ProBio: Prozessorientierte Verarbeitung von Biomedizinischen Daten Betreuer: Oliver Bauer, Johannes Neubauer, Bernhard Steffen

Transkript

1 ProBio: Prozessorientierte Verarbeitung von Biomedizinischen Daten Betreuer: Oliver Bauer, Johannes Neubauer, Bernhard Steffen Einleitung Inhalt Organisatorisches 1/22

2 PG ProBio Einzelvorstellung Bitte stellt Fragen (wenn ihr Fragen habt) Heute Einzelvorstellung: Vorstellung unsererseits Detailliertere Vorstellung der Inhalte Organisatorischer Ablauf der Projektgruppe Fragen eurerseits Was Euch bei uns erwartet Genaueres, wenn die PG-Teilnehmer bekannt sind Einleitung Inhalt Organisatorisches 2/22

3 PG ProBio Warum PG ProBio? Interdisziplinärer Überblick Internationale Zusammenarbeit Moderne Softwareentwicklungsparadigmen Praxisnähe (Erfahrungen sammeln!) Einblick in das Universitätsleben Einblick in Forschungsthemen des LS5 Möglichkeit für Abschlussarbeiten... Einleitung Inhalt Organisatorisches 3/22

4 Worum geht s? Quelle: Universität Potsdam, Lehrstuhl für Service and Software Engineering Einleitung Inhalt Organisatorisches 4/22

5 Ziel: Biomediziner als Digital Natives Einleitung Inhalt Organisatorisches 5/22

6 Big Picture Einleitung Inhalt Organisatorisches 6/22

7 Aufgabe /Minimalziele 1 Prototyp einer Webanwendung Anforderungen analysieren Domänenmodellierung von biomedizinischen Daten Daten zentral erfassen und verarbeiten 2 Prozesse und Prozessmodelle Arbeitsabläufe standardisieren Prozesse Protokollbeschreibungen formalisieren Prozessmodelle 3 Erweiterung der Prozesse Statistische Auswertung Einleitung Inhalt Organisatorisches 7/22

8 DyWA Einleitung Inhalt Organisatorisches 8/22

9 jabc4 1 SubmitReport 3 de.ocs SubmitReport 2 D retrieve sample D select gene gene (Gene) sample (Sample) result (float) D add new result Einleitung Inhalt Organisatorisches 9/22

10 Legende Einleitung Inhalt Organisatorisches 10/22

11 Domänenmodell: Information Einleitung Inhalt Organisatorisches 11/22

12 Patienten mit Timeline Einleitung Inhalt Organisatorisches 12/22

13 Sample mit Timeline Einleitung Inhalt Organisatorisches 13/22

14 Domänenmodell: Parameter Einleitung Inhalt Organisatorisches 14/22

15 Domänenmodell: Experimente Einleitung Inhalt Organisatorisches 15/22

16 Standardisierung der Prozesse Einleitung Inhalt Organisatorisches 16/22

17 PG Organisatorisches Allgemeine Herangehensweise bei Projektgruppen 1. Semester Seminarphase (von Euch: Vorträge + Ausarbeitungen) Einarbeitung in Themen, erste Entwürfe und Prototypen Zwischenbericht (Motivation, Grundlagen, Herangehensweise, Umsetzung, Fazit, Ausblick, Literatur) 2. Semester Offene Punkte umsetzen, Entwürfe & Prototypen finalisieren Endbericht (ähnlich Zwischenbericht) Fakultätsöffentlicher Abschlussvortrag Wöchentliche Sitzung: Fortschritte, Protokolle, (Probleme und) Lösungen Wichtig: Selbstinitiative, eigenverantwortliches Arbeiten Einleitung Inhalt Organisatorisches 17/22

18 PG Organisatorisches Allgemeine Herangehensweise bei Projektgruppen 1. Semester Seminarphase (von Euch: Vorträge + Ausarbeitungen) Einleitung Inhalt Organisatorisches 18/22

19 PG Organisatorisches Allgemeine Herangehensweise bei Projektgruppen 1. Semester Seminarphase (von Euch: Vorträge + Ausarbeitungen) Frühe Themenvergabe. Seminarphase: Bevor das Semester beginnt (keine Vorlesungsüberschneidung) oder 2 Tage Blockveranstaltung zu Vorlesungsbeginn Themenübersicht (grob): jabc4, DyWA, Codegenerierung, Matlab, R, ORM, Versionsverwaltung, Projektmanagement, Build-Management, Domäne und Workflows (Biomediziner), Semantic Web... Kennenlernen in entspannter Atmosphäre ( Bierchen) Einleitung Inhalt Organisatorisches 18/22

20 Was ihr braucht und was ihr lernt Was ihr braucht: Programmierkenntnisse Motivation, sich in die Themen einzuarbeiten Einleitung Inhalt Organisatorisches 19/22

21 Was ihr braucht und was ihr lernt Was ihr braucht: Programmierkenntnisse Motivation, sich in die Themen einzuarbeiten Was ihr lernt: Umgang mit verschiedenen (neuen) Technologien Wissenschaftliches Arbeiten Teamarbeit Praktische Erfahrungen Einsatz von Design Pattern, OOP, MDD, Test-Driven Development, Agile Entwicklungsparadigmen,... Selbstorganisation und Projektmanagement. Einleitung Inhalt Organisatorisches 19/22

22 Was ihr (von uns) bekommt PG Schein : ) Erfahrungen im Umgang mit Modernen Technologien Wissenschaftlicher Herangehensweise Interessanten Themenstellungen... Diplom-/Masterarbeitsthemen Einleitung Inhalt Organisatorisches 20/22

23 PG Organisatorisches Wie gehts weiter? , 10:15 Uhr OH14 R105 Anmelden und PG ProBio als erste Priorität wählen ; ) Online-Anmeldung 1 ab Bekanntgabe der Teilnehmer 1 Erstes Treffen: letzte Woche der Vorlesungszeit (SS 2014) 1 genauer Termin wird noch bekannt gegeben. 2 Semester (hoffentlich) interessante Themen und Spaß an der PG 1 Einleitung Inhalt Organisatorisches 21/22

24 Offene Fragen? Einleitung Inhalt Organisatorisches 22/22