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2) Können Sie allein aus den gegebenen Zahlen ablesen welches der beiden Allele einen Selektionsvorteil besitzt?

Transkript:

. Ergebnisse. Ergebnisse. MDR-Polymorphismen Im Rahmen der Studie erfolgte die Untersuchung von Polymorphismen mittels PCR und RFLP und deren Auswirkung auf die Pharmakokinetik des P-gp-Substrates Digoxin. Beachtung fanden dabei die Genpolymorphismen, die in der kaukasischen Population mit einer Frequenz von mindestens 0% vorkommen (Exon +9C>T, Exon -T>A, Exon C>T) und Genvarianten, die mit einem Aminosäureaustausch einhergehen (Exon A>G, Exon 99G>A, Exon G>T>A) sowie ein nicht zu Aminosäureaustausch führender Genpolymorphismus in der Promoterregion des MDR--Gens (Exon - G>A). Für den Polymorphismus A>G in Exon, der zu einem Aminosäureaustausch von Asparagin gegen Asparaginsäure führt, wurde eine Allelhäufigkeit von % festgestellt. Unter den Probanden befand sich kein homozygoter Träger für das G-Allel. Für den 99G>A Polymorphismus in Exon, der zum Austausch von Serin zu Asparagin führt, betrug die Allelfrequenz %. Auch hier gab es keine Probanden, die für das A-Allel homozygot waren. Bei dem dritten untersuchten Polymorphismus, der zu einem Aminosäureaustausch führt, handelte es sich um eine triallelische Variante in Exon. Für das Codon 9 wurden sowohl die Kombinationen G und T, als auch A identifiziert. Das G-Triplett, welches für Alanin kodiert, trat mit einer Allelhäufigkeit von % auf. Die Allelfrequenz für das Serin kodierende T-Triplett lag bei %. Für das A-Triplett, das für Threonin kodiert, wurde eine Allelfrequenz von 0% beschrieben. Für das A-Allel konnten keine homozygoten Träger unter den Probanden gefunden werden. Es waren % der Individuen homozygote Träger des G-Allels und % homozygot für das T-Allel. Neben den oben genannten SNPs wurden zusätzlich intronische und stille Polymorphismen untersucht, die nicht zu einem Aminosäureaustausch führen. Der stille Polymorphismus C>T in Exon wies dabei eine besonders hohe Allelfrequenz von % auf. Für das T-Allel wurden homozygote Individuen gefunden. Auch die T>A-Variante in Intron (Exon-) hatte eine hohe Allelfrequenz von %. Homozygote Träger für das A-Allel waren % der

. Ergebnisse Probanden. Für die C>T-Variante in Intron (Exon +9) betrug die T-Allelfrequenz 9% und die Frequenz der homozygoten T-Allelträger %. Eine geringere Allelfrequenz mit % hatte der G>A-Polymorphismus in Intron (Exon -). Keiner der untersuchten Probanden war homozygot für das A-Allel. Die Genotyphäufigkeitsverteilung in der vorliegenden Studie zeigte keine signifikanten Deviationen vom berechneten Konfidenzintervall von 9% (nach dem Gesetz von Hardy-Weinberg). Die Verteilungshäufigkeit der Genotypen deckte sich gut mit den Ergebnissen vorheriger Studien an kaukasischer Bevölkerung (, ). In der Tabelle. werden die genannten Polymorphismen mit deren Genotyphäufigkeit getrennt dargestellt. Tabelle.: Darstellung der Polymorphismen mit Allel- und Genotyphäufigkeiten Intron Exon - Exon cdna Intron Exon Intron Exon Exon Position Allel Effekt Exon +9 cdna 99 Exon - cdna CDNA G A A G C T G A T A G T A C T Genotyphäufigkeit 9% K.-I.,-9,,-, Translationsinitiierung? Asn Asp? 00 Ser 00 Asn? 9 Ala 9 Ser 9 Thr Wobble Lokalisation Allelhäufigkeit (%) 9,0,0,0,0,0 9,0 9,0,0,0,0,0,0 0,0 9,0,0 Genotyp A/G G/T beobachtete Genotyphäufigkeit (%),0,0 0,0,0,0 0,0,0 0,0,0 9,0,0 0,0,0 0,0,0,0,0,0,0,0 0,0,0 0,0,0 0,0-0, 9,-,,-0, 0,0-0,,9-0,,-,,-,,-99, 0,-, 0,0-0,,-,,-,,-,,-,,-,0,-,,-,,-, 0,0,-,,-,,-0,

