandteile im Navigationsbaum (siehe Pkt. 8.1; Abb. 16) und anschließendem Nutzen des Ausführungselements Sammlungsbestandteile erstellen öffnet sich die entsprechende Eingabemaske zum Ausfüllen und Abspeichern der angeforderten Daten (Abb. 20). In Drop-down-Boxen können jeweils Einmalauswahlen für die verbundenen Probandengruppe und das dazu gehörige Material selektiert werden. Im Falle, dass mehrere Materialien im Sammlungsbestandteil vorhanden sind, muss die Eingabemaske mehrfach aufgerufen werden und die verschiedenen Materialien ausgewählt werden. Die Auswahl des Materials erfolgt über die Angabe der jeweiligen internen Material-Schlüssel (siehe Pkt. 7.5; Abb. 12 und 13). Abbildung 20. Abfragemaske zur Verknüpfung der Sammlungsbestandteile. In den Drop-down-Boxen werden alle in der zu bearbeitenden Biobank eingegebenen Angaben zu Probandengruppen (roter Pfeil, rechts) bzw. alle internen Material-Schlüssel zur Einmalauswahl angeboten (roter Pfeil, links) 12 Fertigstellung der Registrierung Nach Abarbeiten der Punkte 1. bis 11. sollten die entsprechenden Probandengruppen, Materialien, Sammlungen im DBR registriert und im Internet sichtbar sein. 31