. Ergebnisse Die Position der Polymorphismen bezieht sich auf das Referenztypallel der MDR- DNA (GenBank Code AC00/AC000). Die Base A des ATG-Startcodons wurde an die erste Stelle gesetzt. Intronische SNPs werden auch beschrieben als Exon±n, wobei n für die Anzahl der vor- bzw. nachgeordneten Basen des Exons steht.. Ergebnisse der Digoxin-Kinetik Die Probanden wurden für den jeweiligen Polymorphismus nach Referenztypallel, heterozygoter und homozygoter Variante eingeteilt. Für jeden Probanden wurde eine Kinetik mittels Mikropartikelenzym Immunoessay (MEIA) nach oraler Gabe von mg Digoxin ermittelt. Die Abbildung. stellt die Konzentrations-Zeit-Kurven zweier Probanden der Genotypisierungsgruppen (Probandennummer G) und (Probandennummer ) für Exon C>T anhand einer Liniengraphik im Vergleich dar. Diese beiden Kurven sind jedoch nicht repräsentativ für das Ergebnis der statistischen Auswertung. Sie dienen der Veranschaulichung der Spannbreite zweier verschiedener Konzentrations-Zeitkurven. Konzentration-Zeitkurve zweier Probanden Konzentration C (µg/l) G GU 0 0 0,,,, Zeit t (h) Abbildung.: Beispielkinetiken der Probanden G und GU.

. Ergebnisse. Zusammenhang zwischen MDR-Polymorphismen und Digoxin-Kinetiken Nach Auswertung der Digoxin-Kinetiken wurde die Zielfrage geprüft, ob die jeweiligen Genotypen mit den kinetischen Parametern korrelieren. Dafür wurden die Ergebnisse für Cmax, Tmax und die AUC statistisch ausgewertet. Die gemessenen pharmakokinetischen Parameter des Referanztypallels und der Träger von Genpolymorphismen wurden verglichen unter Anwendung des nichtparametrischen Tests nach Kruskal-Wallis. Ein p-wert unter 0,0 deutet auf einen Trend zwischen den einzelnen Genotypen hin. In den Tabellen.- sind die Medianwerte für AUC, Cmax und Tmax für jeden Polymorphismus und der Prüfwert als p angegeben. P-Werte wurden nicht angegeben für Probandengruppen mit n<. Tabelle.: AUC-Medianwerte Lokalisation Position Genotyp AUC Medianwert (g*h/l) p-wert Intron Exon - Intron Exon +9 Intron Exon - Exon cdna Exon cdna 99 Exon cdna Exon cdna Exon / Exon cdna / A/G G/T, 0,0,0, 9,,,,0,0 9,9 9, 0,, 0,, 0,9 0, 9,,9 9, 9.0 9,0 0, 0, 0, 0,09 0, 0,9 0,9

. Ergebnisse 9 Tabelle.: Tmax-Medianwerte Lokalisation Position Genotyp Tmax Medianwert t (h) p-wert Intron Exon - Intron Exon +9 Intron Exon - Exon cdna Exon cdna 99 Exon cdna Exon cdna Exon / Exon cdna / A/G G/T 0, 0,9,0 0,,, 0,,0,0 0, 0,9,,0 0,,,0 0,9 0,9, 0,9 0,9, 0, 0,90 0, 0, 0, 0, 0,

. Ergebnisse 0 Tabelle.: Cmax-Medianwerte Lokalisation Position Genotyp Cmax Medianwert (µg/l) p-wert Intron Exon - Intron Exon +9 Intron Exon - Exon cdna Exon cdna 99 Exon cdna Exon cdna Exon/ Exon CDNA / A/G G/T,,,,,,9,,,,,,,,0,9,0,,,,,,9 0,0,00 0,9 0, 0,9 0, 0,99 0, In den Abbildungen.- sind die Zusammenhänge zwischen den Polymorphismen und den Werten für die AUC, Tmax und Cmax in Box plots graphisch dargestellt. Jedem Genotyp wurde dabei eine Box (rot) zugeordnet. Box plots sind sogenannte Quartillen-plots. Unterhalb des ersten Quartils (untere Grenze der Box) liegen % der Beobachtungen, darüber liegen %. Unterhalb des oberen Quartils (obere Grenze der Box) liegen analog % der Beobachtungen. Die horizontale Linie innerhalb der Box gibt den Medianwert an. Die Grenzen des durch Querstriche angegebenen Bereiches, der jeweils zu einer Box gehört (Range), geben den größten bzw. kleinsten erfassten Wert an. Unterhalb der x-achse ist die Anzahl der Individuen pro Genotyp angegeben.

. Ergebnisse Intron Exon AUC(0-)[µg*h/L] 0 - Intron )[µg*h/l] - AUC(0 0 N= AG Exon AUC(0-)[µg*h/L] 0 N= = Intron AUC(0-)[µg*h/L] 0 Exon AUC(0 - )[µg*h/l AUC(0-)[µg*h/L] 0 0 Exon Abbildung.: Abhängigkeit der AUC von den untersuchten Polymorphismen AUC(0 - )[µg*h/l AUC(0 - )[µg*h/l] 0 0 Exon / Exon / GT

. Ergebnisse Abbildung.: Abhängigkeit der Tmax von den untersuchten Polymorphismen Intron Exon AG Intron Exon Intron Exon GT Exon Exon / Exon /

. Ergebnisse..0 Intron..0 Exon...0 0..0 0. AG..0 Intron..0 Exon...0 0..0 0...0 Intron..0 Exon...0 0..0 0. GT..0 Exon..0 Exon / Exon...0 0..0 0. / Abbildung.: Cmax in Abhängigkeit von den Polymorphismen

. Ergebnisse Die Unterschiede in den kinetischen Parameteren der verglichenen Genotypen des C>T-Genpolymorphismus in Exon waren nicht signifikant [Medianwerte: AUC (rt)=9, (Angabe in µg*h/l); AUC (het)=,9; AUC (hom)=9,; Cmax (rt), (Angabe in µg/l); Cmax (het)=,; Cmax (hom)=,; Tmax (rt)=0,9 (Angabe in h); Tmax (het)=,; Tmax (hom)=0,9]. Die Berechnung der Signifikanz ergab folgende p-werte: p (AUC)=0,9; p (Cmax)=0,99; p (Tmax)=0,. Beim Vergleich der Medianwerte für den Exon--Polymorphismus zeigten sich ebenso keine signifikanten Unterschiede [AUC (rt)=,0; AUC (het)=9,9; Cmax (rt)=,; Cmax (het)=,; Tmax (rt)=,; Tmax (het)=0,; p (AUC)=0,; p (Cmax)=0,; p (Tmax)=0,]. Auch die Unterschiede für den Exon--Polymorphismus waren nicht signifikant [ AUC (rt) 9,; AUC (het)=0,; Cmax (rt)=,; Cmax (het)=,; Tmax (rt)=0,9; Tmax (het)=,]. Nach Kruskal-Wallis ergaben sich folgende Werte: für die p (AUC)=0,; für p (Cmax)=0,9 und für Tmax p=0,9. Die Medianwerte für den Exon--Polymorphismus, der wie auch die oben genannten Genpolymorphismen zu einem Aminosäureaustausch führt, zeigten keinen signifikanten Zusammenhang [p (AUC)=0,; p (Cmax)=0,, p (Tmax)=0,]. Für die intronischen Polymorphismen, die nicht zu einem Aminosäureaustausch führten [Intron (Exon -); Intron (Exon + 9) und Intron (Exon -)], ergab die statistische Auswertung der Medianwerte für die AUC, Cmax und Tmax keinen signifikanten Unterschied. Zusammenfassend konnten in keinem der Zielparameter AUC, Tmax und Cmax signifikante Differenzen zwischen den einzelnen Genotyp-Gruppen und dem Referenztypallel beobachtet werden. Auch nach Anpassen des individuellen Körpergewichts der Probanden an den idealen Body-Maß-Index zum Ausblenden interindividueller Differenzen und erneuter Gegenüberstellung der Genotyp-Gruppen (in dieser Arbeit nicht dargestellt) zeigten sich keine signifikanten Unterschiede in den relevanten Parametern der Digoxin-Kinetik.

. Ergebnisse Der Vergleich von Allelkombinationen aus miteinander verknüpften MDR- Polymorphismen ergab ebenfalls keine Differenzen zwischen Individuen mit dem Genotyp Exon /Exon und Trägern des Genotyps Exon / Exon. Weitere homozygote Allelkombinationen wurden aufgrund geringer Frequenzen nicht untersucht.